{"id":944,"date":"2016-11-12T22:06:06","date_gmt":"2016-11-12T21:06:06","guid":{"rendered":"http:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=944"},"modified":"2016-12-08T11:05:35","modified_gmt":"2016-12-08T10:05:35","slug":"dans-nature-en-octobre-2016","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=944","title":{"rendered":"Dans Nature en octobre 2016"},"content":{"rendered":"<p>Mon abonnement \u00e0 Science \u00e9tant termin\u00e9, je restreints le p\u00e9rim\u00e8tre.<br \/>\nVoici donc mon rapport de lecture du journal Nature en octobre.<br \/>\nPar bonheur, ayant toujours acc\u00e8s \u00e0 la version \u00e9lectronique &#8211; merci, g\u00e9n\u00e9reuse UNIL &#8211; je ne manquerai pas d&rsquo;y aller voir des cas particuliers.<\/p>\n<p>Ce mois, j&rsquo;ai \u00e9t\u00e9 particuli\u00e8rement int\u00e9ress\u00e9 par d&rsquo;abondants r\u00e9sultats en g\u00e9n\u00e9tique des populations humaines. On y apprend des tas de choses sur ces populations et leur histoire et, encore plus int\u00e9ressant, on d\u00e9couvre des faits \u00e9tonnants et importants \u00e0 propos du fonctionnement des g\u00e8nes.\u00a0\u00a0pp. 154-158 et aussi, 179, 201, 207 et 238.<\/p>\n<p>J&rsquo;ai appris avec satisfaction que l&rsquo;allongement de l&rsquo;esp\u00e9rance de vie qui, dans nos pays et depuis plus de 100 ans, faisait gagner une ann\u00e9e tous les 3 ou 4 ans semble arriver \u00e0 terme. Il me semble que c&rsquo;est mieux. \u00a0pp. 180 et 233.<\/p>\n<p>Et puis, une int\u00e9ressante \u00e9tude du groupe d\u2019E. Fehr \u00e0 Zurich, sur le moyen de convaincre sans crisper. On en a tr\u00e8s besoin. J&rsquo;y vois un appel aux gens des sciences humaines de sortir de leur tour d&rsquo;ivoire et travailler vigoureusement \u00e0 cette probl\u00e9matique. pp.\u00a0465, 506.<\/p>\n<p><!--more--><\/p>\n<p><strong>Nous gardons un oeil attentif sur la cryo-ME<br \/>\n<\/strong>(c\u2019est la d\u00e9bandade ce mois, seulement un article).<\/p>\n<p>Fiedorczuk, K., Letts, J. A., Degliesposti, G., Kaszuba, K., Skehel, M., &amp; Sazanov, L. A. (2016). Atomic structure of the entire mammalian mitochondrial complex I. <em>Nature, 538<\/em>(7625), 406-410. doi:10.1038\/nature19794<\/p>\n<p><strong>\u00a006.\u00a0<\/strong><strong>10. 2016. Nature 538, 7623<\/strong><\/p>\n<p>&#8211; 5. POLITIQUE SCIENTIFIQUE, UK. Gilles. \u00c9ditorial. <u>Le nouveau gouvernement conservateur UK propose un changement radical de la r\u00e8glementation de l\u2019\u00e9ducation sup\u00e9rieure et de la recherche. Il\u00a0 remettrait en question les accords, dont certains datent de plus de 800 ans, qui prot\u00e8gent les universit\u00e9s des interf\u00e9rences politiques.<\/u> <em>Je suis grand admirateur de la recherche anglaise. Ils sont tr\u00e8s forts. Pourquoi\u00a0? Je pense souvent \u00e0 Richard Henderson et Nigel Unwin qui, chacun \u00e0 sa mani\u00e8re, conduisent depuis pr\u00e8s de 40 ans, leur recherche dans la magnifique autonomie personnelle et institutionnelle qui leur permettent de faire valoir leurs dons. Cr\u00e9er une institution promotrice de talents est difficile\u00a0; la pr\u00e9server l\u2019est encore plus\u00a0; la laisser devenir un \u00e9teignoir est facile, \u00e7a va tout seul. Faire le compte de ce qui marche, ou ne marche pas autour de nous incite au plus grand respect envers les rares institutions qui fonctionnent visiblement bien.<\/em><\/p>\n<p>&#8211; 14 \u2013 15. FUSION NUCL\u00c9AIRE Larry. <u>\u00c7a va dur\u00a0! <\/u>Larry faisait joyeusement circuler l\u2019information suivante\u00a0: <em>A nuclear fusion world record has been set in the US, marking another step on the long road towards the unlocking of limitless clean energy\u2026a 16% increase on the previous record set in 2005.<\/em><\/p>\n<p>16% en 11 ans, comme il manque encore un bon nombre d\u2019ordres de grandeur au produit \u00ab\u00a0temp\u00e9rature x pression x temps de confinement\u00a0\u00bb, le succ\u00e8s final pourrait se faire attendre! Le rapport par J. Tollefson, cit\u00e9 ici, confirme ce pronostique retenu. Il apparait que l\u2019une des principales exp\u00e9riences US de fusion est hors fonction parce qu\u2019on y a trouv\u00e9 un d\u00e9faut de conception qui sera long \u00e0 r\u00e9parer. Le directeur a pr\u00e9f\u00e9r\u00e9 se retirer. Selon un insider de la recherche lausannoise dans ce domaine, c\u2019est justement parce que l\u2019autre grosse machine US de ce type arrive en fin de programme qu\u2019elle a \u00e9t\u00e9 pouss\u00e9e \u00e0 sa limite et a \u00e9tabli le record rapport\u00e9 par Larry. Vu la situation, les auteurs esp\u00e8rent ainsi obtenir une rallonge.<\/p>\n<p>Il y a d\u2019autres projets, dont l\u2019\u00e9norme effort international ITER \u00e0 Cadarache en France. Celui-ci va mieux maintenant que le nouveau directeur a re\u00e7u des pouvoirs plus \u00e9tendus de mani\u00e8re \u00e0 imposer des formes de collaboration plus fonctionnelles. Il n\u2019emp\u00eache que la m\u00e9thode qui consiste \u00e0 attribuer aux pays participants la responsabilit\u00e9 d\u2019\u00e9laborer les diff\u00e9rents constituants de l\u2019appareil est source de probl\u00e8me\u00a0; chaque nation tend \u00e0 vouloir garder pour elle les comp\u00e9tences uniques qu\u2019elle acquiert dans sa t\u00e2che, mais tient \u00e0 b\u00e9n\u00e9ficier de l\u2019int\u00e9gralit\u00e9 des exp\u00e9riences acquises par tous les autres partenaires. Nombreux sont ceux qui pensent que les nouveaux projets, plus petits, et explorant des voies non traditionnelles peuvent redonner du souffle \u00e0 l\u2019ensemble du domaine.<\/p>\n<p><em>Personnellement, il me semble que, quand on est si loin d\u2019une r\u00e9alisation pratique, c\u2019est dans la recherche fondamentale qu\u2019il faut investir et parier que les nouvelles connaissances rendront les grosses machines obsol\u00e8tes avant qu\u2019elles ne soient fonctionnelles, dans 50 ans. <\/em><\/p>\n<p><em>Dans le fond, c\u2019est le probl\u00e8me de l\u2019\u00e9quilibre entre la recherche fondamentale et la recherche de d\u00e9veloppement. La seconde, qui n\u00e9cessite d&rsquo;\u00e9normes moyens et d&rsquo;\u00e9normes \u00e9quipes est indument avantag\u00e9e, entre autres, par ses bureaux de relation publique. <\/em><\/p>\n<p>&#8211; 27 \u2013 29, 30. \u00c9CHAUFFEMENT CLIMATIQUE, PARIS 2015, COMMUNAUT\u00c9 D\u2019INVENTION. Le premier article constate que, vers 1800, le\u00a0gouvernement britannique consacra \u00bc de son revenu pour devenir la premi\u00e8re puissance navale et que, apr\u00e8s a crise de 1930, les USA ont consacr\u00e9 560 milliards ($ actuels) pour construire leur r\u00e9seau d\u2019autoroutes. C\u2019est \u00e0 cette \u00e9chelle que le monde doit r\u00e9aliser les promesses de Paris 2015. C\u2019est faisable! L\u2019article ensuite discute les deux principales coop\u00e9rations internationales pour atteindre le but. Mission Innovation (20 pays + UE) et Global Apollo (un peu semblable). Ce n\u2019est pas suffisant, et de beaucoup!<\/p>\n<p><strong>07.10.2016. Science 354, 6308<\/strong><\/p>\n<p><em>J\u2019avais dit ne plus vouloir suivre Science mais, quand m\u00eame\u00a0!<\/em><\/p>\n<p>G\u00c9N\u00c9TIQUE HUMAINE, ADAPTATION. Un cahier sp\u00e9cial.<br \/>\n&#8211; 54 \u2013 59. S. Fan et al.<u> Les adaptations r\u00e9centes de la g\u00e9n\u00e9tique humaine.<\/u> Cet article fait le point sur les adaptations g\u00e9n\u00e9tiques r\u00e9centes (&lt; 10&rsquo;000 ans) des diff\u00e9rentes populations. En particulier ce sont\u00a0: (i) Capacit\u00e9 \u00e0 consommer le lait par les adultes (apparue s\u00e9par\u00e9ment en Europe du nord et en Afrique de l\u2019est.) (ii) Environnement arctique et (iii) Altitude. (iv) Pigmentation de la peau. (v) R\u00e9sistance \u00e0 diff\u00e9rentes maladies tropicales. (vi) Nourriture grasse. (vii) Tendance \u00e0 l\u2019ob\u00e9sit\u00e9 (un mal aujourd\u2019hui, une capacit\u00e9 de surmonter les p\u00e9riodes de disette autrefois), etc. L\u2019\u00e9volution ne s\u2019arr\u00eate pas. <em>J\u2019aimerai aussi connaitre ce qui s\u2019est pass\u00e9 pour l\u2019\u00e9volution des comp\u00e9tences sociales.<\/em><\/p>\n<p>&#8211; 59 \u2013 63. E. Miska et A.C. Ferguson-Smith. \u00c9PIG\u00c9N\u00c9TIQUE. Laur\u00e9e. \u00a0<u>H\u00e9r\u00e9dit\u00e9 transg\u00e9n\u00e9rationnelle\u00a0: mod\u00e8les pour l\u2019h\u00e9r\u00e9dit\u00e9 non bas\u00e9e sur la s\u00e9quence de l\u2019ADN.<\/u> Selon cet article, il faudrait donner \u00e0 l\u2019h\u00e9r\u00e9dit\u00e9 non bas\u00e9e sur la s\u00e9quence de l\u2019ADN, une place bien plus fondamentale qu\u2019on ne le fait actuellement. Beaucoup de travaux sont cit\u00e9s et la liste de r\u00e9f\u00e9rences et longue (76). Les auteurs reconnaissent les difficult\u00e9s de d\u00e9m\u00ealer ce qui est h\u00e9r\u00e9dit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique non li\u00e9e \u00e0 la s\u00e9quence de l\u2019ADN avec d\u2019autres effets comme (i) soins parentaux (ii) microbiome (iii) lait maternel et (iv) culture. Ils admettent aussi \u00ab\u00a0la formidable barri\u00e8re que repr\u00e9sente la reprogrammation de la lign\u00e9e germinale ou pr\u00e9implantationnelle pour l\u2019h\u00e9r\u00e9dit\u00e9 transg\u00e9n\u00e9rationnelle.<\/p>\n<p>Une fois vue l\u2019accumulation des \u00ab\u00a0should, could , ought, etc.), le manque d\u2019\u00e9vidence \u2013 reconnue par les auteurs \u2013 de l\u2019effet adaptatif de ces ph\u00e9nom\u00e8nes, et le manque de substance derri\u00e8re le sch\u00e9ma unificateur de Leibler, que reste-t-il\u00a0? En dehors des principes connus\u00a0de la relation entre g\u00e8nes et milieu, je crois ne percevoir que du bruit\u00a0?<\/p>\n<p><u>Mais le bruit augmente\u00a0!<\/u> Pan\u00e8se organise du 14-15 novembre, en biologie\u00a0 \u00e0 l\u2019UNIL, un colloque intitul\u00e9\u00a0: Developmental programming of health and epigenetics\u00a0: what role in the public arena\u00a0?<\/p>\n<p>M\u00eame consid\u00e9ration \u00e0 propos de l\u2019article de O. Schipper (journaliste scientifique libre). Schipper, O. (2016). L&rsquo;\u00e9pig\u00e9n\u00e9tique est-elle h\u00e9r\u00e9ditaire? <em>Horizons, D\u00e9cembre<\/em>.<\/p>\n<p><em>Cette ar\u00e8ne publique ne me plait pas. Elle part d\u2019un parti-pris qui n\u2019a pas grand chose de scientifique. J\u2019en reste aux vues critiques expos\u00e9es par Wray et al. lors du d\u00e9bat\u00a0: <\/em>Laland, K., Uller, T., Feldman, M., Sterelny, K., Muller, G. B., Moczek, A., . . . Strassmann, J. E. (2014). Does evolutionary theory need a rethink? <em>Nature, 514<\/em>(7521), 161-164. doi:10.1038\/514161a<\/p>\n<p><strong>13.10. 2016. Nature 538, 7624. <\/strong>Beaucoup de choses dans ce no.<\/p>\n<p>&#8211; 139, 158 &#8211; 60\u00a0\u00a0\u00a0 MIGRANTS, TRAUMATISME, INT\u00c9GRATION. Lucy, Arjun, Alain S, Juliette. Par ce qu\u2019ils ont subit chez eux, par ce qu\u2019ils ont v\u00e9cu durant le voyage et par ce qu\u2019ils doivent surmonter pour reprendre la vie dans les conditions nouvelles, beaucoup de migrants qui arrivent chez nous (figure) souffrent de stress posttraumatique (SPT)\u00a0; on parle ici de 50%. Cet \u00e9tat est n\u00e9faste \u00e0 leur capacit\u00e9 d\u2019int\u00e9gration. Il faut donc les aider en leur fournissant la th\u00e9rapie ad\u00e9quate. Mais comment faire quand s\u2019ajoutent les probl\u00e8mes de langue, le foss\u00e9 culturel et la gestion d\u2019un quotidien difficile\u00a0? On apprend que les Allemands (encore eux) ont plusieurs initiatives cr\u00e9atives en route. La m\u00e9thode du NET (narration exposure therapy, <a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Narrative_therapy)\">https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Narrative_therapy)<\/a> semble avoir d\u00e9montr\u00e9 son efficacit\u00e9 dans des situations similaires (enfants soldats en Uganda). Je retiens surtout des tentatives o\u00f9 les th\u00e9rapeutes sont des b\u00e9n\u00e9voles bienveillants. Les associations professionnelles protestent bien s\u00fbr, mais dans le monde o\u00f9 nous vivons et la situation \u00e0 laquelle il faut faire face, il s\u2019agit d\u2019\u00eatre cr\u00e9atif et de ne pas pinailler.<\/p>\n<p><img data-recalc-dims=\"1\" loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignnone size-large wp-image-940\" src=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/Migrants_fig.png?resize=604%2C283&#038;ssl=1\" alt=\"migrants_fig\" width=\"604\" height=\"283\" srcset=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/Migrants_fig.png?resize=1024%2C480&amp;ssl=1 1024w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/Migrants_fig.png?resize=300%2C140&amp;ssl=1 300w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/Migrants_fig.png?resize=768%2C360&amp;ssl=1 768w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/Migrants_fig.png?w=2000&amp;ssl=1 2000w\" sizes=\"auto, (max-width: 604px) 100vw, 604px\" \/><\/p>\n<p>&#8211; 154 \u2013 158. MALADIES G\u00c9N\u00c9TIQUES, POPULATIONS. Manu, Laur\u00e9e, les biologistes, les m\u00e9decins. Dans un no. de Nature du mois d\u2019ao\u00fbt est paru un article du consortium ExAC, Exome Aggregation Consortium,\u00a0 analysant l\u2019exome (la partie codante du g\u00e9nome) de plus de 60&rsquo;000 personnes; c\u2019est 10 fois plus que ce dont on disposait pr\u00e9c\u00e9demment. <u>Mieux comprendre la relation entre le g\u00e9notype et le ph\u00e9notype.<\/u><\/p>\n<p><em>Lek, M., Karczewski, K. J., Minikel, E. V., Samocha, K. E., Banks, E., Fennell, T., . . . Exome Aggregation, C. (2016). Analysis of protein-coding genetic variation in 60,706 humans. Nature, 536(7616), 285-291. doi:10.1038\/nature19057<\/em><\/p>\n<p>Trop gros, trop compliqu\u00e9, j\u2019avais renonc\u00e9 \u00e0 approfondir. Le pr\u00e9sent no. de Nature revient sur cet article, et j\u2019ai moi-m\u00eame suivi un s\u00e9minaire qui lui \u00e9tait consacr\u00e9. Les r\u00e9sultats sont remarquables. En voici deux.<\/p>\n<p>&#8211; Pour comprendre la g\u00e9n\u00e9tique d\u2019une maladie, on prend un malade et on cherche o\u00f9, dans le g\u00e9nome, il y a quelque chose d\u2019inhabituel. C\u2019\u00e9tait du gros boulot (c\u2019est ainsi qu\u2019on a identifi\u00e9 le g\u00e8ne de la myopathie de duchenne.) Maintenant, on sait faire plus vite. Ainsi, on fait correspondre une maladie \u00e0 une mutation (ou un autre d\u00e9faut) dans le g\u00e9nome. On est ainsi amen\u00e9 \u00e0 penser que si la mutation est d\u00e9tect\u00e9e chez quelqu\u2019un, cette personne a ou va avoir la maladie. En fait, \u00e7a ne marche pas bien. Le pr\u00e9sent article explique pourquoi.<\/p>\n<p>L\u2019approche ici est inverse. On s\u00e9quence tout l\u2019ADN codant pour toutes les prot\u00e9ines (l\u2019exome) de 60000 personnes et on fait la liste de toutes les diff\u00e9rences. Il y en a beaucoup. On constate ainsi que 1\/8 des 45 millions de lettres (paires de bases) de ce grand message qui, en principe, est le m\u00eame pour tous, diff\u00e8re chez une personne au moins; en d\u2019autres termes, parmi ces 60&rsquo;000 personnes, on trouve des mutants pour 12% des lettres. Reste \u00e0 savoir l\u2019effet de ces quelque 6 millions de mutations. Difficile\u00a0! La plupart n\u2019ont pas d\u2019effet visible quoique la biologie mol\u00e9culaire nous assure qu\u2019elles doivent toutes avoir un effet, m\u00eame s\u2019il est extr\u00eamement faible. Les effets l\u00e9taux ne se voient pas, par d\u00e9finition de la l\u00e9talit\u00e9. Restent tous les effets interm\u00e9diaires. Par exemple, tous ceux qui ont d\u00e9j\u00e0 \u00e9t\u00e9 attribu\u00e9s \u00e0 une maladie. Et l\u00e0, grande surprise, pour la plupart de ces mutations pr\u00e9c\u00e9demment associ\u00e9es \u00e0 une maladie, on constate que la p\u00e9n\u00e9trance, c\u2019est-\u00e0-dire la probabilit\u00e9 que la personne qui a la mutation ait la maladie, est beaucoup plus faible qu\u2019on ne le croyait. Dans la plupart des cas, mutation n\u2019implique pas maladie. La relation entre g\u00e9notype et ph\u00e9notype est plus complexe qu\u2019on ne voulait le croire. Plus qu\u2019on l\u2019imaginait jusqu\u2019ici, il faut voir la maladie, ou n\u2019importe quel trait ph\u00e9notypique, comme r\u00e9sultant d\u2019un r\u00e9seau complexe d\u2019interactions g\u00e9n\u00e9tiques et environnementales plut\u00f4t que la relation bijective ente le trait et le g\u00e8ne. Ceci ne veut pas dire que l\u2019information g\u00e9n\u00e9tique n\u2019est pas relevante, elle est plus compliqu\u00e9e, tout simplement. J\u2019entends mes coll\u00e8gues dire\u00a0: \u00ab\u00a0tu enfonces une porte ouverte\u00a0\u00bb. Ils ont raison, mais l\u2019article prouve que la porte est large.<\/p>\n<p>&#8211; Le deuxi\u00e8me r\u00e9sultat est l\u2019identification de 3230 g\u00e8nes dans lesquels on ne trouve aucune mutation \u00ab\u00a0grave\u00a0\u00bb, c\u2019est \u00e0 dire, une mutation qui fait perdre le sens du message. C\u2019est le cas par exemple quand la mutation se lit comme l\u2019ordre \u00ab\u00a0stop\u00a0\u00bb (mutation non-sens). En effet, un \u00a7 tronqu\u00e9 ne peut dire ce qu\u2019il a \u00e0 dire. L\u2019absence de telles mutations dans ces 3000 et quelques g\u00e8nes prouve que ceux-ci ont une fonction essentielle\u00a0; l\u2019organisme ne peut exister sans elle. La chose remarquable est qu\u2019on ne connait pas le ph\u00e9notype de 72% de ces g\u00e8nes. <em>Quelle chance, on va encore d\u00e9couvrir des tas de choses passionnantes. <\/em><\/p>\n<p>Pour comprendre la suite , il faut connaitre encore quelques faits \u00e0 propos des mutations.<\/p>\n<p>Il y a des mutations qui ne sont pas forc\u00e9ment graves. Souvent le changement d\u2019une lettre dans un texte ne perturbe pas trop le sens. Les plus b\u00e9nignes parmi ces mutations sont celles qui remplacent un codon par un codon synonyme. Cela reviendrait \u00e0 changer la casse de la lettre dans le texte. Par contre, il y a des mutations catastrophiques\u00a0; on a mentionn\u00e9 ci-dessus les mutations non-sens (stop) qui terminent la lecture. Il y a aussi les mutations qui consistent a ajouter ou enlever une ou des lettres dans le texte. Pour nous, lecteurs en fran\u00e7ais, ce ne serait pas trop grave. Les mol\u00e9cules qui lisent l\u2019ADN sont moins malines. Pour elles un tel changement serait analogue \u00e0 un changement d\u2019alphabet. Tout \u00e0 coup, on passe en cyrillique. Pas bon\u00a0!<\/p>\n<p>La suite du 2<sup>e<\/sup> r\u00e9sultat que je veux mentionner est, en quelque sorte, l\u2019oppos\u00e9 de la premi\u00e8re partie. Environ 2% des 8 millions de mutations r\u00e9pertori\u00e9es dans cette \u00e9tude sont des mutations que l\u2019on pense \u00eatre catastrophiques. Pourtant elles sont l\u00e0 et, cons\u00e9quemment, elles ne font pas trop de d\u00e9g\u00e2ts. Est-ce \u00e0 dire que leur message n\u2019est pas important\u2009? Probablement qu\u2019il s\u2019agit d\u2019une affaire de r\u00e9seau. Celui-ci fonctionne m\u00eame si certains \u00e9l\u00e9ments cassent. D\u2019une mani\u00e8re ou d\u2019une autre, ils doivent avoir une utilit\u00e9, sinon l\u2019\u00e9volution ne les aurait pas conserv\u00e9s.<\/p>\n<p>Pr\u00e9parons-nous donc \u00e0 prendre connaissance d\u2019une d\u00e9couverte d\u00e9j\u00e0 annonc\u00e9e dans le groupe de Richard Benton par laquelle une mutation stop dans un g\u00e8ne essentiel \u00e0 l\u2019olfaction de la drosophile ne l\u2019emp\u00eache pas de sentir. On va voir.<\/p>\n<p>&#8211; 226 \u2013 228. CLIMAT, TEMP\u00c9RATURE, CO2. <u>\u00c9volution de la temp\u00e9rature globale durant les deux derniers millions d\u2019ann\u00e9es.<\/u> Il s\u2019agit d\u2019une compilation des donn\u00e9es existantes ajust\u00e9e pour couvrir toute la p\u00e9riode des deux derniers millions d\u2019ann\u00e9es. La figure nous montre que la temp\u00e9rature \u00e9tait globalement en baisse jusqu\u2019il y a 1,2 million d\u2019ann\u00e9es. Apr\u00e8s quoi, elle s\u2019est globalement stabilis\u00e9e sur un cycle de 100&rsquo;000 ans. S\u2019il fallait encore le prouver, on note que, \u00e0 cette \u00e9chelle, la temp\u00e9rature et la teneur en CO2 \u00e9voluent exactement de la m\u00eame fa\u00e7on. Les auteurs d\u00e9duisent aussi que, \u00e0 l\u2019\u00e9chelle du mill\u00e9naire, le doublement de la concentration en CO2 produit une \u00e9l\u00e9vation de la temp\u00e9rature d\u2019environ 9\u00b0. Ils calculent aussi que, si on stabilisait la concentration en CO2 au niveau actuel, la temp\u00e9rature, mesur\u00e9e sur des mill\u00e9naires, se stabiliserait \u00e0 5\u00b0 au-dessus de la temp\u00e9rature actuelle.<\/p>\n<p><img data-recalc-dims=\"1\" loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignnone wp-image-941\" src=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/Nature-131016_temp-fig.png?resize=383%2C440&#038;ssl=1\" alt=\"nature-131016_temp-fig\" width=\"383\" height=\"440\" srcset=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/Nature-131016_temp-fig.png?resize=891%2C1024&amp;ssl=1 891w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/Nature-131016_temp-fig.png?resize=261%2C300&amp;ssl=1 261w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/Nature-131016_temp-fig.png?resize=768%2C882&amp;ssl=1 768w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/Nature-131016_temp-fig.png?w=1036&amp;ssl=1 1036w\" sizes=\"auto, (max-width: 383px) 100vw, 383px\" \/><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&#8211; 175 \u2013 6, 257 \u2013 9. \u00c2GE, ESP\u00c9RANCE DE VIE. <u>Il semble que notre esp\u00e9rance de vie a atteint son maximum<\/u>. Dong et al. <u>Ouf, enfin, on arr\u00eate d\u2019allonger la vie. <\/u>Au rythme o\u00f9 vont les choses, il faut redouter 95 ans pour moi, 108 pour Gilles et Lucy et 120 pour leurs enfants s\u2019ils se d\u00e9p\u00eachent (figure a). Le pr\u00e9sent article conclut que cette inflation va cesser. La figure 1c montre comment la proportion de la population qui survit \u00e0 un \u00e2ge donn\u00e9 augmente avec le temps. En proportion, ce sont les centenaires qui augmentent le plus, mais ensuite, la tendance s\u2019effondre. Une autre donn\u00e9e concerne la long\u00e9vit\u00e9 des supervieux, ceux qui d\u00e9passent 110 ans (Fig. 2a). Chez les hommes, on distingue encore une augmentation, mais chez les femmes, la tendance semble \u00e0 la baisse. Il est vrai que les donn\u00e9es sont maigres. <em>\u00c0 suivre avec patience, car \u00e7a m\u2019int\u00e9resse..<\/em><\/p>\n<p><img data-recalc-dims=\"1\" loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignnone wp-image-943\" src=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/nature-131016_dur%C3%A0e-dre-vie_fig.png?resize=287%2C376&#038;ssl=1\" alt=\"nature-131016_durae-dre-vie_fig\" width=\"287\" height=\"376\" srcset=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/nature-131016_dur%C3%A0e-dre-vie_fig.png?w=732&amp;ssl=1 732w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/nature-131016_dur%C3%A0e-dre-vie_fig.png?resize=229%2C300&amp;ssl=1 229w\" sizes=\"auto, (max-width: 287px) 100vw, 287px\" \/> <img data-recalc-dims=\"1\" loading=\"lazy\" decoding=\"async\" class=\"alignnone wp-image-942\" src=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/Nature-131016_Dur%C3%A9e-de-vie-fig2.png?resize=291%2C256&#038;ssl=1\" alt=\"nature-131016_duree-de-vie-fig2\" width=\"291\" height=\"256\" srcset=\"https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/Nature-131016_Dur%C3%A9e-de-vie-fig2.png?w=722&amp;ssl=1 722w, https:\/\/i0.wp.com\/www.dubochet.ch\/jacques\/wp-content\/uploads\/2016\/11\/Nature-131016_Dur%C3%A9e-de-vie-fig2.png?resize=300%2C263&amp;ssl=1 300w\" sizes=\"auto, (max-width: 291px) 100vw, 291px\" \/><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&#8211; 179, 201 \u2013 206, 207- 214, 238 \u2013 242. MIGRATION, HOMO sapiens. <u>Comment l\u2019homme quittant l\u2019Afrique est all\u00e9 peupler le reste du monde. <\/u>L\u2019analyse g\u00e9n\u00e9tique des populations ne fait que commencer. D\u2019abord, elle s\u2019est concentr\u00e9e sur des individus am\u00e9ricains, anglais ou europ\u00e9ens. Ici trois gros articles rapportent les r\u00e9sultats obtenus avec des individus d\u2019un spectre ethnique beaucoup plus large ou alors concentr\u00e9 sur la population des aborig\u00e8nes d\u2019Australie n\u00e9glig\u00e9e jusqu\u2019ici. Ces donn\u00e9es \u00e9clairent un peu la fa\u00e7on dont notre esp\u00e8ce a peupl\u00e9 la Terre. Notre esp\u00e8ce est apparue il y a 160 ou 200 mille ans \u2013 peut-\u00eatre plus \u2013 en Afrique centrale.\u00a0 Apr\u00e8s quoi, deux hypoth\u00e8ses. (i) Il y a 50 \u2013 75&rsquo;000 ans, une petite bande de ces Homo sapiens quitte l\u2019Afrique par le Moyen-Orient et de l\u00e0, en divers vagues, peuple l\u2019ensemble de la terre. (ii) Il y a eu plusieurs d\u00e9parts d\u2019Afrique dont le premier remonte \u00e0 bien avant celui de l\u2019hypoth\u00e8se (i). Les r\u00e9sultats pr\u00e9sent\u00e9s ici ne surprennent pas, les deux hypoth\u00e8ses sont un peu justes. Ainsi, les aborig\u00e8nes australiens sont s\u00e9par\u00e9s des autres populations euroasiatiques il y a d\u00e9j\u00e0 plus de 50&rsquo;000 ans. On peut ainsi penser que cette vague de peuplement n\u2019a pas train\u00e9 pour aller en Australie ou ils sont rest\u00e9s isol\u00e9s. On observe toutefois quelques segments de g\u00e9nome qui ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9par\u00e9s de la population africaine originale il y a plus de 100&rsquo;000 ans. Il est donc vraisemblable que les aborig\u00e8nes australiens n\u2019\u00e9taient pas les premiers Homo sapiens \u00e0 faire le voyage. La rencontre avec ces pionniers a laiss\u00e9 quelques petites traces dans leur g\u00e9nome.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&#8211; 180 \u2013 1, 233 \u2013 7. VIOLENCE, H. sapiens. M. Pagel\u00a0; Gomez et al. <u>La violence l\u00e9tale de l\u2019homme vient de loin<\/u>. Rousseau croyait que l\u2019Homme est naturellement bon, Hobbs, le voyait violent. Dans cet article, les auteurs analysent la mortalit\u00e9 par violence consp\u00e9cifique compil\u00e9e \u00e0 partir de donn\u00e9es r\u00e9colt\u00e9es sur plus de 1000 esp\u00e8ces diff\u00e9rentes, dont 600 \u00e9tudes sur l\u2019H. sapiens. Ils en d\u00e9duisent que cette mortalit\u00e9 tourne autour de 0,3%. Ce n\u2019est pas beaucoup, mais cela se comprend bien, car le combat violent entre individus disposant du m\u00eame armement est couteux, donc \u00e9volutivement d\u00e9favorable. On ne s\u2019\u00e9tonne pas que les valeurs les plus \u00e9lev\u00e9es se trouvent chez les esp\u00e8ces sociales et territoriales. Les records se trouvent dans la lign\u00e9e des musaraignes, des\u00a0li\u00e8vres et chez les grands singes (on apprend au passage que m\u00eame les bonobos sont parfois assassins.) Le taux \u00e9tait de 2% dans les bandes de chasseurs cueilleurs. La suite, tr\u00e8s compliqu\u00e9e, d\u00e9pend de la culture. Elle est analys\u00e9e en d\u00e9tail dans l\u2019excellent livre de Pinker {Pinker, 2011 #5408} que corrobore le pr\u00e9sent travail. La mortalit\u00e9 consp\u00e9cifique atteignait 15-30% dans les empires d\u2019il y a 3000 et 500 ans, probablement parce que ceux-ci comptaient une forte proportion de soldats. Depuis, elle ne cesse de d\u00e9croitre dans les soci\u00e9t\u00e9s d\u00e9velopp\u00e9es pour atteindre 0.01% au tournant de notre mill\u00e9naire.<\/p>\n<p>Ne cesse de d\u00e9croitre\u00a0? Vraiment, ces derni\u00e8res ann\u00e9es aussi\u00a0? Quand on pense \u00e0 ce qui se passe en Syrie et au Congo, on peut se dire que la tendance s\u2019est invers\u00e9e. Ce n\u2019est pas certain. Quand on regarde l\u2019ensemble de la carte des migrations dans le monde on s\u2019aper\u00e7oit que celles que nous voyons bien et qui nous touchent beaucoup ne sont qu\u2019une petite partie des migrations que la violence et les d\u00e9sastres naturels causent dans le monde. (voir Sci. Am. Octobre 2016, p. 76).<\/p>\n<p><u>\u00a0<\/u><\/p>\n<p>&#8211; 275 \u2013 277. G\u00c9NOME, JUNK DNA, MATI\u00c8RE NOIRE. <u>On l&rsquo;appelait Junk DNA, maintenant on le dit Mati\u00e8re noire, que font ces 98% de notre g\u00e9nome qui ne sont pas les g\u00e8nes\u00a0?<\/u> Pendant longtemps, on n\u2019y a rien vu. On a stupidement cr\u00fb qu\u2019il n\u2019y avait rien \u00e0 voir plut\u00f4t que de comprendre que l\u2019on ne savait pas regarder. Maintenant on commence \u00e0 voir que c\u2019est cette mati\u00e8re qui d\u00e9termine quand, et en quelle quantit\u00e9 s\u2019expriment les g\u00e8nes. En comprendre les d\u00e9tails reste bien difficile, car il faut le regarder au bon moment au bon endroit\u00a0; \u00e0 priori, on ne sait ni quand ni o\u00f9. CRISPR-Cas9 change tout cela. Au lieu de commencer par identifier des effets (maladie ou autre ph\u00e9notype) pour ensuite identifier la r\u00e9gion du g\u00e9nome qui lui est associ\u00e9e, on fait le contraire\u00a0; on modifie le g\u00e9nome ou l\u2019\u00e9pig\u00e9nome \u00e0 dessein puis on cherche l\u2019effet ph\u00e9notypique de la modification. La voie est ouverte \u00e0 l\u2019\u00e9tude syst\u00e9matique des fonctions du g\u00e9nome. Ce sera long, car les mutations \u00e0 explorer sont plus riches que le changement d&rsquo;une des lettres du g\u00e9nome.<\/p>\n<p><em>NB\u00a0: On retrouve ce m\u00eame concept dans l\u2019article ExAC rapport\u00e9 ci-dessus, pp 154 \u2013 7. <\/em><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><strong>20.10. 2016. Nature 538, 7625<\/strong><\/p>\n<p>&#8211; 291 (\u00e9ditorial) \u2013 311 \u2013 3. INTELLIGENCE ARTIFICIELLE, \u00c9THIQUE. <u>Faut-il avoir peur de l\u2019intelligence artificielle\u00a0<\/u>? Bill Gates et Stephen Hawking font part de leur crainte qu\u2019un syst\u00e8me artificiellement intelligent puisse devenir conscient. Il pourrait alors d\u00e9cider de s\u2019autonomiser et nous mettre dehors, nous les humains. Dans les r\u00e9flexions pr\u00e9sent\u00e9es ici, les auteurs font remarquer que le mot \u00ab\u00a0conscience\u00a0\u00bb est tellement mal d\u00e9fini, mais tellement charg\u00e9 de contenu \u00e9motionnel que cette agitation de panique autour de la conscience artificielle ne fait que troubler le d\u00e9bat. Ce qu\u2019il s\u2019agit d\u2019assurer, c\u2019est, tr\u00e8s concr\u00e8tement, d\u2019inclure les r\u00e9flexions s\u00e9curitaires et \u00e9thiques dans l\u2019invention et les d\u00e9veloppements technologiques. Pour cela, il y a urgence.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><strong>27. 10. 2016. Nature 538, 7626<\/strong><\/p>\n<p>427 (\u00e9ditorial), 443 \u2013 55. Un cahier sp\u00e9cial. POLITIQUE, SCIENCE. <u>Jeunes, talentueux et d\u00e9gout\u00e9s<\/u>. Les scientifiques en d\u00e9but de carri\u00e8re sont sous une pression insens\u00e9e qui leur laisse peu de temps pour faire de la bonne recherche. Pression d\u2019obtenir des fonds (le taux de financement diminue), pression de publication (le nombre de publications par an augmente), facteur d\u2019impact ridicule (ne mesure que les deux premi\u00e8res ann\u00e9es, n\u00e9glige donc l\u2019inattendu), grand nombre de chercheurs, petits nombres de postes professoraux, l\u2019article fait un long survol de la situation.<\/p>\n<p>Conclusion\u00a0: Le syst\u00e8me est en d\u00e9composition. Il doit \u00eatre chang\u00e9. La t\u00e2che revient aux scientifiques \u00e9tablis, aux professeurs en particulier.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&#8211; 433. GENE-DRIVE, FINANCE. \u00c9tudiants Bio-So. Note du jour. Le trust indien <u>Tata donne 70 millions \u00e0 l\u2019UCa pour d\u00e9velopper l\u2019outil gene-drive<\/u> afin de lutter contre les moustiques et am\u00e9liorer la production des plantes. <em>Monsieur Tata sait-il ce qu\u2019il fait\u00a0? L\u2019UCa et ses chercheurs sauront-ils r\u00e9sister \u00e0 la pression des sous et du bruit\u00a0m\u00e9diatique? <\/em><\/p>\n<p>&#8211; 463 \u2013 4. CELLULES SOLAIRES. Il y a 25 ans, O\u2019Regan et Graetzel publiaient leurs premiers r\u00e9sultats sur les cellules photovolta\u00efques\u00a0\u00ab\u00a0bio-inspir\u00e9es\u00a0\u00bb. Depuis lors, Graetzel et son groupe continuent de publier abondamment. Depuis 7 ans, ils ont pris le contour des p\u00e9rovskites. Nous en avons parl\u00e9 ici, en admirant la rapide succession des d\u00e9couvertes r\u00e9volutionnaires et fondamentales, mais en nous \u00e9tonnant que, \u00e0 ce rythme, nous ne soyons pas encore arriv\u00e9s au but. Bien s\u00fbr, quand on y sera, il y aura un prix Nobel \u00e0 distribuer. On comprend donc que la question \u00ab\u00a0\u00e0 qui\u00a0\u00bb \u00e9chauffe les esprits. C\u2019est peut-\u00eatre ce qui explique l\u2019hymne \u00e0 Graetzel par un de ses coll\u00e8gues dans le pr\u00e9sent article faisant le point sur la situation. Esp\u00e9rons que cette mauvaise id\u00e9e ne soit que l\u2019expression d\u2019un jaloux des succ\u00e8s m\u00e9diatiques de son voisin.<\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p>&#8211; 465, 506 \u2013 9. COMMUNICATION, MUTILATION G\u00c9NITALE. Lucy, Christine Cl. <u>Comment convaincre d\u2019abandonner la pratique de la mutilation g\u00e9nitale\u00a0(MG). Une approche nudge au Soudan, <\/u>\u00e9tude zurichoise avec Ernst Fehr. On sait que les tentatives ont souvent eu peu de succ\u00e8s, ou m\u00eame ont eu un effet contraire parce qu\u2019il n\u2019est pas bon de heurter de front les pratiques culturelles \u00e9tablies. Pourtant m\u00eame au Soudan, m\u00eame en Somalie, la fa\u00e7on de voir le probl\u00e8me varie sur certains points d\u2019un groupe \u00e0 l\u2019autre. La pr\u00e9sente recherche tente une approche douce (nudge) \u00e0 partir de ces diff\u00e9rences locales pour arriver \u00e0 une r\u00e9flexion sur le bienfond\u00e9 de la pratique.<br \/>\nQuatre versions d\u2019un film relatent la vie d\u2019une grande famille de la campagne. La premi\u00e8re est acratop\u00e8ge; les autres incluent, sans conclure, une discussion sur la valeur hygi\u00e9nique de la pratique ou sur le fait que la MG aide \u00e0 se marier.<\/p>\n<p>Les films sont pr\u00e9sent\u00e9s \u00e0 des personnes (&gt;7000) de diff\u00e9rentes communaut\u00e9s (&gt;100) apr\u00e8s quoi on analyse l\u2019effet par des m\u00e9thodes d\u2019association inconsciente (on donne des paires de mots ou d\u2019images et on demande s\u2019ils sont li\u00e9s ou pas\u00a0; le temps de la r\u00e9ponse met en \u00e9vidence le sentiment soulev\u00e9 par l\u2019association). L\u2019\u00e9tude montre que la pr\u00e9sentation neutre des arguments favorise remarquablement (je n\u2019entre pas dans la quantification) un point de vue critique sur les MG, sans pour autant induire une crispation. Malheureusement, l\u2019effet disparait presque compl\u00e8tement apr\u00e8s une semaine. Les auteurs concluent donc que\u00a0: (i) il est bon de construire un argumentaire \u00e0 partir des diff\u00e9rences d\u2019opinions d\u00e9j\u00e0 pr\u00e9sentes dans la population\u00a0autochtone; (ii) un narratif sous forme de film permet au public de saisir les diff\u00e9rentes opinions sans se sentir agress\u00e9 ou remis en question\u00a0; (iii) cette m\u00e9thode \u00ab\u00a0nudge\u00a0\u00bb est, sur le moment, plus efficace que le discours argumentaire classique. Malheureusement, dans les conditions de l\u2019exp\u00e9rience, l\u2019effet positif ne dure pas. Les auteurs imaginent que le genre s\u00e9rie avec des centaines d\u2019\u00e9pisodes qui reviennent sur le probl\u00e8me par diff\u00e9rentes pistes pourrait \u00eatre \u00ab\u00a0game changing\u00a0\u00bb.<\/p>\n<p>D\u2019une tout autre source, je sais que les s\u00e9ries montrant la vie de familles US ais\u00e9es ont jou\u00e9 un r\u00f4le primordial dans la rapide diminution du nombre d\u2019enfants en Am\u00e9rique du Sud \u00e0 la fin du 20<sup>e<\/sup> si\u00e8cle. Comment faire pour exploiter utilement l\u2019attrait populaire de ces s\u00e9ries ?<\/p>\n<p><em>Aujourd\u2019hui, alors que j\u2019\u00e9cris ce r\u00e9sum\u00e9, Trump a gagn\u00e9 l\u2019\u00e9lection US. Cela devrait \u00eatre un appel urgent au psychologue, sociologue et philosophe acad\u00e9mique pour qu\u2019ils sortent de leur tour d\u2019ivoire et aillent rejoindre ces \u00e9crivains, cin\u00e9astes, metteurs en sc\u00e8ne et narrateurs qui recherchent comment faire grandir l\u2019intelligence, la libert\u00e9 et la sagesse de la population. Je veux croire que c\u2019est dans ce but que travaillent les auteurs de l\u2019article rapport\u00e9 ici. Ils ont raison. <\/em><\/p>\n<p><em>N. B. Ernst Fehr est un remarquable neuro\u00e9conomiste \u00e9volutionniste de\u00a0 l\u2019Universit\u00e9 de Z\u00fcrich. Ses travaux ont attir\u00e9 l\u2019attention du patron de l\u2019UBS qui lui a offert 5 (si je ne m\u2019abuse) chaires de prof. avec ce qui les accompagne,\u00a0 pour renforcer son \u00e9quipe\u00a0et dynamiser encore un peu plus ses travaux. <\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Mon abonnement \u00e0 Science \u00e9tant termin\u00e9, je restreints le p\u00e9rim\u00e8tre. Voici donc mon rapport de lecture du journal Nature en octobre. Par bonheur, ayant toujours acc\u00e8s \u00e0 la version \u00e9lectronique &#8211; merci, g\u00e9n\u00e9reuse UNIL &#8211; je ne manquerai pas d&rsquo;y aller voir des cas particuliers. 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