{"id":763,"date":"2015-10-18T16:33:02","date_gmt":"2015-10-18T14:33:02","guid":{"rendered":"http:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=763"},"modified":"2015-10-22T14:01:15","modified_gmt":"2015-10-22T12:01:15","slug":"septembre-2015","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=763","title":{"rendered":"Septembre 2015"},"content":{"rendered":"

Les journaux\u00a0scientifiques lus par\u00a0Jacques en septembre 2015<\/strong><\/p>\n

(On garde l’oeil sur la cryo-me:
\nBai, X.-C., et coll., An atomic structure of human gamma-secretase.<\/em> Nature, 2015. 525<\/strong>: p. 213 – 217.
\nCallaway, E., The revolution will not be crystallized.<\/em> Nature, 2015. 525<\/strong>: p. 172 – 4.
\nBoekhoven, J., e. al., and J.H. van Esch, Transient assembly of active materials fueled by a chemical reaction.<\/em> Science 2015. 349<\/strong>(6252): p. 1075 – 9.
\nYan, C. and … Structure of a yeast spliceosome at 3.6\u00c5 resolution. .<\/em> Science, 2015. 349<\/strong>(6253): p. 1182 – 91.
\n11.9.15. Hang, J., et al., Structural basis of pre-mRNA splicing.<\/em> Science, 2015. 349<\/strong>(6253): p. 1191 – 98.
\n18.9.15. Liu, H. and L. Cheng, Cryo-EM shows the polymerase structures and a nonspooled genome within a dsRNA virus.<\/em> Science, 2015. 349<\/strong>(6254): p. 1347 -1350.
\n24.9.15. Des Georges, A., et al., Structure of mammalian eIF3 in the context of the 43S preinitiation complex.<\/em> Nature, 2015. 525<\/strong>: p. 491 – 495.)<\/p>\n

 <\/p>\n

3.9.15 Nature 525.<\/strong><\/p>\n

– 7. OGM. \u00c9ditorial. Les USA revoient la copie.<\/u> En ce qui concerne les OGM pour l’agriculture, les USA avaient une r\u00e8gle forte: pas de probl\u00e8me pour tout ce qui est \u00ab\u00a0substantiellement \u00e9quivalent\u00a0\u00bb aux produits naturels. Ainsi, rien ne pouvait \u00eatre ajout\u00e9 aux arguments du genre: \u00ab\u00a0regardez le ma\u00efs GM, c’est du ma\u00efs\u00a0\u00bb ou, \u00ab\u00a0une modification g\u00e9n\u00e9tique n’est rien d’autre que ce que fait la nature\u00a0\u00bb. Seulement voil\u00e0, avec CRISPR et les nouvelles promesses de la g\u00e9n\u00e9tique, ces arguments seront bient\u00f4t intenables. Le 2 juillet, John Holdren, le conseiller scientifique d’Obama a demand\u00e9 que la question soit reconsid\u00e9r\u00e9e. La position US se rapprochera peut-\u00eatre de la position EU. Pas trop vite toutefois. Alors que l’\u00c9tat du Vermont est le premier \u00e0 exiger que les OGM soit d\u00e9sign\u00e9s comme tels dans le commerce, la Chambre des repr\u00e9sentants \u00e0 in peto <\/em> pass\u00e9 la loi interdisant ce genre d’intervention!<\/p>\n

– 11. ENVIRONNEMENT. Seulement 35% des 9,5 millions de tonnes d\u2019objets \u00e9lectriques ou \u00e9lectroniques de l\u2019EU sont recycl\u00e9s correctement.<\/p>\n

– 14 – 15. PHYSIQUE, CRYPTOGRAPHIE, ENLACEMENT. Gilles, Fran\u00e7ois R. La notion d\u2019enlacement en physique quantique est \u00e9trange. On agit sur une particule ici et imm\u00e9diatement, l\u00e0-bas, sa partenaire en tire les cons\u00e9quences. Explication de la logique traditionnelle: (i) l\u2019accord entre les deux particules \u00e9tait inscrit en variable cach\u00e9e \u00e0 l\u2019origine de l\u2019enlacement. Non, dit la physique quantique (ii) c\u2019est au moment de l\u2019action sur la premi\u00e8re que se passe aussi l\u2019effet sur la deuxi\u00e8me; l\u2019enlacement est un ph\u00e9nom\u00e8ne non localis\u00e9. Difficile \u00e0 avaler, cette apparente action\u00a0instantan\u00e9e \u00e0 grande distance. Peut-on y croire ou ne sont-ce que des mots?<\/p>\n

En 1960, John Bell d\u00e9montre que, sous certaines conditions, l\u2019explication (i) est exclue dans un syst\u00e8me enlac\u00e9. Depuis 1980 \u00a0plusieurs exp\u00e9riences ont r\u00e9alis\u00e9 les fameuses conditions de l\u2019in\u00e9galit\u00e9 de Bell. Chaque fois, \u00a0l\u2019interpr\u00e9tation quantique a \u00e9t\u00e9 confirm\u00e9e, mais chaque fois, certains y ont trouv\u00e9 \u00e0 redire; un coin sombre quelque part laissait place \u00e0 l\u2019incertitude.<\/p>\n

Apparemment, l\u2019exp\u00e9rience rigoureuse vient d\u2019\u00eatre r\u00e9alis\u00e9e \u00e0 Delft (Benson et coll. http:\/\/arxiv.org\/abs\/1508.05949<\/a>\u00a0(2015)). A. Zeilinger (le pape autrichien du domaine) affirme: \u201cC\u2019est prouv\u00e9, la cryptographie quantique peut \u00eatre absolument sure\u201d.<\/p>\n

Fran\u00e7ois, es-tu d\u2019accord et veux-tu m\u2019expliquer?<\/em><\/p>\n

– 16- 17. GENETIQUE, \u00c9THIQUE. Divulguer ce qui se lit dans le g\u00e9nome.<\/u>\u00a0Pour les Biobanques, les Anglais sont les premiers. Depuis 2007 ils collectionnent les donn\u00e9es du g\u00e9notype (l\u2019ADN) et du ph\u00e9notype (l\u2019\u00e9tat physique) de 500\u2019000 personnes. La proc\u00e9dure, fix\u00e9e au d\u00e9part ne communique pas aux participants les r\u00e9sultats individuels que l\u2019analyse r\u00e9v\u00e8le. En janvier de cette ann\u00e9e, le NIH (US) a lanc\u00e9 \u00e0 grand bruit \u00a0la \u201cPrecision Medicine Initiative\u201d PMI visant cette fois 1 million d\u2019Am\u00e9ricains. La proc\u00e9dure selon laquelle se fera la r\u00e9colte et l\u2019utilisation des donn\u00e9es est en \u00e9laboration. Depuis 2007, la situation a chang\u00e9; les gens veulent savoir et il ne semble pas que les \u00e9ventuelles mauvaises nouvelles qui pourraient \u00eatre r\u00e9v\u00e9l\u00e9es induisent de graves perturbations chez ceux qui les re\u00e7oivent. Faut-il ne rien dire comme les Anglais, ne dire qu\u2019\u00e0 ceux qui le demandent, dire \u00e0 tous? La tendance actuelle va plut\u00f4t vers cette 3e possibilit\u00e9. Personnellement, j\u2019ai des doutes. OK\u00a0peut-\u00eatre\u00a0 pour faire face \u00e0 une probabilit\u00e9 accrue de cancer, OK m\u00eame, \u00e0 la rigueur et prudemment, pour Alzheimer ou autres maladies pour lesquelles on ne dispose pas de\u00a0traitement. Mais que faire quand les donn\u00e9es comprendront des profils du caract\u00e8re et des \u00a0indications sur le QI? \u00c0 mon avis, ce ne sera pas dans tr\u00e8s longtemps et j\u2018aimerais que l\u2019on soit prudent et retenu.<\/em><\/p>\n

– 1032 – 3, voir aussi Science 349, 1032. G\u00c9OLOGIE. French & Romanowicz. Steven. De larges colonnes montent de la base du manteau jusque sous les points chauds de la surface.<\/u> Les articles de g\u00e9ologie sont encore plus nombreux que ceux de cryo-ME – c’est dire – et pourtant, syst\u00e9matiquement, je n’y comprends rien, ou plut\u00f4t, je n’arrive pas \u00e0 m’y int\u00e9resser. Mais voici autre chose. Prenant avantage de l’effet sismique des grands tremblements de terre, les auteurs croient pouvoir faire un mod\u00e8le 3D des colonnes chaudes montant de la base du manteau, \u00e0 presque 3000 km de profondeur, vers la surface. Ces colonnes sont beaucoup plus larges est continue que ce que l’on croyait savoir et elles sont associ\u00e9es \u00e0 des points chauds en surface, c’est-\u00e0-dire, \u00e0 des zones volcaniques. Jusqu’ici, on attribuait la mont\u00e9e de la chaleur du noyau \u00e0 une lente convection du volume du manteau. Ce m\u00e9canisme de transport de chaleur devra \u00eatre recalibr\u00e9 s’il se confirme que la contribution des plumes aux 44 TW du flux total est consid\u00e9rablement plus grande que dans les mod\u00e8les actuels. Dans ce cas, la distribution de l’apport de chaleur \u00e0 la croute devra \u00eatre r\u00e9vis\u00e9e. Comme toujours dans les reconstructions 3D, il s’agit de ne pas faire ressortir une structure par s\u00e9lection de bruit. Certains pensent que les r\u00e9sultats pr\u00e9sent\u00e9s d\u00e9passent les donn\u00e9es. Faut-il attendre les prochains grands tremblements de terre?<\/p>\n

– 36 – 7, \u00a0<\/em>56 – 61, 129 – 133. M\u00c9DECINE, AMYOTROPHIC LATERAL SCLEROSIS. ALS est une maladie neurod\u00e9g\u00e9n\u00e9rative mortelle que l’on ne sait pas traiter. Elle peut \u00eatre caus\u00e9e par des mutations associ\u00e9es \u00e0 diff\u00e9rents g\u00e8nes, mais la mutation impliquant la r\u00e9p\u00e9tition de la s\u00e9quence G4<\/sub>C2<\/sub> de la r\u00e9gion C9ORF72 est souvent mise en \u00e9vidence. Jusqu’ici, on ne connaissait pas le r\u00f4le de ce g\u00e8ne. La s\u00e9quence G4<\/sub>C2 <\/sub>qui est normalement r\u00e9p\u00e9t\u00e9e 2 ou 3 fois est multipli\u00e9e chez les individus malades. L’ARN transcrit de cette s\u00e9quence r\u00e9p\u00e9titive allong\u00e9e \u00e0 la propri\u00e9t\u00e9 de former une bizarre structure en quadruple h\u00e9lice; qu’elle soit perturbatrice n’est pas surprenant, mais comment agit-elle? Myst\u00e8re. Deux articles du pr\u00e9sent num\u00e9ro, ainsi qu’un 3e dans un journal du m\u00eame groupe, apportent une r\u00e9ponse. Pour ce faire les auteurs des deux premiers articles (je n’ai pas lu le 3e) expriment la s\u00e9quence r\u00e9p\u00e9t\u00e9e G4<\/sub>C2<\/sub> dans la mouche drosophile afin d’identifier les prot\u00e9ines perturb\u00e9es. Les strat\u00e9gies sont subtiles, le travail est consid\u00e9rable; pour ne pas s’arr\u00eater \u00e0 la drosophile, les auteurs \u00e9tendent leur \u00e9tude aux cellules neuronales humaines. R\u00e9sultat: la prot\u00e9ine RanGAP des pores nucl\u00e9aires et celles qui lui sont associ\u00e9es se r\u00e9v\u00e8lent au coeur du probl\u00e8me. ALS apparait ainsi \u00eatre la cons\u00e9quence d’une perturbation du transport entre le noyau cellulaire et le cytoplasme. L’\u00e9tape est importante, mais ce n’est qu’un d\u00e9but. La panne n’est pas r\u00e9par\u00e9e quand on a identifi\u00e9 la r\u00e9gion d\u00e9fectueuse. Les deux groupes s’y sont quand m\u00eame essay\u00e9s, mais r\u00e9ussir \u00e0 inverser le sympt\u00f4me introduit chez la drosophile est encore loin d’une th\u00e9rapie humaine.<\/p>\n

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– 277. MAT\u00c9RIAUX, SUPRACONDUCTEURS. Manu. La supraconductivit\u00e9 est classiquement limit\u00e9e \u00e0 des temp\u00e9ratures ne d\u00e9passant pas 30\u00b0K. En 1986, M\u00fcller et Bednorz d\u00e9couvrirent \u00e0 Z\u00fcrich qu’un \u00e9trange alliage appel\u00e9 cuprate peut \u00eatre conducteur \u00e0 plus haute temp\u00e9rature. Le record actuel pour ces mat\u00e9riaux est de 133\u00b0K (-140\u00b0C), un peu plus sous haute pression. Ennuyeux pour les th\u00e9oriciens, la supraconductivit\u00e9 dans les cuprates reste mal comprise. Ici est rapport\u00e9 que le groupe de Drozdov \u00e0 Mainz a montr\u00e9 que H2S (le gaz des oeufs pourris) peut rester supraconducteur jusqu’\u00e0 -70\u00b0C (nouveau record). Avantage: le mat\u00e9riau est relativement simple et la th\u00e9orie habituelle de la supraconductivit\u00e9 semble s’appliquer. Les th\u00e9oriciens sont de nouveau \u00e0 l’aise. Ils pr\u00e9voient que d’autres compos\u00e9s semblables devraient \u00eatre plus favorables. Petit probl\u00e8me: ce beau r\u00e9sultat est obtenu \u00e0 une pression de 1.5 million d’atmosph\u00e8res (10 fois la pression au centre de la Terre). Qu’importe, la course aux supraconducteurs \u00e0 temp\u00e9rature ambiante est relanc\u00e9e. \u00c7a va chauffer.<\/p>\n

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– 43 – 4, 91 – 4. EAU, ENVIRONNEMENT, AGRICULTURE. Christine, Ted F. Une nouvelle fa\u00e7on de penser l’irrigation. Evaristo et coll. L’eau que transpirent les plantes ne provient pas du m\u00eame r\u00e9servoir que celle des fleuves.<\/u> On imagine la pluie, elle mouille le sol, les plantes en profitent, une partie s’\u00e9vapore, le reste part aux fleuves. Affaire vue! Pas si vite toutefois! L’analyse des rapports isotopiques de O et H montre que l’eau qu’\u00e9vapore les plantes se distingue statistiquement de l’eau qui coule aux rivi\u00e8res. En d’autres termes, il semble plut\u00f4t que la pluie se distribue en compartiments relativement distincts. L’un est utilis\u00e9 par les plantes, un autre s’\u00e9coule. Ainsi, pour la culture se pose la question: comment garder l’eau d’irrigation dans le compartiment utilis\u00e9 par les plantes sans la laisser filer au compartiment circulant. La r\u00e9ponse sera difficile \u00e0 trouver tant que l’on ne sait pas ce que sont ces deux compartiments. Les auteurs n’en parlent pas. Une solution pourrait \u00eatre que la structure du sol aurait deux composantes: (i) des canaux relativement larges dans lesquels l’eau s’\u00e9vacue rapidement et (ii) le reste du volume, tenu par les plantes, dans lequel l’eau bloqu\u00e9e par capillarit\u00e9 ne circule pas. Je vois une vague analogie avec l’eau dans le corps. Il y a celle qui coule rapidement avec le sang et il y a celle qui est mobilis\u00e9e dans les cellules o\u00f9 elle reste relativement fix\u00e9e. Il se pourrait aussi que la s\u00e9paration soit temporelle. Il y aurait des moments de la journ\u00e9e o\u00f9 l’eau circule diff\u00e9remment. Ce peut-il que ce cloisonnement soit le r\u00e9sultat de la co\u00e9volution de la vie et du sol, la premi\u00e8re ayant fa\u00e7onn\u00e9e le second pour s’approprier l’eau de mani\u00e8re plus efficace comme il y a eu, il y a 2 milliards d’ann\u00e9es, la co\u00e9volution de la vie et de l’atmosph\u00e8re origine de l’oxyg\u00e8ne de notre air actuel. Tout ceci me fait penser \u00e0 Darwin et son dernier livre sur les vers de terre par lequel il montre comment ceux-ci \u00e9laborent le sol, support de la riche vie dont ils font la leur (fa\u00e7on de parler, n’accusons pas Darwin d’\u00eatre finaliste).<\/em> Finalement, les auteurs font remarquer que leur r\u00e9sultat appelle aussi \u00e0 repenser la fixation du CO2 dissout de l’air et fix\u00e9 par les roches, un processus sur lequel il faudra bien s’appuyer si, un jour, on veut revenir \u00e0 un niveau plus tol\u00e9rable de CO2 dans l’atmosph\u00e8re.<\/p>\n

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4.09.15. Science 349, 6522. <\/strong> Un no. peu inspirant.<\/p>\n

– 1048 – 51. DEVELOPEMENT DURABLE, POLITIQUE. Lucy, Arjun. <\/strong>Agenda de l’ONU pour un d\u00e9veloppement durable : 2030. <\/u>Les buts du mill\u00e9naire de l’ONU pour 2015 arrivent \u00e0 terme. Ils ont le m\u00e9rite d’exister. On a dit dans ce blog toutes les r\u00e9ticences que l’on peut formuler \u00e0 leur propos. La conf\u00e9rence du 25-27.9. lance une tranche suivante, le Sustainable Development Goals (SDG) dont il est ici question. W. Colglazier est peu enthousiaste. En gros, l’effort n’est pas assez focalis\u00e9 sur la construction d’une soci\u00e9t\u00e9 bas\u00e9e sur la connaissance. \u00c0 suivre.<\/p>\n

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10 – 11. 09.15. Retraite du CIG <\/strong>(Centre int\u00e9gratif de g\u00e9nomique de l’UNIL) aux Diablerets. <\/strong><\/p>\n

EPIG\u00c9N\u00c9TIQUE, NUTRITION. Laur\u00e9e. Les petits RNA du lait maternel \u00ab\u00a0parlent-ils\u00a0\u00bb de la m\u00e8re au b\u00e9b\u00e9?<\/u> L’ADN se transcrit en mRNAs porteurs du message des g\u00e8nes codant pour les prot\u00e9ines. Ils ne repr\u00e9sentent que 1-2% de tout ce qui est inscrit dans l’ADN. On sait depuis une 20aine d’ann\u00e9es que le reste n’est pas du \u00ab\u00a0junk DNA\u00a0\u00bb (ADN poubelle), mais qu’une grande partie est aussi transcrite, le plus souvent en petits ARNs (miRNAs) dont beaucoup fonctionnent comme r\u00e9gulateur de l’expression des g\u00e8nes. Ils sont des vecteurs essentiels de l’\u00e9pig\u00e9n\u00e9tique. On se rappelle aussi que les m\u00e9dias populaires et le grand public se sont saisis du domaine en y ajoutant beaucoup de b\u00eatises.<\/p>\n

R\u00e9cemment, il a \u00e9t\u00e9 d\u00e9couvert que le lait maternel contient passablement de miRNAs. L’hypoth\u00e8se a \u00e9t\u00e9 faite que, par leur interm\u00e9diaire, la m\u00e8re pourrait contr\u00f4le efficacement l’expression des g\u00e8nes du b\u00e9b\u00e9 m\u00eame bien apr\u00e8s la naissance. On voit ce que les fans de l’\u00e9pig\u00e9n\u00e9tique ont pu en faire. Toutefois pour que l’effet puisse exister, il faudrait que ces RNAs passent intactes la barri\u00e8re intestinale de l’enfant et entrent dans les cellules. Markus Stoffel de Z\u00fcrich a \u00e9tudi\u00e9 cette possibilit\u00e9. Sa conclusion est: non; il ne d\u00e9tecte pas de miRNAs maternels dans les cellules du b\u00e9b\u00e9 alors que sa limite de d\u00e9tection est largement inf\u00e9rieure \u00e0 un miRNA par cellule. Ainsi donc, l’ARN du lait maternel est sans doute utile \u00e0 l’enfant en tant que substance nutritive, mais pas comme messager.<\/p>\n

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BIOPYSIQUE, ADN, NOEUDS. Andrzej, Laur\u00e9e, Urs, Isabelle, Emmanuel, Lucy, Gilles, Cl\u00e9ment. Comment d\u00e9nouer l’ADN?<\/u> Les noeuds de l’ADN \u00e9taient un des sujets de recherche de mon labo \u00e0 l’UNIL. C’est Andrzej qui menait le travail. Il continue. Il me met au courant. (Racko, D., et al., Generation of supercoils in niked and gapped DNA drives DNA unknotting and postreplictive decatenation. .<\/em> Nucleic Acids Research, 2015. 43<\/strong>(15): p. 7229 – 7236.)
\nL’ADN est un filament form\u00e9 de 2 brins entortill\u00e9s, referm\u00e9s en larges boucles. Lors de la r\u00e9plication cellulaire, les brins doivent \u00eatre d\u00e9sentortill\u00e9s pour pouvoir \u00eatre s\u00e9par\u00e9s. Le probl\u00e8me est s\u00e9v\u00e8re puisque, pour l’ADN humain, l’entortillement total correspond \u00e0 300 millions de tours d’un brin autour de l’autre. Le processus de r\u00e9plication est con\u00e7u[1]<\/a> pour r\u00e9duire l’entortillement, mais \u00e0 la fin, il reste toujours quelques noeuds ou quelques cat\u00e9nations (une boucle passe dans l’autre; on dit aussi enlacement, c’est plus joli) qu’il faut absolument r\u00e9soudre. Pour ce faire, la nature dispose de l’enzyme topoisom\u00e9rase qui fait passer sens dessus dessous deux fragments en contact. \u00c0 cette fin, il faut mettre les deux portions d’ADN l’une contre l’autre, en couper l’une compl\u00e8tement et la renouer apr\u00e8s l’avoir fait passer de l’autre c\u00f4t\u00e9 de l’autre filament. On note que pour ce faire, il faut couper les deux brins d’un filament. Par cette proc\u00e9dure la topoisom\u00e9rase peut, en principe, d\u00e9faire n’importe quel noeud ou enlacement. Seulement voil\u00e0, \u00e7a ne va pas marcher! Le filament d’ADN est immense \u00e0 son \u00e9chelle et il est condens\u00e9 en une pelote dense. Imaginez venir avec votre ciseau, couper le filament par ci et l\u00e0, et le recoller un peu plus loin. Vous n’allez qu’augmenter le cheni. Comme on le sait, d\u00e9faire un noeud est vite terriblement difficile et les noeuds de l’ADN semblent particuli\u00e8rement \u00e9pouvantables. Ceci est un grand myst\u00e8re de la vie: quelle est l’intelligence de la topoisom\u00e9rase qui lui permet de d\u00e9nouer l’ADN lors de la r\u00e9plication?<\/p>\n

La solution, Andrzej pense l’avoir – pas lui tout seul bien s\u00fbr, mais sa contribution est importante. L’id\u00e9e de base est la suivante. Le filament d’ADN est souple \u00e0 la flexion, mais il faut de l’\u00e9nergie pour le plier fortement. Dans un long filament d’ADN nou\u00e9 ou dans deux longs filaments enlac\u00e9s, rien ne l’oblige \u00e0 \u00eatre fortement courb\u00e9. Il en va autrement si le noeud est serr\u00e9 ou si l’enlacement est sous tension. Revenons \u00e0 l’exercice du ciseau: si la topoisom\u00e9rase coupe seulement o\u00f9 l’ADN est fortement pli\u00e9, alors, elle ne peut que d\u00e9nouer. C’est automatique, c’est g\u00e9om\u00e9trique. Dessinez et essayez, vous verrez! L’id\u00e9e est bonne, mais elle ne r\u00e9sout rien parce que, normalement, l’ADN n’est pas sous tension; les noeuds sont l\u00e2ches, les enlacements sont l\u00e2ches. L\u00e0 encore, la nature a sa solution: la gyrase, autre prot\u00e9ine magnifique. Elle s’accroche quelque part \u00e0 l’ADN, elle coupe un brin – un seul – le fait tourner d’un tour dans le sens des aiguilles de la montre[2]<\/a> autour de l’autre brin et recolle le brin coup\u00e9. Ni vu ni connu! Non, pas tout \u00e0 fait, car, pour agir, la gyrase brule de l’\u00e9nergie dont une partie se retrouve sous forme de torsion dans la mol\u00e9cule d’ADN. La torsion n’est pas le pliage ni la courbure dont nous avons besoin, pourtant, et ceci est un tr\u00e8s beau chapitre de la g\u00e9om\u00e9trie diff\u00e9rentielle des courbes, ces deux grandeurs jouent subtilement l’une avec l’autre. Ici n’est pas le lieu d’en expliquer les fondements math\u00e9matiques, mais la simulation que Andrzej et son groupe ont r\u00e9alis\u00e9e \u00e9clairent le m\u00e9canisme. Le petit film ci-contre (cliquer 2x) d\u00e9bute avec deux mol\u00e9cules d’ADN relax\u00e9es, mais doublement enlac\u00e9es. Les points violets repr\u00e9sentent deux mol\u00e9cules de gyrase attach\u00e9es \u00e0 l’ADN. Elles se mettent au travail et accumulent de plus en plus de torsion dans les filaments. Ceux-ci se r\u00e9arrangent dans la forme surenroul\u00e9e que ceux qui ont jou\u00e9 avec des avions \u00e0 h\u00e9lice connaissent bien. Aux deux bouts du surenroulement – les apex – sont les seules r\u00e9gions qui sont n\u00e9cessairement fortement courb\u00e9es. C’est l\u00e0.que la topoisom\u00e9rase qui ne s’attache qu’\u00e0 l’ADN fortement courb\u00e9 (point vert) vient op\u00e9rer. Treize secondes avant la fin du film la g\u00e9om\u00e9trie est \u00e9tablie. Trois secondes plus tard, le premier d\u00e9senlacement est effectu\u00e9. \u00c0 7 secondes de la fin du film, les mol\u00e9cules nagent librement. Merci la topo, merci la gyrase, sans elles nous ne pourrions vivre.<\/p>\n

Fig-5-decatenation<\/a><\/p>\n

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10.9.2015 Nature 525<\/strong><\/p>\n

– 167 – 8; ORDINATEUR, CRYPTOGRAPHIE. Gilles, Fran\u00e7ois (pour m’expliquer). La cryptographie face \u00e0 l’ennemi quantique.<\/u> Le bit des ordinateurs prend la valeur 0 ou 1. Le q-bit des ordinateurs quantiques prend la valeur + 1 et z\u00e9ro, mais aussi -1 et -0 (eh oui!) et ceci d’une mani\u00e8re qui ne se d\u00e9finit que lors de la r\u00e9alisation de la fonction virtuelle \u00e0 laquelle ils sont associ\u00e9s. Pour des raisons qui me d\u00e9passent, il existe des probl\u00e8mes extr\u00eamement longs \u00e0 r\u00e9soudre par un ordinateur traditionnel, mais qui, en principe, sont r\u00e9solus facilement par un ordinateur quantique (Shore 1944). Ceci est le cas en particulier pour la factorisation des grands nombres sur laquelle repose la plupart des m\u00e9thodes de cryptographie actuelles.<\/p>\n

Pour faire un q-bit, il faut associer deux particules par un enlacement stable (l ‘enlacement quantique dont il s’agit ici a peu \u00e0 voir avec l’enlacement physique dont il est question ci-dessus pour l’ADN; il s’agit de cette \u00e9trange association non localis\u00e9e qui donne l’impression que les composantes communiquent instantan\u00e9ment). Mes journaux rapportent presque chaque semaine les progr\u00e8s r\u00e9alis\u00e9s dans l’\u00e9laboration de q-bits. Toutefois, les processus semblent compliqu\u00e9s et les r\u00e9sultats ne sont gu\u00e8re stables. De l\u00e0 \u00e0 faire un montage comparable \u00e0 celui des transistors dans un ordinateur classique, le chemin semble encore long. Pas tellement disent certains, car un ordinateur quantique pourrait tol\u00e9rer les erreurs mieux que son correspondant classique.<\/p>\n

Et puis, il y a ceux qui pr\u00e9tendent avoir r\u00e9solu le probl\u00e8me et qui offrent – ou annoncent offrir pour bient\u00f4t – des ordinateurs quantiques fonctionnels. Ainsi, la firme canadienne D-Wave systems pr\u00e9sente un processeur quantique de 1152 q-bits qui pourrait fonctionner (Science, 28.8. 15, p 906). Saura-t-il faire les calculs r\u00e9alistes? La question est ouverte, mais m\u00eame si la r\u00e9ponse n’est pas favorable, l’est-elle d’avantages chez les militaires qui, avec les moyens financiers dont ils disposent, doivent bien avoir deux ans d’avance sur la recherche acad\u00e9mique ou priv\u00e9e? Alors, o\u00f9 en est-on avec l’ordinateur quantique? La r\u00e9ponse est qu’on ne le sait pas.<\/p>\n

… Et c’est ennuyeux, car la possibilit\u00e9 de casser tous les syst\u00e8mes de codages actuels est fort d\u00e9stabilisante. Tous les secrets militaires, les transactions financi\u00e8res, les communications priv\u00e9es… tout sera par terre le jour o\u00f9 un ordinateur quantique fonctionnera comme imagin\u00e9. En principe, on devrait pouvoir inventer des codes que l’ordinateur quantique ne pourra pas casser, mais, quel travail pour les mettre au point et surtout, comme si n\u2019assurer qu’aucun petit malin n’en viendra \u00e0 bout un jour comme ce sera le cas pour notre syst\u00e8me RAS que l’on imaginait pour toujours inviolable!<\/p>\n

Et que penser de l\u2019autre petit malin qui, pr\u00e9parant le jour o\u00f9 l’ordinateur quantique sera pr\u00eat, enregistre aujourd’hui les donnes sensibles; elles prendront alors toute leurs valeurs dont il saura faire usage. Snowden pourrait avoir des successeurs.<\/p>\n

– 165, 193 – 4, 247 – 55. M\u00c9DECINE, ALZHEIMER. Alzheimer est-elle une maladie contagieuse?<\/u> Le kuru est une maladie neurologique mortelle observ\u00e9e dans les populations premi\u00e8res de Born\u00e9o. Elle apparait apr\u00e8s une latence de dizaines d’ann\u00e9es chez des personnes ayant mang\u00e9 du cerveau de familiers malades. La maladie de la vache folle est de m\u00eame nature. C’est en y travaillant que furent d\u00e9couverts les prions, ces fragments prot\u00e9iques autocatalytiques de leur propre transition pathologique. Le pr\u00e9sent article rapporte que des personnes ayant \u00e9t\u00e9 trait\u00e9es par l’hormone de croissance d’origine humaine d\u00e9veloppent une pathologie comparable \u00e0 Alzheimer. Le lien entre Alzheimer et les prions est ainsi pr\u00e9cis\u00e9. L’inqui\u00e9tude que la maladie d’Alzheimer – et sa cousine Parkinson – puisse \u00eatre contagieuses apr\u00e8s un tr\u00e8s long temps de latence a de quoi inqui\u00e9ter.<\/p>\n

 <\/p>\n

– 170 – 1, 201 – 5. \u00c9COLOGIE, FOR\u00caT. Crowther et coll. Combien d’arbres y a-t-il dans le monde<\/u>? L’estimation courait qu’il y avait environ 400.109 <\/sup>arbres dans le monde. Le premier comptage s\u00e9rieux est publi\u00e9 ici. Il est bas\u00e9 sur les comptages au sol couvrant pr\u00e8s de 4000 km2 <\/sup>qui permettent d’\u00e9talonner les donn\u00e9es satellitaires. Le r\u00e9sultat est 7 fois plus \u00e9lev\u00e9 que l’estimation pr\u00e9c\u00e9dente: 3 mille-milliards. Ceci est une semi-bonne nouvelle, car le nombre d’arbres coup\u00e9 par ann\u00e9e est aussi revu \u00e0 la hausse – 15 milliards. On apprend aussi que, globalement, depuis que l’homme s’est mis \u00e0 l’agriculture, le nombre d’arbres a \u00e9t\u00e9 divis\u00e9 par deux.<\/p>\n

J’en tire deux conclusions: (i) 422 arbres pour chaque humain, c’est beaucoup; ne disons pas que nous sommes trop nombreux. (ii) C’est quand m\u00eame incroyable qu’une grandeur apparemment aussi basique et simple ait \u00e9t\u00e9 pareillement m\u00e9sestim\u00e9e jusqu’ici. Delphine et Marinette faisaient mieux dans le joli conte \u00ab\u00a0Le devoir\u00bb.<\/p>\n

– 172 – 4, 213 -217. R\u00c9VOLUTION, CRYO-ME, PROT\u00c9INE MEMBRANNAIRE, ALZHEIMER. La r\u00e9volution ne sera pas cristallis\u00e9e<\/u> (voir fig.; il s’agit d’un jeu de mots).<\/p>\n

Il y a 112’000 entr\u00e9es dans la grande base des donn\u00e9es de structures mol\u00e9culaires (PDB). La majorit\u00e9 a \u00e9t\u00e9 r\u00e9solue par diffraction des rayons X (DX). Parmi elles, seulement 3’000 se rapportent \u00e0 des prot\u00e9ines membranaires, bien que celles-ci repr\u00e9sentent 30% de l’ensemble des prot\u00e9ines. Le probl\u00e8me est que la DX \u00e0 besoin de cristaux et que cristalliser des prot\u00e9ines qui flottent dans la graisse est extr\u00eamement difficile. Dans ce domaine, la DX peine lourdement. La Cryo-ME n’a pas ce probl\u00e8me puisqu’elle travaille avec un grand nombre de particules identiques flottant individuellement dans une mince couche liquide. Le pr\u00e9sent article par Bai et coll. (groupe Scheres \u00e0 Cambridge et Beijing) pr\u00e9sente la structure de la gamma-secretase humaine \u00e0 3.4\u00c5 de r\u00e9solution et tire d’importantes conclusions sur son probable m\u00e9canisme d’action. Cette prot\u00e9ase est impliqu\u00e9e dans le m\u00e9tabolisme de la pr\u00e9s\u00e9niline, qui, quand il ne se passe pas correctement, semble \u00eatre la cause la plus fr\u00e9quente de la maladie d\u2019Alzheimer. Voir aussi ci-dessus dans ce m\u00eame no. p 165 ainsi que dans Science du 7.8, p. 601. Le r\u00e9sultat est donc marquant. Il m\u00e9rite trois remarques.<\/p>\n

(i) Cette prot\u00e9ine est importante, mais ce n’est pas la premi\u00e8re prot\u00e9ine membranaire r\u00e9solue par cryo-me de particules isol\u00e9es. Le d\u00e9but de la r\u00e9volution de la cryo-me a peut-\u00eatre \u00e9t\u00e9 marqu\u00e9 en 2013 par la r\u00e9solution de la structure de la TRPV1 – une autre prot\u00e9ine membranaire – rendue possible gr\u00e2ce \u00e0 l’utilisation des nouveaux d\u00e9tecteurs directs d’\u00e9lectrons (Liao, M., et al., Structure of the TRPV1 ion channel determined by electron cryo-microscopy.<\/em> Nature, 2013. 504<\/strong>: p. 107\u2013112). Le pr\u00e9sent travail fait partie de l’avalanche qui s’amplifie depuis.<\/p>\n

(ii) La cryo-ME r\u00e9sout les structures mol\u00e9culaires en somme l’information d’un grand nombre de mol\u00e9cules identiques, mais d’orientation al\u00e9atoire. Pour que cette somme soit possible, il faut que chaque mol\u00e9cule puisse \u00eatre orient\u00e9e par rapport \u00e0 toutes les autres. Un gros objet, bien irr\u00e9gulier est dont beaucoup plus facile \u00e0 orienter qu’un tout petit truc que l’on voit \u00e0 peine. Pour cette raison, la cryo-ME fonctionne particuli\u00e8rement bien avec les grandes structures. Typiquement, un poids mol\u00e9culaire de 1 million ou plus ravit l’exp\u00e9rimentateur. Toutefois les progr\u00e8s r\u00e9cents de la cryo-ME surmontent aussi cette limite. Le pr\u00e9sent r\u00e9sultat est un record de petitesse; la prot\u00e9ine r\u00e9solue a un poids mol\u00e9culaire de seulement 170 kD.<\/p>\n

(iii) Il s’agit de l’analyse du pr\u00e9sent r\u00e9sultat par E. Callaway dans la partie r\u00e9dactionnelle du journal. L’image est parlante (la chose informe derri\u00e8re la main est la prot\u00e9ine TPRV1 – merci Beno\u00eet pour la mise au net) et le texte l’est tout autant. On y lit entre autres: \u00ab\u00a0we should go for global domination of cryo-EM over all the structural methods.\u00a0\u00bb Bon, bhin voil\u00e0! Affaire \u00e0 suivre.<\/p>\n

\"Revolution\"<\/p>\n

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    \n
  1. 9. 2015. Science 349.<\/strong><\/li>\n<\/ol>\n

    – 1146 -7. \u00c9THIQUE BIOM\u00c9DICALE. Lazare, Alain. <\/strong>Les USA sont en voie de changer leurs r\u00e8gles d’\u00e9thique biom\u00e9dicale. Les 3 principaux changements sont: (i) le consentement sp\u00e9cifique du donneur est n\u00e9cessaire \u00e0 toute \u00e9tude ult\u00e9rieure (impossible de reprendre des \u00e9chantillons pour une nouvelle \u00e9tude sans une nouvelle d\u00e9claration de consentement); (ii) lors d’\u00e9tudes multi centr\u00e9es, l’avis de la commission d’\u00e9thique du centre principal sera suffisant; (iii) les obscurs formulaires de consentement \u00e9clair\u00e9 seront simplifi\u00e9s. Qu’en est-il en Europe?<\/p>\n

    – 1153. VIROLOGIE, GOF, BIOS\u00c9CURIT\u00c9. J. Cohen. L’interdiction US des recherches GOF remise en question.<\/u> Grande agitation il y a 3 ans quand furent connus les travaux visant \u00e0 rendre la dangereuse grippe aviaire transmissible \u00e0 l’homme (Gain-Of-Function research). Un des effets fut l’interdiction de ce genre de recherche aux USA. Le groupe Kawaoka, qui fut l’un de ceux \u00e0 l’origine de la pol\u00e9mique publie maintenant une \u00e9tude un peu similaire qui consiste \u00e0 faire diversifier en laboratoire le virus du rhume de mani\u00e8re \u00e0 produire une gamme de vaccin plus large et de ce fait, mieux pr\u00e9par\u00e9 au virus encore inconnu qui viendra l’an prochain. Se pourrait-il que cette proc\u00e9dure puisse conduire \u00e0 des virus plus \u00ab\u00a0efficaces\u00a0\u00bb, c’est-\u00e0-dire plus pathog\u00e8nes? En principe, cette recherche tombe dans le domaine interdit, mais le travail en laboratoire a \u00e9t\u00e9 termin\u00e9 avant la d\u00e9cision. Au vu de la proc\u00e9dure exp\u00e9rimentale, on peut penser que l’exp\u00e9rience est effectivement sans risque. A. Fauci, le directeur de l’organisme responsable de la bios\u00e9curit\u00e9 fait remarquer que, des exceptions sont formellement possible; l’exp\u00e9rience aurait probablement \u00e9t\u00e9 autoris\u00e9e si elle avait \u00e9t\u00e9 demand\u00e9e. La proc\u00e9dure aurait peut-\u00eatre retenu la recherche pour 3 mois. L’auteur lui d\u00e9fend l’argument selon lequel les r\u00e9sultats prometteurs obtenus par lui d\u00e9montrent l’importance de la recherche GOF et l’effet contreproductif de la r\u00e8glementation restrictive. On se retrouve avec, dans la balance, d’un c\u00f4t\u00e9, la mise en cause de la libert\u00e9 de recherche et le fardeau administratif, de l’autre, l’\u00e9valuation du risque et la possibilit\u00e9 d’interdire des recherches selon l’avis d’un panel ind\u00e9pendant des chercheurs concern\u00e9s. Trois mois sacrifi\u00e9 contre l’\u00e9valuation ind\u00e9pendante d’un risque global, le fait que la r\u00e9ponse fasse d\u00e9bat me semble \u00eatre la preuve que de fermes moyens d’\u00e9valuation et contr\u00f4le sont urgemment n\u00e9cessaires. <\/em><\/p>\n

    – 1181 G\u00c9N\u00c9TIQUE, POPULATIONS, HUMAINS. DOI: 10.1126\/science.aab3761. Quelles sont les g\u00e8nes caract\u00e9ristiques des groupes et des populations? C’est la suite de la question discut\u00e9e dans le livre de Wade (voir mon rapport: https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=702) et dans un autre article r\u00e9cemment rapport\u00e9 dans la pr\u00e9sente s\u00e9rie (Nature, 23.07.2015; https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=687). Comment l’\u00eatre humain a-t-il \u00e9volu\u00e9 depuis qu’un groupe est parti d’Afrique il y a quelque 40’000 ans? Pour ce faire, la vieille m\u00e9thode consistait \u00e0 cataloguer les changements des lettres individuelles de l’ADN (SNP = single nucleotide polymorphisme). Puis, il fut d\u00e9couvert que la variation du nombre de copies de minifragments r\u00e9p\u00e9t\u00e9s (copy-number variation, CNV) que l’on trouve tr\u00e8s souvent associ\u00e9e aux r\u00e9gions de r\u00e9gulation des g\u00e8nes est plus informative. Mieux encore est l’identification de d\u00e9l\u00e9tions ou d’insertions (D&I) de fragments \u00b1 longs dans le g\u00e9nome. Le pr\u00e9sent article rapporte le travail d’un important consortium de laboratoires (une 40-aine d’auteurs) qui analyse l’ensemble des SNP, CNV et D&I de 236 individus provenant de 125 populations. Sur cette base une g\u00e9n\u00e9alogie humaine a pu \u00eatre affin\u00e9e. Sans entrer dans ces d\u00e9tails, l’arbre plus g\u00e9n\u00e9ral des lign\u00e9es humaines donne une bonne entr\u00e9e en mati\u00e8re (voir figure ci-dessous). Il est reproduit de: Li, J.Z. and et al., Worldwide Human Relationships Inferred from Genome-Wide Patterns of Variation.<\/em> Science, 2008. 319<\/strong>: p. 1100 – 4. Reste maintenant \u00e0 identifier les ph\u00e9notypes associ\u00e9s \u00e0 toutes ces variations. C’est un travail d\u00e9cadal et compliqu\u00e9.<\/em><\/p>\n

    \"Li<\/a><\/p>\n

     <\/p>\n

    – 1182 – 98. STRUCTURE MOL\u00c9CULAIRE, SPLICEOSOME, CRYO-ME. Structure du spliceosome de levure \u00e0 3.6\u00c5. Deux articles inhabituellement longs venant de Chine. Le premier d\u00e9crit la structure par cryo-me. Le second utilise ces donn\u00e9es pour interpr\u00e9ter la fonction. Dans un g\u00e8ne fragment\u00e9 d’eucaryote, le spliceosome a la fonction d’\u00e9pisser le transcrit d’un g\u00e8ne fragment\u00e9 en un ARN messager continu. La partie centrale cartographi\u00e9e ici p\u00e8se 1.3 MD, contient 37 prot\u00e9ines et 4 ARN. Autour de cette partie rigide, se trouvent toute sorte de domaines suppl\u00e9mentaires dont la structure n’est pas fixe et qui ne peuvent \u00eatre reconstruits qu’\u00e0 une r\u00e9solution moindre ou m\u00eame pas du tout. Au point de vue de la complexit\u00e9, le spliceosome est comparable \u00e0 un ribosome. Nous risquons d’avoir beaucoup d’articles de ce genre ces prochaines ann\u00e9es. Jusqu’\u00e0 pr\u00e9sent, en biologie structurale mol\u00e9culaire, le goulet d\u2019\u00e9tranglement \u00e9tait d\u00fb \u00e0 la difficult\u00e9 d’obtenir les donn\u00e9es. Le propri\u00e9taire des donn\u00e9es avait donc tendance \u00e0 les garder pour lui. La cryo-me est en train de changer la situation. L’avalanche de donn\u00e9es sera vite pl\u00e9thorique. Le goulet d’\u00e9tranglement sera alors au niveau de l’interpr\u00e9tation. Il sera d’autant plus important que toutes les donn\u00e9es structurales soient int\u00e9gralement publiques de mani\u00e8re \u00e0 ce que toutes les comp\u00e9tences disponibles puissent participer \u00e0 leur interpr\u00e9tation. <\/em><\/p>\n

     <\/p>\n

     <\/p>\n

    17.09.15. Nature 525<\/strong><\/p>\n

    – 300 – 301. \u00c9THIQUE, RECHERCHE, FINANCE. News. S.Readon. Les r\u00e8gles \u00e0 propos des conflits d’int\u00e9r\u00eats peinent.<\/u> En 2012, \u00e0 la suite de trop nombreux scandales, la NIH a revu sa r\u00e8glementation qui datait de 1995. Sa mise en application a cout\u00e9 des millions, n\u00e9cessit\u00e9 l’engagement de nombreux administrateurs et impos\u00e9 beaucoup de travail. Trois ans plus tard, on fait le point: la montagne a accouch\u00e9 d’une souris. Il y a bien eu quelques cas identifi\u00e9s – typiquement, quelques milliers de $ de subvention pour des voyages, -, mais peu de grosses affaires ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9voil\u00e9es et condamn\u00e9es. C’est que, pour l’industrie, l’int\u00e9r\u00eat est grand de mettre les chercheurs dans sa poche et que, quand l’affaire est s\u00e9rieuse, les chercheurs font attention et s’aident de bons avocats, avant de se faire pincer et apr\u00e8s aussi. L’article conclut: \u00ab\u00a0le probl\u00e8me ne se r\u00e9soudra pas tant que les universit\u00e9s resteront d\u00e9pendantes du financement de l’industrie.\u00a0\u00bb Est-on surpris?<\/p>\n

     <\/p>\n

    18.9.15. Science 349, 6254.<\/strong><\/p>\n

    – 1282 – 3, 1343 – 1346. \u00c9VOLUTION HUMAINE. Fumagalli et coll. La g\u00e9n\u00e9tique de l’adaptation \u00e0 la nourriture chez les Inuits.<\/u> Le plus souvent un trait ph\u00e9notypique d’\u00e9volutions r\u00e9centes d\u00e9pend d’un grand nombre d’\u00e9l\u00e9ments g\u00e9n\u00e9tiques dont l’influence de chacun est mineure. Ainsi, l’immense consortium GIANT identifie 697 variants qui ensemble expliquent 20% de l’h\u00e9ritabilit\u00e9 de la taille et 97 autres qui expliquent 2.7% de l’h\u00e9ritabilit\u00e9 de l’IMC (indice de masse corporelle). Dur dur! Pas grand-chose \u00e0 en tirer. Est-il possible de faire mieux? Oui, en choisissant une population soumise \u00e0 une pression s\u00e9lective particuli\u00e8rement s\u00e9v\u00e8re pour le trait \u00e9tudi\u00e9. Le pr\u00e9sent article vise \u00e0 comprendre les facteurs importants du m\u00e9tabolisme des graisses par l’\u00e9tude des Esquimaux inuits dont la nourriture est particuli\u00e8rement grasse. Les auteurs r\u00e9ussissent ainsi \u00e0 identifier quelques aspects cl\u00e9s de l’adaptation \u00e0 ce r\u00e9gime. Peut-\u00eatre pourront-ils \u00e9clairer d’autres aspects de ce m\u00e9tabolisme, celui qui conduit \u00e0 l’ob\u00e9sit\u00e9 par exemple. La m\u00e9thode pourrait rendre bien des services, car il existe de nombreuses populations restreintes et homog\u00e8nes adapt\u00e9es \u00e0 des conditions particuli\u00e8res. Par exemple, la r\u00e9sistance \u00e0 la malaria, l’adaptation \u00e0 l’altitude, la consommation du lait, de riz, etc., ces derniers cas \u00e9tant d\u00e9j\u00e0 passablement explor\u00e9s.<\/p>\n

    – 1300. PSYCHOLOGIE, SOCIOLOGIE, POLITIQUE, INDICE DE GINI. DOI: 10.1126\/science.aab0096. Comment partage l’\u00e9lite? Mal!<\/u> Au moyen d’une version modifi\u00e9e du jeu du dictateur (tu re\u00e7ois de l’argent que tu peux partager; combien donnes-tu?) l’\u00e9lite des futurs d\u00e9cideurs (Yale Law School – YLS) est compar\u00e9e \u00e0 des \u00e9tudiants standards et la population adulte en g\u00e9n\u00e9ral. Les conditions de jeux sont telles que les param\u00e8tres \u00ab\u00a0\u00e9go\u00efsme\/g\u00e9n\u00e9rosit\u00e9\u00a0\u00bb sont distingu\u00e9s de \u00ab\u00a0efficacit\u00e9\/\u00e9galit\u00e9\u00a0\u00bb. Les \u00e9tudiants de YLS mettent fortement l’accent sur l’efficacit\u00e9. De ce fait, ils recherchent peu l’\u00e9galit\u00e9 m\u00eame s’ils se disent \u00e0 90% d\u00e9mocrates plut\u00f4t que r\u00e9publicains. Les autres \u00e9tudiants et surtout la population g\u00e9n\u00e9rale sont moins \u00e9go\u00efstes et plus attach\u00e9s \u00e0 l’\u00e9galit\u00e9. Conclusion: \u00ab\u00a0nos r\u00e9sultats sugg\u00e8rent une nouvelle explication au peu de r\u00e9ponses politique face \u00e0 la croissance des in\u00e9galit\u00e9s aux USA\u00a0\u00bb. Pour ce qui concerne la posture politique, il est plus grave de faire partie de la meilleure \u00e9lite que de se dire de droite. Comme d’habitude pour ce genre de recherche, on attend confirmation. <\/em><\/p>\n

     <\/p>\n

    24.09.15. Nature 525<\/strong><\/p>\n

    – 428. ASTRONOMIE, ENC\u00c9LADUS. Le t\u00e9lescope spatial avait observ\u00e9 des plumets \u00e9mis par Enceladus, satellite de Saturne. On avait ensuite d\u00e9couvert sa surface de glace fractur\u00e9e et l’\u00e9vidence d’un vaste oc\u00e9an liquide sous la r\u00e9gion sud. La sonde Cassini qui tourne dans la r\u00e9gion depuis 7 ans montre maintenant que le noyau est mobile par rapport \u00e0 la croute d’Enc\u00e9ladus. L’oc\u00e9an est donc global. La mod\u00e9lisation des courants dans cet oc\u00e9an va \u00eatre int\u00e9ressante. L’id\u00e9e que la vie aurait pu s’y d\u00e9velopper l’est tout autant.<\/p>\n

    – 458 – 9, 486 – 490. PARKINSON, CRYO-ME, CRYO-ELECTRON DIFFRACTION. Rodriguez et al, D. Eisenberg. Structure du noyau toxique de l’alpha-synuclein. <\/u>Deux aspects int\u00e9ressants dans cet article. (i) Une structure au coeur de la maladie de Parkinson. (ii) Une nouvelle fa\u00e7on d’utiliser la cryo-me et un nouveau record de r\u00e9solution pour la cryo-me: 1.4\u00c5.<\/p>\n

    (i) La prot\u00e9ine alpha-synuclein est la composante principale des agr\u00e9gats caract\u00e9ristiques que l’on observe dans les neurones de patients atteints de Parkinson. Au coeur de ces agr\u00e9gats un fragment de 11 acides amin\u00e9s qui se condense en fibre par autocatalytique de type prion. La structure de cette fibre est r\u00e9solue \u00e0 la r\u00e9solution extraordinaire de 1.4\u00c5 g\u00e9n\u00e9rant l’espoir qu’elle puisse fournir une base pour une approche pharmacologique de la maladie.<\/p>\n

    (ii) La fibre ainsi cristallis\u00e9e est si petite qu’elle ne peut m\u00eame pas \u00eatre vue au microscope. De ce fait elle est inaccessible \u00e0 la diffraction des rayons X. Par contre elle peut parfaitement \u00eatre observ\u00e9e par cryo-me. Les auteurs ont pris avantage de l’arrangement cristallis\u00e9 pour r\u00e9soudre la structure, non pas par imagerie comme dans la cryo-me des particules isol\u00e9es, mais par diffraction \u00e9lectronique effectu\u00e9e sur l’objet vitrifi\u00e9. C’est la premi\u00e8re fois qu’un cristal biologique de structure inconnue est r\u00e9solu par diffraction \u00e9lectronique et c’est la meilleure r\u00e9solution obtenue jusqu’ici en cryo-me.<\/p>\n

    – 519- 525. ANATOMIE, DIMORPHISME SEXUEL. Cyntia Kraus. Scott et coll. On peut penser que la diff\u00e9rence de comportement entre les sexes est associ\u00e9e \u00e0 un dimorphisme sexuel dans les circuits neuronaux associ\u00e9s. Jusqu’ici, l’id\u00e9e n’\u00e9tait pas confirm\u00e9e par l’observation pratique. Elle l’est dor\u00e9navant. Il est observ\u00e9 que le nombre de neurones dans un groupe sp\u00e9cifique de l’hypothalamus de la souris diff\u00e8re nettement entre m\u00e2le et femelles vierges d’une part et femelles ayant d\u00e9j\u00e0 eu des petits de l’autre. La fonction de ces neurones \u00e9tudi\u00e9s, entre autres par activation optog\u00e9n\u00e9tique, est associ\u00e9e aux soins maternels et \u00e0 la s\u00e9cr\u00e9tion d’ocytocine.<\/p>\n

     <\/p>\n

    25.09.2015. Science 349, 6255<\/strong><\/p>\n

    – 1446. ETHNOLOGIE, POLITIQUE, SANT\u00c9, D\u00c9VELOPPEMENT. C. Efferson, … Ernst Fehr (le fameux sociobiologiste-\u00e9conomiste de l’Uni-Z\u00fcrich.) La mutilation sexuelle des femmes n’est pas une norme sociale<\/u>. Pourquoi, la mutilation sexuelle des femmes? On peut faire la r\u00e9flexion suivante: il est important pour les femmes de bien se marier; pour les hommes, la mutilation sexuelle peut \u00eatre vue comme un gage de fid\u00e9lit\u00e9. Affaire de cout (la mutilation) et de b\u00e9n\u00e9fice (l’avantage per\u00e7u par le mari potentiel). Si l’avantage per\u00e7u est une norme sociale, on peut s’attendre \u00e0 ce qu’il existe un taux de mutilation critique au-del\u00e0 duquel la mutilation est quasiment obligatoire alors qu\u2019en dessous, elle n’est pas courante. Sur cette base ont \u00e9t\u00e9 mis en place au Soudan des tentatives de cr\u00e9er, dans la communaut\u00e9, des petits groupes qui rejettent la mutilation. Il est ainsi esp\u00e9r\u00e9 que la nouvelle norme servira d’exemple \u00e0 toute la communaut\u00e9. La figure montre que cette vue n’est probablement pas correcte. Le mod\u00e8le de la norme sociale (rouge) ne correspond pas la r\u00e9alit\u00e9 telle qu’observ\u00e9e dans 45 communaut\u00e9s du Soudan. Il faut donc plut\u00f4t croire que le taux de mutilation r\u00e9sulte d’une appr\u00e9ciation familiale plut\u00f4t que d\u2019une norme socialement coordonn\u00e9e.<\/p>\n

    Va-t-on vers un bon exemple d’intervention humanitaire bas\u00e9e sur l’\u00e9vidence? Les effets de l’intervention r\u00e9ajust\u00e9e en diront davantage.<\/p>\n

    \"Female<\/a><\/p>\n

     <\/p>\n

    – 1433, 1472 – 1477, 1475. G\u00c9N\u00c9TIQUE DES POPULATIONS, M\u00c9EC475llementenvironaspects prene salive pr\u00e9cieusement conserv\u00e9s. is celle de les vendre tr\u00e8s cher lorsque certains aspects pren\u00c9DECINE. 1’000’000 de g\u00e9nomes pour faire quoi?<\/u> Le projet US \u00ab\u00a0precision medicine\u00a0\u00bb que vient de lancer Obama veut combiner les donn\u00e9es des g\u00e9nomes de 1 million de personnes avec leurs dossiers m\u00e9dicaux ainsi que toutes les autres donn\u00e9es qui pourraient y \u00eatre li\u00e9es. La situation se complique toutefois un peu par le fait que la notion de \u00ab\u00a0consentement \u00e9clair\u00e9\u00a0\u00bb devient petit \u00e0 petit plus s\u00e9rieuse. Ainsi le fait d’avoir offert les donn\u00e9es de son g\u00e9nome pour une certaine recherche ne devrait pas lib\u00e9rer ces donn\u00e9es pour n’importe quel usage. En tous cas, ce point sera consid\u00e9r\u00e9 avec grande attention dans le projet US.<\/p>\n

    Ce n’est pas le cas pour 23andMe<\/em> dont l’\u00e9difiante aventure est rapport\u00e9e dans l’article de K. Servick (1472 – 1477). Cette firme, dirig\u00e9e par l’ex-partenaire du patron de Google qui en est aussi le financier initial, offre \u00e0 tout un chacun le deal suivant: nous vous s\u00e9quen\u00e7ons votre ADN pour presque rien (partiel pour 99$, total pour probablement environ 1600$ actuellement) et nous vous communiquons ces donn\u00e9es avec quelques remarques d’ordre m\u00e9dical, \u00e9tant bien entendu que nous sommes libres d’utiliser ces donn\u00e9es \u00e0 notre profit. C’est ainsi que 23andMe<\/em> a d\u00e9j\u00e0 la plus grande base de donn\u00e9es g\u00e9n\u00e9tique du monde, un million d’\u00e9chantillons de salive pr\u00eats \u00e0 \u00eatre analys\u00e9s plus en d\u00e9tail, et 800’000 clients tout heureux de servir la science en r\u00e9pondant aux demandes d’informations compl\u00e9mentaires qui leur sont adress\u00e9es. \u00c7a roule! comme se disent sans doute les 12’000 parkinsoniens dont la sp\u00e9cificit\u00e9 de leur g\u00e9nome a \u00e9t\u00e9 vendue \u00e0 Genentech (Roche) avec un payement initial d’environ 1000$ par cas (5’000 pour le 2e temps de l’exploitation). \u00c9videmment, si ces personnes prennent ainsi conscience de leur valeur virtuelle, la valeur r\u00e9elle est exclusivement pour 23andMe<\/em>.<\/p>\n

    Soyons bien au clair, la chasse aux g\u00e9nomes (g\u00e9notype) et aux donn\u00e9es qui s’y associent (ph\u00e9notype) est grande ouverte. J. Kaiser, \u00e0 la page 1475, donne une liste (non exhaustive) des principaux protagonistes. Tous parlent m\u00e9decine et soins, mais \u00e0 la fin, ces donn\u00e9es se r\u00e9v\u00e8leront d’une tout autre ampleur; elles portent en elles tout ce qui fait que vous ressemblez \u00e0 votre jumeau vrai (au cas o\u00f9 vous en auriez un). C’est beaucoup. Il me d\u00e9plait que ce soit Google et coll. qui en ait la possession et l’usage.<\/p>\n

    [1]<\/a> je sais, ce n’est pas tr\u00e8s Darwinien mais pratique pour y penser.<\/p>\n

    [2]<\/a> le sens de rotation est \u00e9videmment subtilement important mais nous n’allons pas en discuter ici.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

    Les journaux\u00a0scientifiques lus par\u00a0Jacques en septembre 2015<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":false,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[89],"tags":[],"class_list":["post-763","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-science-actualite"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack-related-posts":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/763","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=763"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/763\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=763"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=763"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=763"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}