La livraison est en retard, un peu l\u00e9g\u00e8re et plut\u00f4t aride. J’esp\u00e8re que cela va s’am\u00e9liorer ces prochains mois.<\/p>\n
Je vous recommande tout de m\u00eame:
\n– 6.sept. Les progr\u00e8s vers le libre acc\u00e8s des publications.
\n– 27 sept. Petite entourloupette au chat de Schr\u00f6dinger qui est vivant et mort tant qu’on ne le sait pas, mais qui nous met en boite quand un observateur conscient l’accompagne. Rigolo!
\n– 25 oct. Pour ceux qui veulent se donner de la peine, ne manquez pas le gros article sur comment rendre durable notre agriculture – \u00e0 votre disposition sur demande.
\n– H\u00e9las, j’abandonne de rapporter deux beaux articles concernant l’organisation sociale des fourmis. L’un provient de \u00ab\u00a0mon\u00a0\u00bb d\u00e9partement, le DEE. Il montre comment le r\u00e9seau social de la fourmili\u00e8re s’adapte \u00e0 la pr\u00e9sence d’un pathog\u00e8ne pour minimiser le risque d’\u00e9pid\u00e9mie. Joli! L’autre page 574 de ce m\u00eame cahier (25 octobre) fait mieux comprendre la s\u00e9paration en castes – soldats ou ouvri\u00e8res – alors que les individus sont g\u00e9n\u00e9tiquement identiques. Dommage, il y de la bonne mati\u00e8re \u00e0 penser dans ces deux articles.<\/p>\n
06.09.18. Nature 561, 7721
\n14. EBOLA, M\u00c9DICAMENT, TEST,
\nL\u2019\u00e9valuation difficile de m\u00e9dicaments contre Ebola.
\nPlusieurs m\u00e9dicaments ont commenc\u00e9 \u00e0 \u00eatre test\u00e9s lorsque la grande \u00e9pid\u00e9mie d\u2019Ebola touchait \u00e0 sa fin en 2014 en Afrique de l\u2019Ouest. En particulier par mauvaise organisation et concurrence entre les diff\u00e9rents candidats, le test n\u2019a pas \u00e9t\u00e9 conclusif.
\nUne nouvelle \u00e9pid\u00e9mie est apparue d\u00e8s le 1er aout dans le nord Kiwu en RDC (Congo). L\u2019OMS avec les organismes locaux de sant\u00e9 s\u2019organise pour maitriser rapidement cette \u00e9pid\u00e9mie et en m\u00eame temps tester objectivement les m\u00e9dicaments. Il s\u2019agit de deux antiviraux d\u00e9j\u00e0 utilis\u00e9s pr\u00e9c\u00e9demment ainsi que ZMapp, une th\u00e9rapie par anticorps utilis\u00e9e pour la premi\u00e8re fois \u00e0 la fin de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie de 2014.
\nVu la situation, il est impossible d\u2019inclure un plac\u00e9bo dans le test. On a choisi de seulement comparer en aveugle les 3 substances l\u2019une par rapport \u00e0 l\u2019autre et de se r\u00e9f\u00e9rer au d\u00e9veloppement de la maladie pour obtenir une \u00e9valuation g\u00e9n\u00e9rale. Comme rapport\u00e9 le mois pass\u00e9 \u00e0 propos de l\u2019\u00e9radication de la malaria en Asie du Sud est, l\u2019op\u00e9ration de teste est rendue bien plus difficile par la guerre qui dure depuis 20 ans dans la r\u00e9gion en impliquant actuellement plus de 100 groupes miliciens d\u2019ob\u00e9dience pr\u00e9tendument religieuse.
\nMaxmen, A. (2018). Experimental Ebola drugs face tough test in war zone. Nature, 561(7721), 14. doi:10.1038\/d41586-018-06132-7
\nMise \u00e0 jour deux mois plus tard suite \u00e0 un colloque au EMBL o\u00f9 le sujet \u00e9tait trait\u00e9. Plusieurs autres d\u00e9buts d\u2019\u00e9pid\u00e9mies ont eu lieu. Malgr\u00e9 la situation difficile, la RDC \u2013 et ceux qui l\u2019aident – semble maitriser la situation.<\/p>\n
17 \u2013 18. POLITIQUE SCIENTIFIQUE, PUBLICATION, LIBRE ACC\u00c8S.
\nNews, H. Else. Le plan S, un projet radical pour lib\u00e9rer les auteurs de la mainmise des journaux scientifiques.
\nSi je publie dans Nature ou dans la plupart des journaux scientifiques, la r\u00e8gle est que l\u2019\u00e9diteur devient propri\u00e9taire de mon article. Si, plus tard, je veux publier un paragraphe ou une de mes images dans un autre journal, je dois obtenir la permission de l\u2019\u00e9diteur et la payer. C\u2019est vexant ! Surtout, les \u00e9diteurs fixent \u00e0 leur convenance le prix des abonnements et ceux qui n\u2019ont pas les moyens de se payer l\u2019abonnement doivent acheter l\u2019article individuel \u00e0 prix fort \u2013 typiquement une 30-aine de francs. On a m\u00eame vu qu\u2019un auteur dont l\u2019institution n\u2019est pas abonn\u00e9e doit payer pour lire son propre article apr\u00e8s publication. Autrefois, \u00e9diteurs et scientifiques se consid\u00e9raient comme les acteurs de la m\u00eame sc\u00e8ne : la science. Ce temps est pass\u00e9, les \u00e9diteurs ont pass\u00e9 \u00e0 autre chose : le grand bizness n\u00e9olib\u00e9ral. Ainsi, comme pour les m\u00e9dicaments nouvellement d\u00e9velopp\u00e9s, l\u2019acc\u00e8s aux savoirs scientifiques est maintenant essentiellement contr\u00f4l\u00e9 par l\u2019attrait du fric et des parts de march\u00e9. Ces 20 derni\u00e8res ann\u00e9es, le prix des abonnements a augment\u00e9 en moyenne de 400% et les 3 grands \u00e9diteurs Springer (Nature), Wiley et Elsevier font 9 (j\u2019ai lu ailleurs 23) milliards de chiffre d\u2019affaires sur le dos des scientifiques et de leurs institutions. C\u2019est l\u2019horreur n\u00e9olib\u00e9rale typique.
\nHeureusement, la r\u00e9action s\u2019organise depuis bien des ann\u00e9es et les journaux en libre acc\u00e8s se d\u00e9veloppent avec succ\u00e8s. Selon ce mod\u00e8le, le scientifique doit payer lui-m\u00eame les frais de publication, mais son travail reste pleinement sa propri\u00e9t\u00e9. Surtout, l\u2019article est libre d\u2019acc\u00e8s pour tous ; Californien ou Ghan\u00e9en, professeur ou demandeur d\u2019asile. Quiconque a acc\u00e8s au web \u00e0 acc\u00e8s \u00e0 tous les articles. Actuellement seulement 15% des journaux scientifiques fonctionnent selon ce mod\u00e8le. Des mod\u00e8les de compromis sont aussi pratiqu\u00e9s. Par exemple, un journal standard peut d\u00e9cider que tous les articles seront lib\u00e9r\u00e9s apr\u00e8s un certain temps. Ou bien, en libre acc\u00e8s l\u2019article peut \u00eatre bloqu\u00e9 pour quelque temps afin de donner \u00e0 l\u2019auteur une longueur d\u2019avance pour exploiter sa d\u00e9couverte. Mille variantes sont possibles. Le libre acc\u00e8s a aussi des probl\u00e8mes. Par exemple, le journal qui vit de ce que lui paient les auteurs\u2009peut \u00eatre tent\u00e9 de publier n\u2019importe quoi. Il n\u2019emp\u00eache que le libre acc\u00e8s est l\u2019avenir n\u00e9cessaire et \u00e9vident. La fondation Bill et Melinda Gates est stricte. Toutes les recherches qu\u2019elle subventionne doivent \u00eatre compl\u00e8tement libres d\u2019acc\u00e8s d\u00e8s la publication. Beaucoup d\u2019\u00c9tats et institutions de recherche publiques de par le monde prennent des mesures pour pousser \u00e0 l\u2019acc\u00e8s libre, mais, dans notre syst\u00e8me financier, les puissantes maisons d\u2019\u00e9dition sont\u2026 bhin justement, elles sont puissantes et Nature continue d\u2019attirer les d\u00e9couvertes importantes et d\u2019augmenter son prix sans relation avec le cout r\u00e9el.
\nLa Suisse a d\u00e9cid\u00e9 que les publications scientifiques financ\u00e9es par l\u2019argent public devraient bient\u00f4t \u00eatre en acc\u00e8s libre. Le 26 octobre, un colloque \u00e0 Lausanne faisait le point. Notre secr\u00e9taire d\u2019\u00c9tat \u00e0 la formation, Mauro Dell\u2019Ambrogio nous a expliqu\u00e9 que chez nous, on va doucement. Il y a trois ans, il a donc demand\u00e9 au FN et aux Universit\u00e9s \u00e0 voir ce qui pouvait \u00eatre fait pour conduire la recherche publique suisse vers le libre acc\u00e8s. Tout le monde s\u2019est mis au travail et il a \u00e9t\u00e9 d\u00e9cid\u00e9 de viser 2024. Ce que j\u2019ai surtout retir\u00e9 du colloque, c\u2019est que ce sera difficile parce que les grands \u00e9diteurs sont solides et que les scientifiques et leurs institutions ne changent pas facilement. Nous avons nos habitudes.
\nGilles qui en connait un bout voit les choses diff\u00e9remment. Il suffit d\u2019avoir le courage de d\u00e9cider. Les firmes r\u00e2leront bien s\u00fbr ; quelques scientifiques imbus pleureront de ne plus pouvoir publier dans Nature pour booster leur carri\u00e8re, mais, 3 ans plus tard, faute d\u2019articles soumis, le beau facteur d\u2019impact du journal se sera \u00e9cras\u00e9 et aucun scientifique ne s\u2019agitera de sa d\u00e9cr\u00e9pitude. Si la Suisse prend si longtemps pour passer au libre acc\u00e8s, elle ne le doit qu\u2019au manque de courage de ses gouvernants.
\nMais voil\u00e0, coup de tonnerre. Le 4 septembre, sous l\u2019impulsion de Science Europe (eh oui !) onze grandes agences de recherche europ\u00e9ennes pesant ensemble 7,8 milliards \u20ac ont d\u00e9cid\u00e9 que toutes les publications scientifiques qu\u2019elles soutiennent seront en libre acc\u00e8s d\u00e8s 2020 ! Cela s\u2019appelle le Plan S. La Finlande est d\u00e9j\u00e0 venue les rejoindre. La Suisse\u2026 bhin, \u2018faut voir !
\nJe trouve cette d\u00e9cision magnifique.
\nLe monde est dans une situation o\u00f9 il va falloir prendre tr\u00e8s vite des d\u00e9cisions dramatiques pour sauver notre civilisation. Il faut d\u00e9carboner le monde en 20 ans es et durabiliser l\u2019\u00e9conomie tout aussi vite. Cela ne se fera pas par n\u00e9gociation avec les exploiteurs d\u2019hydrocarbures, les producteurs d\u2019huile de palme ou les h\u00e9ros de la croissance. Toute proportion gard\u00e9e, la bousculade du plan S, droit au but et sans tergiversation montre le chemin.
\nElse, H. (2018). Radical open-access plan could spell end to journal subscriptions. Nature, 561(7721), 17-18. doi:10.1038\/d41586-018-06178-7<\/p>\n
20 \u2013 23. VIOLENCE, ARMES \u00c0 FEU, GANG, USA.
\nNews, R. Mcculom. Violence sur base d\u2019internet dans les villes am\u00e9ricaines. Beaucoup de villes am\u00e9ricaines doivent faire face \u00e0 la violence de jeunes en bandes sur support d\u2019internet. Ainsi, \u00e0 Chicago, 3500 personnes ont \u00e9t\u00e9 impliqu\u00e9es dans des violences avec armes \u00e0 feu, dont 246 enfants de moins de 16 ans. Beaucoup se passe sur internet et l\u2019article vante comment les tr\u00e8s abondantes donn\u00e9es peuvent \u00eatre analys\u00e9es par IA. \u00ab Notre recherche vise \u00e0 montrer qu\u2019il y a des chemins vers la violence \u00bb.
\nJe vois plut\u00f4t que, quand les r\u00e8gles \u00e9tablies de la soci\u00e9t\u00e9 s\u2019effondrent, c\u2019est le Wild West qui s\u2019impose avec tous les moyens \u00e0 disposition. L\u2019internet est alors un moyen de choix pour cultiver la sauvagerie des relations. Rien d\u2019\u00e9tonnant que l\u2019IA puisse le constater. Ce sera plus difficile de le contr\u00f4le, en tout cas tant que Trump en sera le promoteur engag\u00e9. Eh oui, les d\u00e9g\u00e2ts qu\u2019il fait sont peut-\u00eatre plus profonds qu\u2019on ne l\u2019imagine.
\nMcCullom, R. (2018). A murdered teen, two million tweets and an experiment to fight gun violence. Nature, 561(7721), 20-22. doi:10.1038\/d41586-018-06169-8<\/p>\n
40, 109 \u2013 112. ENVIRONNEMENT, \u00c9COTOXICOLOGIE, BOURDON. PESTICIDE, SULFOXIMINE, NEONICOTINO\u00cfDES
\nL\u2019exposition au Sulfoxaflor r\u00e9duit le succ\u00e8s reproductif des bourdons. Siviter et al. Londres.
\nLe n\u00e9onicotino\u00efde sont des insecticides largement utilis\u00e9s dans l\u2019agriculture, mais dont l\u2019effet n\u00e9faste sur les insectes pollinisateurs est d\u00e9nonc\u00e9 depuis longtemps, Petit \u00e0 petit, le combat \u00e9pique contre ces produits marque des points. Malgr\u00e9 toute la r\u00e9sistance de l\u2019industrie chimique, l\u2019Europe est en passe d\u2019interdire ces produits. Ne pas crier victoire trop vite. Pour les remplacer, l\u2019industrie chimique table sur une autre classe d\u2019insecticide, les sulfoximines. Le sulfoxaflor est \u00e9tudi\u00e9 ici dans des conditions r\u00e9alistes pour l\u2019exposition dans l\u2019agriculture.
\nComme le vante l\u2019industrie, le produit n\u2019est pas l\u00e9tal aux doses rencontr\u00e9es dans la bonne pratique agricole, mais la croissance des colonies est ralentie d\u00e9j\u00e0 apr\u00e8s deux semaines d\u2019exposition. En moyenne, elles produisent la moiti\u00e9 moins de descendants. Ce sont surtout les m\u00e2les qui sont touch\u00e9s.
\nDepuis que les \u00e9tudes montrent la dangerosit\u00e9 des n\u00e9ocortico\u00efdes pour les insectes pollinisateurs, il a fallu 5 ans pour commencer \u00e0 les interdire s\u00e9rieusement. Les auteurs du pr\u00e9sent article proposent de ne pas recommencer le cirque \u00e0 chaque nouveau produit, mais qu\u2019on en \u00e9tudie s\u00e9rieusement la toxicit\u00e9 avant de le mettre en service \u00e0 grande \u00e9chelle.
\nSiviter, H., Brown, M. J. F., & Leadbeater, E. (2018). Sulfoxaflor exposure reduces bumblebee reproductive success. Nature, 561(7721), 109-112. doi:10.1038\/s41586-018-0430-6<\/p>\n
13.09.18. Nature 561, 7722
\n155. This week. CRISPR-Cas9, BREVET.
\nLe 10 septembre, la cour d\u2019appel US pour les brevets a finalement attribu\u00e9 le principal brevet pour CRISPR-Cas9 au Broad Institue \u00e0 Cambridge (Ma) (Zhang) plut\u00f4t qu\u2019\u00e0 l\u2019Universit\u00e9 de Berkeley (Ca)
\nOn en a parl\u00e9 plusieurs fois, une des derni\u00e8res le 22.09.2016. Pour moi, Mme J. Doudna (Berkeley) et E. Charpentier sont les auteurs de l\u2019invention. Elles l\u2019appliquaient \u00e0 des bact\u00e9ries. Zhang (Broad Inst.) \u00e9tendant l\u2019invention aux cellules eucaryotes a \u00e9t\u00e9 plus rapide pour demander le brevet. Finalement la question semble avoir \u00e9t\u00e9 celle-ci: l\u2019application de la d\u00e9couverte des deux dames aux cellules eucaryotes est-elle une telle d\u00e9couverte qu\u2019elle met dans l\u2019ombre la d\u00e9couverte originale\u2009? Si je comprends correctement, l\u2019argutie des breveteux l\u2019emporte sur le bon sens scientifique. Du coup, le prix Nobel que, selon moi, les deux dames auraient du recevoir cette ann\u00e9e est renvoy\u00e9 \u00e0 on en sait quand et avec on ne sait qui. J’attends une bonne analyse du cas.<\/p>\n
163 \u2013 166. In focus. \u00c9NERGIE, WEB, CENTRE DE DONN\u00c9ES.
\nFabriques d\u2019information, Centres de donn\u00e9es. Le point sur ces d\u00e9voreurs d\u2019\u00e9nergie.
\nLes 5 plus grandes soci\u00e9t\u00e9s du monde telles que jug\u00e9es par leur capitalisation sont : Apple, Amazon, Alphabet, Microsoft et Facebook. Leurs donn\u00e9es sont de plus en plus concentr\u00e9es dans quelques centaines d\u2019immenses centres de donn\u00e9es, grands d\u00e9voreurs d\u2019\u00e9nergie. L\u2019article fait le point. Quelques chiffres.
\n20’000 TWh\/an : (1T = 1012). Consommation d\u2019\u00e9lectricit\u00e9 dans le monde, ce qui correspond \u00e0 une puissance de 2TW.
\n2’000 ICT, information et communication technology ; (8’000 en 2030)
\n200 Les Centres de donn\u00e9es actuels
\n20 Bitcoin
\nMesur\u00e9 en unit\u00e9 de GES, ICT vaut 2% de la production mondiale, comparable au transport a\u00e9rien.
\nUne complication de plus sur le chemin de la soci\u00e9t\u00e9 durable.
\nJones, N. (2018). How to stop data centres from gobbling up the world’s electricity. Nature, 561(7722), 163-166. doi:10.1038\/d41586-018-06610-y<\/p>\n
20.09.18. Nature 561, 7723
\n289 Hilights. POPULATION, G\u00c9N\u00c9TIQUE, MIGRATION.
\nLa Toscane est certainement une r\u00e9gion ou l\u2019histoire fut agit\u00e9e et soumise \u00e0 tous les mouvements imaginables. Surprise donc de voir que, l\u2019ADN mitochondrial des femmes toscanes d\u2019aujourd\u2019hui est ce qui ressemble le plus \u00e0 celui de Toscanes d\u2019il y a 5000 ans. Conclusion : malgr\u00e9 toutes les agitations, les femmes sont finalement plut\u00f4t rest\u00e9es sur place. On peut donc croire que, quelquefois, les migrations sont surtout une affaire d\u2019hommes.
\nhttp:\/\/doi.org\/cttg(2018)<\/p>\n
303- 305. Commentaire. D\u00c9CARBONATION, CLIMAT, \u00c9MISSION
\nPeser l\u2019\u00e9thique des plans pour la d\u00e9carbonation (la d\u00e9carbonation consisterait \u00e0 nettoyer l\u2019atmosph\u00e8re des GES que nous y mettons).
\nEncore une charge s\u00e9v\u00e8re contre les id\u00e9es de d\u00e9carbonation pour compenser notre trop-plein de consommation d\u2019\u00e9nergie fossile. L\u2019argument est fait selon trois lignes avec chiffres et exemples.
\n– Les politiciens cultivent de faux espoirs. Soulev\u00e9 sans vrai support \u00e0 la COP21, il est facile de s\u2019y accrocher quand on ne veut pas faire vraiment face au probl\u00e8me.
\n– Il est dangereux de choisir un canot de sauvetage que l\u2019on n\u2019a pas essay\u00e9.
\n– Et m\u00eame si le principe de certaines m\u00e9thodes de d\u00e9carbonation est correct, le changement d\u2019\u00e9chelle entre \u2013 c\u2019est un cas typique – trois petites unit\u00e9s exp\u00e9rimentales et le r\u00e9seau de 16’000 centrales qui devrait \u00eatre construit sera, pour le moins, difficile.
\nNon, la solution est ailleurs, arr\u00eater les avions, manger beaucoup moins de viande, changer le style de vie.
\nLenzi, D. (2018). Weigh the ethics of plans to mop up carbon dioxide. Nature, 561(7723), 303-5.<\/p>\n
215-6, 401-405 CHANGEMENT DE PHASE, TRANSITION, LIQUIDE\/SOLIDE, BIOLOGIE DE D\u00c9VELOPPEMENT.
\nResearch. Une transition liquide-solide pour contr\u00f4ler l\u2019allongement de l\u2019axe vert\u00e9bral embryonnaire. Mongera et al. (Californie, maintenant EMBL)
\nComment se construit la forme d\u2019un organisme ? R\u00e9ponse usuelle : les cellules se multiplient pour occuper l\u2019espace selon des directions de croissance ou disparaissent pour lib\u00e9rer des volumes.
\nLa pr\u00e9sente \u00e9tude montre un tout autre principe. Normalement, dans un tissu, les cellules sont clairement positionn\u00e9es l\u2019une par rapport \u00e0 l\u2019autre par des liaisons extracellulaires. L\u2019\u00e9lasticit\u00e9 permet une certaine d\u00e9formation. Pour un changement plus consid\u00e9rable, il faut rompre les liaisons. C\u2019est le principe du solide qui peut \u00eatre \u00e9lastique, mais dont il faut couteusement casser les liaisons pour le d\u00e9former.
\nDans un liquide, les \u00e9l\u00e9ments glissent sans effort l\u2019un sur l\u2019autre. Comme tous les honn\u00eates changements de phase, la transition solide\/liquide est brusque. Il n\u2019y a pas besoin de beaucoup de liaisons pour passer de l\u2019un \u00e0 l\u2019autre.
\nIci, les \u00e9l\u00e9ments sont des cellules tout enti\u00e8res plut\u00f4t que des atomes ou des mol\u00e9cules comme dans une transition de phase du type eau\/glace. L\u2019article montre que l\u2019axe vert\u00e9bral de l\u2019embryon se pr\u00e9pare en une masse de cellules li\u00e9es selon le mod\u00e8le \u00ab solide \u00bb. Une transition qui implique peu de changements \u00ab liqu\u00e9fie \u00bb une partie de ces cellules qui peuvent alors glisser pour constituer l\u2019axe vert\u00e9bral en un temps remarquablement court. Au fur \u00e0 mesure de l\u2019\u00e9tablissement de l\u2019axe, les cellules \u00ab g\u00e8lent \u00bb de nouveau en phase solide stabilis\u00e9e.
\nIl se pourrait que ce mode de morphog\u00e9n\u00e8se (gen\u00e8se de la forme) soit de nature g\u00e9n\u00e9rale dans le d\u00e9veloppement des organismes et que ce soit par flux liquides sans grands efforts, au bon moment, au bon endroit que mon nez se soit plac\u00e9 au milieu de ma figure.
\nMongera, A., Rowghanian, P., Gustafson, H. J., Shelton, E., Kealhofer, D. A., Carn, E. K., . . . Campas, O. (2018). A fluid-to-solid jamming transition underlies vertebrate body axis elongation. Nature, 561(7723), 401-405. doi:10.1038\/s41586-018-0479-2<\/p>\n
27.09.18. Nature 561, 7724
\n– 446 \u2013 7. PHYSIQUE QUANTIQUE, CHAT DE SCHR\u00d6DIGER.
\nNews. Castelvecchi. Le puzzle quantique d\u00e9concerte les physiciens.
\nTout le monde connait le chat de Schr\u00f6dinger, vivant et mort tant qu\u2019on n\u2019a pas ouvert la boite. C\u2019est bizarre, mais enfin, on s\u2019habitue. Seulement voil\u00e0, Daniela Frauchiger et Renato Renner de l\u2019EPFZ modifient un rien l\u2019exp\u00e9rience. Ils remplacent le chat par Alice, une physicienne maline qui joue \u00e0 pile ou face dans la boite. Alice ayant pris conscience du r\u00e9sultat du jeu, que va-t-il se passer quand elle sortira de la boite ? Les deux auteurs compliquent le jeu en faisant intervenir Alice et Bob chacun dans leur boite. Ils constatent que, dans certaines conditions, l\u2019exp\u00e9rience conduit \u00e0 des contradictions internes.
\nLe pr\u00e9sent texte n\u2019est qu\u2019une courte analyse pour le lecteur de Nature. Le fond de l\u2019argument n\u2019est pas d\u00e9velopp\u00e9. Il faudrait aller \u00e0 l\u2019original et \u00e9tudier s\u00e9rieusement Nature commune. 9, 3711, 2018, mais on lit dans le commentaire que ce d\u00e9veloppement d\u00e9bouche sur \u00ab un nouveau niveau d\u2019\u00e9tranget\u00e9 \u00bb. Voil\u00e0 qui est prometteur. La conscience \u00e9chappe-t-elle \u00e0 l\u2019incertitude quantique ? Rigolo !<\/p>\n
-485 \u2013 491. PROT\u00c9INE SYNTH\u00c9TIQUE.
\nFabrication de novo d\u2019une prot\u00e9ine. Ces derni\u00e8res semaines, on a vu plusieurs articles \u00e0 -propos de prot\u00e9ines membranaires modifi\u00e9es pour en changer la fonction. Par exemple un pore \u00e0 cation (+) est transform\u00e9 en pore \u00e0 anion (-). Ici est con\u00e7ue de novo une prot\u00e9ine bas\u00e9e sur une structure en tonneau \uf062 artificiel liant sp\u00e9cifiquement une mol\u00e9cule, un d\u00e9riv\u00e9 du chromophore de la GFP. Ainsi le chimiste peut construire la fonction d\u00e9sir\u00e9e sans m\u00eame s\u2019appuyer sur un syst\u00e8me pr\u00e9existant \u2026 en principe.
\nDou, J., Vorobieva, A. A., Sheffler, W., Doyle, L. A., Park, H., Bick, M. J., . . . Baker, D. (2018). De novo design of a fluorescence-activating beta-barrel. Nature, 561(7724), 485-491. doi:10.1038\/s41586-018-0509-0<\/p>\n
18.10.18. Nature 562, 7727
\n– 307. M\u00c9DECINE, ANTIBIOTIQUE, R\u00c9SISTANCE.
\n\u00c9ditorial. La mont\u00e9e des r\u00e9sistances aux antibiotiques.
\nAu d\u00e9but des ann\u00e9es 70, le M\u00e9decin royal des Anglais, ami d\u2019\u00c9douard mon patron, d\u00e9non\u00e7ait la pratique criminelle de l\u2019abus des antibiotiques promettant pour dans pas tr\u00e8s longtemps le d\u00e9veloppement g\u00e9n\u00e9ralis\u00e9 des r\u00e9sistances et, ainsi, le sacrifice de la plus puissante arme de la m\u00e9decine. Depuis lors, cette situation s\u2019est d\u00e9velopp\u00e9e comme pr\u00e9vu et apparemment, apr\u00e8s la longue latence caract\u00e9ristique du d\u00e9but des croissances exponentielles, nous arrivons dans la phase o\u00f9 les effets deviennent un danger significatif pour tous et une pr\u00e9occupation quotidienne pour les m\u00e9decins de premier recours. Bien s\u00fbr, il faudrait maintenant une r\u00e9ponse globale \u00e0 la source. L\u2019OMS pourrait la conduire si on lui donnait les moyens d\u00e9cisionnels et politiques. Ce qui est propos\u00e9 ici est peut-\u00eatre une bonne id\u00e9e, mais j\u2019y vois aussi l\u2019illustration que la r\u00e9ponse globale n\u2019est toujours pas r\u00e9alisable. Comme pour le climat et la durabilit\u00e9 la question fondamentale reste ouverte : quand agira-t-on \u00e0 la mesure du p\u00e9ril.
\nLors d\u2019une infection, la r\u00e9ponse classique de la m\u00e9decine consiste \u00e0 prescrire un antibiotique \u00e0 large spectre. La m\u00e9thode marche g\u00e9n\u00e9ralement ; elle permet une intervention rapide, ce qui est \u00e9videmment important, mais qui est aussi la m\u00e9thode qui favorise \u00e0 long terme le d\u00e9veloppement des r\u00e9sistances. La m\u00e9decine un peu plus s\u00e9rieuse cherche \u00e0 \u00eatre plus sp\u00e9cifique. Pour cela il faut identifier le pathog\u00e8ne et d\u00e9terminer l\u2019antibiotique sp\u00e9cifique. Dans la pratique cela demande le plus souvent deux \u00e0 trois jours.
\nLa m\u00e9thode pr\u00e9conis\u00e9e ici prend avantage des nouvelles possibilit\u00e9s des minis\u00e9quenceurs d\u2019ADN. Ils sont gros comme le iPhone qui leur sert d\u2019ordinateur. En principe, et prochainement en pratique, ils d\u00e9terminent exactement le pathog\u00e8ne par l\u2019analyse de son g\u00e9nome. L\u2019analyse peut \u00eatre faite alors que le patient reste en salle d\u2019attente. Comme souvent la technique est bonne, c\u2019est sa mise en \u0153uvre qui ne l\u2019est pas.
\nProgress on antibiotic resistance. (2018). Nature, 562(7727), 307. doi:10.1038\/d41586-018-07031-7<\/p>\n
-315 \u2013 6, POLICE, DNA, FORENSIQUE.
\nNews in focus. E. Callaway. L\u2019analyse de l\u2019ADN inqui\u00e8te pour ce qui est de la protection de la sph\u00e8re priv\u00e9e.
\nNous en avons parl\u00e9 \u00e0 plusieurs reprises, mais la situation se pr\u00e9cise : quelques r\u00e9centes enqu\u00eates de police criminelles le prouvent ; dans peu de temps, n\u2019importe quel individu pourra \u00eatre identifi\u00e9 par son ADN. Toutes les belles id\u00e9es d\u2019anonymisation de la paternit\u00e9 des enfants n\u00e9s par fivete (en France), des participants \u00e0 des recherches m\u00e9dicales, o\u00f9 la tranquillit\u00e9 des criminels qui se croient non fich\u00e9s est r\u00e9volue.
\nCallaway, E. (2018). Supercharged crime-scene DNA analysis sparks privacy concerns. Nature, 562(7727), 315-316. doi:10.1038\/d41586-018-06997-8<\/p>\n
25.10.18. Nature 562, 7728
\n– 486 SCIENCE ET SOCI\u00c9T\u00c9, BREVETS, \u00c9DITION DU G\u00c9NOME
\nComment, S. Parthasarathy. Utiliser le syst\u00e8me des brevets pour r\u00e9gler l\u2019\u00e9dition des g\u00e8nes.
\nLe syst\u00e8me des brevets est destin\u00e9 \u00e0 contr\u00f4ler l\u2019usage des inventions et des techniques qui en d\u00e9coulent ; il existe, il fonctionne. Il pourrait \u00eatre utilis\u00e9 pour assurer le bon usage des techniques de manipulation g\u00e9n\u00e9tique. L\u2019Acad\u00e9mie des sciences US, le fameux Nuffield Council on Bioethics des Anglais, et bien d\u2019autres voix officielles ont affirm\u00e9 les m\u00e9thodes de modifications du g\u00e9nome ne sont acceptables que sous le contr\u00f4le de mesures de gouvernances appropri\u00e9es. Les organes de financement de la recherche de l\u2019UE, ceux des USA et ceux de bien d\u2019autres pays ne subventionnent pas les recherches visant \u00e0 modifier l\u2019ADN des cellules germinales du g\u00e9nome humain. L\u2019UE impose qu\u2019un brevet visant la modification du g\u00e9nome d\u2019un animal ne soit acceptable que si le b\u00e9n\u00e9fice pour les humains d\u00e9passe les souffrances caus\u00e9es \u00e0 l\u2019animal. La fameuse lutte entre le MIT et Harvard pour le contr\u00f4le des brevets sur CRISPR\/Cas9 a aussi son gros volet \u00e0 propos de l\u2019usage \u00e9thique de ces technologies. Bref, la question est consid\u00e9r\u00e9e de tous les c\u00f4t\u00e9s, mais la diversit\u00e9 des r\u00e9ponses partielles montre que la situation actuelle ne r\u00e8gle pas grand-chose. La r\u00e8glementation des brevets a aussi \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9e dans le pass\u00e9 pour imposer des restrictions beaucoup plus rigoureuses. Ce fut le cas par exemple en 1954 avec l\u2019Atomic Energy Act US qui d\u00e9finit tout un domaine de technologie pour en interdire l\u2019usage d\u2019une mani\u00e8re tr\u00e8s stricte, comme on le sait.
\nLe pr\u00e9sent article recommande donc que l\u2019UE et les USA incorporent l\u2019\u00e9thique dans la r\u00e9gulation g\u00e9n\u00e9rale des brevets. Ce serait le moyen le plus r\u00e9aliste et celui qui pourrait \u00eatre mis en \u0153uvre le plus rapidement pour apporter une solution au probl\u00e8me tentaculaire du contr\u00f4le des technologies g\u00e9n\u00e9tiques.
\nL\u2019auteur a peut-\u00eatre un bon argument quoique je craigne la convergence historique des int\u00e9r\u00eats du commerce n\u00e9olib\u00e9ral avec le syst\u00e8me des brevets.
\nParthasarathy, S. (2018). Use the patent system to regulate gene editing. Nature, 562(7728), 486-488. doi:10.1038\/d41586-018-07108-3<\/p>\n
-501 \u2013 2, 519 \u2013 525. AGRICULTURE, ENVIRONNEMENT, CLIMAT.
\nArticle (Springmann et al.) et commentaire (G. Fischer). Quelles options pour conserver la production de nourriture dans les limites de l\u2019environnement.
\nLa production de nourriture est un d\u00e9terminant essentiel des facteurs \u00e9cologiques globaux : (1) climat (2) usage des sols (3) ressource en eau, pollution des sols et des eaux par (4) azote et (5) phosphore. Sur la base d\u2019une vaste \u00e9tude pays par pays, l\u2019article estime que d\u2019ici 2050 la charge environnementale induite par l\u2019agriculture augmentera de 50 \u00e0 90% si des mesures pr\u00e9ventives ne sont pas prises. Cette augmentation mettra en p\u00e9ril la suret\u00e9 globale de production de nourriture. Aucune mesure ne suffira en elle-m\u00eame \u00e0 assurer le futur de l\u2019agriculture. Parmi celles qu\u2019il faut consid\u00e9rer les auteurs mettent en \u00e9vidence : (a) changement des habitudes alimentaires vers moins de viande (b) am\u00e9lioration technique et meilleure gestion (c) r\u00e9duction des pertes. L\u2019article s\u2019appuie sur de nombreuses donn\u00e9es num\u00e9riques.
\nFischer, G. (2018). Transforming the global food system. Nature, 562(7728), 501-502. doi:10.1038\/d41586-018-07094-6
\nSpringmann, M., Clark, M., Mason-D’Croz, D., Wiebe, K., Bodirsky, B. L., Lassaletta, L., . . . Willett, W. (2018). Options for keeping the food system within environmental limits. Nature, 562(7728), 519-525. doi:10.1038\/s41586-018-0594-0<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"
La livraison est en retard, un peu l\u00e9g\u00e8re et plut\u00f4t aride. J’esp\u00e8re que cela va s’am\u00e9liorer ces prochains mois. Je vous recommande tout de m\u00eame: – 6.sept. Les progr\u00e8s vers le libre acc\u00e8s des publications. – 27 sept. Petite entourloupette au chat de Schr\u00f6dinger qui est vivant et mort tant qu’on ne le sait pas, […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":false,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2},"jetpack_post_was_ever_published":false},"categories":[1,89],"tags":[],"class_list":["post-1251","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-article","category-science-actualite"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack-related-posts":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/1251","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=1251"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/1251\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=1251"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=1251"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=1251"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}