<\/p>\n
Wilson, M. D., Benlekbir, S., Fradet-Turcotte, A., Sherker, A., Julien, J. P., McEwan, A., . . . Durocher, D. (2016). The structural basis of modified nucleosome recognition by 53BP1. Nature, 536<\/em>(7614), 100-103. doi:10.1038\/nature18951<\/p>\n Zhao, Y., Chen, S., Yoshioka, C., Baconguis, I., & Gouaux, E. (2016). Architecture of fully occupied GluA2 AMPA receptor-TARP complex elucidated by cryo-EM. Nature, 536<\/em>(7614), 108-111. doi:10.1038\/nature18961<\/p>\n Zhu, J., Vinothkumar, K. R., & Hirst, J. (2016). Structure of mammalian respiratory complex I. Nature, 536<\/em>(7616), 354-358. doi:10.1038\/nature19095<\/p>\n Whicher, J. R., & MacKinnon, R. (2016). Structure of the voltage-gated K(+) channel Eag1 reveals an alternative voltage sensing mechanism. Science, 353<\/em>(6300), 664-669. doi:10.1126\/science.aaf8070 Alfieri, C., Chang, L., Zhang, Z., Yang, J., Maslen, S. Skehel, M., & Barford, D. (2016). Molecular basis of APC\/C regulation by the spindle assembly checkpoint. Nature, 536<\/em>(7617), 431-436. doi:10.1038\/nature19083<\/p>\n Wan, R., Yan, C., Bai, R., Huang, G., & Shi, Y. (2016). Structure of a yeast catalytic step I spliceosome at 3.4 A resolution. Science, 353<\/em>(6302), 895-904. doi:10.1126\/science.aag2235<\/p>\n Yan, C., Wan, R., Bai, R., Huang, G., & Shi, Y. (2016). Structure of a yeast activated spliceosome at 3.5 A resolution. Science, 353<\/em>(6302), 904-911. doi:10.1126\/science.aag0291 Chen, Y., Clarke, O. B., Kim, J., Stowe, S., Kim, Y. K., Assur, Z., . . . Mancia, F. (2016). Structure of the STRA6 receptor for retinol uptake. Science, 353<\/em>(6302). doi:10.1126\/science.aad8266<\/p>\n 04.08. 2016. Nature 536, 7614<\/strong><\/p>\n – 14. COMPRENDRE, LES MATH\u00c9MATIQUES. Tous. Dur de se comprendre\u00a0!<\/u> Soit deux nombres premiers et leur produit \u00a0a1<\/sub>x a2<\/sub> = a. Idem pour b1<\/sub>, b2<\/sub>, et b. Soit c =a+b. La conjecture abc<\/strong> dit des choses concernant la relation des facteurs de a et de b avec ceux de c. Je n\u2019en sais pas plus, mais ceux qui savent disent que cette conjecture est remarquable. Par exemple, le th\u00e9or\u00e8me de Fermat en serait quasiment un corolaire.<\/p>\n En 2012, Shinichi Mochizuki de Kyoto publiait une s\u00e9rie d\u2019articles, fruit de 10 ans de travail solitaire, pr\u00e9tendant d\u00e9montrer la conjecture. 500 pages d\u2019une densit\u00e9 comme jamais vue en math\u00e9matiques, une notation d\u00e9passant tout ce qui existe d\u2019indigeste, une s\u00e9rie d\u2019outils inconnus jusqu\u2019ici. De nombreux math\u00e9maticiens sont au travail pour essayer de comprendre. Ils s\u2019accordent \u00e0 y trouver des id\u00e9es r\u00e9volutionnaires, mais pensent qu\u2019il faudra bien attendre 2020 pour comprendre l\u2019ensemble de la preuve. Ensuite, il faudra voir s\u2019il n\u2019y a pas de bugs.<\/p>\n Le pr\u00e9sent article commente la conf\u00e9rence regroupant une 50 aine de sp\u00e9cialistes qui qui a eu lieu dans l\u2019institut et en pr\u00e9sence de l\u2019auteur. Il s’agissait avant tout de le comprendre, lui. Il s’est donn\u00e9 de la peine, mais il en a. Il s\u2019\u00e9nerve qu\u2019on ne le comprenne pas et il se cabre d\u00e8s que quelqu\u2019un qui n\u2019est pas \u00e0 sa hauteur \u00e9nonce quoi que ce soit sur lui ou sa d\u00e9monstration (heureusement, il ne me lit pas).<\/p>\n Dans cette histoire, ce qui m\u2019interpelle, c\u2019est ce cas d\u2019extr\u00eame difficult\u00e9 \u00e0 se comprendre entre gens, qui pourtant se donne toute la peine du monde. M\u00eame beaucoup moins extr\u00eame dans leurs pr\u00e9misses, mais tout aussi bloqu\u00e9s dans leur communication, ils abondent, les groupes (par exemple \u220f) et les couples (on en connait) qui ne font pas mieux\u00a0!<\/em><\/p>\n \u00a0<\/em><\/p>\n – 37 \u2013 8, 41 \u2013 7. M\u00c9DECINE, G\u00c9N\u00c9TIQUE. Jacques Di. \u00a0G\u00e9n\u00e9tique du diab\u00e8te 2 et du cancer\u00a0: on n\u2019y comprend toujours pas grand-chose.<\/p>\n Il est un type d\u2019article fr\u00e9quent qui me d\u00e9sole\u00a0: les analyses g\u00e9n\u00e9tiques de maladies, du cancer en particulier. On les dit tr\u00e8s importants, ils impliquent un nombre impressionnant d\u2019auteurs, de patients, et d\u2019heures de CPU, mais, pour moi, ils sont illisibles.<\/em><\/p>\n Au d\u00e9part, il y a l\u2019espoir de trouver des variants g\u00e9n\u00e9tiques, h\u00e9rit\u00e9s ou fraichement acquis par mutation, qui corr\u00e8lent fortement avec la maladie. Ils pourraient informer sur l\u2019origine de la maladie et peut-\u00eatre, offrir des pistes th\u00e9rapeutiques. La pr\u00e9sente \u00e9tude sur le diab\u00e8te de type 2 portant sur plus de 100’000 sujets conclut \u00e0 la maigreur des r\u00e9sultats. Entre diab\u00e9tiques ou non, l\u2019\u00e9tude n\u2019arrive pas \u00e0 identifier de nets d\u00e9terminants g\u00e9n\u00e9tiques. Il faut croire que, en g\u00e9n\u00e9ral, l\u2019analyse g\u00e9n\u00e9tique qui \u00e9clairera le ph\u00e9notype sera plus subtile que ce que l\u2019on arrive \u00e0 faire actuellement. Tant pis pour les longs articles, je continue de les laisser aux sp\u00e9cialistes. <\/em><\/p>\n \u00a0<\/em><\/p>\n 05.08.16. Science 353, 6299.<\/strong><\/p>\n – 527 \u2013 8. BIOM\u00c9DECINE, BUSINESS. News. Jacques Di., Jean M. Couteuse jouvence.<\/u> En 2014, il a \u00e9t\u00e9 observ\u00e9 que de vieilles souris \u00e0 qui on injecte du sang de jeunes souris s\u2019en trouvent rajeunies. Une firme est cr\u00e9\u00e9e pour \u00e9tendre cette recherche \u00e0 l\u2019homme. Elle lance donc un premier essai clinique et cherche des volontaires qu\u2019elle paie\u2026 non, pas qu\u2019elle paie, mais qu\u2019elle fait payer 8000$. L\u00e9galement cela semble ok. Des voix s\u2019\u00e9l\u00e8ves au nom de l\u2019\u00e9thique et de la rigueur exp\u00e9rimentale (le test est pr\u00e9vu sans contr\u00f4les aveugles parce que le payeur en veut pour son argent).<\/p>\n <\/p>\n – 547 \u2013 8. \u00c9NERGIE NUCL\u00c9AIRE. J.-Cl. K. Les USA et la Chine veulent collaborer pour de nouvelles solutions pour l\u2019\u00e9nergie nucl\u00e9aire. Bcp. d\u2019informations int\u00e9ressantes dans cet article, en particulier la figure ci-dessous dont je remarque\u00a0:<\/p>\n – La faible part des \u00e9nergies renouvelables non nucl\u00e9aires (<20% en Allemagne\u00a0; 10% en Chine)<\/p>\n – La Chine est s\u00e9rieuse. Elle a atteint son pic global et l\u2019a nettement d\u00e9pass\u00e9 pour le charbon. L\u2019Inde ne l\u2019est pas.<\/p>\n – L\u2019augmentation de la consommation de charbon que l\u2019on d\u00e9nonce souvent en Allemagne n\u2019est gu\u00e8re significative globalement.<\/p>\n – 598 \u2013 602. CHROMATINE, DNA, FRACTALE. Les biologistes cellulaires et les biophysiciens, Andrzej, Stan F. Wang et al. Organisation spatiale des domaines topologiques (TADs) dans la chromatine nucl\u00e9aire.<\/u> 10.1126\/science.aaf8084.<\/p>\n Comment le message de l\u2019ADN peut-il s\u2019exprimer correctement quand, toute proportion gard\u00e9e, il est comme un mince fil de couture torsad\u00e9 de 100 km de long empaquet\u00e9 dans une boite de 50 cm\u2009? Il faut que les bons endroits s\u2019activent au bon moment et se retrouvent en bonne compagnie sans s\u2019emm\u00ealer. \u00c0 l\u2019\u00e9chelle cellulaire, cette question \u00e9tait au centre du travail de mon laboratoire du CME que conduisait Stan Fakan au Bugnon. Au niveau\u00a0 mol\u00e9culaire, c\u2019\u00e9tait le sujet principal que nous \u00e9tudions avec Andrzej Stasiak au LAU, \u00e0 Dorigny. Lui continue au CIG. Heureusement, car ainsi l\u2019article dont il est question ici l\u2019int\u00e9resse aussi et il m\u2019aide \u00e0 le comprendre. Il faut dire qu’il est difficile. Il s\u2019agit de la structure fractale de la chromatine \u00e9tudi\u00e9e par des m\u00e9thodes de microscopie optique \u00e0 tr\u00e8s haute r\u00e9solution au moyen des marqueurs fluorescents associ\u00e9s \u00e0 un tr\u00e8s grand nombre de s\u00e9quences de l\u2019ADN. Dans cette \u00e9tude, la distribution de la distance g\u00e9om\u00e9trique des paires de marqueurs fluorescents et compar\u00e9s \u00e0 la distribution des distances g\u00e9nomique (mesur\u00e9e le long du filament d’ADN) des points de contact de l\u2019ADN \u00a0tels que d\u00e9termin\u00e9s par une autre m\u00e9thode\u00a0: Hi-C par exemple. Comme on peut s\u2019y attendre, deux points qui sont g\u00e9nomiquement proches le sont aussi g\u00e9om\u00e9triquement.\u00a0 Semblablement, deux points de l\u2019ADN ont d\u2019autant plus de chance de venir en contact que leur distance g\u00e9nomique est petite. Toutes ces relations sont exprim\u00e9es en termes d\u2019exposants fractals qui s\u2019av\u00e8rent remarquablement robustes. Surtout ils montrent que l\u2019exposant fractal des rapports de distance dans la chromatine active (S=0.22\u00b10.01) est \u00a0tr\u00e8s diff\u00e9rent de celui de la chromatine inactive (S=0074\u00b10.003) et que les deux domaines sont g\u00e9om\u00e9triquement s\u00e9par\u00e9s. Le premier domaine bouge et est peu structur\u00e9, le second est compact et peu mobile.<\/p>\n Le pr\u00e9sent travail est sans doute remarquable, l\u2019analyse est sophistiqu\u00e9e et le r\u00e9sultat solide. Mais que veut-il dire en termes de structure de la chromatine\u00a0?<\/p>\n Ceci, me semble-t-il. Vu au microscope \u00e9lectronique, il existe dans le noyau des r\u00e9gions o\u00f9 la chromatine est condens\u00e9e. C\u2019est l\u2019\u00e9th\u00e9rochromatine\u00a0;\u00a0 par CEMOVIS c\u2019est la mer de nucl\u00e9osomes. En dehors de celle-ci est la zone de l\u2019euchromatine, structurellement peu remarquable. L\u2019article discut\u00e9 ci-dessus d\u00e9montre que la chromatine active est strictement s\u00e9par\u00e9e de la chromatine inactive. On peut penser que cette diff\u00e9rence fonctionnelle corresponde \u00e0 l\u2019euchromatine pour la premi\u00e8re et l\u2019\u00e9th\u00e9rochromatine pour la seconde. Stan le dit depuis longtemps. <\/em><\/p>\n <\/p>\n 11.08.2016. Nature 536, 7615.<\/strong><\/p>\n – 134 \u2013 5. PLANEUR, ATMOSPH\u00c8RE, TECHNOLOGIE. Manu. News. Un planeur, \u00e7a peut voler haut! <\/u>Au chalet, on observe de temps en temps des parapentistes \u00e9voluer bien au-dessus de la cr\u00eate du Tsat\u00e9. Bien plus haut, vole parfois un planeur port\u00e9 par des courants ascendants form\u00e9s par sur la montagnes. Dans les Andes, les conditions permettent de monter plus haut encore. Le projet priv\u00e9 Perlan a \u00e9tabli un record \u00e0 15’500 m. Le planeur actuellement en construction vise un vol stabilis\u00e9 \u00e0 27km, l\u00e0 o\u00f9, comme \u00e0 la surface de Mars, la pression atmosph\u00e9rique est de 1\/50 d\u2019atmosph\u00e8re.<\/p>\n <\/p>\n – 151, 210 \u2013 4. BIOLOGIE CELLULAIRE, FENTE SYNAPTIQUE. Benoit Z. Il y a juste 10 ans, nous publions avec Beno\u00eet Zuber, un article qui nous semblait assez r\u00e9volutionnaire sur la structure de la fente synaptique (Zuber, B., Nikonenko, I., Klauser, P., Muller, D., & Dubochet, J. (2005). The mammalian central nervous synaptic cleft contains a high density of periodically organized complexes. Proc Natl Acad Sci U S A, 102<\/em>(52), 19192-19197). Il\u00a0 y \u00e9tait montr\u00e9 que la \u00ab\u00a0fente \u00bb synaptique\u00a0contient plus de \u00a0substance que n\u2019importe o\u00f9 ailleurs dans les cellules et que cette mati\u00e8re est quelquefois arrang\u00e9e en connections p\u00e9riodiques joignant les deux cellules (voir figure ci-dessous). L\u2019importance pour la transmission synaptique et \u00e9ventuellement pour la m\u00e9moire semble \u00e9vidente. Suit alors 10 ans o\u00f9, apparemment, personne n\u2019a remarqu\u00e9 ce r\u00e9sultat. Tout le monde continue de parler et de dessiner la fente synaptique d\u00e9sesp\u00e9r\u00e9ment vide. [H\u00e9las, il faut dire que Dominique Muller, le neurobiologiste comp\u00e9tent et connu, coauteur de notre travail, s\u2019est tu\u00e9 peu apr\u00e8s en planeur (risqu\u00e9, le planeur\u00a0; voir ci-dessus). Peut-\u00eatre est-ce la raison qui nous a fait manquer le contact avec le monde des neurobiologistes\u00a0? (Difficile la communication entre groupes\u00a0; voir ci-dessus)].<\/p>\n Cela pourrait changer. Dans le pr\u00e9sent article Tang et al., utilisent la microscopie optique \u00e0 ultrahaute r\u00e9solution pour montrer que la d\u00e9charge d\u2019une v\u00e9sicule de neurotransmetteur dans la membrane pr\u00e9synaptique n\u2019agit que sur les r\u00e9cepteurs situ\u00e9s juste en face sur la membrane poste synaptique et non, n\u2019importe o\u00f9 dans la synapse, comme se serait le cas si la transmission se faisait par simple diffusion dans la fente. Les auteurs concluent qu\u2019il doit y avoir une structure qui fait le pont \u00e0 travers la fente et qui dirige le passage des neurotransmetteurs. Ils la nomment nanocolonne. La figure de l\u2019article par Sigrist et Petzoldt commentant ce r\u00e9sultat est reproduite ci-dessous. Conform\u00e9ment \u00e0 la tradition, ce commentaire\u00a0 pr\u00e9sente la fente synaptique vide, mais for\u00e7ant miraculeusement le neurotransmetteur \u00e0 ne diffuser qu\u2019au bon endroit. Quand ces gens lanceront-ils un oeil sur les photos de Beno\u00eet\u00a0?<\/p>\n J\u2019\u00e9cris aux auteurs pour leur parler de notre article d\u2019il y a 10 ans. R\u00e9ponse positive imm\u00e9diate. Ils ne connaissaient pas, mais tout de suite ils en voient les cons\u00e9quences. Vont-ils, dor\u00e9navant, incorporer honn\u00eatement nos r\u00e9sultats dans leurs discussions?\u00a0 \u00a0La communaut\u00e9 des neurobiologistes va-t-elle enfin en prendre connaissance\u00a0? \u00a0<\/em><\/p>\n <\/p>\n – 205 \u2013 209. G\u00c9N\u00c9TIQUE, \u00c9MERGENCE D\u2019HOMO SAPIENS. Les psycholgues et les sociologues. Alexandre Raymond et son groupe au CIG travaillent sur les r\u00e9gions du g\u00e9nome appel\u00e9es CNV (copy number variations) qui sont souvent associ\u00e9es \u00e0 des changements \u00e9volutifs rapides. On les trouve souvent dans les r\u00e9gions r\u00e9gulatrices de g\u00e8nes dont l\u2019activit\u00e9 peut d\u00e9pendre fortement du nombre de ces copies. C\u2019est le cas par exemple de la maladie de Huntington. Dans le pr\u00e9sent article, les (nombreux) auteurs identifient une r\u00e9gion de CNV qui a subi un r\u00e9arrangement complexe il y a moins de 300’000 ans chez Homo sapiens et qui a subi une forte s\u00e9lection positive. Accessoirement elle est parfois associ\u00e9e \u00e0 l\u2019autisme.<\/p>\n La chasse aux r\u00e9gions du g\u00e9nome qui ont \u00e9t\u00e9 importantes pour l\u2019\u00e9mergence de l\u2019homme moderne continue. Elles ont souvent \u00e0 faire avec la fonction c\u00e9r\u00e9brale et la r\u00e9ponse aux maladies. C\u2019est un sujet passionnant.<\/em><\/p>\n <\/p>\n 12.08.2016. Science 353, 6300<\/strong><\/p>\n – 694 \u2013 9. PAUVRET\u00c9, POLITIQUE SOCIALE . Gilles, Lucy. L\u2019impact des programmes de pr\u00e9vention de la d\u00e9socialisation.<\/u> Quand Obama est devenu pr\u00e9sident, c\u2019\u00e9tait la crise. Il a engag\u00e9 beaucoup d\u2019argent pour aider les organismes et les personnes touch\u00e9es \u00e0 en sortir. Les banques ont \u00e9t\u00e9 les premi\u00e8res b\u00e9n\u00e9ficiaires suivies par la grande industrie. Au niveau individuel on a dit que l\u2019aide financi\u00e8re directe sous forme de don (=>1500$) s\u2019est r\u00e9v\u00e9l\u00e9e la mesure la plus efficace pour \u00e9viter aux individus en situation de crise due, par exemple \u00e0 la perte du logement ou une maladie non couverte, \u00e0 devenir SDF et \u00e0 couter 10x plus \u00e0 la soci\u00e9t\u00e9. La conclusion ci-dessus est confirm\u00e9e par une \u00e9tude d\u00e9taill\u00e9e d\u2019un programme d\u2019aide sociale \u00e0 Chicago. Elle montre aussi que c\u2019est l\u2019identification de ceux qui devraient en b\u00e9n\u00e9ficier, qui est le point faible du programme.<\/p>\n <\/p>\n – 702 \u2013 4. ZOOLOGIE, LONG\u00c9VIT\u00c9. Daniel Ch., Jacques H. \u00a0Record de long\u00e9vit\u00e9 animale.<\/u> Le requin de l\u2019arctique (Somniosus microcephalus) est grand (il peut atteindre 5m), mais il cro\u00eet lentement (1cm par an). Est-ce \u00e0 dire qu\u2019il peut devenir tr\u00e8s vieux\u00a0? Pour le v\u00e9rifier, J. Nielsen et co. ont mesur\u00e9 le taux de radiocarbone dans le noyau du cristallin de 28 femelles, un tissu qui se forme avant la naissance et qui ne m\u00e9tabolise plus par la suite. On se souvient que le C14<\/sup> radioactif se forme sous l\u2019effet des rayons cosmiques dans la haute atmosph\u00e8re. Une fois ing\u00e9r\u00e9, sa concentration ne peut que diminuer. La concentration de d\u00e9part dans l\u2019atmosph\u00e8re est en principe assez constante mais il faut tenir compte du fait que la source de C14<\/sup> du requin n\u2019est pas directement l\u2019atmosph\u00e8re, mais sa nourriture. Comment d\u00e9terminer ce retard? L\u2019apparition des radionuclides des bombes atomiques permet de l’estimer. Ceci est une des finesses que les auteurs utilisent pour r\u00e9duire l\u2019erreur de leur mesure. R\u00e9sultat du travail\u00a0: la maturit\u00e9 sexuelle de l\u2019esp\u00e8ce\u00a0 est d\u2019environ 156 ans et le plus grand des sp\u00e9cimens \u00e9tudi\u00e9s avait 400\u00b1120 ans (95%) ce qui en fait le record de long\u00e9vit\u00e9\u00a0 chez les animaux.<\/p>\n \u00a0<\/strong><\/p>\n 18.08.20\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0\u00a0 16. Nature 536, 7616<\/strong><\/p>\n – 257 \u2013 8. M\u00c9DECINE, POLITIQUE. Jean M. DCh. Cuba r\u00e9siste \u00e0 l\u2019invasion du virus Zika.<\/u> Le syst\u00e8me m\u00e9dical cubain est probablement unique au monde par son orientation de sant\u00e9 publique. Il ne s\u2019agit pas de m\u00e9decine sophistiqu\u00e9e, mais d\u2019une p\u00e9n\u00e9tration des soins de base \u00e0 tous les niveaux et d\u2019une implication directe de la population. Le syst\u00e8me est ainsi bien pr\u00e9par\u00e9 \u00e0 faire face \u00e0 une \u00e9pid\u00e9mie. Il l\u2019a d\u00e9montr\u00e9 d\u00e9j\u00e0 \u00e0 plusieurs reprises par sa capacit\u00e9 \u00e0 mobiliser le personnel m\u00e9dical, la population \u00a0et l\u2019arm\u00e9e pour appliquer les mesures de protection. Actuellement il s\u2019agit de tuer les moustiques avec des pesticides et d\u2019emp\u00eacher leur d\u00e9veloppement dans l\u2019eau stagnante. Une m\u00e9thode qui semble marcher consiste \u00e0 contr\u00f4ler et amender ceux qui laissent des flaques \u00e0 moins de 150m de chez eux \u2013 par exemple dans l\u2019eau stagnante d\u2019un pneu abandonn\u00e9. Les soldats sont \u00e0 la t\u00e2che. Le r\u00e9sultat est \u00e9tonnant\u00a0: l\u2019\u00e9pid\u00e9mie Zika frappe par milliers les pays voisins, mais Cuba n\u2019a annonc\u00e9 que 3 cas, alors que la d\u00e9tection y est certainement bien plus rigoureuse.\u00a0Avec les \u00e9pid\u00e9mies \u2013 naturelles ou artificielles \u2013 qui nous pendent au nez, les pays riches et \u00e0 m\u00e9decine sophistiqu\u00e9es ont peut-\u00eatre beaucoup \u00e0 apprendre de Cuba. Daniel C. me fait savoir que, en Suisse, le Tessin fait face \u00e0 la venue du moustique tigre de mani\u00e8re exemplaire.\u00a0; 2.5 postes ont \u00e9t\u00e9 cr\u00e9\u00e9s pour cette t\u00e2che. Bravo\u00a0! Pourtant, compar\u00e9 aux 9000 soldats engag\u00e9s \u00e0 Cuba, on se demande qui a la bonne \u00e9chelle?<\/em><\/p>\n <\/p>\n – 271 \u2013 2. \u00c9THIQUE, INNOVATION, TECHNOLOGIE. Recensions de\u00a0: Jasanoff, S. (2016). The Ethics of Invention: Technology and the Human Future<\/em>: W. W. Norton. L\u2019innovation technologique avance \u00e0 un rythme casse-cou, mais la d\u00e9lib\u00e9ration sur ses implications traine. <\/u>L\u2019auteure du livre\u00a0 travaille dans le domaine science, droit et politique. L\u2019auteur de la recension est analyste \u00e0 la F\u00e9d\u00e9ration of American Scientists (Wa. DC). La premi\u00e8re est s\u00e9v\u00e8re et va droit au sujet (\u00ab\u00a0L\u2019imagination des experts est souvent limit\u00e9e par la nature de leur expertise\u00a0\u00bb). Le second donne l\u2019impression de voir que l\u2019auteur a raison, mais veille se tenir \u00e0 distance parce que \u00ab\u00a0le d\u00e9bat \u00e9thique sur les nouvelles technologies est d\u00e9sesp\u00e9rant et risque de ralentir l\u2019innovation.\u00a0\u00bb Typique\u00a0! Choix de soci\u00e9t\u00e9.<\/em><\/p>\n <\/p>\n – 249, 285 \u2013 291. G\u00c9N\u00c9TIQUE, BIG DATA, M\u00c9DECINE. L\u2019exome de 60’706 humains.<\/u> \u00a0<\/u>L\u2019exome est la partie du g\u00e9nome qui code pour les prot\u00e9ines. Elle ne repr\u00e9sente que quelques % \u00a0du g\u00e9nome, mais, on peut bien le dire, c\u2019est la partie qui contient le plus d\u2019information int\u00e9ressante \u2013 et peut-\u00eatre surtout, de l\u2019information que l\u2019on sait le mieux \u00e9valuer. La moisson est riche, en particulier parce qu\u2019elle met en \u00e9vidence l\u2019importance d\u2019un grand nombre de g\u00e8nes dont on ne sait rien \u00a0de la fonction\u00a0!<\/p>\n La suite est toute trac\u00e9e\u00a0: l\u2019an prochain ils seront 120’00,\u00a0 un million dans quelques ann\u00e9es, tous- qu\u2019on le veuille ou non – vers 2050 probablement. Il y aura des cons\u00e9quences, par exemple sur l\u2019\u00e9valuation m\u00e9dicale, le profilage psychologique et, j\u2019imagine, sur nos passeports.<\/em><\/p>\n \u00a0<\/em><\/p>\n S\u00c9QUEN\u00c7AGE, ADN. Manu, chacun. \u00a0S\u00e9quen\u00e7age de l\u2019ADN. Petite mise \u00e0 niveau.<\/u> <\/em><\/p>\n J\u2019ai particip\u00e9 r\u00e9cemment \u00e0 la retraite du CIG o\u00f9 j\u2019ai pu mettre \u00e0 jour mes connaissances sur les techniques de s\u00e9quen\u00e7age de l\u2019ADN. C\u2019est inou\u00ef\u00a0!\u00a0 <\/em><\/p>\n \u00a0<\/em><\/p>\n Heidelberg, d\u00e9but des ann\u00e9es 80, je me souviens du s\u00e9minaire interne de Vincenzo Pirotta nous effarant tous en commen\u00e7ant par \u00e9crire sans mot dire les 70 lettres repr\u00e9sentant les bases de la s\u00e9quence d\u2019un fragment d\u2019ARN. C\u2019\u00e9tait le d\u00e9but de l\u2019\u00e9pop\u00e9e du s\u00e9quen\u00e7age. En 2003, apr\u00e8s 13 ans d\u2019efforts, la lecture des 3 millards de bases d\u2019un g\u00e9nome humain \u00e9tait achev\u00e9e au prix de 1$\/base. Ce prix n\u2019avait cess\u00e9 de diminuer durant le projet et la tendance \u00e0 la baisse a continu\u00e9 depuis \u00e0 un rythme exponentiel. Alors que la \u00ab\u00a0loi\u00a0\u00bb de Moore constate qu\u2019il faut deux ans pour doubler le nombre de transistors par unit\u00e9 de surface, c\u2019est par un facteur de plus de 10 que diminue dans le m\u00eame temps le prix de lecture d\u2019une base d\u2019ADN. Nous en sommes aujourd\u2019hui au point o\u00f9\u00a0 il devient n\u00e9gligeable par rapport \u00e0 celui de l\u2019enregistrement, du stokage et, bien plus, de, l\u2019analyse des donn\u00e9es. Inutile de faire beaucoup mieux (sauf pour la pr\u00e9cision, l\u2019\u00e9pig\u00e9n\u00e9tique, etc\u2026 et les erreurs de ce que je raconte ci-dessous).<\/em><\/p>\n \u00a0<\/em><\/p>\n Comment est-ce possible\u00a0? Comment est-ce que \u00e7a marche? En fait, c\u2019est simple, du moins, si sont n\u00e9glig\u00e9s les d\u00e9tails o\u00f9 se cache le diable.<\/em><\/p>\n Voyons-le avec le dernier n\u00e9, minION d\u2019Oxford Nanopore, actuellement en pr\u00e9commercialisation. Cette firme et Illumina sont en concurrence. Elles ont trouv\u00e9 un arrangement le 18 ao\u00fbt. <\/em><\/p>\n MinION est gros comme les anciens t\u00e9l\u00e9phone portable. Il est aliment\u00e9 par la prise USB du Mac qui re\u00e7oit les donn\u00e9es.<\/em><\/p>\n Au c\u0153ur de l\u2019appareil, une membrane isolante portant quelque 5000 (\u00a0?) plaquettes mesurant le courant qui\u00a0 traverse chacune d\u2019elle. La membrane baigne dans une solution ionique et une petite diff\u00e9rence de potentiel est appliqu\u00e9e \u00e0 travers la membrane.\u00a0 <\/em><\/p>\n \u00a0 Au centre de chacune des plaquettes est plac\u00e9 un- un seul – pore membranaire, c\u2019est-\u00e0-dire un complexe prot\u00e9ique dont la fonction biologique consiste \u00e0 laisser passer des ions de mani\u00e8re control\u00e9e. \u00c0 ce complexe est attach\u00e9e une autre prot\u00e9ine dont la fonction consiste \u00e0 s\u00e9parer les deux brins entortill\u00e9s de l\u2019ADN. Cet ensemble\u00a0 est arrang\u00e9 de mani\u00e8re \u00e0 ce que l\u2019un des brins de l\u2019ADN soit inject\u00e9 dans le pore. <\/em><\/p>\n \u00a0<\/em><\/p>\n \u00a0<\/em>En absence d\u2019ADN, le potentiel membranaire fait couler les ions \u00e0 travers le pore. Le courant ainsi produit est mesur\u00e9 en continu pour chacun des pores.<\/em><\/p>\n \u00a0<\/em><\/p>\n Pour faire une analyse, il faut disposer de quelques milliers de copies de l\u2019ADN \u00e0 analyser. Comme il existe une copie dans chaque cellule, n\u2018importe quel petit bout de tissus \u00a0fait l\u2019affaire. On fragmente ensuite ce mat\u00e9riel initial qui peut \u00eatre tr\u00e8s long (3 milliards de paires de bases pour l\u2019ADN humain) en morceaux de quelques dizaines de milliers de bases (quelques microns). Cela peut-\u00eatre fait en secouant vigoureusement la solution. Si l\u2019on ne dispose que d\u2019une mol\u00e9cule, pas de probl\u00e8me non plus (j\u2019exag\u00e8re un peu)\u00a0; on l\u2019amplifie par PCR (encore une m\u00e9thode g\u00e9niale). On obtient ainsi une sauce form\u00e9e d\u2019une collection al\u00e9atoire redondante de fragments de l\u2019ADN \u00e0 analyser. C’est elle que l’on verse \u00e0 la surface de la membrane du minION. <\/em><\/p>\n \u00c0 partir de l\u00e0, tout va tout seul. L\u2019enzyme accroche la premi\u00e8re extr\u00e9mit\u00e9 d\u2019un fragment d\u2019ADN qui lui tombe sous la dent et injecte un des brins dans le pore.\u00a0 Celui-ci se trouve ainsi partiellement bouch\u00e9. Le courant d\u2019ions en est diminu\u00e9 d\u2019une mani\u00e8re qui d\u00e9pend de la s\u00e9quence de l\u2019ADN en train de traverser. Plus pr\u00e9cis\u00e9ment, c\u2019est la base se trouvant \u00e0 cet instant au goulet critique du pore qui influence principalement ce qui reste de courant traversant. Il est ainsi possible de d\u00e9terminer s\u2019il s\u2019agit d\u2019un A, d\u2019un T, d\u2019un G ou d\u2019un C. Un centi\u00e8me de seconde plus tard, c\u2019est la base suivant qui passe le col\u00a0; la lecture continue. minION contient environ 5000 plaquettes, chacune lisant 100 bases par seconde\u00a0; la petite machine crache un demi-million de lettres \u00e0 la seconde – un petit bouquin.<\/em><\/p>\n minION est la version de poche. C\u2019est l\u2019appareil que l\u2019on prend avec soi pour identifier le virus dans la brousse. La version \u00ab\u00a0full size\u00a0\u00bb\u00a0 et 100 fois plus rapide. <\/em><\/p>\n Notons quand m\u00eame que la machine fait des erreurs. Actuellement environ 30%\u00a0! (on esp\u00e8re 1% dans les ann\u00e9es \u00e0 venir) C\u2019est un bruit de fond qui n\u2019est pas trop grave . Il suffit de r\u00e9p\u00e9ter suffisamment les lectures et de demander \u00e0 l\u2019ordinateur de trier le bon grain de l\u2019ivraie.<\/em><\/p>\n Rappelons aussi qu\u2019il faut assembler les fragments. En principe, ce n\u2019est pas difficile en associant les r\u00e9gions de recouvrement.\u00a0\u00a0 \u00a0<\/em><\/p>\n \u00a0<\/em><\/p>\n 19.08.2016. Science 353, 6301<\/strong><\/p>\n – 739, \u00a0819 \u2013 822. ING\u00c9NIERIE G\u00c9N\u00c9TIQUE. Construction d\u2019un colibacille dont le g\u00e9nome n\u2019a que 57 codons. L\u2019alphabet g\u00e9n\u00e9tique est form\u00e9 de 64 codons de 3 lettres chacun (4 lettres possibles group\u00e9es par trois\u00a0: 43<\/sup>=64). Dans les g\u00e8nes codants pour des prot\u00e9ines, ils sp\u00e9cifient la succession des acides amin\u00e9s parmi les 20 possibles. 64 codons, 20 acides amin\u00e9s, le code est d\u00e9g\u00e9n\u00e9r\u00e9\u00a0; la plupart des acides amin\u00e9s peuvent \u00eatre cod\u00e9s par plus d\u2019un codon. Certains codons sont donc synonymes. En principe on peut \u00e9changer l\u2019un par l\u2019autre sans effets sur la prot\u00e9ine produite.<\/p>\n Est-ce vraiment vrai\u00a0? Les synonymes sont-ils de vrais synonymes\u00a0? En gros, certainement, mais la biophysique de la traduction sugg\u00e8re qu\u2019un certain effet pourrait exister. Quelques donn\u00e9es le sugg\u00e8rent. Le pr\u00e9sent article veut y aller voir plus pr\u00e9cis\u00e9ment.<\/p>\n La bact\u00e9rie E. coli a un g\u00e9nome de presque 4 millions de paires de bases. Dans le pr\u00e9sent travail, les auteurs ont \u00e9dit\u00e9 ce g\u00e9nome dans tous les g\u00e8nes codants pour des prot\u00e9ines de mani\u00e8re \u00e0 ce que 7 des 64 codons soient remplac\u00e9s par des codons synonymes. Le langage de cet organisme n\u2019a donc que 57 au lieu de 64 mots. Pour y , il arriver, il a fallu faire 64’214 changements.<\/p>\n R\u00e9sultat\u00a0: le changement est de peu d\u2019effet pour 91% des g\u00e8nes essentiels. Toutefois sur les 2229 g\u00e8nes mesur\u00e9s, les auteurs identifient 13 cas o\u00f9 l\u2019organisme modifi\u00e9 n\u2019\u00e9tait plus viable. 13 cas int\u00e9ressants \u00e0 approfondir\u00a0!<\/p>\n 2e<\/sup> remarque\u00a0: force est de constater que la biologie synth\u00e9tique est d\u00e9j\u00e0 bien avanc\u00e9e.<\/p>\n <\/p>\n – 750 \u2013 1, 823 \u2013 826. MALADIE EMERGEANTE, ZIKA, DENGUE. J-Cl. P, Jean M. Les virus de la dengue (DENV) et de Zika (SIKV) se ressemblent s\u00e9rologiquement ce qui rend difficile la mise au point d\u2019un diagnostique et d\u2019une th\u00e9rapie. Dans le pr\u00e9sent article les auteurs rapportent l\u2019identifiaction de certains anticorps prometteurs. \u00a0Le commentateur semble \u00eatre optimiste pour en faire rapidement un usage m\u00e9dical.<\/p>\n <\/p>\n 25.8.16. Nature 536, 7617.<\/strong><\/p>\n – 382. BREVET, M\u00c9DECINE PERSONNALIS\u00c9E. Gilles, Lucy, Jacques Di. La m\u00e9decine personnalis\u00e9e a un probl\u00e8me de brevet.<\/u> La m\u00e9decine personnalis\u00e9e pourrait offrir de grands espoirs pour gagner de l\u2019argent. Pensez, si au lieu d\u2019avoir un m\u00e9dicament par maladie, on en a un par patient. Or en 2012 et 2013 la Cours Supr\u00eame US \u00a0a refus\u00e9 le brevet dans deux cas exemplaires. Le premier oppose la Clinique Mayo (un service public) contre Prometheus qui produit le m\u00e9dicament (Nestl\u00e9). Il s\u2019agit de savoir si le crit\u00e8re de choix de la dose \u00e0 donner peut \u00eatre brevet\u00e9. L\u2019int\u00e9r\u00eat, si j\u2019ai bien compris, est que si tel est le cas, un ajustement du crit\u00e8re prolonge la validit\u00e9 du brevet. Le second oppose l\u2019Association for Molecular Pathology (un groupe de chercheurs de UCLA Berkeley) \u00e0 Myriad Genetics, Inc.<\/em>qui commercialise un test g\u00e9n\u00e9tique indiquant une pr\u00e9disposition au cancer du sein (BRCA). Il s\u2019agit donc de savoir si la connaissance d\u2019une s\u00e9quence d\u2019ADN peut \u00eatre brevet\u00e9e pour un usage donn\u00e9. \u00a0Comme vous et moi, vous \u00eates sans doute ravis de ces importantes d\u00e9cisions de rejets.<\/p>\n D’autres voient la chose diff\u00e9remment. Le court rapport dont il est question ici concerne l\u2019\u00ab\u00a0Intellectual Propertiy Scholars Conference\u00a0\u00bb qui vient de se tenir \u00e0 Stanford. Au centre de la discussion, les deux d\u00e9cisions de la Cours Supr\u00eame mentionn\u00e9es ci-dessus et la constatation d\u00e9sol\u00e9e qu\u2019elles compromettent gravement le d\u00e9veloppement de la m\u00e9decine personnalis\u00e9e. En effet, quelle firme va-t-elle investir dans un produit dont on ne peut pas assurer le bon rendement\u00a0?<\/p>\n D\u2019autant plus que si les deux d\u00e9cisions ci-dessus sont claires, leur port\u00e9e est tr\u00e8s incertaine\u00a0; \u00e0 quel champ du domaine s\u2019appliquent-elles par analogie\u2009? M\u00eame les meilleurs sp\u00e9cialistes ne le savent pas. Pour y voir plus clair, un groupe de juristes a pr\u00e9sent\u00e9 leur analyse \u00e0 la conf\u00e9rence. Ils ont \u00e9tudi\u00e9 39’000 brevets r\u00e9cemment trait\u00e9s pour essayer d\u2019en tirer des r\u00e8gles plus pr\u00e9cises. La premi\u00e8re conclusion est que, effectivement, les deux d\u00e9cisions de la Courts Supr\u00eame sont tr\u00e8s importantes. Elles ont fait que le taux de rejet des brevets dans le domaine a pass\u00e9 de 5% \u00e0 22%. Pour le reste, les crit\u00e8res de d\u00e9cisions restent largement la myst\u00e9rieuse pr\u00e9rogative du bureau en charge.<\/p>\n L\u2019article conclut : \u00ab\u00a0Diagnostic start-up are not in a good space right now, that\u2019s clear, but how much of that is due to Mayo is less clear.\u00a0\u00bb<\/p>\n Qu\u2019il est beau le syst\u00e8me financier promouvant les bienfaits de la m\u00e9decine personnelle! \u00a0<\/em><\/p>\n <\/p>\n – 408 -9\u00a0; 437 \u2013 40. PLAN\u00c8TES EXTRASOLAIRES. Pour trouver une plan\u00e8te extrasolaire qui pourraient ressembler \u00e0 la Terre, les plus petites \u00e9toiles, peu lumineuses offrent les meilleures chances parce qu\u2019elles sont moins \u00e9blouissantes et plus sensibles \u00e0 la perturbation que produit la plan\u00e8te. Proxima du Centaure est une de ces \u00e9toiles (12% de la masse du Soleil). De plus c\u2019est l\u2019\u00e9toile la plus proche (4,2 ann\u00e9es-lumi\u00e8re). Le pr\u00e9sent article rapporte l\u2019identification d\u2019une plan\u00e8te d\u2019environ 1.3 fois la masse de la Terre. Elle orbite en 11j \u00e0 une distance o\u00f9 la temp\u00e9rature est probablement compatible avec l\u2019eau liquide. Voici qui est prometteur. Pas compl\u00e8tement toutefois. Si proche de son \u00e9toile, la plan\u00e8te a probablement subi de telles mar\u00e9es qu\u2019elle en a perdu son \u00e9nergie de rotations sur elle-m\u00eame. Elle est donc probablement \u00e0 moiti\u00e9 trop chaude et \u00e0 moiti\u00e9 trop froide. Tout aussi mauvais, le fait que son \u00e9toile soit relativement instable, lan\u00e7ant fr\u00e9quemment d\u2019\u00e9normes \u00e9ruptions. Pour que la vie comme chez nous y r\u00e9siste, il faudrait que cette plan\u00e8te soit prot\u00e9g\u00e9e des UV par un bouclier magn\u00e9tique encore plus efficace que le n\u00f4tre.<\/p>\n Bien s\u00fbr, certains ont d\u00e9j\u00e0 pens\u00e9 y aller voir. On a parl\u00e9 de tout petits v\u00e9hicules pouss\u00e9s depuis la terre par faisceaux laser. Ils pourraient atteindre 20% de la vitesse de la lumi\u00e8re. En 20 ans, ils y seraient. Et alors\u00a0?<\/em><\/p>\n \u00a0<\/em><\/p>\n 26.08.16. Science 353, 6302.<\/strong><\/p>\n – trois gros articles de cryo-ME (17p). C\u2019est beaucoup pour un seul no.<\/p>\n <\/p>\n – 856. \u00c9THIQUE, RECHERCHE. Lazare, Gilles. Le bureau US sur l\u2019int\u00e9grit\u00e9 de la recherche dans le domaine m\u00e9dical (ORI) a de la peine. Des conflits de personnes et une gouvernance non fonctionnelle sont \u00e0 l\u2019origine de la crise. Le choix des crit\u00e8res pour \u00e9valuer les dysfonctions est aussi en cause. Ainsi, pour l\u2019organe de contr\u00f4le de la National Science Foundation, 81% des cas trait\u00e9s sont li\u00e9s \u00e0 du plagiarisme. L\u2019ORI n\u2019en a aucun depuis 3 ans.<\/p>\n <\/p>\n – 864 \u2013 5, 889 – 94 . D\u00c9VELOPPEMENT, AIDE, M\u00c9DECINE. Lucy, Arjun. \u00a0Pour que l’aide soit utile, mais pas gaspill\u00e9e.<\/u> Lors d\u2019action de distribution d\u2019\u00e0 des populations d\u00e9favoris\u00e9es <\/u>(par exemple des moustiquaires), il faut que ceux qui les utilisent les re\u00e7oivent, mais il ne faut pas gaspiller les moyens en les fournissant \u00e0 ceux qui ne les utilisent pas. Une m\u00e9thode classique consiste \u00e0 faire payer une contribution. La pr\u00e9sente \u00e9tude vise a d\u00e9terminer la m\u00e9thode la plus efficace. L\u2019exp\u00e9rience se fait au Kenya; elle se rapporte \u00e0 la distribution de solution de chlore pour la st\u00e9rilisation de l\u2019eau. \u00a0Pour les uns, la distribution est gratuite. Pour les autres elle n\u00e9cessite d\u2019obtenir un bon qu\u2019il faut renouveler mensuellement pour un prix symbolique. Avec la deuxi\u00e8me m\u00e9thode, le nombre de doses distribu\u00e9es est diminu\u00e9 de 60%, mais le nombre de ceux qui l\u2019utilisent vraiment ne diminue que de 1%.<\/p>\n \u00a0\u00a0\u00a0<\/em><\/p>\n \u00a0<\/strong><\/p>\n 01.09.2016. Scientific American.l<\/strong><\/p>\n – 7. POLITIQUE. THE ANTISCIENCE. Il y a 4 ans, lors de la campagne pour la pr\u00e9sidence des USA, Shawn Otto \u00e9crivait\u00a0: \u00ab\u00a0the new science denialisme is creating an existential crisis like few the country has faced before\u00a0\u00bb. Aujourd\u2019hui, l’\u00e9diteur remarque\u00a0: \u00ab\u00a0the US presidential election shows how far the political conversation has degenerated from the nation\u2019s founding principles of truth and evidence.\u00a0\u00bb Eh oui, l\u2019antiscience nous inqui\u00e8te beaucoup. <\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" En particulier vous pourriez aller voir: – D\u00e8s la premi\u00e8re rubrique, tout \u00e0 fait entre nous, appr\u00e9cions MacKinnon, un grand de la diffraction X, qui r\u00e9sout la structure d’un canal K par cryo-ME. C’est presque de l’apostasie. – 4.8, p.14. Nature. 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\nOn note que MacKinnon a re\u00e7u un prix Nobel 2003 pour avoir \u00e9lucid\u00e9 la structure du canal potassique (K) par diffraction des rayons X. Il revient ici avec un autre canal K dont la structure est \u00e9tonnamment diff\u00e9rente. L\u2019autre diff\u00e9rence c\u2019est qu\u2019il a maintenant vir\u00e9 \u00e0 la cryo-ME<\/em><\/p>\n
\nDeux article des m\u00eames auteurs (seuls les 2 premiers auteurs sont invers\u00e9s) soumis \u00e0 2 semaines d\u2019intervalle. Ensemble, ils font 16 pages. Du jamais vu. Cela signifie-t-il que la cryo-EM donne beaucoup \u00e0 dire\u00a0? Oui, sans doute.<\/em><\/p>\n![\"production-energie-dans-4-pays\"](\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/09\/production-%C3%A9nergie-dans-4-pays.png?resize=231%2C778&ssl=1\")
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