Science-Actualité, novembre 2014

01.11.14. Scientific American.

– POLITIQUE. M. Shermer. Perpetual peace. Les démocraties sont-elles plus pacifiques que d’autres régimes politiques ? Dans leur livre Triangulating Peace, B. Russett et J. Oneal (2001), analyse 2300 conflits de 1816 au présent. Ils évaluent aussi la « démocraticité » de chaque nation participante. Deux nations au haut de l’échelle démocratiques ont la moitié de chance d’entrer en conflit militaire. Par contre si l’une des nations est en bas de l’échelle ou a un régime autocratique, les chances de conflits militaires sont doublées. Ce résultat a été actualisé et confirmé par H. Hegre en 2014; l’indépendance économique joue peu de rôles.

 

06.11.14 Nature 515

– 11. CLIMAT. La suie atmosphérique produite par les feux favorise l’échauffement climatique. Une estimation récente, plus crédible que les données et simulations précédentes suggèrent que l’effet a été surestimé d’un facteur 4.

– 12. CLIMAT. Le constructeur de voiture Hyundai est condamné en vertu de US Clean Air Act à une amende qui lui reviendra à 300 millions $ pour avoir vendu 1.2 million de véhicules qui produisent plus de CO2 que certifié. C’est beaucoup, mais quand même moins que 30$ par voiture.

– 18. SANTÉ, EBOLA. D. Butler. Les modélisations du développement de l’épidémie se révèlent fort mauvaises. Sans surprise, si ce n’est pour la crédibilité accordée à la modélisation dans un tel cas. Il semble évident que le problème a trop d’inconnues… comme pour la modélisation des marchés globaux. Pourquoi y croit-on tellement ?

– 25. GENRE, MARCHÉ. Réclame pour un séquenceur. Un texte, une femme : «je suis l’ensorceleuse des échantillons ». Elle est dure et elle nous dévisage d’un air narquois. Elle nous attend, nous et notre échantillon, et il ne faut pas lui conter des sornettes. La femme Marlboro saura diriger ses collègues, au moins aussi bien que les jeunes loups; la femme Life technologies est la garantie de la machine. N’existe-t-il pas un chemin entre l’évidence des fesses et la déshumanisation?

34-35. HISTOIRE. Stimulé par les cases vides du tableau périodique, il fut un temps où la découverte de nouveaux éléments attirait une foule de chimistes ambitieux avec pour résultat une remarquable proportion de fausses prétentions. En 1790, Josiah Wedgwood prétendit aussi meubler sa case avec un atome trouvé dans une céramique. C’était faux, mais les céramiques lui réussirent dans la firme portant son nom. Il réussit aussi des enfants et des petits-enfants. Deux de ces derniers marièrent entre eux. On en parle encore. (Ils s’appellent Emma et Charles Darwin)!

50-57. AGRICULTURE, ÉCOLOGIE. Cumming et al., Implications of agricultural transitions and urbanization for ecosystem services. La boucle verte caractérise la relation entre l’écosystème, ses service et disservices et la population agricole. Cette boucle peut être stable ou déboucher sur un piège vert, par exemple si la boucle est empoisonnée par ses déchets. Le système peut aussi évoluer vers la boucle rouge caractéristique d’une société urbaine pour laquelle les services agricoles ne sont plus la partie prépondérante des services totaux. La boucle rouge peut aussi tomber dans le piège rouge. L’article est une métaanalyse de ces différents systèmes et de leur évolution. L’intérêt de l’article réside dans la globalité de l’approche. Alors que la plupart des analyses écologiques se penchent sur un ou quelques facteurs (par ex. : herbicides, abeilles, pollinisation), cet article a le parti-pris d’être global. Trois exemples sont étudiés en particulier : la boucle rouge suédoise (celle qui marche le mieux), la boucle verte du Sahel en danger de piège vert, et la boucle rouge de Beijing, en danger de piège rouge.

 

7.11.12. Science 346, 6210

-715. ÉCONOMIE. L. Einav & J.Levin. Economics in the age of big data. Beaucoup de choses son en train de changer avec la venue du Big Data en économie. L’une d’entre elles est la non-mise à disposition publique des données. Alors que pratiquement toutes les données sur lesquelles sont basées les publications du principal journal américain d’économie (AER) étaient disponibles en 2006, plus de la moitié des publications actuelles sont basées sur des données non disponibles publiquement.

– 718 – 722. BIOLOGIE STRUCTURALE, CRYO-MICROSCOPIE ÉLECTRONIQUE. A. Brown et al. MRC, Cambridge. Il y a quelques mois, l’équipe (Greber et al.) du ETH à Zurich publiait la structure de la grande sous-unité du mitoribosome à 4.9Å de résolution (j’en avais fait compte-rendu). Ici, le travail est semblable, mais la résolution atteinte et de 3.4Å. La différence est notable.
… et dans Nature du 13.11. l’équipe de Zurich revient avec sa carte à 3.4Å qui montre aussi beaucoup de choses. Par exemple comment le 5sRNA qui manque chez les mitoribosomes est remplacé par un tRNA devenu constitutif.

 

13.11.14. Nature 515.

– 174. ÉTHIQUE. H. Ledford. La déclaration d’Helsinki qui règle les conditions de l’expérimentation humaine fête ses 50 ans. La révision de l’an passé portant en particulier sur 2 points rencontre des oppositions : (1) Restriction de la liberté de tester en pays du 3-monde. (2) Obligation que les personnes ayant participé à un essai ayant révélé l’utilité d’un médicament, ait la possibilité de continuer à l’utiliser après l’essai, que le médicament soit développé commercialement ou non. C’est dans ce dernier cas que l’essai devient d’un prix prohibitif à la firme. Une façon positive de faire progresser ces questions consisterait à associer l’essai avec un soutien général à la communauté (accès à l’eau, sanitation, etc.).

– 261. GÉNÉTIQUE DES POPULATIONS. Romiguier et Roux (du DEE) et al. Quels sont les facteurs qui déterminent da diversité génétique d’une espèce animale. Le paramètre déterminant est la stratégie parentale. Les espèces à stratégie de type K (fort investissement dans peu de descendants) sont génétiquement moins diversifiées que les espèces à stratégie r (type mâle). Pourquoi ? Difficile, mais important pour les politiques de conservations.

– divers. SANTÉ, EBOLA. Des notes ou articles sur Ebola, il y en a toutes les semaines un ou deux avec du + et du -. Malgré plusieurs annonces que ci et là, l’épidémie commence à faiblir ou qu’une émergence a été éradiquée (en RDC), je n’arrive pas à faire le point, en particulier pour ce qui concerne la gestion de la crise, les vaccinations et les traitements. On apprend par exemple : (1) (Science 346, 684-5). Les données des séquences ne sont, pour l’essentiel, non disponibles. Le 28.8. dans Science, est publié la séquence de 99 génomes du virus de 78 patients en Sierra Leone. Depuis, pratiquement rien. On parle de la suroccupation des laboratoires spécialisés. Tu parles ! Même le CDC qui séquencé le virus des quelques patients traités aux USA n’ont pas rendu ces données publiques. Est-ce donc que les intérêts financiers sont capables de tout bloquer à ce point ?Il serait pourtant tellement nécessaire de savoir s’il y a eu une infection originale ou si le virus est émergeant. (2) (Science 346, 534). La petite firme NewLinks Genetics espère avoir 12 millions de doses en avril, 20x plus que le géant GSK. (3) 13.11, pp 177-8. Toujours le dilemme éthique des groupes de contrôle dans les tests sur le terrain. On ne s’entend pas. Un responsable du WHO : « On discute et les patients meurent. Nous avons tous notre part de responsabilité de ne pas avoir clarifié ces questions avant l’épidémie ». (4) Je reçois par courriel (20.11.14) une publicité pour : The Ebola Report: 2014 Epidemic and R&D Drug Prospects. Il s’agit d’une étude sur les belles possibilités offertes aux investisseurs par le marché Ebola. À titre privé, vous avez ce rapport pour 1799£. Ne manquez pas une affaire en or. Il y a des dizaines d’années que ce virus des forêts africaines est connu. En sortant du bois, il nous menace et il devient commercialement intéressant. C’est connu, mais c’est choquant.

– 179-201§. DOSSIER, PSYCHIATRIE, DÉPRESSION. La condition médicale causant le plus grand handicap global, soit 10% de l’ensemble des maladies (suivis par mal de dos et le manque de fer). En Suisse, le taux est un des plus élevés d’Europe (6.2%) et le plus haut taux de psychiatres (0.4 °/°°) ne réduit le handicape que de 10-30% globalement. Une bonne question : Pourquoi les moyens de recherches sont ils si faibles comparés p. ex. à ceux du cancer ? Ni l’intervention psy (seul TCC apporte qcq gain) ni les médicaments seuls n’aident vraiment et on ne sait guère pourquoi ou comment. En fait la dépression est probablement un nom commun à un très grand nombre de désordres (comme la fièvre) et c’est aussi pour cela qu’il est si difficile d’identifier des gènes contributeurs. Par comparaison avec d’autres états difficiles à cerner (la taille, schizophrénie et la maladie de Crohn, on peut penser que la masse des données d’ADN devrait bientôt commencer à fournir des indications permettant de ségréger des conditions plus spécifiques.

– S1-S16. SANTÉ, ANÉMIE FALCIFORME. Le point sur la maladie. 300’000 cas par année, 2/3 en Afrique. Mutation Glu=>Val dans l’hémoglobine donne aux hétérozygotes, une certaine protection contre le paludisme, mais est néfaste sous forme homozygote. L’hémoglobine mutée forme des filaments qui déforment le globule rouge de manière caractéristique. Ceux-ci sont moins souples et tendent à s’agglomérer, réduisant la circulation sanguine. L’effet est néfaste pour la respiration, l’irrigation des organes; elle produit des crises de douleur aigüe. On traite la douleur, les caillots, on transfuse. Le premier essai prometteur de transplantation par cellules souches a eu lieu en 2009.

– 207-208, 228- 233, 293-209. BIOLOGIE CELLULAIRE

. Wartanabe et al. Les vésicules synaptiques qui déchargent brusquement leur contenu dans l’espace synaptique doivent être recyclées. Deux mécanismes sont discutés depuis longtemps. 1) La vésicule fusionne avec la mbane présynaptique puis est réinternalisée par budding contrôlé par la clathrine. 2) « Kiss and run ». La vésicule ne fait qu’une fusion partielle pour vider son contenu puis revient « intacte » après décharge. Par cryopréparation en temps contrôlé il est ici montré qu’un 3e mécanisme est vraisemblablement plus correct : D’abord, fusion de la vésicule avec la mbane, puis réinsertion d’une grande portion de mbane formant un endosome dans le bouton présynaptique ; de celui-ci budent les vésiculent synaptiques. Un beau boulot.

 

14.11.14. Science 346, 6211.

– 841 – 844. SOCIOBIOLOGIE, INFANTICIDE PAR LE MÂLE. Lukas & Huchard (Cambridge et Montpellier). The evolution of infanticide by males in mammalian societies. J’avais vu et je me réfère souvent à une étude montrant que la mise en couple semble avoir son origine dans la neutralisation de l’infanticide de mâle. Le présent article arrive à la conclusion contraire : l’infanticide par le mâle se développe quand un petit nombre de mâle ont un monopole sexuel. Le contre-mesure évolutive est la pomiscuité sexuelle des femelles qui dilue le rôle du mâle. Les autres paramètres comme la grégarité des femelle, la taille de leur groupe, la formation de paires stables et le rapport du nombre de femelles/mâles ne semblent pas importants. Deux articles contradictoires. À suivre.

– 857 – 60. CRYO-MICROSCOPIE ÉLECTRONIQUE, BIOLOGIE STRUCTURALE. Oda et al. A molecular ruler determines that repeat length in eukaryotic cilia and flagella. Comment se détermine la longueur d’une structure durant le développement d’un organisme vivant. On a quelques beaux exemples chez les bactéries et les virus. L’un d’entre eux est la détermination de la longueur de la queue du bactériophage T4 par le déroulement d’une protéine au fur et à mesure que s’autoassemble l’hélice la principale protéine de al queue. Au Biocentre, Isao Katsura avait participé à cette découvert dans les années 70. Cet article présente le premier cas ou un tel mécanisme est découvert chez les cellules supérieures, les eukaryotes. Il s’agit de la flagelle d’une levure dont la périodicité de 96nm le long de l’axe est déterminé par la conformation étendue du dimer dess protéines FAP59/FAP172. La preuve en est apportée par cryo-me en comparant les tomogrammes type sauvage/mutant et en remplaçant la protéine par une forme allongée génétiquement. La qualité des images est magnifique. Capture d’écran 2014-12-11 à 22.04.47

 

20.11.14. Nature 515, 7527.

– 316. POLITIQUE UE. Anne Glover, la conseillère scientifique de la Commission Européenne ne sera pas remplacée.

– 317. R&D. Comparaison des dépenses R&D en Chine, Japon et US. Au rythme où vont les choses, la Chine investira autant que les USA en 2019.

– 335 – 7. CLIMAT. La UNFCCC (United framework convention on climate change) aura lieu en décembre à Lima. L’effort principal sera mis sur les pollutions durables (CO2) mais l’effet climatique des pollutions à courte durée de vie (SLCP, short-lived climat forcing polutants ; CH4, O3 et µparticules) sera aussi central. Cet article fait le point. Pour ce qui est de l’échauffement global, on prévoit que l’importance relative des SLCP augmente et dépasse l’effet du CO2 avant la fin du siècle. La réduction des deux effets nécessite des actions différentes. Il s’agit qu’elles ne s’opposent pas.

– S109- S126. SANTÉ, MÉLANOME. Le point.

– 355 – 75. GÉNÉTIQUE. Trois très gros article sur la souris (les mamifères) et les hommes. Comparaison basée sur le programme ENCODE d’analyse massives du DNA, du transcriptome et du métablolme. En gros, les gènes se ressemblent, les régulations et la chromatine diffèrent. Ces différence mettent en évidence les forces évolutives qui ont façonné ce que souris et hommes sont actuellement.

 

27.11.14. Nature 515, 7528

– 157 – 73. SANTÉ, HÉMOPHILIE. Un dossier pour Mina.

– 518 -22, 501-2. NOURRITURE, ENVIRONNEMENT, SANTÉ. Tilman et Clark. Global diets ling environmental sustainability and human health. Il s’agit de mettre dans une publication les évidences empirique de l’effet du régime de nourriture (diet) sur la santé et l’environnement avec projection pour 2050. Les auteurs partent de la diètes actuelles standardisées qui va probablement évoluer globalement vers d’avantages de sucre et de graisses raffinées et de viande. Ils considèrent aussi le régime méditerranéen, un régime avec bcp de poisson et un régime plutôt végétarien. Ce qui est remarquable, c’est que la nourriture la meilleure pour la santé est aussi la meilleur pour l’environnement. Malheureusement, changer les habitudes allimentaires est diablement difficile.

– 540-3. TECHNOLOGIE. Raman et al. Passive radiative cooling. Peut-on réduire l’énorme besoin d’énergie pour le conditionnement d’air ? Le refroidissement radiatif passif consiste à recouvrir l’objet par une couche réfléchissante à la lumière extérieure mais laissant filer (l: 8-13µm) la chaleur intérieur vers « the cold darkness of the Univers ». Le soleil est chaud, la terre est tiède, l’univers est froid. La méthode est facile à faible éclairage, mais il sa’git qu’elle fonctionne en plein soleil. Le tout est d’avoir la bonne réflexion et la bonne transparence. Les auteurs montrent qu’un sandwich complexe de HfO2 et SiO2 sur un miroir d’argent et un design minimisant les pertes par conduction et convection permet un refroidissement de 5° par rapport à la température extérieure.

 

28.11.14. Science 346, 6213

– 1039 – 40. SANTÉ, EBOLA. L’épidémie se calme au Libéria. En 2e partie d’aout, le nombre de cas recensé avait quadruplé en 3 semaines. Le mois suivant, la croissance avait cessé. Les 7 semaines suivantes on ramené à la situation du début d’aout. La conclusion : EBOLA se contrôle en agissant juste, la maladie se soigne aussi un peu (80%† au pire moment, 50% sur place maintenant, 25% chez nous (20 cas)).

Capture d’écran 2014-12-27 à 11.57.55

– 1043. SANTÉ, POLITIQUE. US to expand public access to clinical study results. Aux USA, seules les études sur des médicaments approuvés par la FDA doivent obligatoirement être mises à disposition du public. Le département de la santé veut étendre cette mesure à tous les essais cliniques avec lesquels le NIH a à faire – c’est la majorité et cela aura un effet décisif sur toute la recherche médicale. « Nous le devons à nos patients et à tous ceux qui ont participé aux tests ».

– 1061-2. CLIMAT, POLITIQUE. Lutz et al. Universal education is key to enhanced climate adaptation. Pour faire face au danger climatique, former plus d’éducateurs plutôt que seulement des ingénieurs. Les projections de la pyramide des âges en 2035 par degré d’éducation selon deux modèles de développement (ci-joint) sont intéressantes. La réponse aux désastres et d’autant meilleure que l’éducation est plus avancée et c’est l’éducation des femmes qui fera la principale différence. L’article essaie de prévoir le nombre de morts dû aux accidents climatiques suivant des scénarios incluant le niveau d’éducations. Actuellement, on est aux environs de 400 k†/an.

Capture d’écran 2014-12-27 à 11.56.23

– 1077. BIOLOGIE MOLÉCULAIRE, CRISPR-Cas9. Résumé renvoyant à un article de revue sur cette technique simple et révolutionnaire qui permet d’éditer l’ADN précisément où l’on veut avec la séquence que l’on veut. Voir : http://dx.doi.org/10.1126/science.1258096. C’est un saut considérable pour les biotechnologies.

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