Mars 2016. Actualité scientifique restreinte de Jacques

Actualité scientifique selon Jacques

Version restreinte

Mars 2016

 Nous gardons un oeil attentif sur la cryo-ME:
Walls, A.C. and e. al., Cryo-electron microscopy structure of a coronavirus spike glycoprotein t. rimer Nature, 2016. 531: p. 114 – 117.
Kirchdoerfer, R.N. and e. al., Prefusion structure of a human coronavirus spike protein. Nature, 2016. 531: p. 118 – 121.
Hyun, J., G. Ozorowski, and A.B. Ward, Cryo-EM structure of a native, fully glycosylated, cleaved HIV-1 envelope trimer. Science, 2016. 351(6277): p. 1043 – 8.
Architecture of the type IVa pilus machine. Science 351, 6278, 1165 + http://dx.doi.org/10.1126/science.aad2001. Chang, … Jensen (patron de Alasdair McDowall9. Tomographie à 2-3nm. « The result illustrate how the structure and funcition of macromolecular complexes that defy purification and traditional strutural approaches can nonetheless be interrogated through cryo-electron tomography of intact cells and model building.
Aganov, D.E., …, and H. Stark, Molecular architecture of the human U4/U6.U5 tri-snRNP. Science, 2016. 351(6280): p. 1417 – 1420.
Cavadini, S., et al. (dont H. Stahlberg). Cullin-RING ubiquitin E3 ligase regulation by the COP9 signalosome. Nature, 2016. 531(7596): p. 598 – 603. L’origine de xeroderma pigmentosum.

  1. 03. 2016. Nature 531, 7592.

– 7. POLITIQUE SCIENTIFIQUE. Edito. En ce mois de février, le bureau du cabinet anglais a introduit une clause pour toutes les recherches financées par l’État. Elles ne doivent pas « influencer ou tenter d’influencer le Parlement, le gouvernement ou les partis politiques … ou influencer l’activité législative ou de régulation ». Vous aviez dit « science base policy? »

– 22- 23. ÉNERGIE, FRACTURATION. News. M. Inman. Fracking peut-il énergiser l’Europe? Malgré les déboires, plusieurs pays espèrent libérer de vastes réserves de gaz naturel par fracturation. « Il est trop tôt pour abandonner le potentiel énergétique de la Pologne » ditz le premier ministre.

– 41 – 2. ONDES GRAVITATIONNELLES – Suite. On apprend que l’horizon du trou noir récemment détecté lors de la fusion des deux trous noirs, a 360 km de diamètre et que sa vitesse de rotation est 1/3 de la vitesse de la lumière. Sa masse est 62 fois celle du soleil et sa densité de 13 milliards de g/cm3.s

On discute (ailleurs) d’évènements qui pourraient produire une belle signature d’onde gravifique. Par exemple on sait que le centre des galaxies est généralement occupé par un trou noir gigantesque de millions ou milliards de la masse du soleil. La fusion de deux de ces monstres devrait être du meilleur effet.

– S1 – 19. NEUROSTIMULATION. C’est difficile et, jusqu’à nouvel avis, ça ne marche pas, même si ça se pratique non officiellement par les étudiants et les joueurs. Peut-être est-ce difficile parce que notre cerveau travaille à peu près au mieux de ses capacités? Cela semble probable; l’évolution n’aurait pas permis longtemps à 2% du corps d’utiliser 20% de l’énergie disponible si c’est pour la gaspiller. Il reste que, pour le moment les meilleures neurostimulations sont, nourriture saine, sport, bon sommeil et vie en couple.

 

10.03.16, Nature 531, 7593

– 155 – 168 CRISPR/Cas9 everywhere: un cahier spécial.

 

  1. 03. 2016. Science 351.

– 1014. ENQUÊTES SOCIOLOGIQUES, FRAUDE. Lucy. Les enquêtes sociologiques ou politiques ou concernant des questions de développement (comme ce que fait Lucy) souvent financées par des dons sont généralement réalisées par des firmes spécialisées (pas comme le fait Lucy). Deux chercheurs ont étudié la cohérence des données enregistrées et suggèrent que 30% des données sont fabriquées. Leur critère est basé sur l’idée que les questionnaires fabriqués sont généralement recopiés de questionnaires authentiques. Ils recherchent donc les groupes de réponses qui s’identifient à au moins 85%. Ils acceptent que cette valeur limite doive varier de cas en cas, mais ils prétendent que, à ce niveau de concordance, l’identification de la fabrication est robuste.

 

– 1028-9, 1074 – 8. NEUROBIOLOGIE, COMPORTEMENT, ALTRUISME. Christine Cl. Hein et al. (dont le groupe E. Fehr à Zurich). L’architecture du réseau fonctionnel cérébral révèle les motifs cachés de l’altruisme. Est-on altruiste par empathie ou par recherche de réciprocité? La réponse dépend des individus. À reprendre dans un contexte moins artificiel svp.

 

  1. 03. 2016. Science 351, 6278.

– 1154 – 5, 1196-9. Anna, BIOCHIMIE, PLASTIQUE, ENVIRONNEMENT. Yoshida et al. Une bactérie qui dégrade et assimile le PET. 300 millions de tonnes de plastique sont produites annuellement, surtout à partir du pétrole. Le PET – obtenue par synthèse de l’éthylène glycol avec un diacide du benzène – compte pour près de 20% dont seulement 14% sont recyclés. Il résiste aux agents de dégradation chimico-physique et on ne lui connaissait pas bactérie qui puisse l’attaquer. Le présent article change la situation. Isolée dans une décharge, la bactérie Gram, Ideonella sakaiensis dégrade – lentement – et assimile le PET qui lui suffit comme seule source de carbone. Deux enzymes sont impliqués, le premier évidemment nommé PETase. Si cette dégradation peut être industrialisée, elle pourrait jouer un rôle considérable dans la chimie des plastiques en la libérant partiellement de la dépendance aux hydrocarbures. La découverte rapportée ici pose aussi d’intéressantes questions d’évolution. Le PET existe depuis 70 ans. D’où viennent ces enzymes qui le digèrent? La génétique de I. sakaiensis et de sa famille devrait apporter une réponse.

 

– 1159. SÉLECTION, ENSEIGNEMENT, PhD, Lucy. Recension. J. R. Posselt. Inside graduate admissions merit, diversity and faculty gatekeeping. Deux ans d’analyse des processus de sélection des candidats aux PhD dans les grandes universités américaines. Les méthodes sont misérables et les biais sont partout.

 

  1. 03. 2016. Nature 531, 7594.

– 286. ANTHROPOLOGIE, GÉNÉTIQUE. Le record de séquençage d’ADN de la lignée humaine recule: 450’000 ans. Il s’agit d’un vieux Neanderthalien espagnol.

 

  1. 03.2016. Science 351, 6279.

– 1248. PYSIQUE DES PARTICULES, CERN. Mieux que le boson de Higgs. Deux équipes indépendantes du CERN auraient obtenus jusqu’à fin de l’an passé des évidences – pas encore conclusives – pour une particule 6 fois plus lourde que le boson de Higgs, lui-même ayant la masse de 133 protons. Pour conclure, il faudra, comme pour le boson de Higgs, que soient mis en évidence d’autres modes de décomposition. On y vera plus claire à une conférence qui doit se tenir ces jours en Italie. On attend surtout la moisson 2016 que le faisceau du CERN devrait rendre 6 fois plus riche que celle de 2015, largement de quoi confirmer ou infirmer la rumeur. Si elle se confirme ce serait la seconde découverte non prévue par le modèle standard depuis les 30 ans de son existence – plus intéressante donc. La première étant que les neutrinos ont une masse. À suivre.

 

– 1280 – 1293. ASTRONOMIE, PLUTON. Série d’articles sur Pluton suite à la visite par la sonde New Horizons. Des photos extraordinaires, comme celle de la couverture du journal.

Mars_Science_180316

Échelle très approximative: 1cm ≈ 20km

 

  1. 03. 2016. Nature 531, 7595.

– 456 – 7, 496 – 9. ÉTHIQUE, TRICHERIE, CORRUPTION. Gächter & Schulz. Honnêteté et la violation des règles dans les nations. Il existe un indice de corruption C pour les pays. On fait jouer des personnes (jeunes, c’est-à-dire de la génération qui n’a pas encore contribué à la corruption nationale) à un jeu où il s’agit de gagner de l’argent, mais où le joueur peut tricher sans que personne ne puisse le savoir au niveau individuel. Par contre statistiquement la tricherie T est bien mesurée. Le résultat est qu’il existe une forte corrélation entre C et T parmi les 23 nations couvrant l’ensemble du spectre. La Georgie est la nation la plus corrompue, les Allemands sont les individus qui trichent le moins.

 

  1. 03. 2016. Science 351, 6280

– 1371 RACISME, VIVRE ENSEMBLE. Éditorial. S.J.Gates, Jr. est un noir africain, prof au MIT et spécialiste de la théorie des cordes. Contrairement à la doxa qui veut que noirs Africains ou Européens soient la même chose, lui dit « non! » ils sont différents et ils pensent différemment. Cette différence est une richesse qu’il faut cultiver en acceptant et protégeant la différence.

Il cite aussi un essai d’Einstein, The Negro Question, dans lequel il prend une position antiraciste (a « disease ») et antiségrégationniste très forte

 

– 1417 – 20 CRYO-ME, SPLIECOSOME. Aganov, … Stark, Molecular architecture of the human U4/U6.U5 tri-snRNP. Cyo-EM à 7Å du complexe de 1.8 MD; à comparer avec les similaires récents sur la levure (Nguyen, Nature 523, 47, 2015; Hang, Science 349, 1182, 2015 (3.6Å). La « Perspecective » (1390 – 2) a pour titre: A Big Bang in spliceosome structural biology. Comment comprendre la différence de résolution entre ces récentes publications ?

 

– 1414. VIE SYNTHÉTIQUE. Craig Venter continue son travail pour synthétiser un organisme vivant. Il part de la plus petite cellule connue, Mycoplasma genitalium et ses 525 gènes, et élimine petit à petit tout ce qui n’est pas strictement nécessaire. Ici, il publie une approche différente: la synthèse. Il met ensemble tous les gènes (synthétisées) nécessaires à faire un organisme qui fonctionne, il en est à un peu plus de 500kb et 473gènes. Parmi ceux-ci, 149 n’ont aucune fonction connue. Encore du boulot pour la biologie.

 

31.03.16. Nature 531, 7596.

– 562, 591 – 597. CLIMAT, ANTARCTIQUE. De Conto and Pollard. Contribution de l’Antarctique au niveau des mers passé et futur. Lors de la dernière époque interglaciaire (130 – 115 kAP) la concentration en CO2 était de 280 ppm (400 actuellement), la température plus haute de 0-2° et le niveau de la mer 6 – 9 m plus haut que actuellement. Ces données d’autrefois permettent de fixer certains paramètres nécessaires à la modélisation actuelle. La conclusion est que l’Antarctique va contribuer pour un m à la montée de la mer en 2100 et 15 mètres en 2500. Même un arrêt complet du rejet de CO2 n’évitera plus le gros de cette montée. 2500, c’est aujourd’hui pour ceux de 1532. En Suisse, Marignan était passé depuis 17 ans. En Hollande, le duché de Bourgogne avait été repris par le Saint Empire. Charles Quint était empereur. La Hollande s’est bien développée depuis. Dans 484 ans, elle n’existera plus.

 

-598 – 609. CRYO-ME. SIGNALOSOME, INITIAION COMPLEX. Deux gros articles de cryo-ME. Le premier par le groupe de Henning Stahlberg, le deuxième par celui de Eva Nogales.

 

– 568 – 571. SOCIÉTÉ. Comment promouvoir la décence sur le web. Ça doit être possible. Dans le web sans histoire ni règles, c’est le comportement par défaut qui s’installe, arrogance et égoïsme, jusqu’à ce que par dysfonction il faille trouver autre chose. C’est très biologique. C’est réparable selon ces auteurs.

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