{"id":1057,"date":"2017-07-14T10:24:12","date_gmt":"2017-07-14T08:24:12","guid":{"rendered":"http:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=1057"},"modified":"2017-07-14T10:29:46","modified_gmt":"2017-07-14T08:29:46","slug":"juin-2017-les-actualites-scientifiques-de-jacques","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=1057","title":{"rendered":"Juin 2017, les actualit\u00e9s scientifiques de Jacques"},"content":{"rendered":"
Il s’agit d\u2019un gros mois. J’en retiens en particulier.<\/div>\n
– Cryo-ME. Du succ\u00e8s m\u00e9thodologique on passe lentement \u00e0 des avanc\u00e9es en biologie fondamentale en attendant les perc\u00e9es m\u00e9dicales qui se pr\u00e9parent.<\/div>\n
(Attention qu’Alain et Marc n’aient pas \u00e0 me demander: \u00ab\u00a0pourquoi tant de promesses?\u00a0\u00bb)<\/div>\n
– 1er juin. Biodiversit\u00e9. Savez-vous expliquer pourquoi il faut la d\u00e9fendre? Si votre r\u00e9ponse est \u00a0\u00ab\u00a0c’est \u00e9vident\u00a0\u00bb c’est que vous n’en savez pas grand-chose, mais la pr\u00e9sente rubrique peut faire r\u00e9fl\u00e9chir.<\/div>\n
– 8 juin. 60 ans de pilule m\u00e9ritent une petite pens\u00e9e.<\/div>\n
– 15 juin. Il y en a pour tous, La Venise time machine des Humanit\u00e9s digitales pour J\u00fcrg et l’\u00e9pig\u00e9n\u00e9tique de la m\u00e9moire par l’ac\u00e9tyl-CoA pour Laur\u00e9e.<\/div>\n
– 22 juin. Comment les arbres tr\u00e8s vieux font-ils pour ne pas vieillir\u2009? Le grand ch\u00eane de Dorigny apporte une solution inattendue gr\u00e2ce\u00a0\u00a0\u00e0 notre coll\u00e8gue Philippe Reymond.<\/div>\n
-J’aime beaucoup la d\u00e9couverte rapport\u00e9e en page 492.\u00a0L’oreille interne nous indique notre orientation. Notre vision nous informe de notre position dans le milieu. Ici est expliqu\u00e9 comment ces deux informations sont coordonn\u00e9es.<\/span><\/div>\n
– 29 juin. Nous avons 3 ans pour sauver le climat. L’article nous dit pourquoi et comment. \u00c0 ne pas manquer.\u00a0<\/span><\/div>\n
– Difficile mais fascinante physique quantique. On peut essayer de s’y frotter m\u00eame sans entrer dans les d\u00e9tails.<\/div>\n

<\/p>\n

Nous gardons un oeil attentif sur la cryo-ME.<\/strong><\/p>\n

Tsai, C. J., Standfuss, J., & Glaeser, R. M. (2017). Structural biology: Signalling under the microscope. Nature, 546<\/em>(7656), 36-37. doi:10.1038\/nature22491. Il s’agit de commentaires sur l’article suivant.<\/p>\n

Liang, Y. L., Khoshouei, M., Radjainia, M., Zhang, Y., Glukhova, A., Tarrasch, J., . . . Sexton, P. M. (2017). Phase-plate cryo-EM structure of a class B GPCR-G-protein complex. Nature, 546<\/em>(7656), 118-123. doi:10.1038\/nature22327<\/p>\n\n\n\n
\"GPCR<\/td>\nIl y a des milliers de r\u00e9cepteurs diff\u00e9rents coupl\u00e9s \u00e0 la prot\u00e9ine G. (GPCR.) Ils sont les principaux m\u00e9diateurs de l’information passant de l’ext\u00e9rieur \u00e0 l’int\u00e9rieur des cellules. En 2011 la structure d’un membre de la classe A de ces prot\u00e9ines membranaires avait \u00e9t\u00e9 r\u00e9solue par diffraction X. Pour ce faire, Rassmussen et ses coll\u00e8gues avaient modifi\u00e9 la prot\u00e9ine pour stabiliser toutes les parties instables afin de pouvoir obtenir un bon cristal. Travail remarquable qui leur a valu un PN l’ann\u00e9e suivante.<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n

Ici, il s’agit du r\u00e9cepteur de l’hormone calcitonine, un membre de la classe B des GPCR. Puisqu’il s’agit de cryo-ME, pas besoin des d\u00e9tours que n\u00e9cessite la cristallisation. De plus, comme le montre la figure, la structure obtenue met en \u00e9vidence les r\u00e9gions mobiles de la prot\u00e9ine ce qui est le d\u00e9but de la d\u00e9termination des changements conformationnels et de la description dynamique de la fonction de la prot\u00e9ine.<\/p>\n

Loveland, A. B., Demo, G., Grigorieff, N., & Korostelev, A. A. (2017). Ensemble cryo-EM elucidates the mechanism of translation fidelity. Nature, 546<\/em>(7656), 113-117. doi:10.1038\/nature22397.
\nNous aurions probablement pu avoir Grigorieff \u00e0 Lausanne; ils ont pr\u00e9f\u00e9r\u00e9 un moins cher.
\nLa question est comment se fait-il qu’un ribosome fasse si peu de fautes? Cette question est \u00e9tudi\u00e9e en analysant le site de liaison du codon avec un tRNA normal ou avec un tRNA l\u00e9g\u00e8rement fauss\u00e9. Il est montr\u00e9 que la liaison s’effectue en deux temps: un premier temps exploratoire puis un temps de confirmation.
\nC’est exactement \u00e0 ce genre de subtilit\u00e9s conformationnelles que la cryo-ME permet d’acc\u00e9der.<\/p>\n

Zhang, Y., Sun, B., Feng, D., Hu, H., Chu, M., Qu, Q., . . . Skiniotis, G. (2017). Cryo-EM structure of the activated GLP-1 receptor in complex with a G protein. Nature, 546<\/em>(7657), 248-253. doi:10.1038\/nature22394
\nC’est encore l’\u00e9quipe de Ann Arbor (comme le 2e<\/sup> article ci-dessus) et c’est encore une de ces prot\u00e9ines membranaires qui transmet un signal de l’ext\u00e9rieur jusqu’\u00e0 la prot\u00e9ine G qui le re\u00e7oit \u00e0 l’int\u00e9rieur. Cette fois, le signal est donn\u00e9 par l’hormone glucagon qui, avec l’insuline est le principal r\u00e9gulateur du sucre dans le sang \u2013 d’o\u00f9 son importance pour le diab\u00e8te. En fait, il y a dans ce cahier trois articles structuraux sur cette m\u00eame prot\u00e9ine. Les deux autres sont des travaux par diffraction X. Je ne peux juger leur importance relative, mais le 2e<\/sup> \u00e9ditorial de la revue met en \u00e9vidence l’importance m\u00e9dicale de l’article de cryo-ME.
\nAinsi, pour la cryo-me, depuis 4 ans on parle de la r\u00e9volution que la m\u00e9thode apporte. Le mois pass\u00e9, je relevais le changement de paradigme qu’elle fait \u00e9merger en biologie structurale mol\u00e9culaire. Ici, l’\u00e9ditorialiste se concentre sur le progr\u00e8s m\u00e9dical que ces r\u00e9sultats font esp\u00e9rer.<\/p>\n

Taylor, N. M. I., Manolaridis, I., Jackson, S. M., Kowal, J., Stahlberg<\/strong>, H., & Locher, K. P. (2017). Structure of the human multidrug transporter ABCG2. Nature, 546<\/em>(7659), 504-509. doi:10.1038\/nature22345.
\nDe nouveau les B\u00e2lois.<\/em><\/p>\n

Plaschka, C., Lin, P.-C., & Nagal, K. (2017). Structure of a pre-catalytic spliceosome. Nature, 546<\/em>(7660), 617 – 621. doi:10.1038\/nature22799<\/p>\n

 <\/p>\n

01.06.2017, Nature 546, 7656.<\/strong><\/p>\n

– 15 \u2013 16. TH\u00c9RAPIE, CELLULE SOUCHE, PARKINSON, CHINE. Marianne. \u00ab\u00a0news in focus\u00a0\u00bb. Premi\u00e8re tentative s\u00e9rieuse de th\u00e9rapie cellulaire de Parkinson par cellules souches.<\/u> Voyez l’id\u00e9e. Certaines de vos cellules ne fonctionnent pas correctement, dans le c\u0153ur apr\u00e8s un infarctus, dans la t\u00eate comme c’est habituel quand on vieillit. Pas de probl\u00e8me, on vous injecte quelques cellules souches de la bonne nature qui, en se multipliant et se diff\u00e9rentiant, restituent la fonction d\u00e9fectueuse. L’id\u00e9e est si belle, si simple qu’elle attire des malades d\u00e9sesp\u00e9r\u00e9s et des pseudoth\u00e9rapeutes malhonn\u00eates que certains pays – les USA ou la Chine en particulier – laissent faire. Pas tout \u00e0 fait. Depuis 2015 les Chinois ont introduit une r\u00e8glementation s\u00e9v\u00e8re sur les th\u00e9rapies bidon. Ils pr\u00e9voient m\u00eame la peine de mort dans les cas graves.<\/p>\n

Ceci ne les emp\u00eache pas de lancer incessamment deux essais pionniers. Dans le premier, des cellules souches neuronales seront inject\u00e9es directement dans le cerveau de personnes souffrant de Parkinson dans l’espoir que quelque chose de positif se passe dans les mois suivants. Dans la seconde, d’autres cellules souches convenablement pr\u00e9par\u00e9es seront inject\u00e9es dans l’\u0153il de personnes souffrant de d\u00e9g\u00e9n\u00e9rescence maculaire. Europ\u00e9ens\/US critiquent ces essais qu’ils jugent mal pr\u00e9par\u00e9s, mais ils pr\u00e9voient de lancer 5 exp\u00e9riences semblables dans les 2 ans \u00e0 venir.<\/p>\n

\u00c0 suivre de pr\u00e8s.<\/p>\n

 <\/p>\n

– 47 \u2013 99. BIODIVERSIT\u00c9, CONSERVATION. Cahier sp\u00e9cial<\/p>\n

Argumenter la biodiversit\u00e9: pas si facile, mais voici quelques arguments.<\/u> Qui ose ne pas s’alarmer de la perte de biodiversit\u00e9 au temps de l’Anthropoc\u00e8ne? Qui ne s’\u00e9meut pas de toutes ces esp\u00e8ces qui disparaissent? Nous connaissons notre camp, mais savons-nous bien pourquoi? La menace sur la survie des chimpanz\u00e9s, d’accord, \u00e7a nous touche, mais qu’a-t-on \u00e0 faire de quelques milliers d’esp\u00e8ces d’insectes en plus ou en moins? La bonne r\u00e9ponse est compliqu\u00e9e. Les 7 articles de ce cahier sp\u00e9cial apportent des \u00e9l\u00e9ments de r\u00e9ponse. C’est surtout le premier, La r\u00e9volution de la biodiversit\u00e9 <\/u>par R. Cernansky (non pas une chercheuse, mais une journaliste, ce qui est peut-\u00eatre significatif) qui m’\u00e9claire.<\/p>\n

Depuis des dizaines d’ann\u00e9es, l’\u00e9tude de la biodiversit\u00e9 consiste surtout \u00e0 compter les esp\u00e8ces et \u00e0 conclure que plus il y en a, plus l’\u00e9cosyst\u00e8me est stable et r\u00e9silient. On d\u00e9passe petit \u00e0 petit de paradigme, mais la sortie est laborieuse. Le domaine est aussi contrecarr\u00e9 par l’anarchie de la taxonomie qui n’a pas r\u00e9ussi \u00e0 se mettre d’accord sur une d\u00e9finition coh\u00e9rente du mot \u00ab\u00a0esp\u00e8ce\u00a0\u00bb. Ainsi, le nombre d’esp\u00e8ces d’oiseaux double selon que le choix de la d\u00e9finition \u00a0est (i) les organismes d’une m\u00eame esp\u00e8ce produisent des descendants viables en se reproduisent entre eux de mani\u00e8re naturelle ou (ii) deux groupes d’animaux sont des esp\u00e8ces distinctes s’ils ont un anc\u00eatre commun, mais diff\u00e8rent physiquement et g\u00e9n\u00e9tiquement. Avec bien d’autres, ces deux d\u00e9finitions sont couramment utilis\u00e9es en taxonomie!<\/p>\n

Plus fondamentales sont les r\u00e9flexions concernant les facteurs qui d\u00e9terminent la biodiversit\u00e9. Consid\u00e9rons le cas de l’\u00e9chauffement climatique dans le Jura. Que va devenir l’\u00e9cosyst\u00e8me du Molendruz? Deux r\u00e9ponses principales: (i) les esp\u00e8ces que l’on trouve actuellement vers Mont-la-ville vont monter; (ii) celles du col vont s’adapter aux nouvelles conditions, soit parce que leur diversit\u00e9 inclut d\u00e9j\u00e0 cette possibilit\u00e9, soit par sp\u00e9ciation et apparition de nouvelles esp\u00e8ces. En fait, on n’en sait pas beaucoup, mais nos coll\u00e8gues de la g\u00e9obotanique y travaillent fermement. Un gros article de la pr\u00e9sente s\u00e9rie en donne une approche (Schluter, D., & Pennell, M. W. (2017). Speciation gradients and the distribution of biodiversity. Nature, 546<\/em>(7656), 48-55. doi:10.1038\/nature22897).\u00a0 Je n’en retiens ici qu’une figure.<\/p>\n

\"Speciation<\/p>\n

Il s’agit du gradient de sp\u00e9ciation pour les branches d’oiseaux des Am\u00e9riques, c’est-\u00e0-dire, pour chaque clade, du Log du nombre de nouvelles esp\u00e8ces par millions d’ann\u00e9es. NB: Clade: ensemble des esp\u00e8ces de m\u00eame origine; par exemple, le clade des diff\u00e9rentes esp\u00e8ces de pinsons des Galapagos, les pinsons de Darwin.<\/p>\n

De cette figure, je retiens deux choses.<\/p>\n

1) Le nombre de clades varie \u00e9norm\u00e9ment avec la latitude m\u00eame si le taux moyen de sp\u00e9ciation en est \u00e0 peu pr\u00e8s ind\u00e9pendant.<\/p>\n

2) La vitesse de sp\u00e9ciation peut varier \u00e9norm\u00e9ment d’un clade \u00e0 l’autre. Cinq ordres de grandeur s\u00e9parent les extr\u00eames.<\/p>\n

Voici deux faits qui n’ont rien d’intuitif. Ils n\u00e9cessiteront encore beaucoup de travail pour les bien comprendre comme d’ailleurs pour se faire une bonne id\u00e9e de ce que seront les cons\u00e9quences \u00e0 long terme de l’\u00e9chauffement climatique au Molendruz.<\/p>\n

 <\/p>\n

8.06. 2017, Nature 546, 7657.<\/strong><\/p>\n

– 185. CONTR\u00d4LE DES NAISSANCES, PILLULE, ENVIRONNEMENT. Harri, Christine B. Il y a 60 ans que la pilule a \u00e9t\u00e9 admise dans sa premi\u00e8re application: le traitement de menstruations d\u00e9sordonn\u00e9es. Son usage contraceptif a suivi rapidement malgr\u00e9 des blocages remarquables. Le pr\u00e9sent \u00e9ditorial analyse l’effet bienfaisant de cette r\u00e9volution.<\/p>\n

C’est clair, cette r\u00e9volution est magnifique; elle donne la libert\u00e9 aux femmes et, \u00e0 notre soci\u00e9t\u00e9, elle donne la possibilit\u00e9 d’avancer vers l’\u00e9panouissement \u00e9galitaire des deux sexes. Ainsi, la plus grande conqu\u00eate de l’histoire de l’humanit\u00e9 est en marche.<\/em><\/p>\n

Je regrette quand m\u00eame que la contraception soit ainsi tout enti\u00e8re le fardeau de la femme alors que la contraception masculine devrait \u00eatre plus facile et moins invasive. Je regrette aussi que des m\u00e9thodes plus douces et plus naturelles soient n\u00e9glig\u00e9es. <\/em><\/p>\n

J’ai un ami qui promeut la \u00ab\u00a0symptothermie\u00a0\u00bb:
\n<\/em>https:\/\/sympto.ch\/home-main_fr.html<\/em><\/a>.<\/em><\/p>\n

La m\u00e9thode veut donner \u00e0 la femme le moyen de s’approprier son cycle menstruel pour maitriser sa f\u00e9condit\u00e9. Elle fait appel \u00e0 la mesure de temp\u00e9rature et l’\u00e9valuation des s\u00e9cr\u00e9tions vaginales. Surtout, elle demande aux femmes de s’observer, aid\u00e9e de bonnes explications et d’un peu de suivi que le web rend possible. En principe, il n’y a que des avantages. <\/em><\/p>\n

– empowerment (donner la maitrise) de la femme en ce qui concerne sa f\u00e9condit\u00e9 et sa sexualit\u00e9,<\/em><\/p>\n

– pas de d\u00e9naturation du cycle menstruel.<\/em><\/p>\n

– pas de d\u00e9pendance \u00e0 la pilule commerciale.<\/em><\/p>\n

– pas de biochimie agressive dans le corps des femmes, dans l’environnement et dans les poissons du lac. <\/em><\/p>\n

Alors pourquoi la m\u00e9thode ne se g\u00e9n\u00e9ralise-t-elle pas? <\/em><\/p>\n

Je ne sais pas. Peut-\u00eatre est-ce parce que:<\/em><\/p>\n

– l’argent est dans la chimie<\/em><\/p>\n

– on dit que la m\u00e9thode est moins sure \u2013 pas tr\u00e8s s\u00e9rieux selon les donn\u00e9es de l’exp\u00e9rience et au temps de la pilule du lendemain.<\/em><\/p>\n

– il y a des habitudes \u00e0 changer.<\/em><\/p>\n

Peut-\u00eatre est-ce comme l’\u00e9nergie solaire, il serait facile de la g\u00e9n\u00e9raliser, mais qu’est-ce que \u00e7a traine!<\/em><\/p>\n

La bonne nouvelle, c’est que, l’\u00e9nergie solaire est enfin en marche. <\/em><\/p>\n

Le bon espoir, c’est que, pour la contraception naturelle, on s’y mette enfin s\u00e9rieusement. <\/em><\/p>\n

 <\/p>\n

– 186. DIAB\u00c8TE, GLUCAGON. Trois articles sur le r\u00e9cepteur du glucagon et un 2e<\/sup> \u00e9ditorial qui en discute les cons\u00e9quences m\u00e9dicales. Voir le \u00a7 cryo-me au d\u00e9but de ce rapport.<\/p>\n

 <\/p>\n

– 212 \u2013 3, 293 \u2013 6. PAL\u00c9ONTOLOGIE, HOMO SAPIENS. Nous sommes plus vieux qu’on ne le croyait.<\/u> Les plus vieux restes que l’on attribuait jusqu’ici \u00e0 Homo sapiens viennent de l’Afrique de l’est et datent d’environ 200’000 ans. Dans le pr\u00e9sent travail, Richter et al. d\u00e9terminent l’\u00e2ge des silex travaill\u00e9s et associ\u00e9s avec des restes Homo sapiens r\u00e9cemment d\u00e9couverts dans le site du Jebel Irhoud au Maroc. Il est de 315\u00b132 milliers d’ann\u00e9es.<\/p>\n

Coup de vieux de 100’000 pour notre esp\u00e8ce et suggestion que ces vieux anc\u00eatres \u00e9taient mobiles en Afrique.<\/p>\n

 <\/p>\n

– 297 \u2013 301. SOCIOBIOLOGIE, ATTACHEMENT, MUSARAIGNE DES CHAMPS, AMOUR. Lia. La dynamique de l’activit\u00e9 corticostriatale biaise l’attachement des femelles monogames des musaraignes des champs. Sous ce titre moyennement sexy, les auteurs montrent comment les m\u00e9canismes de la gratification sont activ\u00e9s lorsque la musaraigne s’attache \u00e0 son partenaire.<\/u><\/p>\n

 <\/p>\n

15.6.2017, Nature 546, 7658.<\/strong><\/p>\n

– 327 \u2013 8. OGM, US, REGULATION. Les \u00c9tats-Unis sont presque pr\u00eats avec la nouvelle r\u00e8glementation sur les OGM. Elle est ridicule. Deux organismes seront cens\u00e9s d\u00e9cider ce qui est permis ou ce qui ne l’est pas. La Food and Drug Administration aura ses r\u00e8gles pour tout ce qui est consid\u00e9r\u00e9 comme animal. Elle demande des \u00e9valuations rigoureuses dans un maximum de cas. Le d\u00e9partement de l’agriculture s’occupe des plantes avec des exigences beaucoup moins s\u00e9v\u00e8res. Par exemple le changement dirig\u00e9 d’une seule base par CRISPR ne sera pas consid\u00e9r\u00e9 comme une modification g\u00e9n\u00e9tique. Et puis il y a la grande incertitude des produits d\u00e9riv\u00e9s. Qui va s’occuper d’une mol\u00e9cule de souris produite dans une plante? On ne va pas s’en sortir tant que ce n’est pas l’objet qui est \u00e9valu\u00e9, mais la m\u00e9thode pour le produire, surtout en un temps o\u00f9 les techniques passent de r\u00e9volution en r\u00e9volution. Il semble que la situation est un peu moins confuse en Europe. Le Canada est un des rares pays o\u00f9 la r\u00e9gulation est bas\u00e9e sur les attributs de l’organisme \u2013 OGM ou non. Ainsi l’adaptation aux nouvelles m\u00e9thodes peut se faire de mani\u00e8re raisonnable chez eux.<\/p>\n

 <\/p>\n

– 341 \u2013 4. HUMANIT\u00c9S DIGITALES, SCIENCES HUMAINES, INFORMATIQUE. J\u00fcrg R, Geoffrey. Humanit\u00e9s digitales:\u00a0Lausanne et Venise en bin\u00f4me gagnant?<\/u><\/p>\n

Je re\u00e7ois depuis quelques ann\u00e9es les rapports de l’UNIL concernant le projet d'\u00a0\u00bbHumanit\u00e9s digitales\u00a0\u00bb, un effort des sciences humaines pour informatiser leurs connaissances. Je n’y ai pas port\u00e9 une attention consid\u00e9rable, mais j’ai compris que l’EPFL en fait autant. Fr\u00e9d\u00e9ric Kaplan en est le directeur. Et puis, r\u00e9cemment, \u00e0 l’occasion du 50e<\/sup> anniversaire de notre dipl\u00f4me de physique, nos gentils organisateurs nous ont conduits au nouveau b\u00e2timent de l’EPFL, le ArtLab. On nous y a montr\u00e9 comment le projet des Humanit\u00e9s digitales d\u00e9veloppe les m\u00e9thodes pour enregistrer en qualit\u00e9 presque parfaite et rendre accessible des documents de toute nature, historiques ou actuels. On nous a mis dans un studio o\u00f9 l’on peut retrouver, en son et en images, l’ensemble de tout le Montreux Jazz Festival. Dommage, la machine ne marchait pas et j’ai \u00e9t\u00e9 m\u00e9diocrement impressionn\u00e9. On nous a quand m\u00eame expliqu\u00e9 le projet de lecture rapide de livres par tomographie num\u00e9rique. Il s’agit de faire une reconstruction 3-D du volume de mani\u00e8re \u00e0 pouvoir le visualiser en sections, page \u00e0 page, exactement comme on le fait pour des \u00e9chantillons de tissus biologiques observ\u00e9s par tomographie de microscopie \u00e9lectronique. \u00c0 5\u00b5m d’\u00e9paisseur par page, c’est un d\u00e9fi sans doute r\u00e9alisable. Pour lire des bouquins sans les ouvrir, je n’y avais pas pens\u00e9.<\/u><\/p>\n

Le pr\u00e9sent article parle d’une autre base de donn\u00e9es: l’ensemble des documents que la ville de Venise a accumul\u00e9 et conserv\u00e9 pendant plus de 1000 ans<\/u> \u00e0 Santa Maria Gloriosa dei Frari (ils ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9plac\u00e9s, mais sont toujours conserv\u00e9s apr\u00e8s le passage de Napol\u00e9on en 1797.) Cette collection est semble-t-il incomparable. 80 km de rayons contenant aussi bien les papiers officiels de la ville, les rapports de tous les ambassadeurs (souvent cod\u00e9s) jusqu’aux factures les plus insignifiantes.<\/p>\n

Quelques historiens v\u00e9nitiens courageux avaient lanc\u00e9 un projet de digitalisation de ces donn\u00e9es, mais la t\u00e2che \u00e9tait hors de leurs possibilit\u00e9s. Ils ont alors pens\u00e9 aux projets d’Humanit\u00e9s digitales qui agitaient les informaticiens de diff\u00e9rents centres de recherche. Il semble que l’id\u00e9e a fait tilt chez Patrick Aebischer et hop, c’est parti. Selon Nature, c’est grandiose. \u00ab\u00a0The Venice Time Machine will be a game-changer\u00a0\u00bb.<\/p>\n

Selon moi, P. Aebischer a fait beaucoup de choses d\u00e9testables (la financiarisation, l’\u00e9litisme, le Rolex-Center), mais il a introduit la biologie \u00e0 l’EPFL; il fallait le faire, il l’a fait puissamment. Bravo. Je suivrai avec int\u00e9r\u00eat ce que deviendra la Venise Time Machine. <\/em><\/p>\n

 <\/p>\n

– 361 \u2013 2, 381 \u2013 386. M\u00c9MOIRE, ACETYL-CoA, HISTONE, \u00c9PIG\u00c9N\u00c9TIQUE. Mews et al. Belle d\u00e9couverte. Laur\u00e9e.<\/p>\n

L’ac\u00e9tyl-CoA est une mol\u00e9cule essentielle \u00e0 de nombreux m\u00e9tabolismes. L’un d’entre eux est l’ac\u00e9tylation des histones, un des processus cl\u00e9s de l’\u00e9pig\u00e9n\u00e9tique. L’ac\u00e9tyl-CoA est g\u00e9n\u00e9ralement produite dans le cytoplasme selon deux voies m\u00e9taboliques. L’une d’entre elles fait appel \u00e0 l’enzyme acetyl-CoA synthetase 2 (ACSS2).<\/p>\n

La remarquable d\u00e9couverte rapport\u00e9e dans ce travail c’est que, durant la maturation des neurones, l’ACSS2 migre du cytoplasme au noyau<\/u>. Mieux, l’enzyme devenu nucl\u00e9aire s’attache directement \u00e0 la chromatine d’o\u00f9 il peut produire sur place l’Acetyl-CoA qui \u00e9dite les d\u00e9terminants \u00e9pig\u00e9n\u00e9tiques des histones.<\/p>\n

La deuxi\u00e8me partie du travail montre que l’action de l’ACSS2 dans les noyaux neuronaux de l’hippocampe corr\u00e8le avec la capacit\u00e9 m\u00e9morielle.<\/p>\n

Le 7 mai, un article de Science proposait une origine \u00e9pig\u00e9n\u00e9tique pour l’apprentissage. Le pr\u00e9sent article \u00e9claire ce qui pourrait \u00eatre le m\u00e9tabolisme de l’\u00e9pig\u00e9n\u00e9tique de la m\u00e9moire. Grosse affaire. <\/em><\/p>\n

 <\/p>\n

22.6.2017, Nature 546, 7659.<\/strong><\/p>\n

– 460 \u2013 1. BIOLOGIE V\u00c9G\u00c9TALE, PUBLICATION. Philippe R.<\/p>\n

Le Ch\u00eane de Napol\u00e9on se retient de vieillir, mais l’annonce de la nouvelle est tortueuse. <\/u>La majorit\u00e9 des mutations apparaissent lors de la copie du message g\u00e9n\u00e9tique, c’est-\u00e0-dire quand les cellules se d\u00e9doublent. Comme les mutations \u00a0sont g\u00e9n\u00e9ralement n\u00e9fastes, les organismes multicellulaires tentent de s’en prot\u00e9ger. Ainsi les cellules germinales des animaux sont isol\u00e9es de mani\u00e8re pr\u00e9coce durant le d\u00e9veloppement de l’organisme avec seulement un minimum de duplications. Et chez les plantes? On peut imaginer qu’une cellule souche avan\u00e7ant avec la croissance de la branche jusqu’\u00e0 la formation de la fleur et du fruit est en constante duplication. Ainsi, les cellules du d\u00e9but des plus vieilles branches d’un arbre devraient \u00eatre en bien meilleur \u00e9tat que les cellules des derniers rameaux. C’est cette hypoth\u00e8se qu’a test\u00e9e notre coll\u00e8gue et ami Philippe Reymond sur le fameux Ch\u00eane Napol\u00e9on de Dorigny.<\/p>\n

\"Ch\u00eane_Napoleon_fig.\"<\/p>\n

N.B. Avec ce ch\u00eane, l’UNIL c\u00e9l\u00e8bre stupidement Napol\u00e9on alors qu’il n’y a pas de quoi. Il \u00e9tait un criminel de l’humanit\u00e9, on le sait. Il \u00e9tait aussi un obs\u00e9d\u00e9 sexuel perp\u00e9trant ses abus tout au long de ses voyages. On raconte que, lors de son passage \u00e0 Rolle, avant de passer par Dorigny, on avait \u00e9vit\u00e9 les probl\u00e8mes pr\u00e9visibles en d\u00e9guisant en jeunes filles les gar\u00e7ons qui faisaient la claque au passage du \u00ab\u00a0h\u00e9ros\u00a0\u00bb. (Tir\u00e9 d’une vieille lecture que je serais bien incapable de retrouver.)<\/em><\/p>\n

Le r\u00e9sultat: les cellules souches accumulent beaucoup moins de mutations que les cellules somatiques normales (celles qui forment la \u00ab\u00a0chaire\u00a0\u00bb de l’arbre). Comment l’expliquer? Une possibilit\u00e9 serait que les cellules souches de la croissance des rameaux sont pouss\u00e9es en avant par la masse des autres cellules en multiplications, sans qu’elles se divisent elles-m\u00eames. Si le r\u00e9sultat est confirm\u00e9 et l’explication valid\u00e9e, le travail de Philippe Reymond et ses coll\u00e8gues serait de toute premi\u00e8re importance.<\/p>\n

C’est l\u00e0 que les choses prennent une tournure d\u00e9sagr\u00e9able. Soumis \u00e0 Nature, la revue en a refus\u00e9 la publication de l’article. Les auteurs l’ont alors soumis \u00e0 un autre journal o\u00f9 l’article est actuellement en \u00e9valuation. Sans doute sous pression du temps, et d’autres groupes peut-\u00eatre, ils l’ont aussi fait paraitre sur un site de mise \u00e0 disposition avant acceptation officielle: bioRxiv. C’est l\u00e0 que les journalistes de la r\u00e9daction de Nature le d\u00e9couvrent et font rapport sur cette importante perc\u00e9e. Ils veulent interviewer Philippe Reymond qui, naturellement, refuse \u00e0 cause de l’embargo sur les publications en cours d’\u00e9valuation. Pour plus d’information, ils s’adressent alors aux personnes qui leur tombent sous la main, c’est-\u00e0-dire, avec un peu de chance, les concurrents scientifiques. Quel g\u00e2chi!<\/p>\n

La science ouverte est un projet magnifique, mais sans gouvernance solide, elle sera la source d’un vaste chaos.<\/p>\n

\u00a0<\/strong><\/p>\n

– 463. Voir aussi 15 juin, p. 360 -1. GWAS, S\u00c9QUEN\u00c7AGE, POPULATION, MALADIE. Ils ne sont pas d’accord.<\/u><\/p>\n

15 juin, p. 360, un premier commentaire<\/strong>. Ce rapport c\u00e9l\u00e8bre 10 ans de GWAS (genome wide association studies), cette approche qui consiste \u00e0 s\u00e9quencer massivement le g\u00e9nome d’un grand nombre d’individus ayant la m\u00eame pathologie afin d’en trouver la cause g\u00e9n\u00e9tique. Quand le nombre d’individus augmente, la m\u00e9thode s’\u00e9tend \u00e0 n’importe quel trait ph\u00e9notypique. C’est ainsi que l’on remarque qu’il est exceptionnel qu’on puisse parler du g\u00e8ne d’une maladie ou d’un trait particulier. Le plus souvent ce sont de nombreux g\u00e8nes qui contribuent chacun pour un peu.<\/p>\n

22 juin, p. 463, autre<\/strong> commentaire<\/strong> \u00e0 propos d’un article de Boyle et al. dans Cell, le 15 juin. \u00a0\u2026 chacun pour un peu. C’est justement l\u00e0 qu’est le probl\u00e8me. Prenons un trait ph\u00e9notypique particuli\u00e8rement simple: la taille. D\u00e9j\u00e0 on a identifi\u00e9 400 r\u00e9gions du g\u00e9nome qui contribuent, mais la plus influente compte pour moins de 5% de l’effet. Ainsi pour n’importe quelle maladie, en particulier pour les troubles psychichi\u00e2triques, plus on cherche, plus on trouve de responsables g\u00e9n\u00e9tiques de plus en plus dilu\u00e9es. Le rapport conclut ainsi: GWAS n’apportera pas grand-chose tant que l’on ne comprendra pas comment ce vaste r\u00e9seau est connect\u00e9.<\/p>\n

 <\/p>\n

– 476 \u2013 7. 492 \u2013 7. NEUROBIOLOGIE, PERCEPTION, ORIENTATION, MOUVEMENT. L’oreille interne nous indique notre orientation. Notre vision nous informe de notre position dans le milieu. Ici est expliqu\u00e9 comment ces deux informations sont coordonn\u00e9es. C’est tr\u00e8s joli.<\/u><\/p>\n

\"Retine_orientation_mouvement_fig\"<\/p>\n

La figure montre le mouvement de l’image sur la r\u00e9tine d’une souris. La figure (b) montre le cas d’un mouvement de translation: la souris avance tout droit dans la direction repr\u00e9sent\u00e9e par le point rouge tandis que le centre de la vision est centr\u00e9 sur le rectangle bleu (contrairement \u00e0 l’homme la souris n’a pas les deux yeux parall\u00e8les) La figure (c) repr\u00e9sente le cas de la souris qui tourne la t\u00eate horizontalement.<\/p>\n

Les cellules DSGCs (direction sensitive ganglion cells) de la r\u00e9tine r\u00e9agissent uniquement\u00a0 \u00e0 une direction sp\u00e9cifique du mouvement de l’image. Le pr\u00e9sent travail montre qu’il en existe deux types. (i) Il y a celles qui r\u00e9agissent \u00e0 la direction du mouvement et qui parlent ainsi du changement d’orientation de la t\u00eate de la souris (cas c). Cette information se combine directement avec les donn\u00e9es venant de l’oreille interne. (ii) L’autre groupe de cellules DSGCs r\u00e9agit au gradient de vitesse. Comme les premi\u00e8res ces cellules r\u00e9agissent \u00e0 la direction et vitesse de d\u00e9placement du point de l’image, mais en plus elles comparent ces donn\u00e9es entre cellules voisines et d\u00e9terminent combien le vecteur d\u00e9placement varie d’un point \u00e0 l’autre de la r\u00e9tine. Ces cellules ne parlent pas d’orientation, mais de mouvement.<\/p>\n

Que voici une \u00e9l\u00e9gante fa\u00e7on de d\u00e9convoluer des informations complexes en deux composantes simples. Belle illustration de l’\u00e9volution cr\u00e9ative.<\/p>\n

\u00a0<\/strong><\/p>\n

29.6.2017, Nature 546, 7660.<\/strong><\/p>\n

– 593 \u2013 5. CLIMAT, POLITIQUE, OPTIMISME. Jean-Claude K., Laurence et Jean M. et bien d’autres. Trois ans pour sauver notre climat. <\/u>Le temps passe, les choses se pr\u00e9cisent par (i) ce que l’on sait du changement climatique et par (ii) les actions politiques qui sont men\u00e9es de par le monde. Ainsi, on sait ce que l’on veut (limiter l’\u00e9chauffement \u00e0 1.5 \u2013 2\u00b0) et on sait ce que l’on doit faire (on peut se permettre d’\u00e9mettre 600.109<\/sup> tonnes de CO2 \u00e9quivalents avant que l’on ait atteint z\u00e9ro d’\u00e9mission globale).<\/p>\n

\"3<\/p>\n

Comme le montre la figure, les prochaines ann\u00e9es seront critiques pour d\u00e9terminer combien de temps il nous reste pour atteindre le but. Nous notons en particulier que, quel que soit le sc\u00e9nario,\u00a0 c’est avant 2050 qu’il faut atteindre ce fameux z\u00e9ro. Nous Suisse avec notre strat\u00e9gie \u00c9nergie 2050 nous sommes encore loin du compte.<\/p>\n

L’article par Christina Figueres, vice-pr\u00e9sidente de la Convention des maires pour l’\u00e9nergie et le climat ainsi que 5 autres auteurs d’engagements semblables discutent 6 lignes strat\u00e9giques qui, conjointement, permettraient d’atteindre le but. Elles sont faisables moyennant une bonne dose d’optimiste et l’engagement qui va avec (c’est le 6e<\/sup> point de la liste).<\/p>\n

Cet optimisme n’est pas insens\u00e9. J’en ressors encore plus convaincu apr\u00e8s la conversation t\u00e9l\u00e9phonique avec Daniel K., un professionnel de l’\u00e9valuation de la consommation d’\u00e9nergie. Il est effar\u00e9 par le rythme de changement dans plusieurs domaines. Par exemple (i) l’industrie automobile est en train de virer \u00e0 toute vitesse vers l’\u00e9lectrique \u2013 ils voient que c’est commercialement bon. (ii) Le photovolta\u00efque devient \u2013 s’il ne l’est pas d\u00e9j\u00e0 – la source d’\u00e9lectricit\u00e9 la meilleure march\u00e9 et surtout, la plus facile et rapide \u00e0 installer. J’y ajoute que (3) les 19m2<\/sup> photovolta\u00efque qui fonctionne sur notre toit depuis un an et demi couvre presque la moiti\u00e9 de notre consommation \u00e9lectrique, chauffage inclus. Pas bien cher et facile, faire mieux l’est aussi.<\/p>\n

Mais quand m\u00eame, il va falloir pousser ferme.<\/p>\n

 <\/p>\n

– 602 \u2013 3, 622 \u2013 626. CORR\u00c9LATION QUANTIQUE, PHOTONS, QBIT. Les physiciens. M. Kues et une vaste collaboration internationale. Une plaisante fa\u00e7on de produire des photons corr\u00e9l\u00e9s. <\/u><\/p>\n

Un des derniers cours que j’ai suivi \u00e0 la fin de mes \u00e9tudes de physique en 1966 \u00e9tait donn\u00e9 par Robert Mercier, il s’intitulait \u00ab\u00a0optique non lin\u00e9aire\u00a0\u00bb. Tr\u00e8s bon! Ce domaine de l’optique en \u00e9tait \u00e0 ses d\u00e9buts. Depuis, il y a eu des progr\u00e8s ph\u00e9nom\u00e9naux, mais le principe reste le m\u00eame. Quand une onde \u00e9lectromagn\u00e9tique (un photon) en croise une autre, ils s’additionnent b\u00eatement, comme 1+1=2. Quand la rencontre se passe par l’interm\u00e9diaire d’un tiers, un atome par exemple, l’affaire devient plus compliqu\u00e9e, du genre (a+b)2<\/sup>, et apparaissent les termes crois\u00e9s typiques des interactions non lin\u00e9aires. Il en r\u00e9sulte les lasers et beaucoup de cette myst\u00e9rieuse physique qui abandonne l’id\u00e9e de localisation des ph\u00e9nom\u00e8nes et qui cherche \u00e0 contr\u00f4ler les \u00e9tats quantiques corr\u00e9l\u00e9s. Quand je suis arriv\u00e9 \u00e0 la retraite, pour me mettre un peu \u00e0 jour en biologie, j’ai suivi un cours de biologie des populations; ce fut important. Il faudrait que j’en fasse de m\u00eame avec l’optique non lin\u00e9aire, mais la r\u00e9alisation de se r\u00eave est impossible parce qu’il passe par des math\u00e9matiques desquelles j’ai d\u00e9croch\u00e9 depuis longtemps. Dommage.<\/p>\n

\"quantum<\/p>\n

La figure (a) montre, en haut, le faisceau laser (fr\u00e9quence rouge en b) \u00ab\u00a0touchant\u00a0\u00bb le r\u00e9sonateur dans lequel se charge, par quelque ph\u00e9nom\u00e8ne non lin\u00e9aire, une paire de photons extraits du faisceau initial. Leur longueur d’onde, quantifi\u00e9e par le r\u00e9sonateur, \u00a0ne peut \u00eatre qu’un multiple entier de la longueur du r\u00e9sonateur. Le transit se poursuit et, quelquefois, une paire de photons est \u00e9mise dans la fibre du bas. Parce que l’\u00e9nergie se conserve, l’\u00e9nergie de la paire des nouveaux photons (ceux du bas) est \u00e9gale \u00e0 celle des deux photons initiaux (ceux du haut, rouge en b), pourtant \u2013 et c’est la premi\u00e8re chose remarquable \u2013 chacun peut avoir une \u00e9nergie diff\u00e9rente, augment\u00e9e pour l’un, diminu\u00e9e pour l’autre comme les fr\u00e9quences \u00a0vertes ou bleues en b). Deuxi\u00e8me propri\u00e9t\u00e9 remarquable: ces paires de photons d’\u00e9nergie divers sont corr\u00e9l\u00e9es, ou enlac\u00e9es pour utiliser un autre mot. Cela veut dire, par exemple, que si les deux photons de la paire vont chacun de leur c\u00f4t\u00e9, et que mesurant celui qui passe, disons chez nous \u00e0 Morges, et constatant que son \u00e9nergie correspond au 3e<\/sup> pic vert compt\u00e9 depuis la gauche (b), alors, \u00e0 cet instant, imm\u00e9diatement, l’autre photon, qui est peut \u00eatre \u00e0 Dorigny ou derri\u00e8re la Lune, se mat\u00e9rialise dans l’\u00e9nergie bleue du 3e<\/sup> pic depuis la droite. C’est la t\u00e9l\u00e9portation quantique de l’information, la porte ouverte aux calculateurs quantiques, etc. Ce n’est pas l’exp\u00e9rience qui est rapport\u00e9e dans cet article, mais le principe y est, du moins je l’esp\u00e8re, correctement d\u00e9crit ici.<\/p>\n

 <\/p>\n

– 603 \u2013 4, 646 -50. MALADIES \u00c9MERGENTES, \u00c9PID\u00c9MIE, VIRUS. Le m\u00e9decin cantonal. Quelle sera la prochaine de ces \u00e9pid\u00e9mies virales que nous transmettent les mammif\u00e8res? Impossible d’y r\u00e9pondre, mais pour y penser sur une base raisonnable, il faut des faits et des \u00e9vidences. Cet article les recherche \u00e0 trois niveaux.<\/p>\n

– D’abord ce sont 750 esp\u00e8ces animales, 2800 associations virus-animal. Tous les virus connus sont inclus.<\/p>\n

– Puis se sont les possibilit\u00e9s que le virus de l’animal passe \u00e0 l’homme. Par exemple, il s’agit de savoir quel est le virus le mieux capable de passer \u00e0 l’homme, celui venant du singe dont les g\u00e8nes sont proches des n\u00f4tres ou celui venant des rats dont nous partageons le territoire? Il y a beaucoup de donn\u00e9es, en particulier celles qui permettent de pr\u00e9dire l’\u00e9tendue des donn\u00e9es manquantes.<\/p>\n

– Enfin c’est la capacit\u00e9 du virus \u00e0 transformer un passage \u00e0 l’homme en une maladie puis en une \u00e9pid\u00e9mie.<\/p>\n

C’est \u00e0 partir de ces donn\u00e9es que devraient se construire la politique de sant\u00e9 publique et la pr\u00e9paration aux \u00e9pid\u00e9mies. \u00c9videmment, le libre acc\u00e8s\u00a0 aux donn\u00e9es est le pr\u00e9r\u00e9quisit de toute politique raisonnable.<\/p>\n

\u00a0<\/strong><\/p>\n

O2.07.2017.WHO, EBOLA, MSF, RDC<\/strong><\/p>\n

\u00c9pid\u00e9mie d’Ebola au nord de la R\u00e9publique D\u00e9mocratique du Congo est d\u00e9clar\u00e9e termin\u00e9e depuis le 2 juillet<\/u> par le WHO, 2×21 jours apr\u00e8s la fin du dernier cas. Selon les d\u00e9clarations officielles, quatre personnes sont mortes, 4 ont surv\u00e9cu et pr\u00e8s de 600 contacts ont \u00e9t\u00e9 suivis. Du r\u00e9cit des participants il est difficile d’imaginer que le nombre de cas ait \u00e9t\u00e9 si faible.<\/p>\n

http:\/\/www.who.int\/emergencies\/ebola-DRC-2017\/en\/<\/a><\/p>\n

Nous sommes int\u00e9ress\u00e9s par cette nouvelle \u00e9tant donn\u00e9 que Arjun est en mission en RDC pour MSF (pas dans cette r\u00e9gion toutefois.) <\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Il s’agit d\u2019un gros mois. J’en retiens en particulier. – Cryo-ME. Du succ\u00e8s m\u00e9thodologique on passe lentement \u00e0 des avanc\u00e9es en biologie fondamentale en attendant les perc\u00e9es m\u00e9dicales qui se pr\u00e9parent. (Attention qu’Alain et Marc n’aient pas \u00e0 me demander: \u00ab\u00a0pourquoi tant de promesses?\u00a0\u00bb) – 1er juin. Biodiversit\u00e9. Savez-vous expliquer pourquoi il faut la d\u00e9fendre? […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":false,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[89],"tags":[],"class_list":["post-1057","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-science-actualite"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack-related-posts":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/1057","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=1057"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/1057\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=1057"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=1057"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=1057"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}