16.08.18. Nature 560, 7718<\/strong><\/p>\n281 Editorial. VARIOLE, VACCIN, GUERRE BIOLOGIQUE.<\/p>\n
Le spectre de la variole n\u2019a pas disparu.<\/u><\/p>\n
La variole a \u00e9t\u00e9 d\u00e9clar\u00e9e \u00e9radiqu\u00e9e en 1980 par l\u2019OMS. Magnifique victoire\u00a0! Le pr\u00e9sent article nous apprend que la FDA (l\u2019administration qui r\u00e8gle, entre autres, les produits m\u00e9dicaux aux USA) vient d\u2019approuver le premier m\u00e9dicament contre la variole, le t\u00e9covirimat. Un deuxi\u00e8me va probablement bient\u00f4t suivre. Alors, de quoi s\u2019agit-il\u00a0? Est-elle \u00e9radiqu\u00e9e ou bien pas ?<\/p>\n
Oui et non. Le dernier cas remonte \u00e0 1978. L\u2019\u00e9radication semblait acquise, seuls quelques labos gardaient encore le virus sous haute s\u00e9curit\u00e9. Pas si haute que \u00e7a, une voisine du labo anglais fut infect\u00e9e et en mourut. C\u2019\u00e9tait un d\u00e9faut de ventilation. Les Anglais d\u00e9truisirent alors leurs derniers stocks. Officiellement, il ne reste qu\u2019en deux endroits auroris\u00e9s \u00e0 garder le virus\u00a0; le centre VECTOR, en Russie pr\u00e8s de Novossibirsk et aux USA, au CDC (Center for Disease Control) \u00e0 Atlanta. Faut-il d\u00e9truire ces derniers stocks\u00a0? C\u2019est un d\u00e9bat qui n\u2019en finit pas \u00e0 l\u2019OMS. Feu notre coll\u00e8gue et ami Rico Wittek a pr\u00e9sid\u00e9 une commission \u00e0 ce sujet. Il nous en disait des choses int\u00e9ressantes.<\/p>\n
Que craint-on donc\u00a0? Pas tellement les fuites de chez VECTOR ou CDC\u00a0; l\u00e0 , les virus sont bien gard\u00e9s \u2013 vraiment ? Le probl\u00e8me est ailleurs, oubli\u00e9 dans un quelconque cong\u00e9lateur de laboratoire, conserv\u00e9 dans un cadavre gel\u00e9 quelque part au Grand Nord ou pire, volontairement mis de c\u00f4t\u00e9 dans un but probablement d\u00e9testable. Et puis, maintenant, il existe la biologie synth\u00e9tique. La s\u00e9quence de virus est connue. Le virus peut \u00eatre reconstruit artificiellement \u00e0 partir du texte de son g\u00e9nome, ATCTTG….<\/p>\n
On comprend que les Am\u00e9ricains s\u2019int\u00e9ressent \u00e0 un bon m\u00e9dicament. Au cas o\u00f9…<\/em><\/p>\nApproche compl\u00e9mentaire\u00a0: malgr\u00e9 toutes leurs faiblesses, les trait\u00e9s d\u2019interdiction des armes de destruction massive se sont montr\u00e9s jusqu\u2019ici remarquablement utiles. Le trait\u00e9 de 1972 sur les armes biologiques est celui qui est sign\u00e9 par le plus grand nombre d\u2019\u00c9tats (180). Des sp\u00e9cialistes veillent sur lui \u00e0 l\u2019ONU \u00e0 Gen\u00e8ve. On les compte sur les doigts d\u2019une main. Ils sont 500 \u00e0 La Haye pour le trait\u00e9 sur les armes chimiques. Cherchez l\u2019erreur. <\/em><\/p>\nThe spectre of smallpox lingers. <\/em>(2018). Nature, 560(7718), 281. doi:10.1038\/d41586-018-05936-x<\/em><\/p>\n <\/p>\n
23.08.18. Nature 560, 7719<\/strong><\/p>\n417 \u2013 8. ANTHROPOLOGIE, HOMO, G\u00c9N\u00c9TIQUE.<\/p>\n
Premier hybride Homo.<\/u>Provenant de la caverne Denisovan dans l\u2019Alta\u00ef russe riche de restes N\u00e9andertaliens un petit os de phalange fut envoy\u00e9 \u00e0 Svante P\u00e4\u00e4bo \u00e0 Leipzig. Il en fut extrait un ADN d\u2019une rare qualit\u00e9 et c\u2019est ainsi qu\u2019une nouvelle branche Homo, les Denisovan, fut d\u00e9couverte et connue en grands d\u00e9tails gr\u00e2ce \u00e0 son g\u00e9nome. C\u2019\u00e9tait en 2008. Depuis, on a appris que les Denisovans peuplaient l\u2019est du continent asiatique alors que les N\u00e9andertaliens \u00e9taient plut\u00f4t \u00e0 l\u2019ouest alors que les Sapiens \u00e9taient partout. Tous se sont un peu crois\u00e9s. La cons\u00e9quence en est que chacun porte quelques g\u00e8nes de chacun. Nous, les Sapiens du Nord aussi. C\u2019est une ancienne histoire, mais il a bien fallu qu\u2019elle commence une fois.<\/p>\n
Le \u00a0pr\u00e9sent article rapporte la d\u00e9couverte d\u2019une femme d\u2019il y a 90’000 ans dont le p\u00e8re \u00e9tait Denisovan et la m\u00e8re Neandertal. C\u2019est assez extraordinaire. On l\u2019a baptis\u00e9 Denny. P\u00e4\u00e4bo se retient de parler d\u2019hybride, car, justement, les deux lign\u00e9es Homo ne semblent pas des esp\u00e8ces strictement distinctes. Mais alors, pourquoi sont-elles rest\u00e9es s\u00e9par\u00e9es pendant des dizaines de milliers d\u2019ann\u00e9es\u00a0? Peut-\u00eatre est-ce parce que la densit\u00e9 de population \u00e9tait faible, ou que les territoires des uns \u00e9taient s\u00e9par\u00e9s des autres sauf en quelques points comme l\u2019Alta\u00ef. Peut-\u00eatre aussi Denny \u00e9tait-elle peu ou pas fertile.<\/p>\n
L\u2019ordre g\u00e9n\u00e9alogique des lign\u00e9es Homo r\u00e9centes se pr\u00e9cise comme le montre la figure ci-dessous.<\/p>\n
![\"\"](\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2018\/09\/Fig_Denny-.png?resize=589%2C664&ssl=1\")
<\/p>\n
<\/p>\n
Slon, V., Mafessoni, F., Vernot, B., de Filippo, C., Grote, S., Viola, B., \u2026 <\/em>Paabo, S. (2018). The genome of the offspring of a Neanderthal mother and a Denisovan father. Nature, 561(7721), 113-116.
\nDoi:10.1038\/s41586-018-0455-x<\/em><\/p>\n <\/p>\n
<\/p>\n
409 (Edito), 423 -5. BIODIVERSIT\u00c9, IPCC, IPBES (Imtergouvernemental Platform on Biodiversity and Ecosystem Services).<\/p>\n
Bataille sur la biodiversit\u00e9 <\/u>(E. Masood)<\/p>\n
L\u2019IPCC (Intergouvernemental Panel on Climate Change), 830 auteurs et \u00e9diteurs, 3500 experts consult\u00e9s) a remarquablement fait son travail en mettant d\u2019accord 180 pays sur les conclusions des experts dont les grandes lignes avaient \u00e9t\u00e9 reconnues il y a plus de 30 ans\u00a0: l\u2019\u00e9chauffement climatique actuel est r\u00e9el, il est principalement anthropog\u00e9nique. Les d\u00e9tails des conclusions sont la base scientifique des accords de Paris \u00e0 la COP 21 en 2015. Bravo\u00a0! On a reproch\u00e9 \u00e0 l\u2019IPCC de ne pas avoir suffisamment int\u00e9gr\u00e9 les comp\u00e9tences des sciences humaines avec pour cons\u00e9quence le fait que ses conclusions n\u2019ont pas p\u00e9n\u00e9tr\u00e9 l\u2019opinion publique aussi bien qu\u2019elles le devraient. Critique justifi\u00e9e\u00a0? On peut en discuter.<\/p>\n
L\u2019IPBES est en principe similaire sauf que son but est de faire face \u00e0 la crise de la biodiversit\u00e9 et de l\u2019extinction des esp\u00e8ces plut\u00f4t qu\u2019\u00e0 l\u2019\u00e9chauffement climatique. Actuellement les travaux de l\u2019IPBES devraient approcher un rapport final, mais de graves dissensions internes mettent en p\u00e9ril toute l\u2019oeuvre. Le probl\u00e8me a bien \u00e0 faire avec l\u2019\u00e9largissement des scientifiques empiriques \u2013 principalement ceux des pays d\u00e9velopp\u00e9s \u2013 aux coll\u00e8gues diversifi\u00e9s des humanit\u00e9s et sciences sociales ainsi qu\u2019aux acteurs locaux (paysans, citoyens scientifiques, peuples indig\u00e8nes) moins moul\u00e9s dans le cadre de la recherche traditionnelle. Les premiers se focalisent sur la notion de \u00ab\u00a0service de la biosph\u00e8re\u00a0\u00bb auquel ils essayent de donner une valeur quantitative (par exemple\u00a0: quel serait le co\u00fbt de la mort des abeilles?) L\u2019avantage est clair. On a des chiffres, la politique est \u00ab\u00a0objectivement\u00a0\u00bb orientable. Le probl\u00e8me est tout aussi \u00e9vident\u00a0: comment comparer le service \u00e0 la biosph\u00e8re du Panda g\u00e9ant avec celui du tigre du Bengale\u00a0?<\/p>\n
Il y a une autre pierre d\u2019achoppement. Alors que le CO2 et parfaitement distribu\u00e9 \u00e0 chacun, partout dans le monde, les Indiens et les Chinois voient fort diff\u00e9remment le probl\u00e8me du panda ou celui du tigre \u2013 chacun le sien. Apparemment le petit \u00e9go\u00efsme cache la globalit\u00e9 du probl\u00e8me.<\/p>\n
On en est l\u00e0 et les deux \u2013 trois, quatre ou cinq \u2013 clans se combattent. C\u2019est tragique. L\u2019\u00e9ditorial du\u00a0 journal ainsi que articles mentionn\u00e9 appellent les membres de l\u2019IPBS \u00e0 la sagesse. On en a besoin.<\/p>\n
Quand je parle autour de moi de l\u2019environnement, je rencontre autant de personnes qui s\u2019agitent sur la perte des esp\u00e8ces que sur l\u2019\u00e9chauffement climatique. Il serait dommage de devoir faire face au premier sans un guide coh\u00e9rent pour conduire la prise de conscience et la politique. Pour le second, la route est bien trac\u00e9e.<\/p>\n
Masood, E. (2018). The battle for the soul of biodiversity. Nature, 560<\/em>(7719), 423-425. doi:10.1038\/d41586-018-05984-3<\/p>\n <\/p>\n
30.08.18. Nature 560, 7720<\/strong><\/p>\n\n- MALARIA, \u00c9RADICATION, DYNAMIQUE DES POPULATIONS.<\/li>\n<\/ol>\n
Finir l\u2019\u00e9radication de la malaria en Asie du Sud-est. <\/u><\/p>\n
On se souvient du rapport du 26 juillet (p. 458) concernant la lutte contre la montre pour \u00e9radiquer les derniers cas de malaria dans le Sud-est asiatique alors que la maladie reste abondante en Afrique. Il \u00e9tait dit que la concentration de l\u2019effort Asie est n\u00e9cessaire parce que c\u2019est l\u00e0 que se d\u00e9veloppent les souches r\u00e9sistantes aux m\u00e9dicaments.\u00a0 La pr\u00e9sente note explique en partie pourquoi en Asie et pas en Afrique.<\/p>\n
En Afrique, la haute pr\u00e9valence de la maladie fait que les individus subissent g\u00e9n\u00e9ralement de multiples infections. Les parasites (Plasmodium falciparum) r\u00e9sistants sont moins fit* que les parasites sauvages (sensibles). Les mutants ne survivent pas \u00e0 la comp\u00e9tition dans le sang de la personne infect\u00e9e. Au Sud-est asiatique, puisqu\u2019il y a si peu de malades, les infections multiples n\u2019existent presque pas. Les mutants r\u00e9sistants peuvent se d\u00e9velopper m\u00eame si leur fitness est moindre.<\/p>\n
*Petite remarque de biologie \u00e9volutive. Les individus de type sauvage sont ceux qui, jusqu\u2019ici, ont le mieux r\u00e9ussi dans la vie. Une mutation quelconque a toutes les chances de les rendre moins apte, jusqu\u2019\u00e0 ce que, dans l\u2019exemple particulier, le mutant peu apte dans le sang d\u2019un individu humain soit confront\u00e9 \u00e0 la toxicit\u00e9 du m\u00e9dicament. C\u2019est \u00e0 ce moment qu\u2019apparait l\u2019avantage de sa r\u00e9sistance.\u00a0 \u00a0<\/em><\/p>\nPLoS. Biol. 16, e2005712(2018)<\/em><\/p>\n <\/p>\n
561, 601 \u2013 606, 607 \u2013 612. RNA-POLYMERASE, TRANSCRIPTION, R\u00c9GULATION, BIOLOGIE MOL\u00c9CULAIRE, G\u00c9N\u00c9TIQUE.<\/p>\n
Analyse mol\u00e9culaire d\u2019un r\u00e9glage de la transcription. <\/u><\/p>\n
De l\u2019information g\u00e9n\u00e9tique sur l\u2019ADN jusqu\u2019\u00e0 l\u2019expression ph\u00e9notypique, les r\u00e9glages et les contr\u00f4les sont nombreux et subtils. Ce que sont ces r\u00e9glages est un grand domaine de la biologie mol\u00e9culaire. Le contr\u00f4le de la transcription (synth\u00e8se de l\u2019ARN messager \u00e0 partir de l\u2019ADN par l\u2019enzyme ARN-polymerase II, Pol II), en est une \u00e9tape importante.\u00a0 Une fois Pol II assise en bonne place sur l\u2019ADN \u2013 ce qui, \u00e9videmment, implique toute sorte de contr\u00f4les \u2013 l\u2019enzyme met en route la synth\u00e8se, mais, il ne va pas loin. Typiquement, il s\u2019arr\u00eate apr\u00e8s 60 nucl\u00e9otides (lettres A, T, G ou C de l\u2019ADN). Un groupe de G\u00f6ttingen pr\u00e9sente ici deux beaux articles de cryo-me \u00e0 3.1 \u00c5 de r\u00e9solution. Il y est montr\u00e9 comment la Pol II est bloqu\u00e9e peu apr\u00e8s le d\u00e9but de la synth\u00e8se parce que le canal de sortie de l\u2019ARN est bouch\u00e9 et comment le canal est lib\u00e9r\u00e9 par le d\u00e9placement d\u2019un groupe phosphore sous l\u2019action\u00a0 combin\u00e9e de plusieurs autres prot\u00e9ines.<\/p>\n
Belle illustration du fonctionnement d\u2019un syst\u00e8me mol\u00e9culaire complexe et des possibilit\u00e9s de la cryo-me. <\/em><\/p>\nAdelman, K., & Henriques, T. (2018). Transcriptional speed bumps revealed in high resolution. <\/em>Nature, 560<\/em>(7720), 560-561. doi:10.1038\/d41586-018-05971-8<\/em><\/p>\nVos, S. M., Farnung, L., Urlaub, H., & Cramer, P. (2018). <\/em>Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF. Nature, 560(7720), 601-606. doi:10.1038\/s41586-018-0442-2-<\/em><\/p>\nVos, S. M., Farnung, L., Boehning, M., Wigge, C., Linden, A., Urlaub, H., & Cramer, P. (2018). Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6. <\/em>Nature, 560<\/em>(7720), 607-612. doi:10.1038\/s41586-018-0440-4<\/em><\/p>\n <\/p>\n
<\/p>\n
628 -3. CLIMAT, CO2, H2O.<\/p>\n
La croissance du CO2 atmosph\u00e9rique d\u00e9pend de l\u2019eau souterraine.<\/u><\/p>\n
![\"\"](\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2018\/09\/Fig_co2_data_mlo-2.png?resize=694%2C543&ssl=1\")
<\/p>\n
La figure montre comment \u00e9volue la concentration du CO2 dans l\u2019atmosph\u00e8re. Elle cro\u00eet\u00a0; c\u2019est notre probl\u00e8me. Mais quels sont les petits gli-gli annuels\u00a0? Ils sont dus au fait que la v\u00e9g\u00e9tation absorbe le CO2 selon son cycle annuel et qu\u2019il y a plus de v\u00e9g\u00e9tation dans l\u2019h\u00e9misph\u00e8re Nord que Sud. De ce diff\u00e9rentiel, on d\u00e9duit que l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me terrestre absorbe et rel\u00e2che, bon an mal an, 30% de l\u2019\u00e9mission du CO2 anthropog\u00e8ne.<\/p>\n
Ainsi, le premier facteur de l\u2019augmentation du CO2 dans l\u2019atmosph\u00e8re est le d\u00e9versement anthropog\u00e8ne. La s\u00e9questration par la v\u00e9g\u00e9tation est le second facteur d\u00e9terminant.<\/p>\n
Le pr\u00e9sent article montre que la s\u00e9questration par la v\u00e9g\u00e9tation d\u00e9pend elle-m\u00eame prioritairement de la quantit\u00e9 d\u2019eau souterraine. On le voit sur la figure qui met en relation la variation annuelle de la r\u00e9serve d\u2019eau profonde dans le sol TWS avec CGR, la variation de l\u2019augmentation annuelle du CO2. On constate que les deux param\u00e8tres corr\u00e8lent remarquablement. En d\u2019autres termes\u00a0: beaucoup d\u2019eau dans le sol \u00f3(beaucoup de v\u00e9g\u00e9tation\u00a0?)\u00f3faible augmentation du CO2.<\/p>\n
Je suis un peu surpris que la s\u00e9questration du CO2 par la v\u00e9g\u00e9tation d\u00e9pende davantage de l\u2019eau profonde que de l\u2019humidit\u00e9 de surface. Ai-je bien compris\u00a0?<\/p>\n
![\"\"](\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2018\/09\/Fig_CO2-eau-du-sol.png?resize=407%2C307&ssl=1\")
<\/p>\n
Les m\u00e9t\u00e9orologues mesurent fort correctement la pluie et l\u2019humidit\u00e9 de surface.<\/p>\n
La masse de l\u2019eau profonde est mesur\u00e9e par le syst\u00e8me GRACE. Ce sont deux satellites qui orbitent conjointement \u00e0 220 km l\u2019un de l\u2019autre en mesurant constamment la distance qui les s\u00e9pare. Celle-ci d\u00e9pend des irr\u00e9gularit\u00e9s locales de la gravit\u00e9 terrestre qui peut \u00eatre ainsi d\u00e9termin\u00e9e. GRACE fait ainsi une carte de la quantit\u00e9 d\u2019eau souterraine \u00e0 quelques centaines de km de r\u00e9solution et il d\u00e9termine sa variation au cours du temps. Costaud\u00a0!<\/p>\n
Humphrey, V., Zscheischler, J., Ciais, P., Gudmundsson, L., Sitch, S., & Seneviratne, S. I. (2018). Sensitivity of atmospheric CO2 growth rate to observed changes in terrestrial water storage. <\/em>Nature, 560<\/em>(7720), 628-631. doi:10.1038\/s41586-018-0424-4<\/em><\/p>\n <\/p>\n
639 \u2013 643. COUVERTURE V\u00c9G\u00c9TALE, AGRICULTURE, \u00c9CHAUFFEMENT CLIMATIQUE.<\/p>\n
La Terre a verdi de 1982 \u00e0 2016. <\/u>\u00a0Un r\u00e9sultat qui surprend plaisamment.<\/p>\n
On a tendance \u00e0 croire que la couverture v\u00e9g\u00e9tale tend \u00e0 diminuer. Ce ne fut pas le cas durant ces 34 derni\u00e8res ann\u00e9es. Globalement la couverture v\u00e9g\u00e9tale a cr\u00fb de 7%. Elle a en effet diminu\u00e9 bien dans les r\u00e9gions tropicales, mais elle a augment\u00e9 davantage dans les autres r\u00e9gions. Les r\u00e9gions sans couverture v\u00e9g\u00e9tale ont diminu\u00e9 de 3%, essentiellement par extension de l\u2019agriculture. Pour 60% le changement est d\u00fb aux activit\u00e9s humaines, le reste est cons\u00e9quence de l\u2019\u00e9chauffement climatique.<\/p>\n
Song, X. P., Hans en, M. C., Stehman, S. V., Potapov, P. V., Tyukavina, A., Vermote, E. F., & Townshend, J. R. (2018). Global land change from 1982 to 2016. Nature, 560(7720), 639-643. doi:10.1038\/s41586-018-0411-9<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" \u00a0 02.08.18. Nature 560, 7716 23 \u2013 25. ENVIRONNEMENT, TRAFIC. Faire payer les routes en temps r\u00e9el pour faciliter le trafic.Cramton et al. Id\u00e9e facile pour r\u00e9soudre le probl\u00e8me du trafic. Remplacer \u2013 rapidement svp \u2013 les voitures individuelles par une vaste flotte de v\u00e9hicules autoconduits que l\u2019on appelle \u00e0 la minute par iPhone, […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":false,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[1],"tags":[],"class_list":["post-1248","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-article"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack-related-posts":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/1248","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=1248"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/1248\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=1248"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=1248"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=1248"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}
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