{"id":833,"date":"2016-03-15T10:30:20","date_gmt":"2016-03-15T09:30:20","guid":{"rendered":"http:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=833"},"modified":"2016-03-15T10:30:20","modified_gmt":"2016-03-15T09:30:20","slug":"actualite-scientifique-de-fevrier-2016-apres-quoi-pause","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=833","title":{"rendered":"Actualit\u00e9 scientifique de f\u00e9vrier 2016 – apr\u00e8s quoi: pause."},"content":{"rendered":"

Nous gardons un oeil attentif sur la cryo-ME:<\/strong>
\nLi, H., …, and M. Bogyo, Structure – and function – based design of Plasmodium-selective proteasome inhibitors. Nature, 2016. 530(7589): p. 233 – 236.
\nNguyen, T.H.D. and e. al., Cryo-WM structure of the yeast U4\/U6.U5tri-snRNP at 3.4\u00c5 resolution. Nature, 2016. 530(7590): p. 298 – 302.
\nBallandras-Colas, A., …, and A.N. Engelman, Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function. . Nature, 2016. 530(7590): p. 358 – 361.
\nJiang, F., et al., Structures of a CRISPR-Cas9 R-loop complex primed for DNA cleavage. Science 2016. 351(6275): p. 867 – 871. Voir r\u00e9sum\u00e9.
\nBanerjee, S., …, and S. Subramaniam, 2.3 \u00c5 resolution cryo-EM structure of human p97 and mechanism of alosteric inhibition. Science, 2016. 351(6275): p. 871 – 875. Approche le reccord actuel de 2.2\u00c5.<\/p>\n

04. 02.2016. Nature 530, 7588.<\/strong>
\n– 10. Correction. ANTHROPOLOGIE, ORIGINE DE L’HOMME. Laurent L.<\/span>
\nNous avions rapport\u00e9 de Science du 13.11.2015 l’article suivant: G. Llorente et al. Le g\u00e9nome d’un ancien \u00c9thiopien r\u00e9v\u00e8le les m\u00e9langes africains r\u00e9cents… Le pr\u00e9sent article rapporte l’\u00e9tude de la s\u00e9quence d’ADN d’un \u00c9thiopien qui v\u00e9cut il y a quelque 4’500 ans… Il apparait de plus que le retour du nord vers l’Afrique est bien plus g\u00e9n\u00e9ral qu’on ne l’imaginait. Il touche toutes les populations d’Afrique y compris les Yoroubas et Mbuti (pygm\u00e9e) que l’on croyait de pures souches africaines, mais qui portent quand m\u00eame un bon 7% de s\u00e9quences \u00ab\u00a0nordiques\u00a0\u00bb.
\nSelon l’annonce de Nature du 4.2.16, ce dernier \u00a7 en italique est faux. Faux choix du programme de statistique!!! Ces g\u00e8nes de retour d’Europe n’ont pas diffus\u00e9 en Afrique de l’Ouest et Centrale. go.nature.com\/tzfing<\/p>\n

– 85.AGRICULTURE, \u00c9COLOGIE. Timon<\/span>. Nous avons avec Timon une discussion concernant la biodiversit\u00e9. Je constate qu’il y a dans mes journaux au moins un article sur ce sujet par semaine et que l’ensemble est diablement compliqu\u00e9. Les donn\u00e9es solides manquent. L’article r\u00e9sum\u00e9 ci-dessous en apporte quelques-unes, mais, avec celui-ci, j’abandonne l’id\u00e9e de suivre correctement le sujet dans mes lectures avenir. Il y a trop.
\nHistorical nectar assessment reveals the fall and rise of floral resources in Britain. Mathilde Baude, William E. Kunin, Nigel D. Boatman, Simon Conyers, Nancy Davies, Mark A. K. Gillespie, R. Daniel Morton, Simon M. Smart & Jane Memmott, Nature 530, 85\u201388 (04 February 2016) doi:10.1038\/nature16532
\nThere is considerable concern over declines in insect pollinator communities and potential impacts on the pollination of crops and wildflowers1, 2, 3, 4. Among the multiple pressures facing pollinators2, 3, 4, decreasing floral resources due to habitat loss and degradation has been suggested as a key contributing factor2, 3, 4, 5, 6, 7, 8. However, a lack of quantitative data has hampered testing for historical changes in floral resources. Here we show that overall floral rewards can be estimated at a national scale by combining vegetation surveys and direct nectar measurements. We find evidence for substantial losses in nectar resources in England and Wales between the 1930s and 1970s; however, total nectar provision in Great Britain as a whole had stabilized by 1978, and increased from 1998 to 2007. These findings concur with trends in pollinator diversity, which declined in the mid-twentieth century9 but stabilized more recently10. The diversity of nectar sources declined from 1978 to 1990 and thereafter in some habitats, with four plant species accounting for over 50% of national nectar provision in 2007. Calcareous grassland, broadleaved woodland and neutral grassland are the habitats that produce the greatest amount of nectar per unit area from the most diverse sources, whereas arable land is the poorest with respect to amount of nectar per unit area and diversity of nectar sources. Although agri-environment schemes add resources to arable landscapes, their national contribution is low. Owing to their large area, improved grasslands could add substantially to national nectar provision if they were managed to increase floral resource provision. This national-scale assessment of floral resource provision affords new insights into the links between plant and pollinator declines, and offers considerable opportunities for conservation.
\nMa conclusion: augmenter l’herbe fleurie. Bonne id\u00e9e, c’est joli!<\/p>\n

– 37 – 38; 103 – 107. LONG\u00c9VIT\u00c9, MORT. Soustrup et al. A temporal scaling of C. elegans aging. De quoi meurt-on? De tout et de rien! Peut-\u00eatre un article fondamental. Tous, Pierre G.<\/span> Les auteurs d\u00e9veloppent une m\u00e9thode pour mesurer la courbe de survie du petit ver C. elegans. Ce n’est pas trivial quand il faut suivre 100’000 individus durant toute leur vie afin de d\u00e9terminer sa dur\u00e9e de vie \u00e0 20 minutes pr\u00e8s. Chez ces bestioles l’esp\u00e9rance de vie d\u00e9pend beaucoup de la temp\u00e9rature, mais aussi de toute sorte de facteurs ext\u00e9rieurs comme la lumi\u00e8re, la nourriture, divers additifs chimiques plus ou moins stimulants ou toxiques et bien surs, les mutations qui influencent la dur\u00e9e de vie. La courbe de survie est \u00e9tablie dans chaque condition (figure a-haut). Ce qui est extraordinaire, c’est que toutes ces courbes sont de la forme f(kt) ou f est une fonction donn\u00e9e, t est le temps et k est un facteur caract\u00e9ristique de la condition de vie. Ainsi normalis\u00e9es, toutes les courbes se superposent remarquablement (fig. a-bas). Ceci veut dire que tout changement des conditions ext\u00e9rieures alt\u00e8re tout ce qui d\u00e9termine la dur\u00e9e de vie dans les m\u00eames proportions. Voil\u00e0 qui est tr\u00e8s bizarre. Selon le B-A-BA de la thermodynamique, on sait qu’un changement des conditions ext\u00e9rieures a des cons\u00e9quences diff\u00e9rentes selon la r\u00e9action chimique. Ainsi des effets acc\u00e9l\u00e9rant ou retardant la mort d\u00e9placeront la courbe de survie comme sur la fig. b-haut qui, une fois renormalis\u00e9e donnera les courbes de la figure b-bas, bien diff\u00e9rentes de a-bas.<\/p>\n

\"Strech
\nPour expliquer le myst\u00e8re, il faut admettre que la long\u00e9vit\u00e9 se ram\u00e8ne finalement \u00e0 une seule grandeur. Les auteurs l’appellent la r\u00e9silience (figure c).
\nQu’est-ce que la r\u00e9silience? Certainement pas la concentration d’un quelconque produit chimique – un radical libre – ou du g\u00e8ne qui l’influence. Non, il s’agit d’imaginer quelque chose qui puisse toucher de mani\u00e8re semblable l’ensemble des circuits m\u00e9taboliques. Les auteurs annoncent leur incompr\u00e9hension en mentionnant quand m\u00eame que quelque chose comme une strat\u00e9gie de gestion de l’\u00e9nergie pourrait aider \u00e0 penser le probl\u00e8me. Ou alors, on peut essayer de r\u00e9fl\u00e9chir en termes de r\u00e9seau. Ainsi si chaque r\u00e9action m\u00e9tabolique est un point du r\u00e9seau, un param\u00e8tre comme la connectivit\u00e9 (nombre de connexions par point) pourrait avoir des propri\u00e9t\u00e9s compatibles avec la notion de r\u00e9silience observ\u00e9e dans la survie de C. elegans. Reste a savoir si la r\u00e9silience est une propri\u00e9t\u00e9 sp\u00e9cifique \u00e0 cette bestiole particuli\u00e8re ou bien est-ce une propri\u00e9t\u00e9 de la vie. Pierre Goloubinoff propose que, t\u00f4t dans la vie, peut-\u00eatre \u00e0 la f\u00e9condation, est enclench\u00e9 le m\u00e9canisme de la mort. C’est parti, l’allure est fix\u00e9e, l’aiguille tourne!
\nChaque instant te d\u00e9vore un morceau du d\u00e9lice
\n\u00c0 chaque homme accord\u00e9 pour toute sa saison.
\n(L’horloge, Baudelaire)<\/p>\n

05. 02.2016. Science 351, 6273.<\/strong>
\n– 540. BIZNESS, CRISPR\/Cas9. Les \u00e9thiciens.<\/span>\u00a0 \u00c0 propos de l’agitation autour de CRISPR\/Cas9, on apprend dans ce No. et le suivant \u00a0que:
\n– L’Angleterre a permis \u00e0 une chercheuse de l’institut Francis Crick d’entreprendre des exp\u00e9riences avec des embryons humains modifi\u00e9s par CRISPR\/Cas9 afin d’\u00e9tudier le d\u00e9veloppement durant les deux premi\u00e8res semaines. Paul Nurse, directeur de l’Institut est ravi.
\n– Lors du lancement d’une firme visant \u00e0 utiliser CRISPR\/Cas9 en m\u00e9decine \u00e0 Cambridge Ma, un appel de fond a imm\u00e9diatement rapport\u00e9 pr\u00e8s de 100 millions.
\n– Que l’utilisation de la m\u00eame technique sur les cochons est d\u00e9j\u00e0 avanc\u00e9e et proche de la commercialisation. Autre succ\u00e8s: des vaches qui ne font pas de cornes, les cochons r\u00e9sistants au virus d’une maladie pulmonaire
\n– Et le Sci. Am. du 1er mars consacre un article au rush sur CRISPR\/Cas9 en agriculture. Pour des raisons qui ne me sont pas claire les administrations semblent vouloir accepter plus facilement les OGM produits par cette m\u00e9thode plut\u00f4t que par les m\u00e9thodes standards. Peut-\u00eatre est-ce parce qu’on juge la m\u00e9thode mieux contr\u00f4l\u00e9e – ce qui est \u00e0 prouver – ou parce qu\u2019un knock-out (g\u00e8ne rendu non fonctionnel) produit par l’adjonction ou le retrait d’une seule lettre ne compterait pas comme organisme g\u00e9n\u00e9tiquement modifi\u00e9 selon les d\u00e9finitions admises.<\/p>\n

– 564. G\u00c9N\u00c9TIQUE, RACE, \u00c9VOLUTION. M. Yudell et al. Sortir la race de la g\u00e9n\u00e9tique humaine. La notion de race a \u00e9t\u00e9 bannie de la g\u00e9n\u00e9tique humaine parce qu’on a pr\u00e9tendu qu’elle ne voulait rien dire et parce que l’histoire a assez montr\u00e9 le r\u00f4le n\u00e9faste du concept. Les auteurs sont choqu\u00e9s par le fait que la r\u00e9alit\u00e9 des groupes humains – que l’on nomme race ou pas – revient en force avec le s\u00e9quen\u00e7age massif des g\u00e9nomes humains. Ils craignent le retour des vieux d\u00e9mons et veulent les retenir en les cachant. Leur argument consiste, d’une part, \u00e0 reprendre l’id\u00e9e que la race n’est rien de bien d\u00e9fini. En cela les auteurs ont raison par d\u00e9finition; si la race avait une fronti\u00e8re pr\u00e9cise, elle ne serait plus une race, mais une esp\u00e8ce. Ceci n’emp\u00eache pas que des groupes puissent avoir des limites \u00ab\u00a0molles\u00a0\u00bb et perm\u00e9ables. De l’autre ils d\u00e9veloppent un argument s\u00e9mantique. Plut\u00f4t que race, il faudrait parler \u00ab\u00a0d’anc\u00eatrerie\u00a0\u00bb ou de \u00ab\u00a0populations\u00a0\u00bb.
\nJe partage l’inqui\u00e9tude des auteurs, mais en tire d’autres conclusions. Que la notion de race existe, chacun le sait. Par exemple, il y a X dizaines de milliers d’ann\u00e9es, des groupes ont quitt\u00e9 l’Afrique et se sont r\u00e9pandu dans le reste du monde. Depuis ils ont \u00e9volu\u00e9 chacun \u00e0 sa fa\u00e7on parce que le temps a pass\u00e9 et parce qu’ils se trouvaient dans des milieux diff\u00e9rents. Le r\u00e9sultat est visible \u00e0 chacun. La g\u00e9n\u00e9tique l’\u00e9tudie en d\u00e9tail. Il n’emp\u00eache que nous restons de la m\u00eame esp\u00e8ce et que nous partageons la m\u00eame plan\u00e8te. Maintenant que la g\u00e9n\u00e9tique documente finement chaque individu et chaque groupe, le probl\u00e8me n’est gu\u00e8re de savoir si le mot \u00ab\u00a0race\u00a0\u00bb est ad\u00e9quat ou non. Nous avons \u00e0 lutter contre le racisme, les conflits ethniques, et toutes les formes de s\u00e9gr\u00e9gation. Vouloir en faire une question de vocabulaire est contreproductif.<\/p>\n

11. 02.2016. Nature 530, 7589.<\/strong>
\n– 130, 153 – 155. ENVIRONNEMENT, POLITIQUE, CLIMAT. Manu<\/span> .dito; Comment, P. Williamson. Que valent les m\u00e9thodes de capture du CO2\u2009? Titre de l’\u00e9dito: que les gouvernements cessent de pr\u00e9tendre qui la capture du CO2 est une solution.
\nCOP21 veut limiter l’\u00e9chauffement climatique \u00e0 2 degr\u00e9s, si possible 1.5. Ce qui manque encore, ce sont les moyens pour y arriver et ceux-ci devront \u00eatre tr\u00e8s consid\u00e9rables, bien plus consid\u00e9rables que ce que les gouvernements sont actuellement pr\u00eats \u00e0 mettre sur pied. Alors, sans doute pour faire semblant d’\u00eatre s\u00e9rieux, COP21 et les instances dirigeantes qui planifient la lutte contre l’\u00e9chauffement climatique font grand cas de la possibilit\u00e9 d’am\u00e9liorer le bilan CO2 en en capturant une part substantielle de ce qui est produit. Le pr\u00e9sent article fait le point sur 9 m\u00e9thodes et montre que, dans l’\u00e9tat actuel de la science et des techniques, elles auraient toutes, soit des couts financiers et environnementaux insupportables, soit leur impl\u00e9mentation poserait un risque global pire que celui qu’elles pr\u00e9tendent r\u00e9soudre. Voyons-en deux.
\nBECCS (bioenergy with carbon capture and storage) est la m\u00e9thode la plus souvent cit\u00e9e. Il s’agit de planter de grandes surfaces; r\u00e9colter ces v\u00e9g\u00e9taux ayant fix\u00e9 une grande quantit\u00e9 de CO2; bruler le tout dans des centrales o\u00f9 le CO2 produit serait captur\u00e9 puis inject\u00e9 profond\u00e9ment dans des couches g\u00e9ologiques. En principe, \u00e7a devrait marcher. Pratiquement, impossible. Le probl\u00e8me est que, pour limiter l’\u00e9chauffement climatique aux fameux 2\u00b0 \u00e0 la fin du si\u00e8cle, il faudrait capturer, selon une estimation moyenne, 600 GT de CO2, ce qui n\u00e9cessiterait quelque 500 millions de ha, c’est-\u00e0-dire 1\/3 de la surface arable de l’ensemble du monde. Et avec \u00e7a, on ne parle pas de ce qu’il faudrait pour r\u00e9colter et transporter ce mat\u00e9riel ainsi que pour faire et faire fonctionner les usines (voir aussi mon rapport sur le Sci. Am du 1.1.16 qui montre qu’on ne sait pas faire de telles usines).
\nL’ensemencement des oc\u00e9ans avec, par exemple, du Fe pour augmenter la productivit\u00e9 de zooplancton. On dit que les exp\u00e9riences pr\u00e9liminaires donnent des r\u00e9sultats spectaculaires. Le premier probl\u00e8me est que, \u00e0 priori, le plancton n’est lieu de capture que pour sa dur\u00e9e de vie. Apr\u00e8s quoi, les CO2 se retrouvera naturellement dans l’eau qui sera acidifi\u00e9e. La possibilit\u00e9 que la surproduction de plancton ainsi r\u00e9alis\u00e9e vienne se d\u00e9poser en couches g\u00e9ologiquement stables au fond des oc\u00e9ans est plaisante, mais, en fait, on n’en sait rien. De mani\u00e8re g\u00e9n\u00e9rale, les sp\u00e9cialistes craignent un d\u00e9r\u00e8glement global de l’\u00e9quilibre biologique des mers avec les cons\u00e9quences impr\u00e9visibles que l’on peut – et surtout que l’on ne peut pas – imaginer.
\nConclusion: pour maitriser l’\u00e9chauffement climatique, une seule solution. Arr\u00eater de bruler les combustibles fossiles et pour cela, commencer par arr\u00eater de le sortir de l\u00e0 o\u00f9 il repose en paix.<\/p>\n

12.02. 2016 Science 351, 6274<\/strong>
\n– 648 – 9, 737 – 741. NEANDERTAL, G\u00c9N\u00c9TIQUE. Laurent L.<\/span> Simonti et al. L’h\u00e9ritage ph\u00e9notypique du croisement entre les humains modernes et les Neandertal. Les Europ\u00e9ens et les Asiatiques portent 1.5% d’ADN n\u00e9andertaliens. Les M\u00e9lan\u00e9siens ont, en plus, 2-3% d’ADN de D\u00e9nisovans. Qu’apporte ce croisement ancien aux hommes d’aujourd’hui\u2009? Le pr\u00e9sent article apporte un \u00e9l\u00e9ment de r\u00e9ponse; ce n’est pas tellement folichon. En particulier cet \u00e9change corr\u00e8le avec une bonne part du risque de d\u00e9pression et de certaines maladies de la peau. Incidemment, il est aussi associ\u00e9 \u00e0 une tendance \u00e0 l’hypercoagulation et \u00e0 l’attrait pour le tabac. La messe n’est pas dite, car si plusieurs de ces facteurs ne semblent gu\u00e8re b\u00e9n\u00e9fiques \u00e0 l’homme moderne, ils auraient \u00e9t\u00e9 \u00e9limin\u00e9s s’ils n’apportaient pas \u00e9galement un effet favorable. (voir ci-dessous, un article similaire dans Nature 25.2.16)<\/p>\n

18. 02.2016. Nature 530, 7590.<\/strong>
\n– 253. POLLUTION, AVIATION. L’aviation est responsable pour 1.4% de la production mondiale de CO2. Tenue en dehors des consid\u00e9rants de la COP21, elle devient l’ic\u00f4ne du refus de participer \u00e0 la lutte contre l’\u00e9chauffement climatique. L’ICAO, l’organe international de l’aviation civile vise \u00e0 diminuer de 4% en 2018 la consommation moyenne. Or, de l’exp\u00e9rience pass\u00e9e, on peut d\u00e9duire que d’ici l\u00e0, sans r\u00e9volution technologique, les progr\u00e8s techniques auront fait diminuer la consommation de 10%.<\/p>\n

– 255; 266-7. INNOVATION ET D\u00c9COUVERTE; POLLUTION \u00c0 DELHI. Deux articles \u00e0 transmettre. Pour Gilles<\/span>: Mettre la science de l’innovation au coeur de la d\u00e9couverte. Pour Lucy<\/span>: L’interdiction altern\u00e9e des voitures en janvier \u00e0 Delhi a eu un bon effet. Elle offre une entr\u00e9e pour une action bas\u00e9e sur l’exp\u00e9rience.<\/p>\n

– 258. S\u00c9QUEN\u00c7AGE. News. Il y a eu l\u2019\u00a0\u00bbHuman genome project\u00a0\u00bb qui s’est termin\u00e9 en 2003. R\u00e9cemment je rapportais les premiers r\u00e9sultats du \u00ab\u00a01000 genomes project\u00a0\u00bb alors que les Am\u00e9ricains et les Anglais lan\u00e7aient chacun leur \u00ab\u00a010’000 genomes project\u00a0\u00bb. Le 14 f\u00e9vrier l’universit\u00e9 de Singapour annon\u00e7ait le lancement du \u00ab\u00a0100’000 asian genomes project\u00a0\u00bb. \u00c0 ce rythme nous aurons le \u00ab\u00a0World Genome Project\u00a0\u00bb vers 2030.<\/p>\n

– 258, 259, 261 – 263. RELATIVI\u00c9 G\u00c9N\u00c9RALE, ONDES DE GRAVIT\u00c9. Larry F., Manu, Gilles.<\/span> De Nature du 19 novembre, je rapportais le prochain d\u00e9part du satellite Lisa qui doit aller exercer la mesure hyper-pr\u00e9cise de la distance entre deux masses s\u00e9par\u00e9es de 40 cm, tombant librement dans un coin super calme de l’espace. La vraie exp\u00e9rience commencera dans 18 ans, si tout va bien, quand la mesure sera reprise sur des masses s\u00e9par\u00e9es de quelques millions de km. Alors, on devrait enfin pouvoir d\u00e9tecter les ondes gravitationnelles \u00e9mises, par exemple, par PSR B1913+16, une paire d’\u00e9toiles tr\u00e8s denses, tr\u00e8s proches, tournant sauvagement l’une autour de l’autre. Le 16 f\u00e9vrier, Lisa est arriv\u00e9e \u00e0 son fameux point de Lagrange et les masses ont \u00e9t\u00e9 lib\u00e9r\u00e9es. Tout va bien!
\nJ’avais aussi comment\u00e9 que, sur Terre, la petitesse du lieu et les vibrations rendent impossible le m\u00eame type de mesure. Il manque 6 ordres de grandeur dans la pr\u00e9cision.
\nPourtant le 11 f\u00e9vrier, il est annonc\u00e9 que les deux paires d’interf\u00e9rom\u00e8tres LIGO ont d\u00e9tect\u00e9 les fameuses ondes le 14 septembre . Est-ce sens\u00e9?
\nIl semble bien que oui, parce que l’\u00e9v\u00e8nement d\u00e9tect\u00e9 est vraiment sp\u00e9cial. Voil\u00e0 ce que l’on en comprend. L’affaire se passe \u00e0 1,3 milliard d’ann\u00e9es-lumi\u00e8re de chez nous, il y a 1.3 milliard d’ann\u00e9es. Deux trous noirs trente fois plus gros que le soleil se tournent autour. Alors que le syst\u00e8me double vis\u00e9 par Lisa tourne en 7 heures environ, le signal LIGO a \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9 alors que la paire tournait \u00e0 35 tours par seconde (!); perdant son \u00e9nergie par \u00e9mission d’ondes de gravitation, il s’est rapidement acc\u00e9l\u00e9r\u00e9 \u00e0 250 tours par secondes (!!), puis, il est devenu chaotique et s’est tu. Les deux trous noirs venaient de fusionner. Le tout a dur\u00e9 1\/4 de seconde(!!!) Pendant ce court instant, le syst\u00e8me a \u00e9mis plus d’\u00e9nergie gravifique que l’ensemble de l’univers visible n’en \u00e9met sous forme \u00e9lectromagn\u00e9tique. \u00c0 7 millisecondes d’intervalle (ils sont s\u00e9par\u00e9s de 2100 km), les deux d\u00e9tecteurs ont enregistr\u00e9 le m\u00eame signal, donnant ainsi une indication sur la direction du ph\u00e9nom\u00e8ne. L’astronomie gravitationnelle semble \u00eatre devenue une r\u00e9alit\u00e9.
\nIl me reste deux probl\u00e8mes. (i) Se peut-il quand m\u00eame qu’il s’agisse d’une erreur ou d’un canular? Par exemple, on apprend que des simulations d’\u00e9v\u00e8nements \u00e9taient envoy\u00e9es al\u00e9atoirement dans le syst\u00e8me pour tester la bonne marche des op\u00e9rations. Un petit rigolo a-t-il tromp\u00e9 tout le monde \u00e0 ce petit jeu?
\n(ii) Mes journaux annoncent que la mesure des 2 bras des interf\u00e9rom\u00e8tres se fait \u00e0 la pr\u00e9cision du milli\u00e8me de proton; Le milli\u00e8me d’atome serait d\u00e9j\u00e0 remarquable mais milli\u00e8me de proton – 100’000 fois plus petit – me semble erron\u00e9. Attendons les d\u00e9tails.<\/p>\n

– 268. \u00c9VOLUTION. D. Fox. Qu’est-ce qui a produit l’explosion cambrienne? Il y a 540 millions d’ann\u00e9es a eu lieu l’explosion cambrienne. En un temps g\u00e9ologiquement tr\u00e8s court, l’\u00e9volution a fait un bon en avant, passant d’animaux relativement simples, sans gu\u00e8res de structures \u00e9volu\u00e9es comme pattes, yeux ou branchies, aux arthropodes et cord\u00e9s (anc\u00eatres des vert\u00e9br\u00e9s). On pensait que la mont\u00e9e de la concentration d’O2 dans l’atmosph\u00e8re en \u00e9tait la cause. Ici il est montr\u00e9 que cette croissance n’a pas \u00e9t\u00e9 r\u00e9guli\u00e8re. Il y a eu au d\u00e9but du Cambrian un petit saut, La concentration de O2 passa de 0.5% \u00e0 quelques %. Ce n’est pas suffisant pour expliquer, par exemple, une augmentation consid\u00e9rable du flux d’\u00e9nergie disponible.
\nL’hypoth\u00e8se que l’auteur lit dans les fossiles serait que l’explosion cambrienne serait le moment o\u00f9 certains animaux eurent l’id\u00e9e de ne plus se nourrir de microbes, mais d’autres animaux. La course entre proie et pr\u00e9dateurs \u00e9tait lanc\u00e9e, la reine rouge devait courir pour ne pas reculer (allusion \u00e0 Lewis Caroll souvent reprise en biologie \u00e9volutive.) On en est toujours l\u00e0. Nous, retrait\u00e9s suractifs par exemple.<\/p>\n

– 285 – 7, 327 – 330. MORALE, ALTRUISME, RELIGION. Johannes, Christine Cl., Alberto B<\/span>. B.G. Purzycki. Dieux moraux, punition surnaturelle et l’expansion le la socialit\u00e9 humaine. Depuis l’origine de l’agriculture, la complexit\u00e9 de la soci\u00e9t\u00e9 et le niveau de coop\u00e9ration ont consid\u00e9rablement augment\u00e9. Il a fallu \u00e9tendre le cercle de collaboration bien au-del\u00e0 du groupe familier. Comment cela fut-il possible? Cet article teste l’hypoth\u00e8se que la repr\u00e9sentation de dieux omniscient et punitif envers ceux qui ne respectent pas les normes du groupe a permis d’\u00e9tendre la collaboration, la confiance et l’\u00e9quit\u00e9 envers les \u00e9trangers hors du cercle familial dans la mesure o\u00f9 ils partagent la m\u00eame religion. La m\u00e9thode de recherche des auteurs consiste en interviews ethnographiques et en jeux comportementaux afin de tester 8 cultures \u00ab\u00a0premi\u00e8res\u00a0\u00bb des principales traditions. Ils concluent que le dieu omniscient et punitif a \u00e9t\u00e9 un important facteur du d\u00e9veloppement de la prosocialit\u00e9.<\/p>\n

19. 02. 2016, Science 351, 6275.<\/strong>
\n– 811 – 12, 827, 867 – 871 CRISPR-Cas9, CRYO-EM. Jiang, F., et al., Structures of a CRISPR-Cas9 R-loop complex primed for DNA cleavage. Cas9, la prot\u00e9ine associ\u00e9e \u00e0 CRISPR coupe de mani\u00e8re coordonn\u00e9e les deux brins de l’ADN \u00e0 l’endroit sp\u00e9cifi\u00e9 par l’ARN guide. Ici est \u00e9tudi\u00e9e, par diffraction X et par cryo-ME, la structure du complexe de Cas9 avec l’ARN et l’ADN. Il apparait que, pour placer l’ARN, Cas9 d\u00e9stabilise l’ADN double brin en le pliant de mani\u00e8re \u00e0 y glisser le guide ARN. Une fois ainsi install\u00e9, Cas9 coupe les deux brins d’ADN de mani\u00e8re strictement coordonn\u00e9e bien que les deux sites soient maintenant espac\u00e9s d’environ 30 \u00c5. L’approche combin\u00e9e de diffraction X et cryo-EM est remarquable. Quoique la r\u00e9solution de la cryo-EM ne soit pas terrible – 4.6 et 6 \u00c5 – elle apporte des \u00e9l\u00e9ments d\u00e9cisifs \u00e0 la compr\u00e9hension du complexe; elle est quand m\u00eame remarquable vu que le complexe n’a que 220 kD (plus l’objet est petit, plus il est difficile de l’orienter et donc, de sommer l’information des diff\u00e9rentes particules.<\/p>\n

\"Cas9_CRISR_science<\/a><\/p>\n

25.02.2016, Nature 530, 7591.<\/strong>
\n– 397 – 415. Dossier. POLITIQUE, FUTUROLOGIE. G\u00e9n\u00e9rations avenir: Quelle sorte de monde allons-nous leur passer? Le but de ce dossier n’est pas d’\u00eatre d\u00e9primant. Pourtant c’est ainsi que je le lis. Les deux derni\u00e8res g\u00e9n\u00e9rations – la n\u00f4tre et celle de nos parents – sont les principaux responsables des probl\u00e8mes du monde actuel – l’\u00e9chauffement climatique, la pression d\u00e9mographique, la difficult\u00e9 \u00e0 vivre ensemble amplifi\u00e9e par la mondialisation. Ces m\u00eames g\u00e9n\u00e9rations ont d\u00e9velopp\u00e9 en m\u00e9decine et en biologie (biotechnologies, ing\u00e9nierie g\u00e9n\u00e9tique) comme aussi en informatique (Intelligence artificielle, robots) des connaissances riches en promesses et en probl\u00e8mes potentiels. Nous c\u00e9dons ce tr\u00e8s lourd bagage aux g\u00e9n\u00e9rations qui nous suivent. Nous avons fait le probl\u00e8me, eux doivent le r\u00e9soudre. Pour nous, il n’y a pas de quoi se pavaner. Pour eux, il y a l’obligation de gagner. J’en connais plusieurs qui sont \u00e0 la hauteur du d\u00e9fi.
\n– 429. G\u00c9M\u00c9TIQUE, N\u00c9ANDERTAL. Kuhlwilm et al. Ancien courant de g\u00e8nes d’anciens humains modernes aux n\u00e9anderthaliens de l’est (avec h dans cet article). Un article de Science du 12 f\u00e9vrier (voir ci-dessus) \u00e9tudiait les cons\u00e9quences ph\u00e9notypiques de l’ADN n\u00e9andertalien (sans h) sur nous. Le pr\u00e9sent article explore le courant contraire en comparant le g\u00e9nome de n\u00e9anderthaliens de l’Alta\u00ef et de Denisovan de Sib\u00e9rie avec des n\u00e9anderthaliens d’Espagne et de Croatie. Alors que l’on sait que les n\u00e9anderthaliens ont contribu\u00e9 au g\u00e9nome des humains modernes il y a quelque 47 – 65’000 ans, le pr\u00e9sent article montre que des humains modernes ont contribu\u00e9 au g\u00e9nome des n\u00e9anderthaliens de l’Alta\u00ef des dizaines de milliers d’ann\u00e9es plus t\u00f4t. Par contre, les auteurs ne d\u00e9tectent pas de transfert d’humains moderne aux Denisovan ni aux n\u00e9anderthaliens europ\u00e9ens. Sans doute que cette premi\u00e8re \u00e9tude de ces \u00e9changes ne marque pas la fin du chapitre.<\/p>\n

– 473 – 476. PUNITION, MORALE, COMPORTEMENT. Jordan et al. La punition par un tiers est un signe couteux que celui-ci est digne de confiance. Dans les soci\u00e9t\u00e9s humaines, il est fr\u00e9quent qu’une personne non directement impliqu\u00e9e s’engage couteusement \u00e0 punir celui qui ne respecte pas les r\u00e8gles. Comment l’expliquer\u2009? Cet article propose une r\u00e9ponse int\u00e9ressante (celui qui paie de sa personne pour le bien commun est lui-m\u00eame vu comme digne de confiance), mais il est tard, je laisse.<\/p>\n

26.02.16.Science 351, 6276.<\/strong>
\n\u00c9VOLUTION, MITOCHONDRIE. Rapport: I. Johnston in Cell Systens. Pourquoi y a-t-il un g\u00e9nome mitochondrial. Laurent K., Michel C., Nicolas P.<\/span> L’origine des mitochondries remonte \u00e0 plus d’un milliard d’ann\u00e9es, quand une sorte de bact\u00e9rie fut aval\u00e9e par autre cellule. Destin\u00e9e extraordinaire, au lieu que la seconde dig\u00e8re la premi\u00e8re, elles ont entrepris une collaboration qui pr\u00e9vaut aujourd’hui chez tous les eucaryotes: les mitochondries produisent l’\u00e9nergie, la cellule fait tout le reste. Mais qui commande? La cellule, pourrait-on penser. C’est elle qui a le noyau, le g\u00e9nome et l’ADN. Au cours du temps, en effet, le g\u00e9nome de la bact\u00e9rie initiale a \u00e9t\u00e9 int\u00e9gr\u00e9 dans celui de la cellule. Pas compl\u00e8tement toutefois. Chaque mitochondrie garde un petit g\u00e9nome de 27 g\u00e8nes. Ce n’est pas grand-chose par rapport aux quelques 20’000 d’une cellule eucaryote ou les quelques 2000 d’une honn\u00eate bact\u00e9rie. Pourquoi alors ce petit r\u00e9sidu? Pourquoi ne pas avoir achev\u00e9 le transfert de comp\u00e9tences? Le pr\u00e9sent article propose une solution int\u00e9ressante. Les 27 g\u00e8nes mitochondriales codent principalement pour des prot\u00e9ines qui sont centrales au m\u00e9tabolisme de l’\u00e9nergie, celles qui, int\u00e9gr\u00e9es dans les membranes int\u00e9rieures, sont physiquement au coeur de la machinerie. On peut dire que l’intendance a pass\u00e9 \u00e0 la cellule, mais le bureau du directeur est rest\u00e9 dans chaque mitochondrie. Il faut aussi noter que, si la cellule n’a qu’un seul g\u00e9nome, chaque mitochondrie a le sien. Oh, les diff\u00e9rences ne sont pas bien consid\u00e9rables, quelques mutations par-ci et par l\u00e0, mais, selon les auteurs, ses diff\u00e9rences font que, dans chaque cellule, il existe des \u00ab\u00a0castes\u00a0\u00bb de mitochondries \u00e0 sp\u00e9cificit\u00e9 diff\u00e9rentes. On sait qu’un syst\u00e8me complexe dont \u00eatre coordonn\u00e9 rigoureusement; pourtant un peu de libert\u00e9 peut offrir un avantage. Ce serait le b\u00e9n\u00e9fice du jeu de l’ind\u00e9pendance dans l’unit\u00e9 qui ferait que les mitochondries conservent leur petit g\u00e9nome individuel.<\/p>\n

– 969 – 72. CRYO-TOMOGRAPHIE \u00c9LECTRONIQUE. ULTRASTRUCTURE CELLULAIRE. Groupe Baumeister \u00e0 Munich. La \u00ab\u00a0sociologie\u00a0\u00bb mol\u00e9culaire \u00e0 la p\u00e9riph\u00e9rie du noyau de HeLa. La cryo-TE consiste \u00e0 calculer la structure d’un volume cellulaire vitrifi\u00e9 sur la base d’un grand nombre d’images enregistr\u00e9e selon diff\u00e9rentes orientations. Comme l’objet doit ainsi \u00eatre photographi\u00e9 un grand nombre de fois, la dose totale re\u00e7ue emp\u00eache d’atteindre une r\u00e9solution comparable \u00e0 celle de la cryo-ME de particules isol\u00e9es. La deuxi\u00e8me limitation vient du fait que, pour que le volume cellulaire soit bien pr\u00e9serv\u00e9, c’est au moins une cellule enti\u00e8re qu’il faut vitrifier. Id\u00e9alement, il faudrait que l’objet ne d\u00e9passe pas 1\/10 de \u00b5m. Une cellule est bien plus \u00e9paisse. Trois m\u00e9thodes peuvent \u00eatre consid\u00e9r\u00e9es. (i) Aplatir l’objet; ce n’est pas bon pour l’objet et quoi qu’il en soit, il reste trop \u00e9pais. (ii) Couper l’objet vitrifier en sections minces; c’est notre CEMOVIS que je me d\u00e9sole de ne pas voir utiliser davantage. (iii) Creuser l’objet par un faisceau d’ions (FIB) pour n’en laisser qu’une couche mince. Le groupe de Munich est leader de la cryo-tomographie. Dans le pr\u00e9sent article, il montre que l’affinement par le FIB (iii) permet d’obtenir des r\u00e9sultats am\u00e9lior\u00e9s. Il est aussi pr\u00e9tendu que l’usage d’une plaque de phase a contribu\u00e9 au bon r\u00e9sultat. J’ai mes doutes. Depuis le g\u00e9nial travail de Nigel Unwin dans les ann\u00e9es 1970, beaucoup d’essais se sont heurt\u00e9s aux difficult\u00e9s inh\u00e9rentes de la m\u00e9thode. On en reparle beaucoup ces temps. J’attends encore de voir.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Nous gardons un oeil attentif sur la cryo-ME: Li, H., …, and M. Bogyo, Structure – and function – based design of Plasmodium-selective proteasome inhibitors. Nature, 2016. 530(7589): p. 233 – 236. Nguyen, T.H.D. and e. al., Cryo-WM structure of the yeast U4\/U6.U5tri-snRNP at 3.4\u00c5 resolution. Nature, 2016. 530(7590): p. 298 – 302. Ballandras-Colas, A., […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":false,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2},"jetpack_post_was_ever_published":false},"categories":[89],"tags":[],"class_list":["post-833","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-science-actualite"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack-related-posts":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/833","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=833"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/833\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=833"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=833"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=833"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}