{"id":1095,"date":"2017-09-18T11:47:21","date_gmt":"2017-09-18T09:47:21","guid":{"rendered":"http:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=1095"},"modified":"2017-09-18T12:54:15","modified_gmt":"2017-09-18T10:54:15","slug":"actualite-scientifique-de-jacques-aout-2017","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=1095","title":{"rendered":"Actualit\u00e9 scientifique de Jacques, Ao\u00fbt 2017"},"content":{"rendered":"
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Ce mois, je rel\u00e8ve en particulier:<\/div>\n
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– Deux \u00e9tudes d’\u00e9pisodes d’\u00e9chauffement brusques qui ont eu lieu il y a 11’000 ans et 56 millions d’ann\u00e9es. Pour savoir ce qui va nous arriver, il est bon de pouvoir se baser sur autre chose que la mod\u00e9lisation informatique; l’exp\u00e9rience du pass\u00e9 est pr\u00e9cieuse. Elle est d’autant plus inqui\u00e9tante qu’elle montre que ce qui se pr\u00e9pare actuellement est un \u00e9v\u00e8nement g\u00e9ologique majeur \u00e0 l’\u00e9chelle de centaines de millions d’ann\u00e9es. 24.8, p. 443; 31.8, p. 573. En fait, c’est compl\u00e8tement bouleversant au sens g\u00e9ophysique et psychologique du terme.<\/div>\n
– Je suis aussi impressionn\u00e9 par l’\u00e9largissement du domaine CRISPR-Cas. Ceci porte \u00e0 imaginer les sommets (ou les abimes) o\u00f9 va nous conduire la nouvelle biotechnologie. 31.8, 543.<\/div>\n
– Deux articles de biologie de l’\u00e9volution pour lesquels j’aurai besoin de l’aide de mes coll\u00e8gues du DEE. Je viendrai les questionner sur l’\u00e9volution des ailes des insectes (24.8, p. 447) et la co\u00e9volution du microbiome et de son h\u00f4te (3.8, p 43).<\/div>\n
– Petite pens\u00e9e \u00e9mue pour feu l’ami J\u00fcrg Tschop \u00e0 l’occasion des 15 ans de l’inflammasome. 31.8, 534.<\/div>\n
– Le discours int\u00e9rieur – quand on se parle \u00e0 soi-m\u00eame – me parle. J’aimerai \u00e9changer mes observations avec celles d’autres personnes. Si quelqu’un en a\u00a0l’envie, je suis preneur. Sci. Am. 1.08, p. 68.<\/div>\n
– Et bien s\u00fbr, l’affaire des r\u00e9sultats irreproductibles (24.8, p. 387) \u00e0 propos de laquelle j’ai aussi quelque chose \u00e0 dire. Nous y reviendrons.<\/div>\n
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Courage et joyeuse lecture.<\/div>\n<\/div>\n

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Nous gardons un oeil attentif sur la cryo-ME<\/strong><\/p>\n

Schoebel, S., Mi, W., Stein, A., Ovchinnikov, S., Pavlovicz, R., DiMaio, F., . . . Liao, M. (2017). Cryo-EM structure of the protein-conducting ERAD channel Hrd1 in complex with Hrd3. Nature, 548<\/em>(7667), 352-355. doi:10.1038\/nature23314.<\/p>\n

Seulement un article de cryo-me ce mois! Que se passe-t-il?<\/p>\n

Pour se consoler, voici le nombre des structures r\u00e9solues par cryo-me d\u00e9pos\u00e9es dans la base de donn\u00e9es PDB (\u00e9tat en juin 2017). En rouge; le total, en bleu: par ann\u00e9e. On n’oublie pas toutefois que pour la diffraction des rayons X le total d\u00e9passe 115’000… mais eux ne croissent presque plus.<\/p>\n

\"\"<\/strong><\/p>\n

01.08.2017, Scientific American<\/strong><\/p>\n

– 68 – 73. LANGAGE, PSYCHOLOGIE, COMPORTEMENT. Lucy, Gilles, Cl\u00e9ment, Laur\u00e9e, Jean, Nicolas, j’aimerai bien avoir vos avis. Parler \u00e0 soi-m\u00eame. <\/u>On connait l’enfant qui pense \u00e0 haute voix. Je le fais aussi. On parle alors de \u00ab\u00a0discours priv\u00e9\u00a0\u00bb. On appelle \u00ab\u00a0discours int\u00e9rieur\u00a0\u00bb le fait de se raconter des histoires dans la t\u00eate sans parler. Piaget pensait que le discours priv\u00e9 est le signe de l’\u00e9chec de la communication avec l’autre. Aujourd’hui on pense que discours priv\u00e9s et discours int\u00e9rieurs sont similaires et qu’ils sont importants \u00e0 la formation de la pens\u00e9e et au comportement, non seulement chez l’enfant, mais tout autant chez l’adulte. Ils sont difficiles \u00e0 \u00e9tudier, car, y penser, c’est les d\u00e9naturer. L’article rapporte les \u00e9tudes actuelles dans lesquels le sujet est interpel\u00e9 au hasard de la journ\u00e9e par iPhone en lui demandant de prendre note de ce qu’il se disait. L’\u00e9tat de discours int\u00e9rieur peut aussi se visualiser par fMRI.<\/p>\n

Le sujet m’interpelle parce que je connais l’importance de mon discours priv\u00e9 et j’ai l’impression qu’en y pensant un peu, j’arrive \u00e0 mieux le connaitre. Il me semble que cette d\u00e9marche m’aide aussi \u00e0 mieux comprendre mes \u00e9tats d’humeurs. <\/em><\/p>\n

Au matin, dans mon demi-r\u00e9veil, je vois la vie en noir. J’\u00e9num\u00e8re des probl\u00e8mes qui me d\u00e9passent; ce sont par exemple, le nouveau logement dans lequel Christine et moi devrons am\u00e9nager avant de ne le plus pouvoir, l’\u00e9tat du monde et, la confrontation aux plus invraisemblables des situations que j’imagine alors. Un fameux exemple m’est rest\u00e9; c’\u00e9tait lors d’un voyage en Inde, il s’agissait d’aller \u00e0 la prochaine \u00e9tape; dans mon demi-sommeil, j’imaginais que la trottinette \u00e9tait le moyen de choix; c’\u00e9tait tr\u00e8s compliqu\u00e9, j’en suis encore traumatis\u00e9.<\/em><\/p>\n

Autre moment de choix pour le discours priv\u00e9: la longue balade \u00e0 la montagne. L\u00e0, les conditions sont favorables au dialogue entre le discours priv\u00e9 et la pens\u00e9e rationnelle. Je constate que constamment mon discours priv\u00e9 consiste \u00e0 anticiper ce qui va venir. Typiquement, si la pente est raide, j’imagine les dangers qui pourraient se pr\u00e9senter et les solutions qui me permettraient de les surmonter. Heureusement que ce n’est pas la pens\u00e9e de l’ours qui pourrait surgir l\u00e0 devant qui me tarabuste parce que, contrairement aux \u00e9lucubrations du petit matin, ma probl\u00e9matique est assez raisonnable et les solutions r\u00e9alistes. Bref, j’anticipe et je me r\u00e9jouis au fur et \u00e0 mesure de voir le probl\u00e8me d\u00e9pass\u00e9 ou r\u00e9solu. Tout va bien!<\/em><\/p>\n

Ces deux moments illustrent le reste de la journ\u00e9e et mes deux fa\u00e7ons de me sentir dans vie: (i) c’est affreux, le verre est \u00e0 moiti\u00e9 vide; (ii) super, il est \u00e0 moiti\u00e9 plein. Au r\u00e9veil, c’est syst\u00e9matiquement (i) qui pr\u00e9vaut. D\u00e8s que la journ\u00e9e est bien engag\u00e9e, le m\u00fcseli aval\u00e9 et la douche froide bien sentie, c’est (ii) qui s’impose. <\/em><\/p>\n

Suis-je un fou instable? Est-ce ma physiologie qui se joue de moi? Peut-\u00eatre que non. C’est un fait, le verre est en m\u00eame temps \u00e0 moiti\u00e9 vide et \u00e0 moiti\u00e9 plein. Heureux celui qui vit avec le bon regard. Peut-il le choisir? Difficilement et seulement partiellement. Ma seule solution est dans la bonne organisation de l’action. Y a-t-il meilleur moyen?<\/em><\/p>\n

Christine me dit ne pas voir chez elle ce jeu constant avec le possible et ses solutions. Elle se trouve plus contemplative. <\/em><\/p>\n

Je serais heureux de connaitre ce qu’en pensent mes amis. <\/em><\/p>\n

Une visite superficielle \u00e0 la litt\u00e9rature me montre que je ne suis pas seul avec ces pens\u00e9es. <\/em><\/p>\n

Watkins, E., & Teasdale, J. D. (2001). Rumination and Overgeneral Memory in Depression: Effects of Self-Focus and Analytic Thinking. J. Abnormal Psychology, 110<\/em>(2), 353 – 357. doi:10.1037\/\/0021-843X.110.2.353 (disponible chez moi.)<\/p>\n

\u00a0<\/strong><\/p>\n

03.08.2017, Nature 548, 7665.<\/strong><\/p>\n

– 20, 66 – 69. ANTIMATI\u00c8RE, CERN, ANTIHYDROG\u00c8NE. Un rapport sur la situation exp\u00e9rimentale.<\/u> Au CERN, 6 exp\u00e9riences s’entassent dans un petit espace pour d\u00e9terminer ce qu’est l’antimati\u00e8re. <\/u>Belle concurrence. Il est difficile de faire un atome d’antihydrog\u00e8ne, le plus simple des atomes d’antimati\u00e8re. Pour l’anti\u00e9lectron – le positron -, c’est facile; il est produit par d\u00e9sint\u00e9gration radioactive \u00e0 une \u00e9nergie qui peut \u00eatre manipul\u00e9e. Le probl\u00e8me, c’est l’antiproton parce que lui, on ne le produit qu\u2019\u00e0 une vitesse proche de celle de la lumi\u00e8re. Il faut commence par le ralentir pour pouvoir le manipuler et le faire s’associer au positron. Le d\u00e9c\u00e9l\u00e9rateur ELENA du CERN offre cette possibilit\u00e9 qu’il distribue \u00e0 6 exp\u00e9riences au moins. La suite est aussi compliqu\u00e9e. Ainsi, on ne sait par exemple toujours pas si la masse de l’antimati\u00e8re est positive ou n\u00e9gative. Est-ce que l’antihydrog\u00e8ne tombe ou monte si on le l\u00e2che du sommet de la tour de Pise? On comprend que la r\u00e9ponse \u00e0 cette question pr\u00e9sente quelque int\u00e9r\u00eat, mais pour le savoir il faut que l’atome soit refroidi \u00e0 moins d’un demi-degr\u00e9 Kelvin. On esp\u00e8re une r\u00e9ponse d’ici 2020.<\/p>\n

Puisque nous en sommes l\u00e0, notons que, dans ce m\u00eame no. est rapport\u00e9 la d\u00e9termination de la structure hyperfine de l’antihydrog\u00e8ne, celle qui, pour l’hydrog\u00e8ne normal, est associ\u00e9e \u00e0 la bande de 21 cm des astronomes. Notons que le ph\u00e9nom\u00e8ne dans l’hydrog\u00e8ne normal est discut\u00e9 dans un des chapitres cl\u00e9s du 3e<\/sup> bouquin de Feynman, celui consacr\u00e9 \u00e0 la m\u00e9canique quantique. Je l’avais assimil\u00e9 \u00e0 l’\u00e9poque, aujourd’hui, h\u00e9las\u2026<\/p>\n

Le r\u00e9sultat est que la transition hyperfine de l’hydrog\u00e8ne et celle de l’antihydrog\u00e8ne (mesur\u00e9 sur 194 atomes) sont identiques \u00e0 10-4<\/sup> pr\u00e8s.<\/p>\n

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– 43 \u2013 51. MICROBIOME, \u00c9COLOGIE, \u00c9VOLUTION. Les biologistes \u00e9volutionnistes. La richesse g\u00e9n\u00e9tique des bact\u00e9ries de notre corps est bien plus grande que celle de nos chromosomes, et alors!<\/u> Un gros article sur le microbiome, cet \u00e9cosyst\u00e8me de microbes qui fait partie de tous les organismes complexes, de nous en particulier. Depuis quelque temps, on parle beaucoup d’y intervenir avec, par exemple, l’ambition de soigner \u00e0 peu pr\u00e8s tous nos maux, par exemple, les maladies auto-immunes, cardiovasculaires, l’ob\u00e9sit\u00e9, le cancer, les maladies mentales, etc.<\/p>\n

Cet article part de la constatation que les travaux actuels sur le microbiome visent \u00e0 comprendre sa fonction et \u00e0 chercher comment intervenir pour le rendre pleinement utile \u00e0 l’organisme h\u00f4te, nous en particuliers. Les auteurs d\u00e9noncent cette vue unicentrique et font valoir qu’il faut, pour comprendre le syst\u00e8me, une approche incluant l’h\u00f4te et le microbiome dans un contexte \u00e9volutif. Ils proposent de consid\u00e9rer le<\/u> microbiome <\/u>comme un \u00e9cosyst\u00e8me \u00e9volutif \u00ab\u00a0tenu en laisse\u00a0\u00bb par l’h\u00f4te<\/u>. Ils constatent que cette situation d’\u00e9cosyst\u00e8me \u00ab\u00a0en laisse\u00a0\u00bb existe dans des situations les plus diverses (par exemple: le gros intestin humain, l’\u00e9piderme de coraux, l’\u00e9piderme des racines d’une plante). Ils analysent l’\u00e9volution convergente de ces syst\u00e8mes exemplaires et sugg\u00e8rent que des principes g\u00e9n\u00e9raux dirigent leur \u00e9volution. Pour exercer leurs th\u00e8ses, les auteurs citent de nombreux exemples int\u00e9ressants, amusants ou bizarres. Par exemple, le cas de la bact\u00e9rie Wolbachia qui tue les descendants m\u00e2les de son moustique h\u00f4te pour promouvoir sa propre transmission qui n’a lieu que par la femelle (un r\u00e9cent article de cette m\u00eame revue rapporte comment cette propri\u00e9t\u00e9 est exploit\u00e9e pour la lutte biologique contre les moustiques). Ou encore, le champignon Ophiocordyceps unilateralis, infectant la fourmi, qui fait que celle-ci monte mourir dans la canop\u00e9e afin de mieux disperser les spores du parasite.<\/p>\n

Ils montrent ainsi que la relation \u00e9volutive entre l’h\u00f4te et le microbiome n’est pas analysable en se limitant \u00e0 l’int\u00e9r\u00eat de l’h\u00f4te. Les auteurs insistent sur l’id\u00e9e que le d\u00e9veloppement d’une th\u00e9rapie de l’h\u00f4te par action sur le microbiome sera vou\u00e9 \u00e0 l’\u00e9chec tant que l’on aura pas compris comment l’am\u00e9lioration de la fitness de l’h\u00f4te peut apporter un b\u00e9n\u00e9fice \u00e9volutif significatif au microbiome.<\/p>\n

Pour moi, cet article est un bon exercice de pens\u00e9e \u00e9volutive. J’aimerais savoir si, pour mes coll\u00e8gues et amis du DEE, cet article apporte du neuf ou s’il ne fait qu’enfoncer des portes ouvertes.<\/em><\/p>\n

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– 52 \u2013 57 . VIEILLISSEMENT, SOURIS, HYPOTHALAMUS, \u00c9THIQUE BIOM\u00c9DICALE. Contr\u00f4le du vieillissement de souris (\u00b110%) par manipulation de cellules souches de l’hypothalamus et des miRNAs qu’elles d\u00e9versent dans le liquide c\u00e9phalique.<\/u> On sait que l’hypothalamus joue un r\u00f4le dans le vieillissement. Deux r\u00e9gions sont en particulier concern\u00e9es (Sox2 et Bmil); elles sont associ\u00e9es \u00e0 la production de divers miRNAs. Les cellules souches correspondantes diminuent avec l’\u00e2ge. La dur\u00e9e de vie des souris est allong\u00e9e lorsque ces deux g\u00e8nes sont stimul\u00e9s chez les adultes vieillissants. Il en va de m\u00eame lorsque l’exosome miRNAs de souris adultes saines est inject\u00e9 dans le liquide c\u00e9r\u00e9brospinal de vieilles souris.<\/p>\n

Que dire de ces recherches concernant le vieillissement en g\u00e9n\u00e9ral et de ce r\u00e9sultat relativement simple en particulier\u2009? <\/em><\/p>\n

(i) L’offre de pr\u00e9tendues th\u00e9rapies bas\u00e9es sur ces observations va sans doute fleurir. En Suisse, ces abus sont en principes interdits. Il semblerait que les Chinois fassent de l’ordre dans ce march\u00e9 tr\u00e8s pris\u00e9 l\u00e0 bas. La situation US est inqui\u00e9tante. Il faut voir. <\/em><\/p>\n

(ii) Ind\u00e9pendamment de la recherche particuli\u00e8re rapport\u00e9e ici, le domaine du contr\u00f4le du vieillissement est un sujet chaud. Il est vraisemblable que, dans pas tr\u00e8s longtemps, on disposera de vrais moyens pour ralentir le vieillissement. Qu’en fera-t-on\u2009? Il faut y penser maintenant et s’y pr\u00e9parer.<\/em><\/p>\n

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10.08.2017, Nature 548, 7666.<\/strong><\/p>\n

– 148. BIZNESS, OGM, SAUMON. 1ere vente de saumon OGM.<\/u> Apr\u00e8s 25 ans de lutte administrative, la firme US AquaBounty vend pour la premi\u00e8re fois 4.5 tonnes de saumon OGM muni du facteur de croissance, et d’un activateur originaire d’une autres esp\u00e8ces de saumon, qui font que le temps pour arriver \u00e0 la taille de vente est r\u00e9duit de moiti\u00e9 (18 mois).<\/p>\n

La firme AgGenetics qui d\u00e9veloppe des vaches OGM pour la viande et le lait se r\u00e9jouit. \u00ab\u00a0S’ils avaient loup\u00e9, cela aurait tu\u00e9 l’industrie du b\u00e9tail OGM pour une g\u00e9n\u00e9ration.\u00a0\u00bb<\/p>\n

Vous en r\u00e9jouissez-vous aussi?<\/em><\/p>\n

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– 150 \u2013 152, 175 \u2013 182. NEUROBIOLOGIE, R\u00c9SEAU DE NEURONES, STRUCTURE \u2013 FONCTION. Connectome (ensemble des connections neuronales) complet du centre de la m\u00e9moire et de l’apprentissage dans le cerveau de la Drosophile. <\/u>Eichler et coll. Vingt auteurs de presque autant d’institutions aux USA, en Allemagne et en Angleterre.<\/p>\n

Comme le fait savoir le Brain and Mind project de l’EPFL, on peut esp\u00e9rer comprendre les fonctions c\u00e9r\u00e9brales en cartographiant le connectome correspondant, c’est \u00e0 dire, \u00e0 partir de la carte des neurones impliqu\u00e9s dans la fonction ainsi que de toutes leurs synapses. Ce n’est pas dans la poche, mais beaucoup y travaillent. Avant d’aborder le cerveau humain (86.109<\/sup> neurones), on peut s’exercer avec le vers Caenorhabditis (300), la Drosophile (135’000) ou, comme c’est le cas ici, la Drosophile \u00e0 un stade larvaire (15’000). M\u00eame si celle-ci est moins subtile que l’adulte, on lui connait au moins 30 actions caract\u00e9ristiques quelle sait adapter et coordonner. Le pr\u00e9sent article pr\u00e9sente le circuit complet des corps champignonaires (?) (Mushroom Bodies, MB) dont la fonction est associ\u00e9e \u00e0 l’apprentissage et la m\u00e9moire. Le mod\u00e8le est construit \u00e0 partir de coupes s\u00e9ri\u00e9es observ\u00e9es au microscope \u00e9lectronique. C’est beaucoup, beaucoup de travail, mais la r\u00e9solution permet une identification de toutes les synapses, ce que ne permet pas la microscopie optique, m\u00eame la meilleure. Tel que je la comprends, la principale d\u00e9couverte est que les neurones caract\u00e9ristiques des MB (cellules de Kenyon) sont connect\u00e9s de mani\u00e8re apparemment al\u00e9atoire sauf une minorit\u00e9 de connections provenant de neurones \u00e0 projection unique. Les auteurs voient dans cette forme de structure la force organisatrice de la structure de base (inn\u00e9) sur laquelle agit la diversit\u00e9 propre \u00e0 l’apprentissage (acquis).<\/p>\n

 <\/p>\n

– 206 \u2013 9. COMPORTEMENT, INSECTE, POLLINISATION. Lumi\u00e8re artificielle: une menace sur la pollinisation.<\/u> On raconte \u2013 on cite m\u00eame Einstein \u2013 que si les abeilles disparaissent, la disparition de l’humanit\u00e9 suivra rapidement. Citation fausse \u00e0 propos d’un probl\u00e8me plus compliqu\u00e9. L’article de Knop et coll. de l’Institut d’Ecologie et Evolution de l’universit\u00e9 de Berne apporte une lumi\u00e8re nouvelle. D’abord, les auteurs nous rappellent que la pollinisation d’une plante n’est g\u00e9n\u00e9ralement pas le fait d’une seule esp\u00e8ce sp\u00e9cialis\u00e9e, mais d’une grande diversit\u00e9 d’intervenants, de jour comme de nuit. On se rappelle aussi que l’\u00e9clairage a son importance comme l’illustre la lamentable relation du papillon et de la bougie.<\/p>\n

Les exp\u00e9riences que les auteurs pr\u00e9sentent ici d\u00e9montrent que l’\u00e9clairage nocturne des plantes diminue la pollinisation nocturne de 60% et influence n\u00e9gativement la pollinisation globale. Pire, la perturbation lumineuse nocturne perturbe \u00e9galement la pollinisation diurne. Clairement \u2013 si l’on peut dire \u2013 la lumi\u00e8re nocturne est n\u00e9faste \u00e0 l’\u00e9cosyst\u00e8me de la plante.<\/p>\n

La pollinisation n’est pas l’affaire d’une esp\u00e8ce, mais d’un biotope. <\/em><\/p>\n

17.08.2017, Nature 548, 7667. <\/strong><\/p>\n

– 268 \u2013 9. NEUROIMAGERIE, CARTOGRAPHIE C\u00c9R\u00c9BRALE, CHINE.<\/p>\n

Un service de cartographie des r\u00e9seaux neuronaux en Chine<\/u>. On a vu des services de synth\u00e8se de prot\u00e9ines, de s\u00e9quen\u00e7age d’ADN, m\u00eame de cryo-microscopie \u00e9lectronique, mais voici du neuf chez les chinois, \u00e0 Suzhou. Vous leur donnez un bout de cerveau (humain, mouche ou autre) et eux, le coupent en tranches minces, en font des images au microscope (optique) et, sur cette base, en construisent un mod\u00e8le 3-d. Vous pouvez alors suivre les neurones de votre r\u00e9gion favorite et, avec un peu (beaucoup) de chance, comprendre comment elle fonctionne. Une grosse \u00e9tape suivante consisterait \u00e0 faire la m\u00eame chose par microscopie \u00e9lectronique, mais ce n’est pas encore ce dont il s’agit ici.<\/p>\n

Ces Chinois ne sont pas les seuls \u00e0 faire de la cartographie neuronale (cf. Brain project # EPFL), mais c’est la premi\u00e8re fois qu’elle est offerte sous forme de service.<\/p>\n

 <\/p>\n

– 272 \u2013 274. DIAGNOSTIC PR\u00c9IMPLANTATOIRE, ETHQUE, M\u00c9DECINE REPRODUCTIVE, CHINE.<\/p>\n

La Chine se lance dans le diagnostic pr\u00e9implantatoire (DPI).<\/u> Il s’agit de la technique qui permet de tester g\u00e9n\u00e9tiquement un embryon avant de l’implanter. Nous avons vot\u00e9 r\u00e9cemment \u00e0 ce propos en Suisse: sous conditions limitatives s\u00e9v\u00e8res, le DPI est autoris\u00e9 sous conditions strictes; il ne peut \u00eatre utilis\u00e9 que pour \u00e9viter les maladies s\u00e9v\u00e8res de la liste officielle ; la s\u00e9lection de convenance n’est pas autoris\u00e9e, par exemple choisir le sexe ou la couleur des yeux. La plupart des pays d\u00e9velopp\u00e9s ont leurs r\u00e8gles; les USA sont particuli\u00e8rement laxistes. Les Chinois sont nouveaux dans le domaine, mais ils arrivent fort avec un plan quinquennal qui fait de la m\u00e9decine reproductive une priorit\u00e9 dans un cadre strict qui exige une licence pour pratiquer selon des r\u00e8gles plut\u00f4t s\u00e9v\u00e8res (comme chez nous, pas de choix du sexe ni de caract\u00e8res vagues). Par contre, la culture chinoise n’a aucun \u00e9tat d’\u00e2me \u00e0 d\u00e9truire un embryon malade. Un cas, comme on a vu aux USA, o\u00f9 des parents sourds veulent s’assurer par DPI que leur enfant sera sourd aussi, d\u00e9passe l’entendement des Chinois. Semblablement pour le fait que, chez nous, un grand nombre de parents gardent l’enfant m\u00eame quand le test g\u00e9n\u00e9tique qu’ils ont demand\u00e9 r\u00e9v\u00e8le un cas de mongolisme. Pour les chinois, le but du programme est clair: identifier et \u00e9liminer le plus grand nombre de maladies g\u00e9n\u00e9tiques possible (il y en a 6000 \u00e0 consid\u00e9rer). Ils partent fort.<\/p>\n

Ah ces Chinois! Que faut-il en penser?<\/em><\/p>\n

Voir aussi mes rapports r\u00e9cents: 25.05, p. 385; 1.6, p 15. Grrrr!<\/em><\/p>\n

24.08.2017, Nature 548, 7668. <\/strong><\/p>\n

– 387 \u2013 388. R\u00c9SULTATS IND\u00c9FINIS, R\u00c9SULTATS IRREPRODUCTIBLES, ERREUR, MAUVAISE SCIENCE. Les \u00e9thiciens, les apprentis chercheurs. Lithgow et coll. Le long chemin vers les r\u00e9sultats reproductibles (ou irreproductibles?)<\/em><\/u><\/p>\n

Au tournant des ann\u00e9es 1980, Erwin Knapek et moi avons fait une grande b\u00eatise. Nous avons annonc\u00e9 une importante d\u00e9couverte (\u00e0 laquelle bien d’autres se sont associ\u00e9s) que nous n’avons pas pu reproduire 2 ans plus tard. Publication, contre-publication, synth\u00e8se collective\u2026 heureusement, c’est nous qui avions identifi\u00e9 l’erreur. \u00c0 cette affaire, largement d\u00e9battue, il manquait une pi\u00e8ce, l’analyse de comment deux jeunes chercheurs peuvent se laisser prendre par leur biais. Trente-cinq ans plus tard, c’est ce que nous sommes en train de faire avec le ferme espoir que Nature acceptera de publier ce bout d’histoire qui prend depuis peu une nouvelle actualit\u00e9 avec la \u00ab\u00a0r\u00e9volution de la cryo-me\u00a0\u00bb.<\/p>\n

L’article que je rapporte ici a quelques similarit\u00e9s \u2013 mais peut-\u00eatre aussi une diff\u00e9rence fondamentale. Le premier auteur avait annonc\u00e9 il y a 15 ans qu’untel produit prolongeait la vie des petits vers Caenorhabditis elegans de jusqu’\u00e0 67%. Une grosse affaire, qui s’est rapidement r\u00e9v\u00e9l\u00e9e irreproductible dans plusieurs autres laboratoires. Dans le pr\u00e9sent article, l’auteur initial, ainsi que 2 autres personnes concern\u00e9es par l’affaire, essaient d’y voir clair. Leur constatation est que ces exp\u00e9riences sont laborieuses, il y a beaucoup de variables tr\u00e8s diverses et tr\u00e8s difficiles \u00e0 maitriser comme aussi plein d’incertitudes que l’on ne connait m\u00eame pas. Toutefois, il y a un facteur qui n’est pas mentionn\u00e9, c’est l’\u00e9ventuel biais des chercheurs qui pourrait favoriser un r\u00e9sultat plut\u00f4t qu’un autre. Pas un mot de cela, c’est l’impasse, c’est sous le tapis!<\/p>\n

Soyons clairs, je ne sais rien de l’\u00e9ventuelle prolongation de la dur\u00e9e de vie par les drogues. Je ne sais pas non plus si l’article initial discut\u00e9 ici doit \u00eatre consid\u00e9r\u00e9 comme juste ou faux; l’analyse rapport\u00e9e ici ne le dit pas. Toutefois, il me semble probl\u00e9matique que l’\u00e9ventuel r\u00f4le du biais des chercheurs ne soit m\u00eame pas envisag\u00e9. Aujourd’hui avec la pl\u00e9thore de r\u00e9sultats qui ne peuvent pas \u00eatre reproduits, il n’est pas s\u00e9rieux de traiter de l’irreproductibilit\u00e9 sans consid\u00e9rer le biais subjectif.<\/p>\n

Dans notre article en pr\u00e9paration, nous traitons bien s\u00fbr des difficult\u00e9s exp\u00e9rimentales objectives qui peuvent entacher la reproductibilit\u00e9 des r\u00e9sultats, mais nous ne nous arr\u00eatons pas l\u00e0; nous discutons le biais subjectif qui a fauss\u00e9 notre travail. \u00c0 ma connaissance, une telle prise de position n’est pas courante. Peut-\u00eatre, avec 35 ans de retard, allons-nous faire \u0153uvre de pionnier!<\/p>\n

\u00c0 suivre, bient\u00f4t j’esp\u00e8re.<\/p>\n

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– 401 \u2013 403, 447 \u2013 450. \u00c9VOLUTION, MUTATION, SP\u00c9CIATION. Les DEE-istes et autres \u00e9volutionistes. Houle et al. 40 millions d’ann\u00e9es d’\u00e9volution des ailes d’insectes<\/u>. Il y a la micro\u00e9volution: des mutations par-ci et par-l\u00e0 changent le trac\u00e9 des veines dans l’aile d’un insecte; il y a la macro\u00e9volution qui est associ\u00e9e \u00e0 l’apparition de nouvelles esp\u00e8ces et de nouvelles capacit\u00e9s. Comment passer de la premi\u00e8re \u00e0 la seconde. Question essentielle \u00e0 laquelle les auteurs semblent apporter une vraie contribution. H\u00e9las, l’article est difficile; je le laisse tomber pour le moment en esp\u00e9rant y revenir avec l’aide de mes coll\u00e8gues du DEE. Merci d’avance.<\/p>\n

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– 403 \u2013 4, 443 \u2013 446. M\u00c9THANE, GES, GAZ \u00c0 EFFET DE SERRE, GLACE ANCIENNE, \u00c9CHAUFFEMENT CLIMATIQUE. Jean-Pierre K. Petrenko et coll. Des \u00e9claircissements sur le cycle du m\u00e9thane dans l’atmosph\u00e8re: de quoi nous inqui\u00e9ter.<\/u><\/p>\n

Le m\u00e9thane est un puissant gaz \u00e0 effet de serre (GES). Sa concentration avant l’\u00e9poque industrielle \u00e9tait de 700 ppbv (700×10-9<\/sup> en volume) \u2013 voir figure. Elle est maintenant de 1800! (pas inclus dans la figure) responsable pour 15% de la contribution anthropog\u00e8ne. Dans l’histoire, sa concentration a subi des variations soudaines, par exemple il y a 14’700 ans et 11600 ans (l’\u00e9poque o\u00f9 se terminait la derni\u00e8re grande glaciation). Il faut aussi savoir que les \u00e9tudes, dans les glaces du Groenland, en particulier, montrent que, 25 fois durant la derni\u00e8re glaciation \u00e0, en moyenne, 1500 ans d’intervalle, ont lieux des anomalies climatiques extr\u00eamement brusques (5 -16\u00b0 en quelques dizaines d’ann\u00e9es – ce qui ne veut pas dire que toute la Terre s’est r\u00e9chauff\u00e9e si vite d’autant). Ce sont les \u00e9v\u00e8nements Dansgaar-Oeschger (DOE) dont on ne connait gu\u00e8re la cause. Le dernier a eu lieu il y a 11’600 ans (derni\u00e8re mont\u00e9e brusque dans la figure). C’est ce moment qui est analys\u00e9 dans le pr\u00e9sent article.<\/p>\n

Le C14 radioactif, dont la p\u00e9riode est de quelque 4000 ans, est produit par interaction avec les rayons cosmiques de la haute atmosph\u00e8re. On peut donc diff\u00e9rencier deux types de m\u00e9thane: (i) le m\u00e9thane fossile ou g\u00e9ologique (pal\u00e9om\u00e9thane), enfoui depuis longtemps, qui ne contient pratiquement plus de C14; (ii) le m\u00e9thane biologique r\u00e9cent (n\u00e9om\u00e9thane) des terrains humides ou autres tourbi\u00e8res r\u00e9centes qui contient du C14. Le pr\u00e9sent article mesure l’apport de ces deux origines lors de l’\u00e9chauffement brusque pendant le DOE d’il y a 11600 ans. Le r\u00e9sultat est que le m\u00e9thane fossile a jou\u00e9 un r\u00f4le bien moindre qu’on le croyait jusqu’ici (15 MT et non 52 MT).<\/p>\n

Conclusions (pas triviales, mais argument\u00e9e dans l’article). Le pal\u00e9om\u00e9thane est g\u00e9n\u00e9ralement moins lib\u00e9r\u00e9 dans l’atmosph\u00e8re que l’on ne le croyait. Ceci est vrai en particulier lors d’\u00e9pisodes d’\u00e9chauffement rapides. On peut ainsi d\u00e9duire que c’est surtout le n\u00e9o-m\u00e9thane qui est responsable des variations soudaines de concentration observ\u00e9es dans l’atmosph\u00e8re. Suite de la conclusion: il faut admettre que la production de m\u00e9thane anthropog\u00e8ne a \u00e9t\u00e9 sous-estim\u00e9e par au moins 25%.<\/p>\n

Bref, le m\u00e9thane est un GES plus dangereux qu’il n’y parait.<\/p>\n

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31.08.2017, Nature 548, 7669.<\/strong><\/p>\n

– 505. M\u00c9DICAMENT, PRIX, BIZNESS. Une note.<\/p>\n

Il existe depuis quelques ann\u00e9es un bon m\u00e9dicament contre l’h\u00e9patite C, le sofosbuvir de Gilead Sciences en Californie. Tout le monde reconnait le beau travail de recherche qui a conduit au d\u00e9veloppement de ce rem\u00e8de et admet qu’il soit normal que la firme en tire b\u00e9n\u00e9fice. Au d\u00e9but, si je me souviens bien, le traitement coutait dans les 200’000$. Actuellement il vaut 84’000$ aux USA. En Suisse, toujours si je ne me trompe, l’assurance maladie de base ne le rembourse que lorsque la maladie a atteint le stade avanc\u00e9.<\/p>\n

Le prix de production effectif devrait se situer dans les 50$. Depuis peu, des g\u00e9n\u00e9riques sont autoris\u00e9s dans 101 pays en voie de d\u00e9veloppement o\u00f9 ils sont vendus \u00e0 un prix qui peut \u00eatre aussi bas que 300$. La pr\u00e9sente note rapporte que Gilead Science va autoriser la production de g\u00e9n\u00e9riques dans plusieurs grands pays \u00e0 revenu interm\u00e9diaires (Malaysie, Tha\u00eflande, Ukraine).<\/p>\n

La note semble n’\u00eatre qu’un d\u00e9tail, mais elle met le doigt sur une question fondamentale: est-il \u00e9thiquement tol\u00e9rable que le prix de \u00a0m\u00e9dicaments et proc\u00e9dure m\u00e9dicales vitaux soient uniquement d\u00e9termin\u00e9s par le march\u00e9 et la possibilit\u00e9 pour les producteurs d’en tirer le maximum de sous? La r\u00e9ponse est \u00e9videmment \u00ab\u00a0non\u00a0\u00bb. La question subsidiaire est plus r\u00e9aliste: est-ce politiquement tol\u00e9rable?<\/p>\n

On admire l’engagement d’ONG comme MSF ou la D\u00e9claration de Berne (maintenant Public Eye) qui luttent, avec un succ\u00e8s quand m\u00eame remarquable, pour que chacun ait acc\u00e8s selon ses besoins et non selon ses moyens. Le combat politique qu’ils m\u00e8nent est exemplaire. Le cas du SIDA fait \u00e9cole. La pr\u00e9sente note concernant l’h\u00e9patite C en est un autre chapitre. Le chemin est encore long jusqu’\u00e0 ce que l’article 25 de la D\u00e9claration des droits de l’homme (25. Droit au bien\u00eatre: toute personne a droit \u00e0 un niveau de vie suffisant pour assurer sa sant\u00e9\u2026 notamment\u2026 pour les soins m\u00e9dicaux) soit g\u00e9n\u00e9ralement appliqu\u00e9. En attendant, r\u00e9fl\u00e9chissons \u00e0 la gouvernance qui permettra d’atteindre ce but.<\/p>\n

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– 534 \u2013 5. INFLAMMASOME, J\u00dcRG TSCHOPP, IN RETROSPECT. Cl\u00e9ment Susanna, Jacques D., Bernard R. Une r\u00e9trospective par M. Lamkanfi et V.M. Dixit. L’inflammasome \u00e0 15 ans<\/u>. Petite pens\u00e9e \u00e9mue pour J\u00fcrg Tschopp, notre coll\u00e8gue et ami mort en 2011 dans un accident de ski.<\/p>\n

Quand je suis venu \u00e0 l’UNIL, \u00e0 la fin des ann\u00e9es 80, J\u00fcrg m’a fait connaitre la mort cellulaire, l’apoptose, qui \u00e9limine proprement les cellules qui doivent l’\u00eatre, par exemple en automne, quand la tige des feuilles les laisse tomber. Ensuite, il s’est occup\u00e9 de la r\u00e9ponse inflammatoire \u00e0 des agressions ext\u00e9rieures \u2013 au passage, il a dit grand-mal des nanoparticules d’oxyde de titane utilis\u00e9es dans tant de produits cosm\u00e9tiques. Le sujet de l’immunit\u00e9 inn\u00e9e a continu\u00e9 \u00e0 se compliquer avec la d\u00e9couverte d’innombrables signaux mol\u00e9culaires (les cytokines) et des cascades de prot\u00e9ines agissantes l’une sur l’autre, dont les caspases sont les seules \u00e0 avoir un nom dont je peux me souvenir. Et puis, en 2002, J\u00fcrg a annonc\u00e9, avec ses coll\u00e8gues Martinon et Burns, la d\u00e9couverte de l’inflammasome, ce grand complexe oligom\u00e9rique qui s’active d\u00e8s que quelque chose ne va pas dans la cellule (j’exag\u00e8re, l’inflammation est plus sp\u00e9cifique que cela). L’importance m\u00e9dicale de la d\u00e9couverte a tout de suite \u00e9t\u00e9 reconnue.<\/p>\n

Je n’ai pas encore vu que la nouvelle cryo-me se soit pench\u00e9e sur cette grande et magnifique structure. Si J\u00fcrg \u00e9tait encore parmi nous et si j’\u00e9tais rest\u00e9 actif en cryo-me, nous aurions certainement repris notre collaboration.<\/p>\n

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– 527 \u2013 8, 543 \u2013 8. CRISPR-CAS, MESSAGER SECONDAIRE, OLIGOADENYLATE CYCLIQUE. Les biologistes mol\u00e9culaires. Niewoehner et al. Biochimie, chimie, Uni Z\u00fcrich.<\/p>\n

Dans la prolongation du \u00a7 pr\u00e9c\u00e9dent, parlons des oligoad\u00e9nylates, ces messagers secondaires de l’immunit\u00e9 inn\u00e9e des eucaryotes, qui induisent la destruction asp\u00e9cifique des ARN lors d’une attaque virale. Ici est rapport\u00e9 qu’une forme cyclique des ad\u00e9nylates est aussi messager secondaire dans le syst\u00e8me CRISPR-Cas des bact\u00e9ries, ce syst\u00e8me dont nous avons beaucoup parl\u00e9 et qui est \u00e0 la base de la r\u00e9volution biotechnologique de ces derni\u00e8res ann\u00e9es.<\/p>\n

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La figure (K. Johnson et S. Bailey p. 527) sch\u00e9matise la d\u00e9couverte. Elle concerne le domaine Palm, 3e<\/sup> r\u00e9gion fonctionnelle du complexe d’interf\u00e9rence CRISPR-Cas. Les auteurs ont trouv\u00e9 que sa fonction consiste \u00e0 synth\u00e9tiser un oligoadenylate cyclique, qui est un nouveau messager secondaire dont la fonction consiste \u00e0 activer l’ARNase non sp\u00e9cifique Csm6. La cellule est mise ainsi en arr\u00eat forc\u00e9, le temps aux ADNases sp\u00e9cifiques produites ailleurs sur le complexe d’interf\u00e9rence de faire leur effet.<\/p>\n

Les auteurs y voient (i) une petite r\u00e9volution dans la messagerie secondaire des procaryotes (avec les \u00e9ventuelles retomb\u00e9es m\u00e9dicales dans la lutte, tant contre les virus que contre les bact\u00e9ries). (ii) Ils se posent la question de la relation \u00e9volutive entre les adenylates des eucaryotes et ceux des procaryotes. (iii) Nous remarquons que le syst\u00e8me CRISPR-Cas n’a pas fini de nous \u00e9tonner.<\/p>\n

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– 531 \u2013 3, 573 \u2013 7. PAL\u00c9OCLIMAT, M\u00c9THANE, GES. Jean-Claude K., Climactionistes. Que nous pr\u00e9pare le changement climatique actuel?<\/u><\/p>\n

De Nature d’il y a deux semaines (17.8 p. 443), nous rapportions le brusque changement climatique produit il y a 11’000 ans par une soudaine augmentation de la concentration de m\u00e9thane dans l’atmosph\u00e8re. Seulement voil\u00e0, depuis lors la concentration en gaz \u00e0 effet de serre (GES) a augment\u00e9. Elle atteint actuellement un niveau qui ne s’\u00e9tait pas vu depuis trois-millions d’ann\u00e9es. Ainsi, pour que notre compr\u00e9hension de ce qui nous attend ne d\u00e9pende pas seulement de la mod\u00e9lisation sur ordinateur il faut aller chercher plus en arri\u00e8re les donn\u00e9es exp\u00e9rimentales qui pourraient nous \u00e9clairer. Le pr\u00e9sent article \u00e9tudie un \u00e9v\u00e8nement de brusque r\u00e9chauffement climatique 4-5\u00b0 qui a eu lieu il y a 56 millions d’ann\u00e9es, le Maximum thermique du Pal\u00e9oc\u00e8ne\/\u00c9oc\u00e8ne (PETM).<\/p>\n

En g\u00e9ologie, il est commun de trouver les traces d’\u00e9v\u00e8nement brusques qui ont eu lieu il y a un grand nombre de millions d’ann\u00e9es, mais il est beaucoup plus difficile de d\u00e9terminer comment s’est d\u00e9roul\u00e9 l’\u00e9v\u00e8nement. Par exemple, on discute encore ferme pour savoir si l’extinction des dinosaures \u00e0 la fin du Cr\u00e9tac\u00e9 il y a 66 millions d’ann\u00e9es est due \u00e0 l’impact d’un m\u00e9t\u00e9ore ou \u00e0 une \u00e9pid\u00e9mie volcanique qui se serait d\u00e9roul\u00e9e sur quelques dizaines de milliers d’ann\u00e9es.<\/p>\n

Dans le pr\u00e9sent article, Gutjahr et coll. rapportent une analyse fine des s\u00e9diments marins d\u00e9pos\u00e9s lors du PETM. Ils y d\u00e9terminent les concentrations isotopiques du Bo qui corr\u00e8le avec le pH de l’eau au moment du d\u00e9p\u00f4t s\u00e9dimentaire. De l\u00e0 ils retracent la concentration en CO2 \u00e0 la surface oc\u00e9anique durant le cours de l’\u00e9v\u00e8nement.<\/p>\n

Ils d\u00e9couvrent ainsi qu’un temps de volcanisme intense est \u00e0 l’origine de l’augmentation de la concentration de GES et que ce rel\u00e2chement s’est \u00e9tendu sur un grand nombre de milliers d’ann\u00e9es. L’enfouissement d’une grande quantit\u00e9 de mati\u00e8re organique associ\u00e9 \u00e0 l’\u00e9v\u00e8nement semble avoir \u00e9t\u00e9 important pour mitiger l’augmentation de la temp\u00e9rature et acc\u00e9l\u00e9rer la convalescence du milieu \u00e9cologique terrestre (pour les \u00eatres vivants, la vie \u00e9tait probablement bien dure \u00e0 cette \u00e9poque). Pour nous, il est surtout important de remarquer que, contrairement au PETM, l’augmentation actuelle de GES ne provient pas de volcanisme, mais qu’elle est surtout due \u00e0 la combustion directe des r\u00e9serves g\u00e9ologiques et que cela se passe un rythme bien plus grand que lors du grand d\u00e9r\u00e8glement d’il y a 56 millions d’ann\u00e9es.<\/p>\n

Eh oui! L’\u00e9chauffement climatique actuel est vraiment la pr\u00e9misse \u2013 il va falloir se bouger pour freiner son plein d\u00e9veloppement \u2013 d’un \u00e9v\u00e8nement g\u00e9ologique majeur de l’histoire de la Terre. L’Anthropoc\u00e8ne n’est pas qu’un mot. <\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Ce mois, je rel\u00e8ve en particulier: – Deux \u00e9tudes d’\u00e9pisodes d’\u00e9chauffement brusques qui ont eu lieu il y a 11’000 ans et 56 millions d’ann\u00e9es. Pour savoir ce qui va nous arriver, il est bon de pouvoir se baser sur autre chose que la mod\u00e9lisation informatique; l’exp\u00e9rience du pass\u00e9 est pr\u00e9cieuse. Elle est d’autant plus […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":false,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[1,89],"tags":[351,334,333,332,347,340,342,110,353,341,331,338,344,158,13,345,350,343,339,348,352,206,335,178,336,346,330,254,337,349,203],"class_list":["post-1095","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-article","category-science-actualite","tag-adenylate","tag-aile","tag-antihydrogene","tag-antimatiere","tag-bizness","tag-cartographie-cerebrale","tag-chine","tag-climat","tag-crispr-cas","tag-diagnostic-preimplantatoire","tag-discours-interieur","tag-drosophile","tag-erreur-scientifique","tag-ethique","tag-evolution","tag-ges","tag-inflammasome","tag-irreproductible","tag-lumiere-artificielle","tag-medicament","tag-messager-secondaire","tag-methane","tag-microbiome","tag-neurobiologie","tag-ogm","tag-paleoclimat","tag-pdb","tag-pollinisation","tag-saumon","tag-tschopp","tag-vieillissement"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack-related-posts":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/1095","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=1095"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/1095\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=1095"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=1095"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=1095"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}