{"id":888,"date":"2016-08-16T09:27:14","date_gmt":"2016-08-16T07:27:14","guid":{"rendered":"http:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=888"},"modified":"2016-08-16T09:29:02","modified_gmt":"2016-08-16T07:29:02","slug":"juillet-2016-petite-actualite-scientifique-selon-jacques","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=888","title":{"rendered":"Juillet 2016. Petite actualit\u00e9 scientifique selon Jacques."},"content":{"rendered":"

\u00a0<\/strong>Actualit\u00e9 scientifique selon Jacques.\u00a0<\/strong>Juillet<\/strong>\u00a02016<\/strong>\u00a0<\/strong><\/p>\n

Nous gardons un oeil attentif sur la cryo-ME:<\/strong><\/p>\n

Iacovache, I., De Carlo, S., Cirauqui, N., Dal Peraro, M., van der Goot, F. G., & Zuber, B. (2016). Cryo-EM structure of aerolysin variants reveals a novel protein fold and the pore-formation process. Nature Communications, 7<\/em>, 12062. doi:10.1038\/ncomms12062.
\nBenoit Zuber \u00e0 Berne maitrise la cryo-me \u00e0 r\u00e9solution presque atomique. Il\u00a0 poursuit un ancien travail sur l\u2019aerolysine avec Gisou van der Goot \u00e0 l\u2019EPFL<\/em><\/p>\n

Twomey, E. C., Yelshanskaya, M. V., Grassucci, R. A., Frank, J., & Sobolevsky, A.(2016). Elucidation of AMPA receptor-stargazin complexes by cryo-electron microscopy. Science, 353<\/em>(6294), 83-86. doi:10.1126\/science.aaf8411<\/p>\n

Zhao, Y., Chen, S., Yoshioka, C., Baconguis, I., & Gouaux, E. (2016). Architecture of fully occupied GluA2 AMPA receptor-TARP complex elucidated by cryo-EM. Nature<\/em>. doi:10.1038\/nature18961
\nCes deux articles prouvent que l\u2019on se pousse au portillon. Il s\u2019agit d\u2019un r\u00e9cepteur du glutamate de la membrane postsynaptique. Il est important pour l\u2019apprentissage et la m\u00e9moire.<\/em><\/p>\n

Hsia, Y., Bale, J. B., Gonen, S., Shi, D., Sheffler, W., Fong, K. K., . . . Baker, D. (2016). Design of a hyperstable 60-subunit protein icosahedron. Nature, 535<\/em>(7610), 136-139. doi:10.1038\/nature18010.
\nExploitation des possibilit\u00e9s de l\u2019autoassemblage pour construire des minicages qui pourraient \u00eatre \u00a8des pi\u00e8ces utiles \u00e0 l\u2019architecture ou la m\u00e9canique mol\u00e9culaire.<\/em><\/p>\n

Galej, W. P., Wilkinson, M. E., Fica, S. M., Oubridge, C., Newman, A. J., & Nagai, K. (2016). Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching. Nature<\/em>. doi:10.1038\/nature19316<\/p>\n

Schur, F. K., Obr, M., Hagen, W. J., Wan, W., Jakobi, A. J., Kirkpatrick, J. M., . . . Briggs, J. A. (2016). An atomic model of HIV-1 capsid-SP1 reveals structures regulating assembly and maturation. Science, 353<\/em>(6298), 506-508.. doi:10.1126\/science.aaf9620. Les coll\u00e8gues de\u00a0Heidelberg\u00a0et Grenoble<\/em><\/p>\n

\u00a0<\/strong><\/p>\n

01.07.2016. Science 353, 6294<\/strong><\/p>\n

– 42. PROT\u00c9INE, REPLIEMENT, CHAPERONINE. Pierre G. Groupe de Hartle \u00e0 Martinsried. Repliement des prot\u00e9ines et contr\u00f4le de qualit\u00e9 in vivo.<\/u> Un bel article de synth\u00e8se. On a bien \u00e0 l\u2019esprit le contr\u00f4le du repliement des prot\u00e9ines durant leur synth\u00e8se. On est moins au courant du r\u00e9seau de contr\u00f4le visant \u00e0 \u00e9liminer ou corriger les prot\u00e9ines qui vieillissent mal et qui induisent Alzheimer, Parkinson, etc. Va-t-on trouver les moyens de remuscler\u00a0 le syst\u00e8me ? \u00a0DOI\u00a0: 10.1126\/science.aac4354<\/p>\n

 <\/p>\n

– 58 \u2013 62. P\u00c9ROVSKITE, PHOTOVOLTA\u00cfQUE. Une m\u00e9thode simple pour fabriquer des cellules photovolta\u00efques aux p\u00e9rovskites.<\/u> Groupe de Gr\u00e4tzel, EPFL. Nous l\u2019avons souvent dit ici, les cellules solaires aux p\u00e9rovskites ouvrent toutes les promesses. Elles sont efficaces, faciles \u00e0 faire avec des mat\u00e9riaux bon march\u00e9, mais elles ont encore quelques d\u00e9fauts (par exemple elles tendent \u00e0 se d\u00e9truire \u00e0 la lumi\u00e8re!). Nous suivons avec int\u00e9r\u00eat la rapide succession d\u2019articles rapportant\u00a0 les progr\u00e8s dans le domaine. Encore une fois, le groupe Gr\u00e4tzel semble inventif. Le d\u00e9faut vis\u00e9 est le fait que les cellules sont tr\u00e8s petites (mm2<\/sup>). Ici il est propos\u00e9 une m\u00e9thode d\u2019\u00e9talement de la solution sous vide sur un support en rotation. L\u2019efficacit\u00e9 reste de 20%, mais la surface utile gagne un ordre de grandeur (cm2<\/sup>). C\u2019est mieux, mais il faudra encore quelques articles jusqu\u2019\u00e0 la r\u00e9alisation de la grande promesse. J\u2019ai bon espoir. <\/em><\/p>\n

\u00a0<\/strong>07. 07. 2016. Nature 535, 7610
\n<\/strong>BIOWEAPONS. Au vu des nouvelles technologies (CRISPR\/Cas9) Malcolm Dando demande que la convention sur l\u2019interdiction des armes biologiques (1972) soit r\u00e9activ\u00e9e.
\n<\/u>Nous connaissons le sujet. Pendant 5 ans, Jacques Diezi et moi avons organis\u00e9 l\u2019intendance locale du colloque Pugwash de pr\u00e9paration au colloque annuel de pr\u00e9paration \u00e0 la conf\u00e9rence quinquennale de r\u00e9vision de la Convention de l\u2019ONU sur les armes biologiques (BWC) – oui, oui, c\u2019est \u00e7a. La BWC initi\u00e9e d\u00e8s 1972 pr\u00e9c\u00e8de la convention sur les armes chimiques CWC de 1993, mais elle est beaucoup plus faible puisqu\u2019elle n\u2019a pas de moyens de contr\u00f4le alors que le bureau de la CWC \u00e0 Haye compte 500 personnes dont la moiti\u00e9 sont des inspecteurs. La cons\u00e9quence est que tout ce qui tourne autour de la BWC semble n\u2019\u00eatre qu\u2019une immense parlote par laquelle les d\u00e9l\u00e9gu\u00e9s des 173 \u00c9tats participants tentent de se profiler. La prochaine conf\u00e9rence aura lieu en novembre et la tension monte. Ce ne sont pas les d\u00e9l\u00e9gu\u00e9s officiels qui s\u2019agitent, mais des scientifiques, des hauts fonctionnaires et des politiciens qui ont conscience que les nouveaux d\u00e9veloppements du g\u00e9nie g\u00e9n\u00e9tique autour de CRISPR\/Cas-9 changent la donne. Ils le font savoir, par exemple\u00a0: Gerstein, D. M. (2016). Can the bioweapons convention survive Crispr? BAS<\/em> (article chez moi). On y lit: \u00ab\u00a0Crispr-based kits go for less than $500 in some cases, with pathogen-specific kits\u2014West Nile virus, human coronavirus 229E, human adenovirus 35, to name a few\u2014offered up like so many choices at a grocery store. Companies selling these kits are certainly not keeping registries of buyers or attempting to control the technology beyond the intellectual property that has been invested. The kits come with operator manuals that have only minimal warnings about containing hazardous materials and being for laboratory use only. Considering the safety and security problems those labs (and other biological facilities) <\/span><\/em>often encounter<\/em><\/a><\/span>, th<\/span>e use of such kits outside of them is especially frightening.\u00a0\u00bb<\/em><\/p>\n

\u00a0<\/strong><\/p>\n

– 41 \u2013 42 + 10.7554\/eLife.14846. M\u00c9MOIRE, BIOLOGIE MOL\u00c9CULAIRE. Les r\u00e9seaux de neurones stimul\u00e9s de mani\u00e8re r\u00e9p\u00e9titives se renforcent et se stabilisent. C\u2019est la \u00ab\u00a0long term potentiation\u00a0\u00bb LTP qui est \u00e0 la base de l\u2019engram, le r\u00e9seau neuronal de la m\u00e9moire. Comment est-ce que \u00e7a marche\u00a0? \u00c9videmment, on imagine une prot\u00e9ine qui modulerait l\u2019efficacit\u00e9 de la synapse. On la cherche. On peine \u00e0 la trouver. En 2006, Tsokas et al. Pensaient l\u2019avoir identifi\u00e9e\u00a0: PKM-x, une kinase active dans la synapse. Le r\u00e9sultat a \u00e9t\u00e9 contest\u00e9, car la souris PKM-x–<\/sup> a une m\u00e9moire normale. Le pr\u00e9sent article montre que le r\u00e9sultat initial \u00e9tait correct, mais qu\u2019il existe des voies compensatoires pour la fixation de la m\u00e9moire. On ne s\u2019\u00e9tonne pas que la m\u00e9morisation soit un processus complexe et multiple. On esp\u00e8re en savoir plus bient\u00f4t. Je continue \u00e0 \u00eatre attir\u00e9 par l\u2019hypoth\u00e8se d\u2019un changement conformationel d\u2019une prot\u00e9ine de type t, dont la transition en prions serait l\u2019extr\u00eame pathologique.<\/p>\n

08. 07. 2016. Science 353, 6295<\/strong><\/p>\n

– 106 -7. \u00c9THIQUE BIOM\u00c9DICALE, RECHERCHE. News. Recherche avec les \u00eatres humains. <\/u>Le gouvernement US \u00e9tait sur le point de faire passer une nouvelle r\u00e8glementation sur l\u2019exp\u00e9rimentation avec les \u00eatres humains. Tout est arr\u00eat\u00e9 par le Congr\u00e8s et le Pr\u00e9sident qui demandent qu\u2019une nouvelle commission reprenne la question \u00e0 la base. Le probl\u00e8me, c\u2019est la \u00ab\u00a0Common Rule\u00a0\u00bb\u00a0 qui veut que tout ce qui se fait soit sp\u00e9cifiquement autoris\u00e9 par le donneur de mat\u00e9riel ou d\u2019information. Ainsi, si un \u00e9chantillon de sang a \u00e9t\u00e9 pr\u00e9lev\u00e9 dans un certain but, l\u2019utilisation de ce m\u00eame \u00e9chantillon pour une autre analyse n\u00e9cessite un nouvel accord du patient. Cette r\u00e8gle rendrait impossibles toutes les id\u00e9es de \u00ab\u00a0Big Data\u00a0\u00bb en m\u00e9decine et en biologie (exploration de masse de donn\u00e9es sans savoir \u00e0 priori ce que l\u2019on va trouver).<\/p>\n

Personnellement, je suis plut\u00f4t favorable \u00e0 plus de libert\u00e9 de recherche, mais le fait que la loi restrictive soit bloqu\u00e9e \u00e0 un stade tr\u00e8s avanc\u00e9 est symptomatique des espoirs que suscitent la nouvelle possibilit\u00e9 en m\u00e9decine \u2013 et peut-\u00eatre ailleurs. <\/em><\/p>\n

Attention toutefois\u00a0; voir ci-dessous\u00a0: nature 21.7. pp. 345. <\/em><\/p>\n

\u00a0<\/em><\/p>\n

– 111, 158 \u2013 162. BIOTECHNOLOGIE, INGENIEURING TISSULAIRE, BIOHYBRIDE. Une raie artificielle,\u00a0 \u00e9tonnante\u00a0! <\/u>Parker et al, Cambridge. Ils prennent des cellules du c\u0153ur de rat (les fibres musculaires du c\u0153ur ne sont pas align\u00e9es, mais ils les font pousser dans des conditions o\u00f9 elles s\u2019alignent). Ils modifient ces cellules par optog\u00e9n\u00e9tique pour qu\u2019elles se contractent \u00e0 la lumi\u00e8re. Ils font croitre ces cellules dans un support en \u00e9lastom\u00e8re sur un squelette en filaments d\u2019or donnant au tout la forme d\u2019une raie \u00e0 l\u2019\u00e9chelle 1\u00a0:10.\u00a0 Ils laissent aller la \u00ab\u00a0b\u00eate\u00a0\u00bb dans un liquide nourricier et ils la conduisent en l\u2019illuminant ad\u00e9quatement. \u00c7a ne va pas vite, ce n\u2019est pas tr\u00e8s efficace, mais \u00e7a marche.<\/p>\n

\"La<\/p>\n

– 123 – 4, 163 \u2013 6. RESEAUX, BIG DATA. Benson et al. Organisation des r\u00e9seaux complexes. La statistique nous donne de magnifiques exemples de ce que l\u2019on peut faire pour interpr\u00e9ter des donn\u00e9es complexes. Par exemple, (i) la distribution trop serr\u00e9e des donn\u00e9es de Mendel trahit le fait qu\u2019il les a passablement arrang\u00e9es\u00a0; (ii) la cryo-microscopie \u00e9lectronique de particules isol\u00e9es n\u2019est possible que parce que la statistique r\u00e9v\u00e8le ce que nous ne voyons pas. Il faudrait\u00a0 pourtant faire beaucoup mieux pour vraiment utiliser les donn\u00e9es du big-data (par exemple r\u00e9pondre aux questions\u00a0: (i) comment l\u2019enfant apprend-il\u00a0 \u00e0 parler \u00e0 partir de ce que ses sens lui communiquent\u00a0? (ii) Comment tant d\u2019Am\u00e9ricains peuvent-ils suivre Trump\u00a0? Certains pensent que, un peu comme la th\u00e9orie des cordes r\u00e9unissant pr\u00e9tendument la physique quantique et la relativit\u00e9 g\u00e9n\u00e9rale, la th\u00e9orie des graphes pourrait permettre d\u2019analyser les donn\u00e9es complexes du BigData mieux qu\u2019on ne le sait faire jusqu\u2019ici. De cette th\u00e9orie, nous savons qu\u2019un param\u00e8tre comme le nombre de voisins de chaque point et sa distribution peut \u00eatre un indicateur puissant. On peut aussi consid\u00e9rer des structures sup\u00e9rieures, c\u2019est-\u00e0-dire analyser non pas point par point, mais par groupement de points. Ainsi, trois points peuvent \u00eatre connect\u00e9s de 13 fa\u00e7ons diff\u00e9rentes (a voit b qui voit c qui voit a\u00a0; idem avec encore b voit a, etc., on peut s\u2019amuser \u00e0 les trouver). Le pr\u00e9sent article \u00e9nonce et discute diff\u00e9rents th\u00e9or\u00e8mes qui relient de mani\u00e8re surprenante ces \u00a0param\u00e8tres plus globaux. Je n\u2019y comprends pas grand-chose si ce n\u2019est que l\u2019analyse passe par la description du r\u00e9seau sous forme de matrice (quel n\u0153ud est li\u00e9 \u00e0 quel n\u0153ud) que l\u2019on transforme et analyse par leurs vecteurs propres et ce qui va avec.<\/p>\n

Je n\u2019ai rien dit d\u2019utile par ce \u00a7 si ce n\u2019est de sugg\u00e9rer qu\u2019il est bon de garder un \u0153il attentif sur les d\u00e9veloppements de ces math\u00e9matiques. <\/em><\/p>\n

\u00a0<\/strong>14. 7. 2016. Nature 535, 7611.<\/strong><\/p>\n

– S1 \u2013 S19. DOULEUR. \u220f. Un dossier.
\nJ. Marchant. S14-15. Simulation honn\u00eate. Les plac\u00e9bos. Une petite synth\u00e8se \u00ab\u00a0main stream\u00a0\u00bb.<\/p>\n

– S15-16. L. Laursen, Arjun. La morphine et d\u2019autres opio\u00efdes sont, dans les cas s\u00e9v\u00e8res, les seuls antidouleurs efficaces. En Europe, on en utilise l\u00e9galement en moyenne 100 mg\/personne (plus de 500 aux USA). Dans les pays en voie de d\u00e9veloppement, en raison de la \u00ab\u00a0guerre \u00e0 la drogue\u00a0\u00bb, l\u2019acc\u00e8s aux opio\u00efdes est dramatiquement bloqu\u00e9. Ainsi en Inde l\u2019usage n\u2019atteint pas le centi\u00e8me (\u00a0!) de l\u2019usage Europ\u00e9en. La cons\u00e9quence en est que, dans les pays en d\u00e9veloppement, on meurt dans la douleur alors que chez nous, on la calme. Encore une forme de discrimination riche\/pauvre\u00a0! Il est not\u00e9 ici que Rajagopal (est-ce celui que nous connaissons?) a entrepris une campagne de promotion des soins palliatifs et des moyens qui les rendent possibles.\u00a0 <\/em><\/p>\n

\u00a0<\/strong><\/p>\n

15.07.2016. Science, 353, 6296.<\/strong><\/p>\n

208 \u2013 9. NEUROIMAGERIE. REPRODUCTIBILIT\u00c9, fMRI. Jacques Di. La validit\u00e9 de beaucoup des donn\u00e9es accumul\u00e9es par fMRI ces 20 derni\u00e8res ann\u00e9es est mise en doute.<\/u> L\u2019imagerie par r\u00e9sonnance magn\u00e9tique fonctionnelle permet de cartographier les zones du cerveau actives en temps r\u00e9el. Les r\u00e9sultats sont fascinants, souvent presque incroyables, par exemple l\u2019association – un mot\/une zone du cerveau \u2013 rapport\u00e9e dans Nature du 28 avril. Il y a longtemps que des voix critiques se font entendre. Elles demandent des statistiques plus rigoureuses et des contr\u00f4les plus s\u00e9v\u00e8res. Ici est rapport\u00e9 un article par E. Eklund dans PNAS qui montre que la param\u00e9trisation des softwares g\u00e9n\u00e9ralement utilis\u00e9s pour ces \u00e9tudes induit souvent des faux positifs. Initialement, pr\u00e8s de 40’000 publications \u00e9taient mises en question. Apr\u00e8s d\u00e9cantation il en reste 3’500. Comme d\u2019habitude la situation serait meilleure si les auteurs publiaient l\u2019ensemble de leurs donn\u00e9es. Encore une pierre ajout\u00e9e pour l\u2019\u00e9dification d\u2019une science ouverte.<\/em><\/p>\n

 <\/p>\n

– 286 \u2013 8. APPRENTISSAGE, COGNITION. Le jeune poulet est capable d\u2019abstraction<\/u>\u00a0; il peut consid\u00e9rer comme \u00e9quivalents des groupes d\u2019objets qui ne se ressemblent que tr\u00e8s indirectement. La m\u00e9thode exp\u00e9rimentale aussi est int\u00e9ressante. Dans ce genre d\u2019exp\u00e9rience on demande habituellement \u00e0 l\u2019animal de peser conditionnellement sur un bouton. Ici, on part de l\u2019observation de Lorenz que les canards suivent ce qu\u2019ils ont reconnu comme \u00e9tant leur maman. Une foi, instruit \u00e0 suivre un groupe d\u2019objets (boule, c\u00f4ne, cylindre de couleurs vari\u00e9es), les auteurs \u00e9tudient les variantes qui sont reconnues par la suite.<\/p>\n

 <\/p>\n

– 288 \u2013 291. BIODIVERSIT\u00c9, EMPREINTE \u00c9COLOGIQUE. Un consortium d\u2019institution de protection de la nature dont le WWF \u00e0 Gland.\u00a0 O\u00f9 la biodiversit\u00e9 est-elle r\u00e9duite par la pr\u00e9sence de l\u2019homme en dessous des valeurs tol\u00e9rables\u00a0?<\/u> Deux cas sont distingu\u00e9s\u00a0: biodiversit\u00e9 avec ou sans esp\u00e8ces invasives. Le r\u00e9sultat est que 58% de la surface des terres est en dessous de la valeur tol\u00e9rable. Cela repr\u00e9sente 71% de la population. Le probl\u00e8me que je vois avec cet article est ce qu\u2019ils d\u00e9finissent comme \u00ab\u00a0valeur tol\u00e9rable\u00a0\u00bb. 20% de perte de biodiversit\u00e9 est nettement trop selon eux. Par pr\u00e9caution, ils placent la barre \u00e0 10%.
\nJe me rappelle d\u2019un s\u00e9minaire au DEE rapportant des exp\u00e9riences de modification de la biodiversit\u00e9 en milieu confin\u00e9 ou sur des iles. La conclusion est que la nature est \u00e9tonnamment souple. Pour \u00e9valuer l\u2019effet, il faut pr\u00e9ciser le param\u00e8tre consid\u00e9r\u00e9. Pour suivre les auteurs du pr\u00e9sent article il faudrait regarder de plus pr\u00e8s ce qu\u2019ils appellent la fonction et le service de l\u2019\u00e9cosyst\u00e8me. <\/em><\/p>\n

 <\/p>\n

– 231 \u2013 257. DANGERS NATURELS MAJEURS. Une s\u00e9rie d\u2019articles sur les dangers naturels majeurs, les moyens de les pr\u00e9voir et de les mitiger. La 1ere figure r\u00e9sume les estimations du risque \u00e0 long terme. La 2e<\/sup> montre la r\u00e9alit\u00e9 sur la base des 60 derni\u00e8res ann\u00e9es. Dans cette analyse, il manque un \u00e9l\u00e9ment\u00a0: <\/em>\u00a0les risques de catastrophes artificiels, c\u2019est-\u00e0-dire celles que l\u2019homme pourrait cr\u00e9er. Il faudrait inclure une vilaine bosse tout \u00e0 gauche du 1er<\/sup> graphique. <\/em><\/p>\n

\"Risques\u00a0<\/em><\/p>\n

21. 07. 2016. Nature 535, 7610<\/strong><\/p>\n

– 345 \u2013348. BUSINESS, PRIVATISATION. Wilbanks, J. T., & Topol, E. J. (2016). Stop the privatization of health data<\/u>. doi:10.1038\/535345a.
\nLe fric ach\u00e8te la science\u00a0; ce n\u2019est pas nouveau, mais \u00e7a empire. Barroso, sit\u00f4t en avoir fini avec la pr\u00e9sidence de la Commission europ\u00e9enne se fait engager par Goldman Sachs. Le pr\u00e9sent article commence par une liste de scientifiques importants qui quittent leurs fonctions dans la recherche publique pour se faire engager par Google, Apple, etc. (Par exemple\u00a0: Tom Insel, directeur de US Natl. Inst. Of Mental Health). L\u00e0-dessous, il y a le rush sur les donn\u00e9es m\u00e9dicales ou, plus simplement, sur les donn\u00e9es fournies par les petits bracelets qui comptent nos pas et de plus en plus de choses. Le bandeau frontal qui mesure les pens\u00e9es n\u2019est pas loin. On peut r\u00eaver\u2026 mais Google ne r\u00eave pas.<\/p>\n

La situation est rendue difficile par la nature supranationale des firmes concern\u00e9es et leur invraisemblable capacit\u00e9 financi\u00e8re. On dit que les r\u00e9serves en cash de Google se chiffrent en centaines de milliards.<\/p>\n

L\u2019article est un cri d\u2019alarme qui appelle \u00e0 d\u00e9fendre nos propres donn\u00e9es. Un syst\u00e8me open-source, un ferme engagement des pouvoirs publics et surtout la prise de conscience que nous devons \u00eatre des consommateurs responsables.<\/p>\n

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– 367 \u2013 375. NEUROBIOLOGIE, TRANSCRIPTOME. Un exemple de ce qui s\u2019\u00e9tudie actuellement en neurobiologie.<\/u>\u00a0 Bakken, T. E., . . . Lein, E. S. (2016). A comprehensive transcriptional map of primate brain development. doi:10.1038\/nature18637.
\nQuels sont les g\u00e8nes actifs dans toutes les parties du cerveau\u00a0? On prend des macaques \u00e0 6 moments de la gestation ainsi qu\u2019\u00e0 la naissance et \u00e0 3, 12 et 48 mois. On analyse leur transcriptome (l\u2019ensemble des g\u00e8nes transcrits) dans toutes les r\u00e9gions de la carte c\u00e9r\u00e9brale, en affinant la r\u00e9solution dans certaines zones critiques pour certaines maladies neurologiques. \u00c9norme masse d\u2019information. Je ne cite que deux observations\u00a0: (i) Les auteurs observent une remarquable synchronicit\u00e9 de formation de r\u00e9seaux synaptiques dans des r\u00e9gions qui ne semblent pas reli\u00e9es. (ii) Ce n\u2019est que bien apr\u00e8s la naissance que le transcriptome se stabilise.<\/p>\n

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22.07.2016. Science 353, 6297.<\/strong><\/p>\n

– 334 \u2013 5, 350 \u2013 51, 351 \u2013 2, 380 – \u00a02, 394 \u2013 \u00a09. MITOCHONDRIE, FLORE INTESTINALE , CO-\u00c9VOLUTION.\u00a0 Les biologistes \u00e9volutionnistes du DEE. Trois articles et des commentaires. Tr\u00e8s int\u00e9ressant, mais subtile<\/strong>. Les humains sont des superorganismes d\u2019esp\u00e8ces multiples et de g\u00e9nomes divers qui co\u00e9voluent de mani\u00e8re li\u00e9e.<\/u> Ici sont \u00e9tudi\u00e9s :\u00a0 (i) Le cas de l\u2019\u00e9volution des anthropo\u00efdes et de leur flore intestinale (depuis l\u2019anc\u00eatre commun d\u2019avec le gorille, les deux sont li\u00e9s, mais avec plein de subtilit\u00e9s). (ii) Le g\u00e9nome des mitochondries est petit (13(\u00a0?) g\u00e8nes chez l\u2019homme), mais il se reproduit bien plus rapidement que le g\u00e9nome nucl\u00e9aire. La co\u00e9volution entre ces deux g\u00e9nomes donne ainsi un avantage \u00e0 la mitochondrie. Les cons\u00e9quences discut\u00e9es ici sont riches et nombreuses. (iii) Je croyais (mais je n\u2019\u00e9tais pas seul) que l\u2019exclusion du g\u00e9nome paternel lors de la f\u00e9condation serait due au fait que seul le noyau du spermatozo\u00efde entre dans l\u2019oocyte. C\u2019est faux. Il entre avec son avalanche de mitochondries paternelles, mais ces derni\u00e8res sont marqu\u00e9es pour \u00eatre d\u00e9truites tr\u00e8s proprement par apoptose. Le pr\u00e9sent article (Zhou et al.) enrichit la connaissance\u00a0 du\u00a0 processus qui commence par la d\u00e9polarisation de la membrane interne de la mitochondrie, ce qui la rend infonctionnelle et la condamne \u00e0 la destruction. Une prot\u00e9ine mitochondriale de l\u2019espace p\u00e9riplsasmique est alors activ\u00e9e pour marquer l\u2019ADN et le d\u00e9grader par une endonucl\u00e9ase (identifi\u00e9e dans le pr\u00e9sent article.) La suite du processus apoptotique est \u00e9l\u00e9gante\u00a0: une membrane vient entourer la mitochondrie avant de fusionner avec un lysosome.<\/p>\n

Cette destruction des mitochondries paternelle n\u2019est qu\u2019un exemple de la subtile gestion des diff\u00e9rents g\u00e9n\u00f4me interagissant dans la m\u00eame cellule (un autre exemple est la destruction de toutes les mitochondries lors de la perte du noyau dans le d\u00e9veloppement des \u00e9rythrocytes).<\/p>\n

Comme le d\u00e9montre l\u2019\u00e9tude des superg\u00e8nes ch\u00e8re au DEE, l\u2019\u00e9volution n\u2019est pas laiss\u00e9e au hasard. Les pr\u00e9sents articles sur la co\u00e9volution entre diff\u00e9rents g\u00e9nomes du m\u00eame superorganisme en pr\u00e9sentent une autre facette. <\/em><\/p>\n

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28.07.2016. Nature 535, 7613<\/strong><\/p>\n

– 465, 477 \u2013 8. RECHERCHE FONDAMENTALE, ERC. \u00a0<\/em>Un \u00e9ditorial hymne \u00e0 la recherche fondamentale. Un bravo \u00e0 l\u2019initiative du pr\u00e9sident de l\u2019ERC (European research council) d\u2019avoir entrepris une s\u00e9rieuse analyse des r\u00e9sultats soci\u00e9taux de 199 projets maintenant achev\u00e9s. L\u2019analyse est professionnelle (elle n\u2019est pas faite sur la base d\u2019un quelconque facteur d\u2019impact) quoique la majorit\u00e9 des analystes ont eux-m\u00eames eu l\u2019occasion d\u2019\u00eatre soutenus par l\u2019ERC. La figure donne le r\u00e9sum\u00e9 des r\u00e9sultats.<\/p>\n

\"Nature<\/p>\n

29.07.16. Science 353, 6298.<\/strong><\/p>\n

– 474 \u2013 8. BIAIS DE GENRE, ENSEIGNEMENT, FRANCE. Lucy. L\u2019analyse de l\u2019engagement de 100’000 Fran\u00e7ais dans l\u2019enseignement secondaire et universitaire montre un net biais en faveur du groupe sous repr\u00e9sent\u00e9. L\u2019effet est favorable aux hommes dans les branches du langage et m\u00eame de la biologie (au niveau universitaire seulement). Il est nettement plus fort dans les domaines STM (Sciences, technologie, ing\u00e9nieurie et math\u00e9matique) o\u00f9 son influence peut d\u00e9passer 10%.<\/p>\n

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– 495 \u2013 498. \u00c9PIG\u00c9N\u00c9TIQUE, PARCOURS DE VIE, SOURIS. Laur\u00e9e. Joli\u00a0<\/strong>! La sous-nutrition au d\u00e9but de la vie des souris induit une d\u00e9ficience du d\u00e9veloppement jusqu\u2019\u00e0 l\u2019\u00e2ge adulte par modification \u00e9pig\u00e9n\u00e9tique (m\u00e9thylation) de l\u2019ADN ribosomal<\/u>. Un effet similaire est induit si la m\u00e8re re\u00e7oit une nourriture \u00e0 haute teneur en graisse ou favorisant l\u2019ob\u00e9sit\u00e9. L\u2019effet ne s\u2019observe qu\u2019en relation avec un variant sp\u00e9cifique du promoteur de ces g\u00e8nes. Des donn\u00e9es provenant des mouches et des levures sugg\u00e8rent que l\u2019effet pourrait \u00eatre g\u00e9n\u00e9ral et conserv\u00e9 chez les animaux. Pourquoi\u00a0? Y a-t-il quelque part un avantage \u00e9volutif\u00a0?<\/em><\/p>\n

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– 499 \u2013 502. AGRICULTURE, GENOME, NEOLITHIQUE. Laurent L. D\u2019o\u00f9 vient l\u2019agriculture\u00a0? Du croissant fertile, tout le monde est d\u2019accord. Toutefois, il semble que dans cette vaste r\u00e9gion, elle soit apparue autour de au moins 3 centres distants l\u2019un de l\u2019autre. L\u2019agriculture a-t-elle \u00e9t\u00e9 invent\u00e9e plusieurs fois ou bien les groupes se sont-ils communiqu\u00e9 l\u2019invention\u00a0? Dans le pr\u00e9sent article est rapport\u00e9 le r\u00e9sultat du s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome de trois individus du n\u00e9olithique pr\u00e9coce provenant de la r\u00e9gion de Zagros en Iran o\u00f9 on retrouve certaines des plus anciennes traces d\u2019agriculture. Surprise\u00a0! Les individus de cette branche sont g\u00e9n\u00e9tiquement s\u00e9par\u00e9s depuis au moins 50’000 ans des premiers Europ\u00e9ens agriculteurs comme aussi des Europ\u00e9ens modernes. Ils ont des affinit\u00e9s avec les Afghans et les Pakistanais modernes et surtout avec les Iraniens Zoroastriens. Les auteurs concluent que l\u2019agriculture a \u00e9t\u00e9 adopt\u00e9e par plusieurs branches de chasseurs-cueilleurs g\u00e9n\u00e9tiquement diff\u00e9renci\u00e9s et que la r\u00e9gion de Zagros pourrait \u00eatre le lieu origine de l’extension de l\u2019agriculture vers l\u2019est.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

\u00a0Actualit\u00e9 scientifique selon Jacques.\u00a0Juillet\u00a02016\u00a0<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":false,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[89],"tags":[],"class_list":["post-888","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-science-actualite"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack-related-posts":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/888","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=888"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/888\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=888"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=888"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=888"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}