Nozawa, K., Schneider, T. R., & Cramer, P. (2017). Core Mediator structure at 3.4 A extends model of transcription initiation complex. Nature, 545<\/em>(7653), 248-251. doi:10.1038\/nature22328. Un travail combinant Diff X et Cryo-ME.<\/p>\n Il me semble que la liste du mois est maigre. Ouf! le dernier no. annonce une jolie collection en pr\u00e9publication.<\/p>\n Zhang, Y., Sun, B., Feng, D., Hu, H., Chu, M., Qu, Q., . . . Skiniotis, G. (2017). Cryo-EM structure of the activated GLP-1 receptor in complex with a G protein. Nature, 546<\/em>(7657), 248-253. doi:10.1038\/nature22394<\/p>\n Loveland, A. B., Demo, G., Grigorieff, N., & Korostelev, A. A. (2017). Ensemble cryo-EM elucidates the mechanism of translation fidelity. Nature, 546<\/em>(7656), 113-117. doi:10.1038\/nature22397<\/p>\n Plaschka, C., Lin, P. C., & Nagai, K. (2017). Structure of a pre-catalytic spliceosome. Nature<\/em>. doi:10.1038\/nature22799<\/p>\n <\/p>\n Un colloque auquel j’\u00e9tais invit\u00e9 en Su\u00e8de \u00e0 l’occasion de l’inauguration de deux centres de cryo-ME m’a donn\u00e9 l’occasion de faire le point.<\/p>\n Depuis 3 ans, on parle de la r\u00e9volution de la cryo-ME et on vante ces structures complexes dont la structure mol\u00e9culaire peut maintenant \u00eatre r\u00e9solue. Bravo! Et alors, quoi de neuf en biologie? \u00c0 synth\u00e9tiser les diff\u00e9rentes contributions du colloque comme des articles pr\u00e9c\u00e9demment cit\u00e9s, il me semble que l’on peut conclure ainsi.<\/p>\n Au d\u00e9but des ann\u00e9es 60, Changeux, et d’autres avaient pr\u00e9vu que le fonctionnement des enzymes doit \u00eatre li\u00e9 \u00e0 un changement conformationnel; lorsqu’il ex\u00e9cute sa fonction, il passe de la conformation A \u00e0 la conformation B, \u00e0 moins que ce ne soit A, B, C etc. qu’il faille consid\u00e9rer. La t\u00e2che est compliqu\u00e9e par le fait que la diffraction des rayons X, la m\u00e9thode jusqu’ici raine de la d\u00e9termination des structures mol\u00e9culaires, n’observe que des cristaux dans lesquelles les particules sont, par d\u00e9finition, toutes dans la m\u00eame conformation. Pour observer diff\u00e9rents \u00e9tats conformationnels, il faut des cristaux diff\u00e9rents; un pour A, un autre pour B, etc. Or, faire un bon cristal est une grosse affaire. Quelquefois, les diffractionnistes X nous \u00e9tonnent avec ce qu’ils r\u00e9ussissent \u00e0 cristalliser (cf.11.5.17). Il n’emp\u00eache que la n\u00e9cessit\u00e9 d’avoir des cristaux est une limitation essentielle de la technique.<\/p>\n La cryo-ME n’a pas cette limitation puisqu’elle n’a besoin que d’une solution de particules isol\u00e9es. La situation est relativement simple si la solution est homog\u00e8ne mais les m\u00e9thodes r\u00e9centes du traitement d’image permettent de trier et reconstruire les constituants d’une solution de plusieurs particules. Le cas est particuli\u00e8rement int\u00e9ressant lorsque la solution contient les diff\u00e9rents \u00e9tats conformationnels d’une m\u00eame particule.\u00a0 Ainsi, les diff\u00e9rentes conformations d’une enzyme peuvent, en principe, \u00eatre d\u00e9termin\u00e9es \u00e0 partir d’une seule pr\u00e9paration \u2013 presque d’une seule image. Le r\u00e9sultat de cette r\u00e9volution, c’est que les changements conformationnels apparaissent maintenant dans toute leur ampleur et leur diversit\u00e9.<\/p>\n Conclusion: la vie en action bouge plus qu’on ne l’avait r\u00e9alis\u00e9 jusqu’ici, pour le grand bonheur de ceux qui cherchent \u00e0 comprendre comment la structure r\u00e9alise la fonction.<\/p>\n <\/p>\n Un peu en retard:<\/em><\/p>\n 21.04.2017, Science356, 6335.<\/strong><\/p>\n – 234 \u2013 5. ANTACTIQUE, BANQUISE. Jean-Pierre K. Une exp\u00e9dition pour comprendre l’anormalit\u00e9 de la banquise antarctique.<\/u> Cornwall, W. (2017). Scientists hope risky winter voyage yields icy rewards. Science, 356<\/em>(6335), 234-235. doi:10.1126\/science.356.6335.234.<\/u><\/p>\n Comme on le sait, la banquise arctique fond dramatiquement. Par contre, la banquise antarctique tend \u00e0 croitre depuis 20 ans. Les n\u00e9gationnistes du climat s’y complaisent. (Notons que l’anomalie semble mal finir aux derni\u00e8res nouvelles de 2015.) Pourquoi?<\/p>\n La r\u00e9ponse est que l’on ne le sait pas. Les mod\u00e8les climatiques ne vont pas dans le sens de ces observations; ils doivent \u00eatre revus. Il est vraisemblable que la r\u00e9ponse se trouve dans des particularit\u00e9s non maitris\u00e9es de la m\u00e9t\u00e9orologie locale. Il va falloir mieux situer la banquise et ses quelques m\u00e8tres de glace flottante entre les mouvements atmosph\u00e9riques, l’\u00e9norme r\u00e9servoir de l’oc\u00e9an et la pression des glaciers sur le socle antarctique. L’exp\u00e9dition risqu\u00e9e dont il est question ici devrait aider \u00e0 comprendre.<\/p>\n <\/p>\n 04.05.2017, Nature 545, 7652<\/strong><\/p>\n – 36 \u2013 7. CHAPERON, M\u00c9DECINE PERSONNALIS\u00c9E. Pierre G., Alain K, Jean M. \u00a0Rapport de News and Views. M. Siegal. pour des articles dans Cell et Nature. Les chaperons s’individualisent<\/u>.<\/p>\n Pour pouvoir effectuer sa fonction, une prot\u00e9ine doit \u00eatre correctement repli\u00e9e. Or le repliement est une \u00e9tonnante gage\u00fcre qui semble statistiquement invraisemblable (paradoxe de Levinthal). La solution r\u00e9side, pour une bonne part, dans l’action des chaperons, ces prot\u00e9ines sp\u00e9cialis\u00e9es dans l’aide au repliement. L’une d’elles est HSP90 dont il est question dans les articles rapport\u00e9s ici.<\/p>\n On sait depuis longtemps que HSP90 ne fonctionne pas avec \u00e9gal succ\u00e8s dans diff\u00e9rentes souches de cellules du m\u00eame organisme. On sait aussi que HSP90 participe, avec KAP1 par exemple, \u00e0 emp\u00eacher l’expression de g\u00e8nes mut\u00e9s ou parasites. Les deux articles explorent les conditions que rendent HSP90 actif dans une souche cellulaire, mais pas dans l’autre. Le r\u00e9sultat se r\u00e9sume en une phrase: c’est compliqu\u00e9. Par exemple l’efficacit\u00e9 de HSP90 d\u00e9pend de la temp\u00e9rature (\u00e7a, on le savait, HSP veut dire Heat Shock Protein) mais aussi d’autres facteurs environnementaux, des g\u00e8nes voisins, des marques \u00e9pig\u00e9n\u00e9tiques et, par elles, de l’histoire de l’individu. Comment cela se fait-il? Pour le moment les id\u00e9es sont vagues, mais c’est un autre probl\u00e8me que nous voulons soulever ici: la m\u00e9decine personnalis\u00e9e.<\/p>\n Ce fut un dogme de la m\u00e9decine depuis Paracelse: tous les hommes sont \u00e9gaux devant la maladie; prince ou troupier, fille ou marquise, la m\u00e9decine de l’un est la m\u00e9decine de l’autre. Or la m\u00e9decine personnalis\u00e9e voit les choses diff\u00e9remment: chaque individu est un cas. M\u00e9decine selon Paracelse ou m\u00e9decine personnalis\u00e9e, ni l’une ni l’autre ne sont compl\u00e8tement bonnes \u00e0 prendre.<\/p>\n Arr\u00eatons-nous un instant pour \u00e9valuer les cons\u00e9quences m\u00e9dicales et sociales des deux approches\u2026<\/p>\n Voil\u00e0, c’est fait. La m\u00e9decine personnalis\u00e9e que l’industrie pharmaceutique essaie de promouvoir sera bien difficile si, effectivement, chaque individu doit \u00eatre consid\u00e9r\u00e9 comme un cas diff\u00e9rent avec son traitement sp\u00e9cifique et ses propres m\u00e9dicaments. Un compromis vraisemblable consisterait \u00e0 classer les malades, par exemple d’un cancer particulier, en sous-groupes qui pourraient \u00eatre trait\u00e9, chacun d’une mani\u00e8re particuli\u00e8re.<\/p>\n La question qui se pose alors est: \u00ab\u00a0combien de sous-groupes faudra-t-il consid\u00e9rer pour la bonne th\u00e9rapie d’une pathologie donn\u00e9e\u00a0\u00bb. Pour le moment, l’industrie et la finance esp\u00e8rent qu’un nombre restreint fera l’affaire. Ils sont mal barr\u00e9s si, comme le sugg\u00e8rent les deux articles rapport\u00e9s ici, la variabilit\u00e9 individuelle a \u00e9t\u00e9 largement sous-estim\u00e9e.<\/p>\n <\/p>\n – 37 \u2013 38; 41 \u2013 47. CLIMAT, \u00c9CHAUFFEMENT CLIMATIQUE, HIATUS. Jean-Claude K. R\u00e9conciliation avec le hiatus de l’\u00e9chauffement global <\/u>(Medhaug, Stolpe, Fischer et Knutti \u00e0 l’ETHZ.) Un article pertinent alors que Trump d\u00e9cide de sortir la convention de Paris.<\/p>\n R\u00e9sum\u00e9:<\/u> (ma traduction). \u00ab\u00a0De 1998 \u00e0 2012, un temps qui co\u00efncide avec les n\u00e9gociations pour \u00e9viter l’\u00e9chauffement climatique, la surface de la Terre ne semble gu\u00e8re s’\u00eatre r\u00e9chauff\u00e9. Ce ph\u00e9nom\u00e8ne, souvent d\u00e9sign\u00e9 par \u00ab\u00a0hiatus de l’\u00e9chauffement global\u00a0\u00bb a jet\u00e9 le doute dans le public quand \u00e0 la nature anthropog\u00e8ne du changement climatique et notre capacit\u00e9 \u00e0 le comprendre. Ici, nous montrons que l’apparente contradiction des conclusions provient de la d\u00e9finition du \u00ab\u00a0Hiatus\u00a0\u00bb et de diff\u00e9rentes donn\u00e9es. Mod\u00e8les et donn\u00e9es sont r\u00e9concili\u00e9s en tenant compte de changement dans les effecteurs, du transfert de chaleur aux oc\u00e9ans, de la variabilit\u00e9 naturelle et des lacunes d’observations. Tenant compte du au r\u00e9chauffement renforc\u00e9 que montrent les nouvelles donn\u00e9es, nous sommes plus convaincus que jamais que l’influence humaine est le facteur dominant du r\u00e9chauffement.\u00a0\u00bb<\/p>\n <\/p>\n 05.05.2017, Science 356, 6337<\/strong><\/p>\n – 485 \u2013 6. BIOLOGIE, \u00c9VOLUTION, ALTRUISME, GROUPE, HAMILTON. Dans la section \u00ab\u00a0Perspectives\u00a0\u00bb. Vladar et Szathm\u00e1ry. On revoit la r\u00e8gle de Hamilton.<\/u> C’est toujours le vieux probl\u00e8me de l’altruisme: comment peut-on gagner en se sacrifiant pour autrui? R\u00e9ponse simple: Hamilton (1964), la s\u00e9lection de parent\u00e8le. La r\u00e8gle quantitative est la suivante: si c est ce que me coute l’action et b ce qu’en gagne le b\u00e9n\u00e9ficiaire dont le degr\u00e9 de parent\u00e9 vaut r, l’action est \u00e9volutivement favorable si br>c. Autrement dit, mon fr\u00e8re partageant la moiti\u00e9 de mes g\u00e8nes, le pool de mes g\u00e8nes sort b\u00e9n\u00e9ficiaire si, chaque fois que je consacre une heure \u00e0 mon fr\u00e8re, lui gagne l’\u00e9quivalent de deux heures au moins. L’id\u00e9e est attirante. En fait, elle ne marche pas tellement bien quand on y regarde de pr\u00e8s.<\/p>\n Elle ne r\u00e9sout pas non plus la question de la s\u00e9lection de groupe, c’est-\u00e0-dire l’avantage que peut tirer l’individu par le simple fait qu’il fait partie d’un groupe sans qu’il soit question de parent\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique. C’est le cas de l’oiseau dans une vol\u00e9e qui le prot\u00e8ge des pr\u00e9dateurs ou bien celui du calvinisme genevois qui avait tant contribu\u00e9 \u00e0 la force de cette ville d\u00e8s le 16e<\/sup> si\u00e8cle. Mon institut (DEE) est tr\u00e8s retenu avec la notion de s\u00e9lection de groupe; il pr\u00e9f\u00e8re penser en termes de propri\u00e9t\u00e9 individuelle dont le groupe serait la cons\u00e9quence plut\u00f4t que dans l’autre sens. J’ai de la peine \u00e0 les suivre.<\/em><\/p>\n Peut-on \u00e9tendre la r\u00e8gle de Hamilton en consid\u00e9rant que le groupe est une forme de relation qui peut \u00eatre quantifi\u00e9 comme le r de la relation g\u00e9n\u00e9tique de parent\u00e8le? Toute l’\u00e9volution pourrait ainsi \u00eatre repr\u00e9sent\u00e9e par une seule formule. Quelques fois, \u00e7a marche pas mal mais, pas de mani\u00e8re g\u00e9n\u00e9rale. L’approche n’est gu\u00e8re euristique. Le pr\u00e9sent article assure que l’on a appris \u00e0 mieux poser le probl\u00e8me ces derni\u00e8res ann\u00e9es; il en est r\u00e9sult\u00e9 de beaux progr\u00e8s qui sont ici illustr\u00e9 par quelques exemples et la citation de quelques auteurs cl\u00e9s. Les auteurs r\u00e9sument en une phrase: \u00ab\u00a0l’\u00e9tendue de la r\u00e8gle de Hamilton ainsi que la relation entre s\u00e9lection de parent\u00e8le et s\u00e9lection de groupe est aujourd’hui bien plus claire qu’il y a 5 ans\u00a0\u00bb.<\/p>\n Quant \u00e0 moi, j’insiste \u00e0 voir la s\u00e9lection comme un processus dans lequel se combinent tous les niveaux. Il s’agit, en particulier, de tenir compte des bases de l’ADN A,T,G ou C, de leurs modifications et tous les ph\u00e9nom\u00e8nes de l’\u00e9pig\u00e9n\u00e9tique, les g\u00e8nes, les cellule, organisme, les individues, le groupe, la communaut\u00e9 \u00e9cologique, la vie\u2026Bref, la r\u00e8gle de Hamilton devient une \u00e9norme matrice non lin\u00e9aire o\u00f9 tout agit sur tout et vice-versa. <\/em><\/p>\n Pas de probl\u00e8me, nous savons que la nature est complexe, qu’elle n’a pas pour principe de simplifier le travail de ceux qui l’observent. Quelle chance! <\/em><\/p>\n \u00a0<\/strong><\/p>\n 11.05.17, Nature 545, 7653.<\/strong><\/p>\n – 134. COMMUNICATION, FAKE NEWS, RESISTANCE. \u00c9ditorial. Il semble que le mode de communication des r\u00e9seaux sociaux est \u00ab\u00a0oui, et\u2026\u00a0\u00bb; \u00a0celui qui re\u00e7oit une information la retourne amplifi\u00e9e et ainsi tourne la spirale inflationniste. L’\u00e9diteur appelle les scientifiques \u00e0 s’engager dans le \u00ab\u00a0oui, mais\u2026\u00a0\u00bb. Il nous apprend que, de 1587 \u00e0 1983, l’\u00c9glise catholique a canonis\u00e9 98 bienheureux. En 1983, elle a supprim\u00e9 la fonction d’avocat du diable. Pr\u00e8s de 500 nouveaux saints ont \u00e9t\u00e9 b\u00e9atifi\u00e9s depuis. La spirale tourne l\u00e0 aussi.<\/p>\n <\/p>\n – 162 \u2013 4, 193 \u2013 8. DIFFRACTION X. Une fois n’est pas coutume, mais cette semaine, je cite avec admiration un remarquable article de diffraction X. Il rapporte le modus op\u00e9randi <\/em>de la Ca-APTase, cette prot\u00e9ine membranaire qui pompe les ions Ca++<\/sup> du cytosol (m\u00eame s’ils sont \u00e0 faible concentration) vers l’int\u00e9rieur de la cellule. \u00c0 partir de 4 cristaux dans 4 \u00e9tats diff\u00e9rents, les auteurs mettent en \u00e9vidence comment le passage du Ca++<\/sup> est r\u00e9alis\u00e9 par un magnifique changement conformationnel. On garde \u00e0 l’esprit que les prot\u00e9ines membranaires sont particuli\u00e8rement difficiles \u00e0 cristalliser. Chapeau!<\/p>\n Norimatsu, Y., Hasegawa, K., Shimizu, N., & Toyoshima, C. (2017). Protein-phospholipid interplay revealed with crystals of a calcium pump. Nature, 545<\/em>(7653), 193-198. doi:10.1038\/nature22357<\/p>\n <\/p>\n 18.05.17, Nature 545, 7654.<\/strong><\/p>\n – <\/strong>270. EBOLA, CONGO. News in brief. Arjun pr\u00e9pare une mission au Congo avec MSF. Le 12 mai, le WHO annonce de nouveaux cas d’Ebola au sud-est du Congo. Le point au 2 juin: 7 cas dont 4 mortels ont \u00e9t\u00e9 report\u00e9s, le dernier au 11 mai. Depuis, pas de nouveau cas. Optimisme prudent.<\/p>\n![\"Banquise](\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2017\/06\/Banquise-arctique-et-antarctique.png?resize=338%2C391&ssl=1\")
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![\"Blood](\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2017\/06\/Blood-education-fig.png?resize=489%2C339&ssl=1\")
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