{"id":1394,"date":"2020-03-20T21:24:50","date_gmt":"2020-03-20T20:24:50","guid":{"rendered":"http:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=1394"},"modified":"2021-11-04T16:28:36","modified_gmt":"2021-11-04T15:28:36","slug":"lactualite-scientifique-de-jacques-en-fevrier-2020","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=1394","title":{"rendered":"L&rsquo;actualit\u00e9 scientifique de Jacques en f\u00e9vrier 2020 +"},"content":{"rendered":"<p>Je vous conseille en particulier les chapitres suivants.<\/p>\n<p>&#8211; \u00a0 \u00a0Enfin une application de la cryomicroscopie \u00e9lectronique dont chacun verra l\u2019int\u00e9r\u00eat. Il s\u2019agit de la structure mol\u00e9culaire du spicule du virus Corona, \u00a0son organe d\u2019attaque. Science du 23 f\u00e9vr.<\/p>\n<p>&#8211;\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0La derni\u00e8re \u00e9poque glaci\u00e8re\u00a0a eu lien entre -100&rsquo;000 et -10&rsquo;000 ans. \u00c0 l\u2019origine de cet \u00e9norme ph\u00e9nom\u00e8ne, il n\u2019y a peut-\u00eatre qu\u2019un changement du r\u00e9gime de la v\u00e9g\u00e9tation terrestre qui aurait induit toute une cascade de cons\u00e9quences dont la plus importante fut de retirer, pendant quelques dizaines de milliers d\u2019ann\u00e9es, 200 GT de CO2 de l\u2019atmosph\u00e8re. Aujourd\u2019hui, on en ajoute cette quantit\u00e9 en 5 ans. Nature du 23 f\u00e9vr.<\/p>\n<p>&#8211;\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0J\u2019avais pr\u00e9par\u00e9 pour Le Temps un article montrant que la ma\u00eetrise de la pand\u00e9mie Covid-19 est dans nos mains \u00e0 condition que l\u2019\u00c9tat joue son r\u00f4le. Le lendemain, le Conseil f\u00e9d\u00e9ral a enfin pris le taureau par les cornes\u2026 et rendu mon article obsol\u00e8te. Je vous le propose quand m\u00eame.<!--more--><\/p>\n<p><strong>06.02.20. Nature578, 7793, 39-40 ainsi que 6 articles de 82-135.<\/strong><\/p>\n<p>CANCER, G\u00c9NOMIQUE, SCIENCE OUVERTE.<\/p>\n<p><u>Le projet de g\u00e9nomique globale du cancer arrive \u00e0 maturit\u00e9.<\/u><\/p>\n<p>Dans chaque cahier de ma revue favorite, je tombe sur au moins un article analysant un cancer particulier. Je n\u2019y croche pas et passe au suivant.<\/p>\n<p>Cette fois, ce n\u2019est pas un article, mais 6 s\u2019\u00e9talant sur 53 pages. Autant dire tout de suite que je n\u2019ai pas tout lu, mais s\u2019y arr\u00eater un moment en a valu la peine. Il s\u2019agit de l\u2019\u0153uvre du Consortium PCAWGC (Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes) qui a diss\u00e9qu\u00e9 2658 cancers \u00ab\u00a0de toutes les formes, de toutes les tailles\u00a0\u00bb pour les analyser par tous les bouts. Ici, je n\u2019en retiens que deux points.<br \/>\n1) Le plus souvent, jusqu\u2019ici, les travaux de g\u00e9nomique d\u2019un cancer particulier consistaient \u00e0 relever quelques mutations ponctuelles dans les parties codantes du g\u00e9nome et d\u2019en analyser les effets. L\u2019\u00e9tude PCAWG porte sur tous les niveaux aussi bien dans les s\u00e9quences codantes que non codantes. Elle d\u00e9crit les mutations ponctuelles, comme aussi les changements par groupe, les d\u00e9placements de s\u00e9quences, les inversions et m\u00eame la duplication du g\u00e9nome. Elle r\u00e9v\u00e8le l\u2019extraordinaire diversit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique et fonctionnelle qu\u2019implique le d\u00e9veloppement d\u2019une tumeur. Pourquoi \u00ab\u00a0extraordinaire\u00a0\u00bb\u00a0? La r\u00e9ponse, il faut la chercher dans les fondements de la biologie \u00e9volutive. Un syst\u00e8me vivant normal est forc\u00e9ment \u00e0 peu pr\u00e8s \u00e9quilibr\u00e9 dans un \u00e9tat d\u2019hom\u00e9ostasie. Chaque \u00e9l\u00e9ment est l\u00e0 parce qu\u2019il fonctionne dans le cadre global du syst\u00e8me. Chaque mutation, chaque changement est, a priori, un d\u00e9rangement malvenu et g\u00e9n\u00e9ralement abandonn\u00e9. Un cancer est toute autre chose. Une cellule sort de l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me. Elle ne joue pas le jeu. Elle abandonne toutes les r\u00e8gles, sauf l\u2019une\u00a0:\u00a0 que \u00e7a marche pour elle. C\u2019est le triomphe de l\u2019\u00e9go\u00efsme conqu\u00e9rant. Les 6 articles pr\u00e9sent\u00e9s ici montrent ce qu\u2019il se passe dans un g\u00e9nome quand une cellule se permet n\u2019importe quoi.<br \/>\nBref, il est montr\u00e9 ici que, si la vie d\u2019une cellule est \u00e0 peu pr\u00e8s harmonieuse dans le contexte de son organisme global, le d\u00e9r\u00e8glement qui se produit quand elle s\u2019\u00e9chappe d\u00e9passe ce que l\u2019on avait imagin\u00e9 jusqu\u2019ici.<\/p>\n<p><em>Je me prends alors \u00e0 \u00e9tendre ces pens\u00e9es. Qu\u2019en est-il des organismes en \u00e9quilibre \u00e0 peu pr\u00e8s harmonieux dans leur milieu \u00e9cologique total lorsque celui-ci se casse\u00a0? Eh oui, les effets de la crise actuelle de l\u2019environnement sur les organismes qui constituent la vie risquent de nous surprendre encore plus que nous ne l\u2019imaginons.<\/em><br \/>\n2) Le consortium est \u00e9norme, il implique 744 laboratoires avec des milliers de participants sur 4 continents. Ce n\u2019est pas toute la science, mais c\u2019est un gros morceau dans lequel se pratique une science ouverte exemplaire. La collaboration syst\u00e9mique qu\u2019il a fallu organiser et pratiquer fait du projet un monument de la science ouverte.<\/p>\n<p><em>Cieslik, M., &amp; Chinnaiyan, A. M. (2020). Global genomics project unravels cancer&rsquo;s complexity at unprecedented scale. <\/em><em>Nature, 578<\/em><em>(7793), 39-40. doi:10.1038\/d41586-020-00213-2<\/em><\/p>\n<p><em>Consortium, I. T. P.-C. A. o. W. G. (2020). <\/em><em>Pan-cancer analysis of whole genomes. <\/em><em>Nature, 578<\/em><em>(7793), 82-93. doi:10.1038\/s41586-020-1969-6<\/em><\/p>\n<p><strong>23.02.20. Science. <\/strong><\/p>\n<p>COVID-19, CORONA VIRUS, SPICULE, CYO-ME.<\/p>\n<p><u>La structure des spicules du coronavirus \u00e0 3.5\u00c5 de r\u00e9solution.<\/u><\/p>\n<p>En 2015, E. Callaway publiait dans Nature un petit article qui annon\u00e7ait le prochain triomphe de la cryo-microscopie. Entre temps est venu le prix Nobel et, 13 f\u00e9vrier de cette ann\u00e9e, le m\u00eame auteur refait le point. Il constate la mont\u00e9e exponentielle de la production de la cryo-ME dont la 10&rsquo;000e structure vient d\u2019\u00eatre d\u00e9pos\u00e9e dans la base de donn\u00e9es PDB alors que la diffraction des rayons X, traditionnel g\u00e9ant de la biologie structurale mol\u00e9culaire est en relative d\u00e9croissance &#8211; m\u00eame si son avance quantitative reste notable.<\/p>\n<p>Vient alors la bonne question\u00a0: que nous apporte cette nouvelle m\u00e9thode que l\u2019on dit si r\u00e9volutionnaire\u00a0? J\u2019avais illustr\u00e9 mon discours de Stockholm en 2017, en montrant la structure des filaments d\u2019Alzheimer qui venaient d\u2019\u00eatre r\u00e9solus. On attend la suite et un progr\u00e8s significatif du traitement de la maladie.<\/p>\n<p>Mais voici un chapitre qui pourrait \u00eatre plus convaincant pour le public\u00a0: le coronavirus. Alors que l\u2019\u00e9pid\u00e9mie se r\u00e9pand dans le monde \u2013 aujourd\u2019hui 28 f\u00e9vrier, le Conseil f\u00e9d\u00e9ral a interdit les r\u00e9unions de plus de 1000 personnes \u2013 la structure des spicules du virus vient d\u2019\u00eatre cartographi\u00e9e.<\/p>\n<table width=\"489\">\n<tbody>\n<tr>\n<td width=\"201\">Le COVID-19 est un virus \u00e0 membrane \u00e0 la surface de laquelle d\u00e9passe une couronne (d\u2019o\u00f9 le nom) de spicules dont la fonction est de reconna\u00eetre et percer les cellules cibles. Le virus est de la m\u00eame famille que le SARS qui tua pr\u00e8s de 800 personnes lors de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie de 2003.<\/td>\n<td width=\"288\"><img data-recalc-dims=\"1\" loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignnone size-full wp-image-1392\" src=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/fig-Covid-19.png?resize=372%2C298&#038;ssl=1\" alt=\"\" width=\"372\" height=\"298\" srcset=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/fig-Covid-19.png?w=372&amp;ssl=1 372w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/fig-Covid-19.png?resize=300%2C240&amp;ssl=1 300w\" sizes=\"auto, (max-width: 372px) 100vw, 372px\" \/><\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<p>Sur la base de la s\u00e9quence du g\u00e9nome, disponible au d\u00e9but janvier 2020, les auteurs ont produit la partie active des spicules subtilement modifi\u00e9e pour la rendre structurellement plus stable et plus uniforme. Sur cette base, ils en ont r\u00e9solu la structure mol\u00e9culaire qui \u00e9claire la mani\u00e8re par laquelle la spicule attaque la cellule cible. Le virus est tr\u00e8s s\u00e9lectif, il n\u2019attaque pas n\u2019importe qui n\u2019importe o\u00f9. D\u2019abord il doit identifier le r\u00e9cepteur auquel il va s\u2019accrocher. C\u2019est le r\u00f4le d\u2019une partie bien identifiable \u00e0 la surface de la spicule. L\u2019attachement sur le r\u00e9cepteur induit alors un remarquable changement de forme de la t\u00eate de la spicule, lib\u00e9rant ainsi le site qui va attaquer la membrane de la cellule cible et la rendre disponible pour la p\u00e9n\u00e9tration du virus. Les auteurs ont aussi cartographi\u00e9 des sites correspondants de virus similaires, mais non infectieux ainsi que certains sites, similaires, mais diff\u00e9rents &#8211; du virus SARS. Ces donn\u00e9es seront sans doute des donn\u00e9es essentielles pour produire et optimiser un vaccin ou un virucide efficace.<\/p>\n<table width=\"432\">\n<tbody>\n<tr>\n<td width=\"278\">La figure ci-contre illustre le genre de donn\u00e9es obtenues. La spicule est un trimer dont la t\u00eate d\u2019un monom\u00e8re est repr\u00e9sent\u00e9e ici. Il s\u2019agit d\u2019une cha\u00eene de quelques 1200 acides amin\u00e9s ayant un poids mol\u00e9culaire \u00a0total d\u2019environ 120&rsquo;000 D, ce qui correspond, grosso modo, \u00e0 10&rsquo;000 atomes. La partie verte est la r\u00e9gion qui reconnait sp\u00e9cifiquement le site de fixation sur la cellule cible. Ici, on ne voit pas les atomes, mais on sait placer chaque acide amin\u00e9 dans cette structure. La carte atomique en r\u00e9sulte.<\/td>\n<td width=\"155\"><img data-recalc-dims=\"1\" loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignnone size-full wp-image-1391\" src=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/fig-Un-%C3%A9l%C3%A9ment-du-trimer-de-la-spicule.png?resize=552%2C740&#038;ssl=1\" alt=\"\" width=\"552\" height=\"740\" srcset=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/fig-Un-%C3%A9l%C3%A9ment-du-trimer-de-la-spicule.png?w=552&amp;ssl=1 552w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/fig-Un-%C3%A9l%C3%A9ment-du-trimer-de-la-spicule.png?resize=224%2C300&amp;ssl=1 224w\" sizes=\"auto, (max-width: 552px) 100vw, 552px\" \/><\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n<p>Notons encore deux points int\u00e9ressants.<\/p>\n<p>Toute cette recherche s\u2019est faite sans virus\u00a0; la connaissance de son g\u00e9nome a suffi pour produire les composantes \u00e9tudi\u00e9es.<\/p>\n<p>\u00c0 ma connaissance, c\u2019est en janvier que les Chinois ont publi\u00e9 la s\u00e9quence du g\u00e9nome du virus. Le pr\u00e9sent travail jusqu\u2019\u00e0 sa publication s\u2019est donc fait en \u00e0 peu pr\u00e8s 6 semaines. La cryo-ME rend une telle rapidit\u00e9 possible. L\u2019autre m\u00e9thode envisageable, la diffraction des rayons X, aurait sans doute pris une bonne ann\u00e9e \u00e0 cause de la n\u00e9cessit\u00e9 de cristalliser la prot\u00e9ine.<\/p>\n<p><em>Callaway, E. (2015). The revolution will not be crystallized. Nature, 525, 172 &#8211; 174. <\/em><\/p>\n<p><em>Callaway, E. (2020). Revolutionary cryo-EM is taking over structural biology. Nature, 578(7794), 201; doi:10.1038\/d41586-020-00341-9<\/em><\/p>\n<p><em>Wrapp, D., Wang, N., Corbett, K. S., Goldsmith, J. A., Hsieh, C. L., Abiona, O., . . . McLellan, J. S. (2020). Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. <\/em><em>Science<\/em><em>. doi:10.1126\/science.abb2507<\/em><\/p>\n<p><strong>\u00a0<\/strong><\/p>\n<p><strong>23.02.2020. Nature 578, 7795<\/strong><\/p>\n<p>370 \u2013 371. CLIMAT, \u00c2GE GLACIAIRE, GLACIATION,<\/p>\n<p><u>Le fer \u00e0 l\u2019origine de l\u2019\u00e2ge glaciaire. L\u2019hypoth\u00e8se \u00e0 30 ans, mais elle se porte bien. <\/u>H. Stoll (2020)<\/p>\n<p>La Terre est grande et la quantit\u00e9 de chaleur qu\u2019elle contient ne peut changer que tr\u00e8s lentement. Que s\u2019est-il donc pass\u00e9 ces quelques derniers 100&rsquo;000 ans quand est survenu l\u2019\u00e2ge glaciaire. La r\u00e9ponse se devine sur la figure (a) ci-dessous\u00a0; la concentration en CO2 dans l\u2019atmosph\u00e8re est doucement descendue de 260 ppm \u00e0 190. Apr\u00e8s quoi, elle est remont\u00e9e en rien de temps &#8211; moins de 10&rsquo;000 ans &#8211; \u00e0 la valeur traditionnelle de 260 ppm autour de laquelle notre atmosph\u00e8re se tient \u00e0 peu pr\u00e8s depuis plus de 3 millions d\u2019ann\u00e9es. Cette perte momentan\u00e9e de CO2 dans l\u2019atmosph\u00e8re est remarquable. Elle implique que 200 GT de CO2 ont \u00e9t\u00e9 retir\u00e9s de l\u2019atmosph\u00e8re. C\u2019est beaucoup.<\/p>\n<p><img data-recalc-dims=\"1\" loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignnone size-large wp-image-1390\" src=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/fig-iron-age.png?resize=604%2C433&#038;ssl=1\" alt=\"\" width=\"604\" height=\"433\" srcset=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/fig-iron-age.png?resize=1024%2C734&amp;ssl=1 1024w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/fig-iron-age.png?resize=300%2C215&amp;ssl=1 300w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/fig-iron-age.png?resize=768%2C550&amp;ssl=1 768w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2020\/03\/fig-iron-age.png?w=1398&amp;ssl=1 1398w\" sizes=\"auto, (max-width: 604px) 100vw, 604px\" \/><\/p>\n<p>Vient alors la deuxi\u00e8me question. O\u00f9 donc est pass\u00e9 ce CO2 qui n\u2019a pas vraiment disparu puisque qu\u2019il est revenu tr\u00e8s vite il y a entre 16 et 10 mille ans\u00a0? En 1990, J. H. Martin, un oc\u00e9anographe &#8211; et non un climatologue &#8211; a propos\u00e9 l\u2019hypoth\u00e8se que le C manquant dans l\u2019atmosph\u00e8re a \u00e9t\u00e9 biologiquement fix\u00e9 dans la mer quand celle-ci a \u00e9t\u00e9 fertilis\u00e9e par le fer de la poussi\u00e8re que le vent transportait depuis les terres arides. Tr\u00e8s contest\u00e9e pendant longtemps, l\u2019hypoth\u00e8se de Martin est maintenant g\u00e9n\u00e9ralement accept\u00e9e. Elle est bien soutenue par de nombreuses donn\u00e9es, par exemple par les mesures du fer d\u00e9pos\u00e9 au cours du temps dans les glaces de l\u2019Antarctique. (2<sup>e<\/sup> partie de la figure ci-dessous). Les tenants de la geoingenierie l\u2019ont bien compris\u00a0; ils s\u2019exercent assid\u00fbment \u00e0 engraisser artificiellement la mer avec du fer pour stimuler son activit\u00e9 biologique et, ainsi, faire croire qu\u2019ils vont sauver notre climat par fixation biologique du CO2 exc\u00e9dentaire de l\u2019atmosph\u00e8re. Ils croient pouvoir y gagner gros. Je crains que nous ayons surtout \u00e0 y perdre.<\/p>\n<p>Il n\u2019emp\u00eache que ce petit article est remarquable si on le met dans la perspective de notre temps. Vers la fin de la derni\u00e8re glaciation, il y a quelque 20&rsquo;000 ans, l\u2019atmosph\u00e8re contenait 70 ppm de moins de CO2 et la temp\u00e9rature \u00e9tait environ 4\u00b0C plus bas que durant les 10&rsquo;000 ann\u00e9es de calme climatique qui ont suivi et qui ont permis le d\u00e9veloppement des civilisations humaines. Depuis un si\u00e8cle et demi, l\u2019atmosph\u00e8re a pris 140 ppm de CO2 et la temp\u00e9rature \u00e0 cru de plus de 1\u00b0C en rapide croissance. C\u2019est une premi\u00e8re constatation. Elle n\u2019est pas prometteuse. C\u2019est-\u00e0-dire que si l\u2019\u00e2ge glaciaire fut une grosse affaire, ce qui vient risque d\u2019\u00eatre bien plus gros encore.<\/p>\n<p>La deuxi\u00e8me constatation est qu\u2019il est probablement vain d\u2019en appeler \u00e0 l\u2019activit\u00e9 solaire, \u00e0 l\u2019axe de rotation de la Terre, aux forces volcaniques ou aux courants marins pour expliquer le bouleversement de la derni\u00e8re \u00e9poque glaciaire. Peut-\u00eatre que tout n\u2019est qu\u2019une question de couverture v\u00e9g\u00e9tale. Si la v\u00e9g\u00e9tation est abondante et le sol bien fix\u00e9, alors la mer s\u2019appauvrit en sels min\u00e9raux et son activit\u00e9 biologique diminue. Si par contre la couverture v\u00e9g\u00e9tale faiblit et si s\u2019\u00e9tendent les zones arides ou d\u00e9sertiques alors l\u2019eau de ruissellement et le vent emportent la richesse du sol vers la mer dont l\u2019activit\u00e9 se trouve ainsi f\u00e9cond\u00e9e. Ce petit jeu est peut-\u00eatre \u00e0 l\u2019origine de la derni\u00e8re glaciation et de sa finition (qui nous fut fort utile). Je vous laisse reprendre le jeu en l\u2019adaptant \u00e0 la situation actuelle du climat, de la vie sur Terre et de la politique du Monde.<\/p>\n<p>Troisi\u00e8me remarque. L\u2019augmentation de CO2 dans l\u2019atmosph\u00e8re associ\u00e9e \u00e0 la fin de la derni\u00e8re p\u00e9riode glaciaire correspond \u00e0 200 GT. Actuellement, nous br\u00fblons 40 GT de combustibles fossiles par an. La mont\u00e9e qui a marqu\u00e9 la fin de la p\u00e9riode glaciaire s\u2019est faite en 6 \u2013 8&rsquo;000 ans. Actuellement, nous en faisons autant en 5 ans.<\/p>\n<p><em>A\u00efe, \u00e7a ne fait pas rigoler.<\/em><\/p>\n<p><em>Stoll, H. (2020). 30 years of the iron hypothesis of ice ages. <\/em><em>Nature, 578<\/em><em>(7795), 370-371. doi:10.1038\/d41586-020-00393-x<\/em><\/p>\n<p><em>Martin, J. H. (1990). <\/em><em>Glacial<\/em><em>\u2010<\/em><em>interglacial CO2 change: The Iron Hypothesis. <\/em><em>Paleoceanography, 5<\/em><em>, 1 &#8211; 13. doi:10.1029\/PA005i001p00001<\/em><\/p>\n<p><strong>Un projet d\u2019article avort\u00e9 pour Le Temps<\/strong><\/p>\n<p><em>C\u2019est le jour o\u00f9 je voulais envoyer l\u2019article que le Conseil f\u00e9d\u00e9ral a enfin pris des mesures fermes. <\/em><\/p>\n<p><strong>Du virus \u00e0 la pand\u00e9mie et retour.<\/strong><\/p>\n<p>13.03.2020<\/p>\n<p><em>Consid\u00e9rations d\u2019un citoyen inquiet (mais pas sp\u00e9cialement comp\u00e9tent.) <\/em><\/p>\n<p>Pour commencer, le virus Corona infecte une personne saine. Peu apr\u00e8s, celle-ci devient elle-m\u00eame infectieuse. Elle le reste jusqu\u2019\u00e0 ce qu\u2019elle soit gu\u00e9rie, strictement isol\u00e9e ou morte. Combien de temps\u00a0dure cette phase infectieuse? Je ne le sais pas, peut-\u00eatre un mois.<\/p>\n<p>Lorsqu\u2019une personne infectieuse rencontre une personne saine, il arrive qu\u2019elle lui transmette le virus. Ainsi, la maladie fait des petits. Combien\u00a0? Le\u00a0 plus souvent, on parle de deux \u00e0 trois, c\u2019est-\u00e0-dire que, durant le temps de sa maladie, un malade infecte, en moyenne, deux \u00e0 trois personnes. Ce chiffre \u2013 que l\u2019on d\u00e9signe par R<sub>0<\/sub>\u2013 est important. S\u2019il est plus grand que un, l\u2019\u00e9pid\u00e9mie se d\u00e9veloppe. S\u2019il est plus petit que un, elle d\u00e9cline et s\u2019arr\u00eate.<\/p>\n<p>Une valeur de R<sub>0<\/sub> autour de deux ou trois, ce n\u2019est pourtant pas \u00e9norme quand on pense aux innombrables rencontres d\u2019une personne pendant un mois de vie. De ces rencontres combien sont potentiellement infectieuses ? Je ne le sais pas, s\u00fbrement beaucoup, probablement des centaines. Appelons ce nombre N.<\/p>\n<p>Vu comme cela, on peut se dire que le virus n\u2019est pas tr\u00e8s contagieux. Le risque qu\u2019une rencontre conduise \u00e0 une infection n\u2019est pas bien grand, peut-\u00eatre est-il de l\u2019ordre d\u2019un pour cent, 0,01. Appelons ce nombre P.<\/p>\n<p>Ainsi, en moyenne, une personne contagieuse va, au cours de sa maladie, rencontrer N personnes saines et, chaque fois, la rencontre se solde par le risque P de transmettre la maladie. Durant ce temps, elle aura transmis sa maladie \u00e0 R<sub>0 <\/sub>personnes selon la formule\u00a0:<\/p>\n<p>R<sub>0<\/sub>=NxP.<\/p>\n<p>Non, il ne s\u2019agit pas ici de math\u00e9matiques sophistiqu\u00e9es\u00a0; il n\u2019emp\u00eache qu\u2019elles d\u00e9finissent exactement ce qui est se passe et ce qui va se passer. En Suisse actuellement, R<sub>0 <\/sub>est de l\u2019ordre de 2 ou 3. \u00c0 ce rythme l\u2019\u00e9pid\u00e9mie est en croissance explosive. C\u2019est une affaire de semaines, au mieux quelques mois, jusqu\u2019\u00e0 ce que toutes les personnes susceptibles soient atteintes. Comme le virus est nouveau, il est bien possible que personne ne soit r\u00e9sistant\u00a0; nous allons donc tous y passer et cela viendra tr\u00e8s vite. Le syst\u00e8me m\u00e9dical sera d\u00e9pass\u00e9. Je n\u2019ose pas imaginer le chaos qui nous attend\u2026 si nous laissons aller.<\/p>\n<p>R<sub>0<\/sub>, le nombre de personnes saines qu\u2019un malade infecte est donc le produit du nombre de rencontres multipli\u00e9 par le risque d\u2019infection lors d\u2019une rencontre. Ces deux nombres sont, pour une grande part, entre nos mains. En effet, il est souvent notre choix de rencontrer ou de ne pas rencontrer quelqu\u2019un. Plus encore, nous pouvons agir sur le risque que cause la rencontre. Comme il est constamment r\u00e9p\u00e9t\u00e9, on peut se tenir \u00e0 distance, \u00e9ternuer dans sa manche, se laver les mains, et bien plus encore. Combinant la diminution du nombre de rencontres avec la r\u00e9duction du risque \u00e0 chaque rencontre, il semble qu\u2019il ne serait pas difficile de diminuer consid\u00e9rablement\u00a0 R<sub>0 <\/sub>\u00a0et de sortir ainsi de la folle croissance actuelle de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie. Ce petit calcul arithm\u00e9tique est certainement l\u2019explication du fait que la Chine semble sur la bonne voie, la Cor\u00e9e du sud \u00e9galement et, aux derni\u00e8res nouvelles, l\u2019Italie s\u2019en approche peut-\u00eatre aussi. Ce serait aussi possible chez nous si\u2026<\/p>\n<p>\u2026 si nous le faisons tous ensemble et si les conditions le permettent.<\/p>\n<p>Mais nous n\u2019en sommes pas l\u00e0. Devant la pl\u00e9thore d\u2019opinions, de recommandations et d\u2019informations d\u00e9sordonn\u00e9es, Madame et Monsieur Tout-le-monde se sentent d\u00e9sempar\u00e9s. Tr\u00e8s concr\u00e8tement, que fait, le voyageur du m\u00e9tro bond\u00e9, le chef d\u2019\u00e9quipe d\u2019un atelier de production, la ma\u00eetresse devant sa classe enfantine et, moi ? Dans l\u2019incertitude, le Suisse se demande ce qu\u2019il faut faire, h\u00e9site et attend.<\/p>\n<p>Nous avons approuv\u00e9 et admir\u00e9 notre Conseil F\u00e9d\u00e9ral lorsqu\u2019il a d\u00e9cid\u00e9 d\u2019interdire les r\u00e9unions de plus de 1000 personnes. Depuis, comme si essouffl\u00e9 par son audace, il tergiverse alors que l\u2019\u00e9pid\u00e9mie explose et que nos pays voisins prennent v\u00e9ritablement le taureau par les cornes.<\/p>\n<p>Nous avons un urgent besoin directives responsables, claires, fortes. C\u2019est \u00e0 nos autorit\u00e9s de le faire. Nous n\u2019attendons que \u00e7a pour les suivre.<\/p>\n<p><strong>COVID-19. On aimerait comprendre. <\/strong>Consid\u00e9rations du19.03.2020.<\/p>\n<p>La r\u00e9gion de Wuhan et ses millions d\u2019habitants (disons 25) ont \u00e9t\u00e9 mis en quarantaine stricte \u00e0 fin janvier. Deux mois plus tard, avec moins de 100&rsquo;000 cas d\u2019infection enregistr\u00e9s, il semble qu\u2019il n\u2019y ait plus de nouvelles infections.<\/p>\n<p>Je ne comprends pas.<\/p>\n<p>L\u2019\u00e9pid\u00e9mie \u00e9tait en croissance exponentielle et voil\u00e0 qu\u2019elle s\u2019arr\u00eate alors que seulement une personne sur 250 a \u00e9t\u00e9 frapp\u00e9e. En principe, l\u2019\u00e9pid\u00e9mie avait tout pour continuer jusqu\u2019\u00e0 ce que la plus grande partie de la population soit contamin\u00e9e\u00a0; alors seulement, cesse le combat, faute de combattants. Pourquoi, \u00e0 Wuhan, s\u2019est-elle arr\u00eat\u00e9e tout au d\u00e9but de sa phase exponentielle\u00a0? Qu\u2019en sera-t-il dans les autres r\u00e9gions\u00a0?<\/p>\n<p>Avec quelques amis, nous avons essay\u00e9 de r\u00e9pondre \u00e0 cette question. Markus et Jean-Claude et ont apport\u00e9 les plus importantes contributions. L\u2019article du 16 mars 2020 de la \u00ab\u00a0COVID-19 Response Team\u00a0\u00bb de l\u2019Imperial College \u00e0 Londres (DOI\u00a0: <a href=\"https:\/\/doi.org\/10.25561\/77482\">https:\/\/doi.org\/10.25561\/77482<\/a>, copie chez moi)apporte de riches informations.<\/p>\n<p>Je r\u00e9sume ce \u00e0 quoi nous sommes arriv\u00e9s.<\/p>\n<p>Nous avons consid\u00e9r\u00e9 deux explications possibles.<\/p>\n<ul>\n<li>Une personne sur 250 a contact\u00e9 la maladie, mais, en fait, pratiquement toute la population a \u00e9t\u00e9 infect\u00e9e, sans toutefois pr\u00e9senter de sympt\u00f4me. L\u2019\u00e9pid\u00e9mie s\u2019est arr\u00eat\u00e9e parce que toute la population est devenue r\u00e9sistante. Ce serait magnifique qu\u2019il en soit ainsi. L\u2019\u00e9pid\u00e9mie ne serait alors plus qu\u2019un mauvais souvenir \u00e0 Wuhan, et il en sera bient\u00f4t de m\u00eame chez nous. H\u00e9las, cette hypoth\u00e8se n\u2019est probablement pas la bonne. Il semble en effet peu probable que la majorit\u00e9 de la population ait fait la connaissance du virus.<\/li>\n<li>Alors que la croissance exponentielle commen\u00e7ait \u00e0 peine, les autorit\u00e9s ont pris des mesures de confinement extr\u00eamement s\u00e9v\u00e8res de sorte qu\u2019aucun malade n\u2019a plus eu l\u2019occasion d\u2019infecter qui que ce soit. Le facteur R<sub>0, <\/sub>qui indique le nombre de personnes infect\u00e9es par un malade au cours de sa maladie, est tomb\u00e9 de 2,5 \u00e0 pratiquement z\u00e9ro. Le temps que les malades finissent leur maladie ou meurent, plus personne n\u2019\u00e9tait infectieux \u00e0 Wuhan. La situation n\u2019est pourtant que partie remise. Il suffit qu\u2019un malade r\u00e9apparaisse quand le confinement sera un peu rel\u00e2ch\u00e9 et l\u2019\u00e9pid\u00e9mie repartira comme en 14. Il faudra alors recommencer le confinement et entrer dans un cycle perp\u00e9tuel de rel\u00e2chement\/confinement que seuls un vaccin ou un bon m\u00e9dicament pourra faire cesser.<br \/>\nChez nous, la situation sera d\u2019autant plus probl\u00e9matique que nos soci\u00e9t\u00e9s ne sont pas dispos\u00e9es \u00e0 imposer des p\u00e9riodes de confinement aussi s\u00e9v\u00e8res qu\u2019en Chine et que la population de chez nous est probablement moins disciplin\u00e9e pour respecter les consignes. On peut donc s\u2019attendre que, le confinement \u00e9tant moins \u00e9tanche, la pand\u00e9mie va se poursuivre en Occident \u00e0 un niveau plus \u00e9lev\u00e9 qu\u2019en Chine. Le meilleur espoir de s\u2019en sortir bient\u00f4t reste avec un vaccin, mais on parle de nettement plus d\u2019une ann\u00e9e. Optimiste, je r\u00eave qu\u2019on fasse mieux. Il le faut parce que les grands-parents ne veulent pas se passer de jouer avec leurs petits enfants. Ils veulent aussi tourner la page du virus pour reprendre au plus vite l\u2019effort avec les Grands-parents pour le climat.<\/li>\n<\/ul>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Je vous conseille en particulier les chapitres suivants. &#8211; \u00a0 \u00a0Enfin une application de la cryomicroscopie \u00e9lectronique dont chacun verra l\u2019int\u00e9r\u00eat. Il s\u2019agit de la structure mol\u00e9culaire du spicule du virus Corona, \u00a0son organe d\u2019attaque. Science du 23 f\u00e9vr. &#8211;\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0La derni\u00e8re \u00e9poque glaci\u00e8re\u00a0a eu lien entre -100&rsquo;000 et -10&rsquo;000 ans. \u00c0 l\u2019origine de cet \u00e9norme [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":false,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[89],"tags":[429,424,342,110,212,426,427,154,430,306,76,205,431,425,428],"class_list":["post-1394","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-science-actualite","tag-age-glaciere","tag-cancer","tag-chine","tag-climat","tag-co2","tag-corona","tag-covid-19","tag-cryo-me","tag-epidemie","tag-fe","tag-genetique","tag-geoingenierie","tag-pandemie","tag-science-ouvert","tag-spicule"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack-related-posts":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/1394","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=1394"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/1394\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=1394"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=1394"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=1394"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}