{"id":1335,"date":"2019-08-27T16:49:24","date_gmt":"2019-08-27T14:49:24","guid":{"rendered":"http:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=1335"},"modified":"2019-08-27T16:51:20","modified_gmt":"2019-08-27T14:51:20","slug":"recension-dun-livre-sur-lequel-johannes-bronkhorst-a-attire-mon-attention-reich-d-2018-who-we-are-and-how-we-got-here-ancient-dna-and-the-new-science-of-the-human-past-v-books-ed","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=1335","title":{"rendered":"Recension d\u2019un livre sur lequel Johannes Bronkhorst a attir\u00e9 mon attention.  Reich, D. (2018). Who we are and how we got here. Ancient DNA and the new science of the human past. (V. Books Ed.)."},"content":{"rendered":"<p><strong>Reich, D. (2018). <em>Who we are and how we got here. Ancient DNA and the new science of the human past.<\/em>(V. Books Ed.).<\/strong><\/p>\n<p>Nous sommes tous uniques, chacun a son histoire, chacun a ses g\u00e8nes. \u00c7a va\u00a0! Mais quand on passe au groupe humain, parler de g\u00e9n\u00e9tique avec le public devient beaucoup plus difficile. Le mot race est tabou en Europe\u00a0; il n\u2019est pas plus facile aux USA, m\u00eame s\u2019il figure dans le passeport. Certains vont tr\u00e8s loin dans la retenue\u00a0; Jacqueline Stevens, une politicienne des sciences US demande que les \u00e9tudes se rapportant \u00e0 la g\u00e9n\u00e9tique des groupes soient bannies de la science, un comit\u00e9 sp\u00e9cial autorisant des exceptions au cas o\u00f9 un besoin de sant\u00e9 publique serait d\u00e9montr\u00e9 (p. 250). J\u2019avais pens\u00e9 consacrer un chapitre de mon livre \u00ab\u00a0Parcours\u00a0\u00bb \u00e0 la g\u00e9n\u00e9tique des populations. J\u2019ai abandonn\u00e9 en route. Le sujet est trop tendu.<\/p>\n<p>Pourtant, la science de la g\u00e9n\u00e9tique se d\u00e9veloppe de mani\u00e8re extraordinaire, sans que ses promoteurs se soucient beaucoup de l\u2019impact social et politique de ces nouveaux d\u00e9veloppements. La premi\u00e8re lecture du g\u00e9nome humain remonte \u00e0 2001. Elle a co\u00fbt\u00e9 quelque 3 milliards de dollars. Aujourd\u2019hui, on s\u00e9quence un ADN humain en quelques heures, pour moins de 1000 $. Depuis une dizaine d\u2019ann\u00e9es, gr\u00e2ce en particulier aux travaux de Svante P\u00e4\u00e4bo, on sait aussi extraire et s\u00e9quencer l\u2019ADN d\u2019individus morts depuis longtemps. On conna\u00eet ainsi l\u2019ADN des hommes du N\u00e9andertal. Dans la foul\u00e9e, \u00e0 partir d\u2019un petit os de phalange, on a s\u00e9quenc\u00e9 les Denisovans, une esp\u00e8ce Homo dont on ignorait jusqu\u2019\u00e0 l\u2019existence et qui, du jour au lendemain, s\u2019est mise \u00e0 raconter son histoire g\u00e9n\u00e9tique comme n\u2019importe qui d\u2019entre nous. Ainsi explose la g\u00e9n\u00e9tique des populations. D. Reich, l\u2019auteur du pr\u00e9sent livre est un des acteurs majeurs de cette r\u00e9volution. Il est celui qui a \u00ab\u00a0industrialis\u00e9\u00a0\u00bb la lecture des g\u00e9nomes anciens. Dans son labo, on s\u00e9quence beaucoup, vite et pas cher. Son int\u00e9r\u00eat porte en particulier sur l\u2019ADN de personnes ayant v\u00e9cu ces 10&rsquo;000 derni\u00e8res ann\u00e9es, c\u2019est-\u00e0-dire celles qui r\u00e9v\u00e8lent l\u2019histoire de la r\u00e9volution n\u00e9olithique.<\/p>\n<p>Disons aussi que Reich n\u2019est pas un de ces sp\u00e9cialistes born\u00e9s dans sa science \u00e9troite. Il est ouvert et attentif aux cons\u00e9quences sociales et politiques de ses travaux. Cette sensibilit\u00e9 impr\u00e8gne chaque chapitre de son livre. Ce faisant, il n\u2019apporte pas toujours les r\u00e9ponses satisfaisantes, mais toujours il nous force \u00e0 y r\u00e9fl\u00e9chir avec lui.<\/p>\n<p>Le livre s\u2019articule en trois parties\u00a0: (i) Introduction m\u00e9thodologique (ii) Focalisation sur quelques groupes ethniques particuliers (je ne m\u2019arr\u00eaterai qu\u2019au chapitre sur l\u2019Inde) et (iii) comment faire face au foss\u00e9 entre cette science qui avance \u00e0 toute vitesse et l\u2019inqui\u00e9tude populaire qu\u2019elle suscite.<\/p>\n<ul>\n<li><u>M\u00e9thodologie<\/u>. Votre ADN est le m\u00eame que le mien \u00e0 \u2013 disons &#8211; 99,9%. La comparaison consiste \u00e0 trouver les diff\u00e9rences, base apr\u00e8s base sur l\u2019ensemble du g\u00e9nome. Ces diff\u00e9rences caract\u00e9risent alors une forme de \u00ab\u00a0distance\u00a0\u00bb entre les deux g\u00e9nomes. La m\u00e9thode est totale, mais laborieuse puisque 99,9 des paires ne contribuent pas \u00e0 la diff\u00e9rence. Une autre m\u00e9thode consiste \u00e0 ne comparer que des sites que l\u2019on sait polymorphes (SNP\u00a0: single nucleotid polymorphisme) et peut-\u00eatre int\u00e9ressants, parce qu\u2019associ\u00e9s \u00e0 un trait connu. Il ne suffit pas d\u2019en analyser quelques-uns, il faut couvrir statistiquement l\u2019ensemble du g\u00e9nome. Typiquement, un test porte sur un demi-million de sites analys\u00e9s en un coup sur une plaquette qui vaut de l\u2019ordre de 100 $. Ainsi se construit la matrice des distances entre paires d\u2019individus. Cette matrice a beaucoup \u00e0 dire. D\u2019abord, la distance entre deux individus est un proxi du temps durant lequel ils ont \u00e9volu\u00e9 s\u00e9par\u00e9ment, c\u2019est-\u00e0 dire le temps depuis leur dernier anc\u00eatre commun. La suite est compliqu\u00e9e (c\u2019est une science, elle s\u2019appelle la cladistique); il s\u2018agit de combiner toutes ces paires en un grand arbre mettant en \u00e9vidence le parcours \u00e9volutif de tous les individus l\u2019un par rapport \u00e0 l\u2019autre. Il est aussi possible de comparer des groupes entre eux et de construire l\u2019arbre de l\u2019\u00e9volution des groupes. Le papa de ces techniques appliqu\u00e9es aux populations humaines s\u2019appelle Cavalli-Sforza (1922 \u2013 2018). On raconte que, d\u00e8s les premiers travaux, il a \u00e9t\u00e9 montr\u00e9 que les gens d\u2019Is\u00e9rables sont proche de certaines populations cabyles. La figure repr\u00e9sente un r\u00e9sultat typique tir\u00e9 des travaux de Cavalli-Sforza.<\/li>\n<\/ul>\n<p><img data-recalc-dims=\"1\" loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignnone size-large wp-image-1332\" src=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2019\/08\/fig-larbre-humain.png?resize=604%2C357&#038;ssl=1\" alt=\"\" width=\"604\" height=\"357\" srcset=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2019\/08\/fig-larbre-humain.png?resize=1024%2C605&amp;ssl=1 1024w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2019\/08\/fig-larbre-humain.png?resize=300%2C177&amp;ssl=1 300w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2019\/08\/fig-larbre-humain.png?resize=768%2C454&amp;ssl=1 768w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2019\/08\/fig-larbre-humain.png?w=1388&amp;ssl=1 1388w\" sizes=\"auto, (max-width: 604px) 100vw, 604px\" \/><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<ul>\n<li><u>Six chapitres sur quelques grands groupes de populations.<\/u>Il parle des Europ\u00e9ens, des Am\u00e9ricains d\u2019origine, des gens de l\u2019Asie de l\u2019Est et de ceux d\u2019Afrique. Chacun de ces chapitres pr\u00e9cise pas mal de connaissances ethnologiques et historiques, il en bouscule surtout beaucoup parce qu\u2019il apporte des donn\u00e9es solides l\u00e0 o\u00f9 il n\u2019y en avait pas beaucoup. Je ne rapporte ici que du chapitre sur l\u2019Inde, et encore, je n\u2019en ressors qu\u2019un point\u00a0: la fragmentation par le syst\u00e8me des castes.<br \/>\nIl y a 4 ou 5&rsquo;000 ans en Inde, deux populations sont identifiables. Celle du Nord (Ancestral North Indians) a ses racines en Europe (choquant pour Narendra Modi), en Asie centrale et au Proche Orient. Celle du Sud (ASI) n\u2019a presque pas de racines dont il reste des traces ailleurs sauf une petite population remarquablement conserv\u00e9e dans une des \u00eeles Andaman dans l\u2019Oc\u00e9an indien. Ensuite, est venu le grand m\u00e9lange, mais un m\u00e9lange strictement limit\u00e9 par le syst\u00e8me des castes. Ce n&rsquo;est pas que les castes traditionnelles qui sont impliqu\u00e9es. Gu\u00e8re connu que des Indiens ou des sp\u00e9cialistes, il existe aussi le syst\u00e8me <em>jati<\/em>, parall\u00e8le aux castes, mais induisant une fragmentation plus fine encore. Un groupe <em>jati<\/em>peut contenir des individus de plusieurs castes et, avec le temps, il peut \u00e9voluer dans la hi\u00e9rarchie des castes.<br \/>\nLa chose extraordinaire que r\u00e9v\u00e8lent les \u00e9tudes de Reich, c\u2019est la stricte endogamie des castes et des <em> Typiquement, au moins 99% des enfants sont con\u00e7us \u00e0 l\u2019int\u00e9rieur du groupe. <\/em>Chacun de ces groupesest g\u00e9n\u00e9tiquement homog\u00e8ne. Leur origine peut \u00eatre retrac\u00e9e \u00e0 un petit nombre d\u2019individus (bottle neck) qui s\u2019est ensuite reproduit strictement entre eux, souvent pendant des milliers d\u2019ann\u00e9es. On en arrive \u00e0 cette situation bizarre de groupes g\u00e9n\u00e9tiquement extr\u00eamement homog\u00e8nes, mais cohabitant avec d\u2019autres groupes g\u00e9n\u00e9tiquement tr\u00e8s diff\u00e9rents. \u00c0 l\u2019int\u00e9rieur du groupe, la distance g\u00e9n\u00e9tique entre les individus est aussi petite que dans les populations les plus confin\u00e9es g\u00e9ographiquement ou culturellement (certains groupes en Finlande ou les juifs ashk\u00e9nazes) alors que, entre les groupes, il y a autant de distance que, par exemple, entre les Espagnols et les Su\u00e9dois (ou pire encore, entre les Vaudois et les B\u00e2lois.)<br \/>\nLa culture a ainsi fa\u00e7onn\u00e9 la g\u00e9n\u00e9tique. Quelles en sont les cons\u00e9quences\u00a0? Elles sont sans doute mauvaises pour la sant\u00e9 publique\u00a0; qu\u2019en est-il socialement et politiquement\u00a0? Oh, la la\u00a0!<\/li>\n<li>Que faire quand les donn\u00e9es de la g\u00e9n\u00e9tique particularisent un groupe parmi les autres\u00a0? Le terrain est glissant, la s\u00e9gr\u00e9gation n\u2019est pas loin, certains pourraient en profiter pour contester la n\u00e9cessaire unit\u00e9 des humains sur la plan\u00e8te Terre. Alors que faire face \u00e0 l\u2019avalanche des donn\u00e9es de la g\u00e9n\u00e9tique des populations qui mettent aussi bien en \u00e9vidence l\u2019unit\u00e9 que la divergence\u2009? Il ne s\u2019agit pas de faire semblant que la diff\u00e9rence n\u2019existe pas\u00a0; il s\u2019agit de l\u2019accueillir avec sagesse et bienveillance. Reich y consacre presque une centaine de pages. Il faut les lire, ce sont les plus importantes du livre, mais il en faudra encore beaucoup d\u2019autres.<\/li>\n<\/ul>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><em>En relation avec ce qui est dit ci-dessus, il est int\u00e9ressant de lire dans le cahier de Nature du 25 juillet, la recension par A. Saini d\u2019un livre (que je n\u2019ai pas lu) de G. Evans. Il s\u2019agit ici de comprendre comment et pourquoi certains groupes paraissent exceller dans tel ou tel sport. <\/em><\/p>\n<p><em>Face aux diff\u00e9rences, Reich appelle \u00e0 l\u2019ouverture, Saini pr\u00f4ne la fermeture en d\u00e9non\u00e7ant avec rage l\u2019id\u00e9e m\u00eame qu\u2019il pourrait y avoir des diff\u00e9rences g\u00e9n\u00e9tiques. Je trouve qu\u2019un journal scientifique devrait s\u2019abstenir d\u2019\u00e9taler un tel parti-pris. <\/em><\/p>\n<p><em>Evans, G. (2019).Skin Deep: journey in the divisive science of race.: OneWorld.<\/em><\/p>\n<p><em>\u00a0Saini, A. (2019). Sports and IQ: the persistence of race \u2018science\u2019 in competition. <\/em><em>Nature, 571<\/em><em>(7766), 474-475. doi:10.1038\/d41586-019-02244-w<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Reich, D. (2018). Who we are and how we got here. Ancient DNA and the new science of the human past.(V. Books Ed.). 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