{"id":958,"date":"2016-12-11T18:19:18","date_gmt":"2016-12-11T17:19:18","guid":{"rendered":"http:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=958"},"modified":"2016-12-13T18:10:17","modified_gmt":"2016-12-13T17:10:17","slug":"la-lecture-de-nature-par-jacques-en-novembre-2016","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=958","title":{"rendered":"Dans Nature en novembre 2016; lectures de Jacques"},"content":{"rendered":"

Ce mois, je vous conseille en particulier
\n– le 1er et 3 nov.: int\u00e9ressantes contributions concernant l’origine et la structure du langage. Chomsky non – Chomsky oui.
\n– le 3 encore: l’\u00e9tonnante d\u00e9couverte lausannoise d’un g\u00e8ne qui raconte son histoire m\u00eame quand il ne devrait pas.
\n– le 24: encore un peu plus sur le m\u00e9canisme sophistiqu\u00e9 de r\u00e9paration de l’ADN.
\n– et puis, on line, la lamentable d\u00e9composition d’un effort qui fut prometteur pour dynamiser la politique scientifique europ\u00e9enne. C’est triste.
\nNous gardons un oeil attentif sur la cryo-ME:<\/strong><\/p>\n

Mazhab-Jafari, M. T., Rohou, A., Schmidt, C., Bueler, S. A., Benlekbir, S., Robinson, C. V., & Rubinstein, J. L. (2016). Atomic model for the membrane-embedded VO motor of a eukaryotic V-ATPase. Nature, 539<\/em>(7627), 118-122. doi:10.1038\/nature19828<\/p>\n

Les vacances\u00a0! OK, Science n\u2019est plus au catalogue, mais Nature avait toujours \u00e9t\u00e9 la plus structurale des deux revues. Alors, est-ce la statistique ou l\u2019usure du domaine ? Au vu du nombre de laboratoires de Cryo-EM qui se cr\u00e9ent dans le monde,\u00a0 la premi\u00e8re de ces possibilit\u00e9s est sans doute la bonne. \u00c0 suivre. <\/em><\/p>\n

\u00a0<\/em><\/p>\n

01.11.2016. Scientific American.<\/strong><\/p>\n

– 65 \u2013 69. LANGAGE, CHOMSKY. Anne-Claude B, P. Ibbotson et M. Tomasello. Chomsky avait tout faux.<\/u> L\u2019id\u00e9e de Chomsky, datant des ann\u00e9es 50, veut que l\u2019\u00eatre humain soit dou\u00e9 d\u2019une grammaire inn\u00e9e \u00e0 partir de laquelle sont construites toutes les langues. Le motto \u00e9tait\u00a0: \u00ab\u00a0Langage happens\u00a0\u00bb. Toutefois, il a \u00e9t\u00e9 tr\u00e8s difficile de d\u00e9finir cette \u00ab\u00a0grammaire g\u00e9n\u00e9rative\u00a0\u00bb et avec le temps, elle est devenue de plus en plus g\u00e9n\u00e9rale et de moins en moins sp\u00e9cifique. Dans les ann\u00e9es 2000, il n\u2019en restait gu\u00e8re que la \u00ab\u00a0r\u00e9cursion\u00a0\u00bb, c\u2019est-\u00e0-dire la capacit\u00e9 du \u00ab\u00a0etc.\u00a0\u00bb, peut-\u00eatre due \u00e0 une mutation il y a 50 \u2013 100’000 ans (nous en avons parl\u00e9\u00a0: https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=203).<\/p>\n

Tomasello, un des auteurs de l\u2019article s\u00e9v\u00e8re dont je fais rapport ici est, avec van Schaik ou quelques autres, celui qui m\u2019a le plus aid\u00e9 \u00e0 penser l\u2019origine de l\u2019homme ({Tomasello, 2014 #5753}{Schaik, 2016 #5731}). C\u2019est dire si je prends cet article au s\u00e9rieux. Ces gens sont moins obnubil\u00e9s que les linguistes par la nature extraordinaire et pr\u00e9tendument exclusivement humaine du langage. Ils cherchent plut\u00f4t son origine dans la continuit\u00e9 des facult\u00e9s qui existaient chez nos anc\u00eatres animaux. Ils se r\u00e9f\u00e8rent souvent \u00e0 la th\u00e9orie du couteau suisse\u00a0; ils pensent les \u00eatres vivants en termes fonctionnels\u00a0; chacun disposant d\u2019un certain nombre de capacit\u00e9s qui, en combinaison, lui permettent d\u2019effectuer les t\u00e2ches de la vie. G\u00e9n\u00e9ralement, ces fonctions sont remarquablement conserv\u00e9es au cours de l\u2019\u00e9volution. Il ne faut pas imaginer que la facult\u00e9 du \u00ab\u00a0langage\u00a0\u00bb serait tomb\u00e9e du ciel avec l\u2019homme. Tomasello et Ibbotson la voient plut\u00f4t dans une combinaison (non exhaustive et sans ordre) de\u00a0: (i) la facult\u00e9 \u00e0 produire des sons diff\u00e9renci\u00e9s, (ii) la facult\u00e9 d\u2019imitation, (iii) une bonne m\u00e9moire et, tr\u00e8s important, (iv) la capacit\u00e9 de classer par analogie.
\n\u00c0 ce propos, une pr\u00e9sentation au r\u00e9cent colloque EMBO-EMBL \u00ab\u00a0m\u00e9moire\u00a0\u00bb montre que c\u2019est pendant le sommeil que se fait le transfert entre l\u2019hippocampe, la r\u00e9gion du cerveau o\u00f9 entrent d\u2019abord les \u00e9l\u00e9ments de la m\u00e9moire biographique (les histoires qui nous arrivent) et le cortex c\u00e9r\u00e9bral o\u00f9 ils sont activement stock\u00e9s. Selon le conf\u00e9rencier, c\u2019est durant ce transfert que se fait la classification des donn\u00e9es en une forme plus fonctionnelle. <\/em>
\n<\/em>Notons aussi un article r\u00e9cent sur l\u2019usage des outils chez la pie qui montrait qu\u2019il ne lui faudrait pas tellement plus pour que son couteau suisse lui ouvre la serrure du langage (Nature du 15.9.2016\u00a0; https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=919<\/a>). \u00c0 moins que l\u2019on pr\u00e9f\u00e8re constater que, justement, le langage de la pie n\u2019est pas le langage humain. \u00c0 suivre.<\/em><\/p>\n

 <\/p>\n

    \n
  1. 11. 2016. Nature 539, 7627<\/strong><\/li>\n<\/ol>\n

    – 39 \u2013 40. LANGAGE, SONS, SIGNIFICATION. W. Tecumesh Fitch\u00a0: Rapport \u00e0 propos de Blasi et al. PNAS 11310681 (2016). Les mots ressemblent \u00e0 leur son. <\/u>\u00a0Ce qu\u2019il y a de bien en sciences, c\u2019est que la r\u00e9alit\u00e9 est toujours plus complexe que ce que l\u2019on en dit. La section pr\u00e9c\u00e9dente parlait en mal de Chomsky. Voici de quoi lui redonner de la couleur.<\/p>\n

    \"161103_words_fig\"<\/p>\n

    La question que pose l\u2019image ci-dessus est fameuse:\u00a0de ces deux formes, laquelle est bouba et laquelle est kiki\u00a0?. Chacun connait la bonne r\u00e9ponse, quelle que soit sa propre langue. Les mots dont le son \u00e9voque la signification s\u2019appellent onomatop\u00e9es, par exemple \u00ab\u00a0coucou\u00a0\u00bb\u00a0; il y en a dans toutes les langues. On les appelle idiophones lorsque la relation est moins directe. Et puis, il y a ce que l\u2019on d\u00e9signe par \u00ab\u00a0son symbolique\u00a0\u00bb lorsque la relation ne se rapporte plus au sens d\u2019un mot, mais seulement au son des syllabes, comme dans l\u2019exemple de bouba et kiki.<\/p>\n

    Signe du temps, l\u2019article rapport\u00e9 ici fait appel au big data tir\u00e9 de plus de 6000 idiomes. La conclusion est que les sons symboliques sont plus r\u00e9pandus qu\u2019on ne l\u2019avait not\u00e9 jusqu\u2019ici. Ainsi, \u00ab\u00a0i\u00a0\u00bb est pr\u00e9f\u00e9rentiellement associ\u00e9 \u00e0 petit alors que \u00ab\u00a0ou\u00a0\u00bb l\u2019est \u00e0 grand ou lourd\u00a0; \u00ab\u00a0gl\u00a0\u00bb est brillant et \u00ab\u00a0sl\u00a0\u00bb n\u2019est pas bon (les exemples donn\u00e9s dans l\u2019article sont en anglais, \u00e0 vous de chercher en fran\u00e7ais)\u00a0; \u00ab\u00a0k\u00a0\u00bb est pointu et \u00ab\u00a0b\u00a0\u00bb est rond, comme kiki et bouba, etc.<\/p>\n

    Platon soutenait que la signification du mot est dans le son. De Saussure (feu notre voisin, ch\u00e2telain de Vufflens-le-Ch\u00e2teau) soutenait que le sens du mot est arbitraire. Le pr\u00e9sent article pousse le curseur du c\u00f4t\u00e9 de Platon \u2026 et de Chomsky.<\/p>\n

     <\/p>\n

    – 93 \u2013 97. BIOLOGIE MOL\u00c9CULAIRE, G\u00c8NE. Groupe de Richard Benton \u00e0 l\u2019UNIL. Les biologistes. Pseudo-pseudog\u00e8nes d\u2019un r\u00e9cepteur olfactif.<\/u><\/p>\n

    La biologie ne cesse de nous surprendre. Voici la derni\u00e8re.<\/p>\n

    Les mutations STOP se produisent fr\u00e9quemment. Elles causent la cessation pr\u00e9matur\u00e9e de la lecture d\u2019un g\u00e8ne, le rendant ainsi non fonctionnel. On pourrait donc penser qu\u2019elles sont rapidement \u00e9limin\u00e9es des vivants. Dans l\u2019article que je rapportais de Nature du 13 octobre, il \u00e9tait montr\u00e9 que ces mutations sont quand m\u00eame \u00e9tonnamment nombreuses. Peut-\u00eatre est-ce parce que la plupart des g\u00e8nes sont redondants ou ne sont pas importants.<\/p>\n

    Surprise, surprise, il y a peut-\u00eatre une autre explication.<\/p>\n

    Le groupe Benton travaille sur l\u2019odorat de la mouche drosophile. Parmi les nombreux r\u00e9cepteurs de l\u2019odorat de la D. melanogaster (l\u2019esp\u00e8ce utilis\u00e9e g\u00e9n\u00e9ralement dans les laboratoires), celui d\u00e9sign\u00e9 Ir75a d\u00e9tecte l\u2019acide ac\u00e9tique. Une autre esp\u00e8ce de drosophile D. sechellia vit dans les Seychelles et se nourrit exclusivement du fruit Morinda citrifolia dont la d\u00e9composition ne produit pas d\u2019acide ac\u00e9tique. Il n\u2019est donc pas g\u00eanant que le correspondant de Ir75a contienne une mutation terminale,\u00a0car m\u00eame nonfonctionnel le pseudo-g\u00e8ne ne d\u00e9range gu\u00e8re. La surprise vient quand la postodc Lucia Prieto-Godino remarque que le g\u00e8ne est quand m\u00eame fonctionnel et qu\u2019il participe \u00e0 la richesse de l\u2019odorat de cette mouche. Pr\u00e9cisant la d\u00e9couverte, le groupe montre que la lecture du g\u00e8ne saute par-dessus l\u2019ordre STOP comme si de rien n\u2019\u00e9tait. Cette capacit\u00e9 n\u2019affecte que le syst\u00e8me nerveux.<\/p>\n

    Ainsi donc, dans ces cellules et seulement celles-ci, le ribosome \u2013 l\u2019instrument de la lecture des g\u00e8nes \u2013 est modifi\u00e9 pour ignorer le codon STOP. Vu ce qu\u2019est un ribosome, cette propri\u00e9t\u00e9 est remarquable.<\/p>\n

    Plus remarquable encore est la port\u00e9e \u00e9volutive de ce m\u00e9canisme. La mutation STOP a d\u00e9truit la fonction du g\u00e8ne. Comme ce g\u00e8ne n\u2019\u00e9tait pas essentiel dans cette esp\u00e8ce, la mutation \u00a0n\u2019a pas \u00e9t\u00e9 rapidement \u00e9limin\u00e9e. Par contre, la fausse lecture du codon STOP redonne vie au g\u00e8ne inutile donnant toute libert\u00e9 \u00e0 ce que d\u2019autres mutations, moins invalidantes, viennent enrichir la panoplie olfactive de l\u2019organisme. Les auteurs pr\u00e9sentent des \u00e9vidences que ce m\u00e9canisme n\u2019est pas limit\u00e9 \u00e0 ce cas particulier. Il repr\u00e9sente peut-\u00eatre un moyen suppl\u00e9mentaire que la nature utilise pour potentialiser les m\u00e9canismes de l\u2019\u00e9volution. Il n\u2019est pas sans rappeler les \u00e9v\u00e8nements de duplication de g\u00e8nes qui, souvent, sont \u00e0 l\u2019origine de nouvelles fonctions.<\/p>\n

    \u00a0<\/strong><\/p>\n

    – 98 – 101, SIDA, PATIENT Z\u00c9RO. Le steward Canadian Ga\u00ebtan Dugas avait \u00e9t\u00e9 d\u00e9monis\u00e9 comme \u00ab\u00a0patient z\u00e9ro\u00a0\u00bb du SIDA <\/u>d\u00e8s 1982 puis dans un livre \u00e9ponyme du journaliste R. Shilts. Ce ne fut bon ni pour lui ni pour la r\u00e9alit\u00e9. Le pr\u00e9sent article remet les choses en place. Il est bas\u00e9 sur l\u2019analyse de 2000 s\u00e9quences de virus trouv\u00e9s dans les h\u00f4pitaux ou autres institutions. La m\u00e9thode utilis\u00e9e pour \u00e9tablir la figure ci-dessous s\u2019appelle la cladistique\u00a0: \u00e0 partir de paires de s\u00e9quences, on cherche ce que pourrait \u00eatre l\u2019anc\u00eatre commun puis on combine toutes les paires de mani\u00e8re \u00e0 trouver l\u2019arbre g\u00e9n\u00e9alogique le plus probable du virus. C\u2019est de la statistique lourde. La r\u00e9ponse est probabilistique, mais les domaines de solutions peuvent g\u00e9n\u00e9ralement \u00eatre d\u00e9finis de mani\u00e8re robuste.<\/p>\n

    \"patient-0_nature_fig\"<\/p>\n

    Ainsi, il est montr\u00e9 que le virus du Sida est arriv\u00e9 des Cara\u00efbes \u00e0 New York puis en Californie d\u00e8s le d\u00e9but des ann\u00e9es 70. Quand l\u2019\u00e9pid\u00e9mie a \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9e en 1982, elle \u00e9tait d\u00e9j\u00e0 \u00e0 New York depuis pr\u00e8s de 12 ans\u00a0; dans les Cara\u00efbes, elle est arriv\u00e9e d\u2019Afrique \u00e0 la fin des ann\u00e9es 50.<\/p>\n

    10.11.2016, Nature 539, 7628.<\/strong><\/p>\n

    – 159 \u2013 61. NEUROBIOLOGIE, RECHERCHE, GOUVERNANCE. Gilles. Mieux faire pour comprendre le cerveau.<\/u> Alexandre Pouget, le 3e<\/sup> auteur est celui qui, en Suisse romande, \u00a0a men\u00e9 la fronde contre le Human Brain Project de Markram.<\/p>\n

    Une demi-douzaine d\u2019initiatives majeures sont en route pour d\u00e9crypter le cerveau. Actuellement ces projets peinent en comp\u00e9tition individualiste. Pourquoi et comment faire mieux\u00a0?<\/p>\n

    \u00c0 la question pourquoi, les auteurs r\u00e9pondent que ce sont des projets avec des buts trop grands et irr\u00e9alistes auxquels se sont jointes des masses de gens attir\u00e9s par les sous, mais qui n\u2019ont ni tradition, ni but en commun. Les grandes collaborations r\u00e9ussies comme la conqu\u00eate de la Lune ou la collaboration ATLAS au CERN ont une tout autre base. C\u2019est chez eux qu\u2019il faut prendre mod\u00e8le.<\/p>\n

    Avant d\u2019en arriver l\u00e0, les auteurs proposent de constituer des projets de taille moyenne (100 chercheurs) autour de but pr\u00e9cis et r\u00e9alistes \u00e0 l\u2019\u00e9chelle de 10 ans. C\u2019est dans ces groupes, partiellement d\u00e9localis\u00e9 que la collaboration en tant que telle sera d\u00e9velopp\u00e9e. Ce sera un but essentiel du projet. Dans un deuxi\u00e8me temps, il faudra amener ces projets \u00e0 se mettre en r\u00e9seaux sur des objectifs plus larges. Quelques recettes sont propos\u00e9es\u00a0:<\/p>\n

    – un projet\/une fonction c\u00e9r\u00e9brale.<\/p>\n

    – combiner th\u00e9oriciens et ex-p\u00e9rimentalistes.<\/p>\n

    – standardiser les outils et les m\u00e9thodes (pr\u00e9requis \u00e0 la collaboration)<\/p>\n

    – partage des donn\u00e9es<\/p>\n

    – changer la fa\u00e7on de donner cr\u00e9dit. Les physiciens des particules et les g\u00e9n\u00e9ticiens ont quelques id\u00e9es. C\u2019est normal, il faut trouver autre chose quand chaque papier \u00e0 des centaines d\u2019auteurs. La neurologie semble \u00eatre rest\u00e9e \u00e0 la comp\u00e9tition individualiste.<\/p>\n

    – Des petits pas.<\/p>\n

    L\u2019article cite quelques efforts qui vont dans ce sens. Il sera int\u00e9ressant de suivre comment le domaine va se r\u00e9organiser, de gr\u00e9 ou de force. Pour le moment les projets Flag-ship europ\u00e9ens et le projet US Brain continuent de faire soucis. <\/em><\/p>\n

     <\/p>\n

    – 179 \u2013 235. MALADIES NEUROD\u00c9G\u00c9N\u00c9RATIVES, M\u00c9DICAMENT. Un dossier de 56 pages. Beaucoup de choses dont je ne tire pas grand-chose si ce n\u2019est\u00a0: (i) la similitude des prions\/amylo\u00efdes dans des contextes diff\u00e9rents. (voir l\u2019article de Riek (ETH) et D. Eisenberg UCLA). Il y a une unit\u00e9 dans ces maladies. (ii) L\u2019amylose h\u00e9r\u00e9ditaire familiale est la premi\u00e8re maladie \u00e0 prions pour laquelle un traitement m\u00e9dicamenteux est disponible, le Tafamidis<\/u>. Il s\u2019agit d\u2019une maladie rare, limit\u00e9e \u00e0 certaines r\u00e9gions, en particulier au nord du Portugal. Elle attaque les organes, en particulier le foie. La forme non familiale ne se trouve que chez les supervieux. Notons le fait remarquable que le m\u00e9dicament a \u00e9t\u00e9 d\u00e9velopp\u00e9 sans bon mod\u00e8le animal sur une base strictement structurale. Il emp\u00eache le fragment de la prot\u00e9ine transthyr\u00e9tine \u00e0 l\u2019origine de la maladie d\u2019effectuer la transition structurale qui le transforme en prion. Cela peut-il donner de l\u2019espoir pour Alzheimer\u00a0et Parkinson?<\/p>\n

     <\/p>\n

    17.11.2016, Nature 539, 7629.<\/strong><\/p>\n

    – 360 \u2013 361. LASER ALLEATOIRE. Rapport sur un article de Sch\u00f6nhuber et al. dans Optica. Un nouvel \u00e9clairage\u00a0? <\/u>La direction d\u2019un faisceau laser est g\u00e9n\u00e9ralement d\u00e9termin\u00e9e par deux miroirs parall\u00e8les entre lesquels r\u00e9sonne le faisceau. Que se passe-t-il en absence de r\u00e9sonateur\u00a0? La direction du faisceau de photons corr\u00e9l\u00e9s \u2013 c\u2019est \u00e0 dire formant ensemble un seul \u00ab\u00a0grand\u00a0\u00bb photon \u2013 n\u2019est pas d\u00e9finie localement\u00a0; elle l\u2019est par l\u2019histoire du faisceau amplifi\u00e9 dans son milieu. Je n\u2019avais pas r\u00e9alis\u00e9 ce probl\u00e8me li\u00e9 au fait qu\u2019un ensemble de photons coh\u00e9rents ne sont pas localis\u00e9s au sens usuel du terme. Ainsi existent des lasers al\u00e9atoires dont l\u2019\u00e9mission d\u00e9pend de la distribution des particules excit\u00e9es et de toute la g\u00e9om\u00e9trie du syst\u00e8me (fig. a). Dans l\u2019article dont il est question ici, les auteurs d\u00e9finissent subtilement la g\u00e9om\u00e9trie du milieu afin de contr\u00f4ler la direction et l\u2019intensit\u00e9 de la lumi\u00e8re produite (fig. b). Un sujet \u00e0 suivre\u00a0; si je comprends bien, il faut s\u2019attendre \u00e0 une nouvelle r\u00e9volution dans l\u2019\u00e9clairage et l\u2019analyse.<\/em><\/p>\n

    \"171116_laser\"\u00a0<\/em><\/p>\n

    – 361 \u2013 2, 448 \u2013 51. BIOPHYSIQUE, PROT\u00c9INE, CHAPERONNE. Les mol\u00e9cularistes\u00a0; Pierre G. La plasticit\u00e9 fonctionnelle de la chaperonne Hsp70<\/u>. Petit rappel de la biophysique des prot\u00e9ines. Les prot\u00e9ines sont un long collier de diff\u00e9rentes perles (les acides amin\u00e9s) mobiles entre elles. Le collier, \u00ab\u00a0pondu\u00a0\u00bb perle \u00e0 perle par le ribosome, se replie dans sa forme fonctionnelle strictement d\u00e9finie. Si chaque perle peut \u00eatre tourn\u00e9e dans 10 positions par rapport \u00e0 la pr\u00e9c\u00e9dente (c\u2019est une estimation faible) et si le collier \u00e0 100 perles (idem), cela fait 10100<\/sup> possibilit\u00e9s, c\u2019est \u00e0 dire 1075<\/sup> fois le nombre de conformations que la prot\u00e9ine aurait eu le temps d\u2019explorer depuis Bigbang. C\u2019est un grand probl\u00e8me auquel deux lignes de solutions sont propos\u00e9es. (i) Pour qu\u2019une prot\u00e9ine soit retenue par l\u2019\u00e9volution, il faut qu\u2019elle soit fonctionnelle, c\u2019est-\u00e0-dire qu\u2019elle a l\u2019extraordinaire propri\u00e9t\u00e9 de se replier rapidement et de mani\u00e8re reproductible. Les prot\u00e9ines de la vie sont donc une infime minorit\u00e9 parmi les prot\u00e9ines imaginables. (ii) Les chaperonnes. Il s\u2019agit d\u2019une classe de prot\u00e9ines dont la fonction est d\u2019assister aux repliements des autres prot\u00e9ines. Elles sont vitales dans tous les organismes. L\u2019une d\u2019entre elles est Hsp70 qui attache dans son sillon, la portion d\u2019une autre prot\u00e9ine qui peine \u00e0 se replier. Moyennant consommation d\u2019\u00e9nergie, Hsp70 referme alors le couvercle sur le sillon et la fin du repliage peut se faire en condition favorable. La chose extraordinaire, mais pas bien comprise, c\u2019est que Hsp70 peut apporter cette aide \u00e0, \u00e0 peu pr\u00e8s, n\u2019importe quelle portion mal repli\u00e9e, ind\u00e9pendamment de la nature des perles. Sur quelle base reconnait-elle ce qui ne se plie pas correctement\u00a0? On aimerait mieux comprendre (fig a).<\/p>\n

    \"171116_hsp70\"<\/p>\n

    Le pr\u00e9sent article met en \u00e9vidence une autre capacit\u00e9 de Hsp70\u00a0: s\u2019attacher \u00e0 une prot\u00e9ine correctement pli\u00e9e et la prot\u00e9ger de la d\u00e9naturation quand l\u2019environnement devient d\u00e9favorable (fig. b) comme c\u2019est le cas si la temp\u00e9rature augmente (Hsp vient de heat shock protein parce qu\u2019on l\u2019a d\u00e9couverte en remarquant qu\u2019elle est produite en masse quand la temp\u00e9rature augmente inhabituellement).<\/p>\n

    Tout ceci est \u00e9tonnant\u00a0: quel signal Hsp reconnait-elle quand elle s\u2019attache \u00e0 une portion qui peine \u00e0 se replier ou quand elle s\u2019attache \u00e0 une prot\u00e9ine correctement pli\u00e9e, mais en danger de perdre sa forme\u00a0? En g\u00e9n\u00e9ral les interactions entre prot\u00e9ines sont extr\u00eamement sp\u00e9cifiques\u00a0; elles d\u00e9pendent strictement de la s\u00e9quence des acides amin\u00e9s. Ici, elles le sont tr\u00e8s peu. \u00c7a marche\u00a0comment ?<\/em><\/p>\n

    NB: Le 27 octobre est morte Susan Lee Lindquist. \u00c0 Chicago puis au MIT, elle fut une des principales figures dans le domaine des Hsp et des prions<\/p>\n

    24.11.2016, Nature 539, 7630.<\/strong><\/p>\n

    –\u00a0 498 \u2013 9, 583 7. BIOLOGIE MOL\u00c9CULAIRE, ADN, R\u00c9PARATION. Les biologistes mol\u00e9culaires. Trouver l\u2019erreur.<\/u> Le taux d\u2019erreur lors de la r\u00e9plication de l\u2019ADN est de l\u2019ordre de 10-8<\/sup>. C\u2019est peu, une faute de frappe dans un gros volume de texte. Pourtant le complexe enzymatique qui fait la copie a un taux d\u2019erreur au moins 1000 fois plus \u00e9lev\u00e9. Le hic, c\u2019est que les erreurs sont corrig\u00e9es par la suite. Le m\u00e9canisme de correction est complexe et admirable. On en sait d\u00e9j\u00e0 beaucoup. Pour ses travaux, Paul Nodrich a re\u00e7u un prix Nobel l\u2019an pass\u00e9. On va, en savoir encore plus ici. Il s\u2019git d\u2019une \u00e9tude sur la bact\u00e9rie E. coli. Voici le r\u00e9sultat obtenu\u00a0; je le simplifie un peu.<\/p>\n

    Act 1. Certaines s\u00e9quences de l\u2019ADN sont m\u00e9thyl\u00e9es sur les deux brins (groupe CH3, on en parle beaucoup de le cadre de l\u2019\u00e9pig\u00e9n\u00e9tique). C\u2019est le cas, par exemple, de la s\u00e9quence GATC. L\u2019enzyme m\u00e9thylasse qui attache le groupe m\u00e9thyle est lent. Ainsi, apr\u00e8s r\u00e9plication de l\u2019ADN, il faut un certain temps avant que soit m\u00e9thyl\u00e9 le brin nouvellement synth\u00e9tis\u00e9. Pour un moment, le site GATC se trouve en \u00e9tat d\u2019h\u00e9mim\u00e9thylation. Si une erreur de copie a eu lieu dans la r\u00e9gion, le brin nouvellement synth\u00e9tis\u00e9, c\u2019est \u00e0 dire, celui qui porte l\u2019erreur peut donc \u00eatre identifi\u00e9, ce qui est bien n\u00e9cessaire pour savoir quel brin il faut corriger.<\/p>\n

    Acte 2. L\u2019erreur de copie la plus habituelle est le non-appariement, c\u2019est \u00e0 dire quand un A ne se retrouve pas en face d\u2019un T ou un G en face d\u2019un C comme il se doit. Cette erreur produit une distorsion de la double h\u00e9lice qu\u2019une enzyme sp\u00e9cialis\u00e9e MutS (Mut parce que les cellules chez qui cet enzyme ne fonctionne pas ont un taux de mutations \u00e9lev\u00e9) reconnait assez facilement et s\u2019y attache (fig. a). Une fois MutS ainsi attach\u00e9, une autre enzyme, MutL, vient s\u2019y joindre (fig. b). \u00c0 cette paire vient encore s\u2019attacher MutH (fig. c). La paire MutL\/MutH lib\u00e9r\u00e9e de MutS part diffuser librement le long de l\u2019ADN (fig. d).<\/p>\n

    \"241116-dna-error\"<\/p>\n

    Acte 3. Maintenant, MutL\/MutH se balade par diffusion al\u00e9atoire sur l\u2019ADN. \u00c0 moment donn\u00e9, la paire va rencontrer la s\u00e9quence GATC h\u00e9mim\u00e9thyl\u00e9e (le hasard place une s\u00e9quence de 4 bases en moyenne une fois toutes les 258 bases). MutH – je ne vous l\u2019ai pas dit, c\u2019est pourtant essentiel – est une nucl\u00e9ase tr\u00e8s sp\u00e9cifique qui coupe le brin non m\u00e9thyl\u00e9 \u00e0 la s\u00e9quence GATC. Couic\u00a0!<\/p>\n

    Acte 4. Les d\u00e9s sont jou\u00e9s. La cassure effectu\u00e9e par MutH est d\u00e9tect\u00e9e par le complexe de r\u00e9paration (un autre groupe d\u2019enzyme superoptimis\u00e9) qui s\u2019attache \u00e0 la coupure et, utilisant le brin m\u00e9thyl\u00e9 comme mod\u00e8le, remonte en d\u00e9truisant base \u00e0 base le brin non m\u00e9thyl\u00e9 en le reconstruisant sur le mod\u00e8le du brin m\u00e9thyl\u00e9. Le complexe de r\u00e9paration continue cette op\u00e9ration jusqu\u2019au moment ou il atteint MutS qui avait \u00e9t\u00e9 laiss\u00e9 sur l\u2019erreur \u00e0 l\u2019Act 2. Le tour est jou\u00e9. L\u2019erreur est corrig\u00e9e. MutL, S et C sont lib\u00e9r\u00e9s pour le prochain tour. Costaud\u00a0!<\/p>\n

    Le r\u00e9sultat pr\u00e9sent\u00e9 ici explique comment le syst\u00e8me peut fonctionner alors que l\u2019erreur et la d\u00e9signation du brin \u00e0 corriger sont g\u00e9n\u00e9ralement situ\u00e9es \u00e0 des centaines de basse l\u2019une de l\u2019autre \u2013 des milliers m\u00eame, comme le montre l\u2019article. Jusqu\u2019ici, on imaginait que les deux sites devaient \u00eatre juxtapos\u00e9s en pliant l\u2019ADN en boucle. Cela aurait pu \u00eatre. Ce ne l\u2019est pas.<\/p>\n

     <\/p>\n

    29.11.16 Nature on line. <\/strong>www.nature.com\/news\/science-europe-lobby\u2026<\/p>\n

    POLITIQUE SCIENTIFIQUE. Gilles. Science Europe frapp\u00e9 par un soudain exode.<\/u> Science Europe est ce think-tank bruxellois des organismes nationaux de financement des sciences souhaitant \u00eatre plus pr\u00e9sentes face au poids de l\u2019Europe. Une 50-aine d\u2019organismes en font partie par exemple, le FNRS, la Fondation \u00a0Hemholtz, le CNRS. Cr\u00e9\u00e9e en 2011, il s\u2019agissait d\u2019\u00eatre imaginatif et cr\u00e9atif pour que la politique scientifique europ\u00e9enne soit plus dynamique et plus cr\u00e9ative. Aujourd\u2019hui, plus moyen de le cacher\u00a0; \u00e7a va mal, peut-\u00eatre plus du tout. Une vague d\u2019organisations membres quitte et le personnel se d\u00e9compose. Gilles connait \u00e7a, h\u00e9las! C\u2019est une affaire de gouvernance illustrant une fois encore comment des chefs incomp\u00e9tents et born\u00e9s peuvent d\u00e9truire la meilleure id\u00e9e et les personnes qui s\u2019y appliquent.<\/p>\n

    Pourquoi donc est-il si difficile de g\u00e9rer la politique publique\u00a0? Que ce soit Science Europe, GB, les USA et bien d\u2019autres, il y a un urgent besoin de science dans la gouvernance.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

    Ce mois, je vous conseille en particulier – le 1er et 3 nov.: int\u00e9ressantes contributions concernant l’origine et la structure du langage. Chomsky non – Chomsky oui. – le 3 encore: l’\u00e9tonnante d\u00e9couverte lausannoise d’un g\u00e8ne qui raconte son histoire m\u00eame quand il ne devrait pas. – le 24: encore un peu plus sur le […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":false,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[1,89],"tags":[180,243,239,154,76,247,193,244,245,113,178,240,242,246,241],"class_list":["post-958","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-article","category-science-actualite","tag-biologie-moleculaire","tag-cerveau","tag-chomsky","tag-cryo-me","tag-genetique","tag-gouvernance","tag-langage","tag-laser","tag-lumiere","tag-medecine","tag-neurobiologie","tag-phoneme","tag-politique-scientifique","tag-proteine","tag-sida"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack-related-posts":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/958","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=958"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/958\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=958"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=958"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=958"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}