{"id":974,"date":"2017-01-18T18:17:21","date_gmt":"2017-01-18T17:17:21","guid":{"rendered":"http:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=974"},"modified":"2017-01-22T21:23:09","modified_gmt":"2017-01-22T20:23:09","slug":"les-lectures-scientifiques-de-jacques-en-decembre-2016","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/?p=974","title":{"rendered":"Les lectures scientifiques de Jacques en d\u00e9cembre 2016"},"content":{"rendered":"
Dans cette\u00a0livraison, je rel\u00e8ve en particulier:<\/strong><\/div>\n
Science 2 d\u00e9c. et Nature 8. d\u00e9c., deux articles sur\u00a0m\u00e9moire et ondes c\u00e9r\u00e9brales<\/u>. Pas simples,\u00a0mais impressionnants.<\/div>\n
Nature 8. d\u00e9c. La \u00a0calotte glaciaire du Groenland<\/u>\u00a0a plus vari\u00e9 qu’on ne le croyait durant l’histoire g\u00e9ologique r\u00e9cente. J’ai appr\u00e9ci\u00e9 la subtile m\u00e9thode utilis\u00e9e.<\/div>\n
Nature, 15 d\u00e9c. La\u00a0saga judiciaire CRISPR\/Cas9<\/u>\u00a0est d\u00e9testable, pourtant elle r\u00e9v\u00e8le un aspect fondamental de la relation\u00a0science-soci\u00e9t\u00e9<\/u>.<\/div>\n
Nature, 22 d\u00e9c. \u00c9quilibre de l’eau. Globalement, de par le monde, les sols sont acides\u00a0ou basiques,\u00a0mais il y a peu d’interm\u00e9diaires. C’est bizarre,\u00a0mais mena\u00e7ant quand on pense \u00e0 l’\u00e9chauffement climatique.<\/div>\n
<\/div>\n

 <\/p>\n

Nous gardons un oeil attentif sur la cryo-ME: <\/strong><\/p>\n

Fischer, N., Neumann, P., Bock, L. V., Maracci, C., Wang, Z., Paleskava, A., . . . Stark, H. (2016). The pathway to GTPase activation of elongation factor SelB on the ribosome. Nature, 540<\/em>(7631), 80-85. doi:10.1038\/nature20560<\/p>\n

Worrall, L. J., Hong, C., Vuckovic, M., Deng, W., Bergeron, J. R., Majewski, D. D., . . . Strynadka, N. C. (2016). Near-atomic-resolution cryo-EM analysis of the Salmonella T3S injectisome basal body. Nature<\/em>. doi:10.1038\/nature20576<\/p>\n

Neyer, S., Kunz, M., Geiss, C., Hantsche, M., Hodirnau, V. V., Seybert, A., . . . Frangakis, A. S. (2016). Structure of RNA polymerase I transcribing ribosomal DNA genes. Nature<\/em>. doi:10.1038\/nature20561. Une double approche combinant la reconstruction de la RNA Pol I \u00e0 3.8\u00c5 par particules isol\u00e9es et une reconstruction tomographique de l\u2019arbre de transcription \u00e0 29\u00c5 o\u00f9 les auteurs croient voir deux conformations suivant l\u2019activit\u00e9 du site.<\/p>\n

Schmidt, C., Kowalinski, E., Shanmuganathan, V., Defenouillere, Q., Braunger, K., Heuer, A., . . . Beckmann, R. (2016). The cryo-EM structure of a ribosome-Ski2-Ski3-Ski8 helicase complex. Science, 354<\/em>(6318), 1431-1433. doi:10.1126\/science.aaf7520<\/p>\n

James, N. R., Brown, A., Gordiyenko, Y., & Ramakrishnan, V. (2016). Translational termination without a stop codon. Science, 354<\/em>(6318), 1437-1440. doi:10.1126\/science.aai9127. Le mois pass\u00e9 on rapportait la d\u00e9couverte du groupe Benton au CIG-UNIL d\u2019une prot\u00e9ine qui n\u00e9glige un codon STOP pendant la traduction. Ici, par cryo-ME, on montre comment une prot\u00e9ine est rel\u00e2ch\u00e9e en fin de g\u00e8ne, m\u00eame en absence de codon STOP. La nature \u00e0 toutes les \u00e9chappatoires.<\/p>\n

Mattei, S., Glass, B., Hagen, W. J., Krausslich, H. G., & Briggs, J. A. (2016). The structure and flexibility of conical HIV-1 capsids determined within intact virions. Science, 354<\/em>(6318), 1434-1437. doi:10.1126\/science.aah4972. D\u00e9termination par le groupe de John Briggs au EMBL du pavage de la capside du HIV par tomographie en cryo-me. Tous les virus \u00e9tant diff\u00e9rents, il n\u2019est pas possible d\u2019utiliser les m\u00e9thodes de sommation sur plusieurs virus. Par contre ils tirent avantage de la redondance des prot\u00e9ines de la capside (sub-tomographie)<\/p>\n

 <\/p>\n

Hors programme\u00a0: 25.11.2016. Science 354, 6315<\/strong><\/p>\n

1046 \u2013 8. M\u00c9MOIRE, APPRENTISSAGE. Les jeunes et les vieux. Smith et al. Comment prot\u00e9ger la m\u00e9moire en \u00e9tat de stress<\/u>? On se souvient moins bien de ce que l\u2019on apprend lorsqu\u2019on est en situation de stress. Les auteurs \u00e9tudient comment limiter cet effet. Ce n\u2019est pas tellement cela qui m\u2019int\u00e9resse dans cet article, mais le fait que l\u2019on apprend beaucoup mieux par reconstruction que par r\u00e9p\u00e9tition<\/u>. Ce fait, qui est semble-t-il, bien document\u00e9 est \u00e0 la base du pr\u00e9sent travail.<\/p>\n

Je simplifie un protocole plus compliqu\u00e9. L\u2019apprenant re\u00e7oit, dans le d\u00e9sordre, une suite rapide de 30 mots et 30 images correspondantes (2\u2019). Apr\u00e8s quoi, pendant un moment, on lui fait faire autre chose. Ensuite il doit reprendre la m\u00e9morisation. Deux strat\u00e9gies sont compar\u00e9es. (i)\u00a0R\u00e9p\u00e9tition\u00a0: l\u2019apprenant re\u00e7oit une 2e<\/sup> fois les mots et les images, plus lentement, mais dans le d\u00e9sordre (4\u2019). (ii) Reconstruction\u00a0: il dispose de 4 minutes pour noter le plus possible ce dont il se souvient. On teste le lendemain ce qui reste de la m\u00e9morisation.<\/p>\n

R\u00e9sultats\u00a0: (i) l\u2019apprentissage par reconstruction donne des r\u00e9sultats nettement meilleurs\u00a0; (ii) la diminution de la performance avec le stress n\u2019est sensible que lors de l\u2019apprentissage par r\u00e9p\u00e9tition, mais pas par reconstruction\u00a0; (iii) on se souvient mieux des mots \u00e0 valence n\u00e9gative que des mots neutres.<\/p>\n

Conclusion g\u00e9n\u00e9rale: je vais continuer \u00e0 remplir mes petits carnets. <\/em><\/p>\n

 <\/p>\n

    \n
  1. 12. 2016. Nature 540, 7631<\/strong><\/li>\n<\/ol>\n

    – 30 \u2013 32, 33 \u2013 4. \u00c9CONOMIE, AGRICULTURE, GOUVERNANCE, POLITIQUE. Timon, Olivier, Lucy, Arjun. Deux articles par des auteurs bien plac\u00e9s qui analysent pourquoi culture et l\u2019\u00e9levage, leur transformation et leur distribution ne produisent pas la nourriture abondante et saine dont le monde a besoin.<\/u> Au contraire, le syst\u00e8me laisse 800 millions de personnes en \u00e9tat de sous-nutrition et pr\u00e8s de 2 milliards de personnes en surpoids. Pour tous, elle favorise une di\u00e8te inappropri\u00e9e et malsaine. Ainsi la nourriture est le 1er<\/sup> facteur global de risque de maladies. Encore quelques chiffres\u00a0: l\u2019agriculture est responsable de 60% de la perte de biodiversit\u00e9, 24% de l\u2019\u00e9mission de GES, 33% de la d\u00e9gradation des sols et elle a caus\u00e9 la perte de 60% du stock de poissons exploitable. Ce bilan catastrophique \u00e9tant pos\u00e9, que faire\u00a0? Le premier de ces articles propose 10 priorit\u00e9s pour la recherche. Ce sont par exemple\u00a0: (i) identifier les points d\u2019entr\u00e9e pour un changement\u00a0; (ii) rendre les donn\u00e9es mieux disponibles\u00a0; (iii) analyser les incitations du march\u00e9\u00a0; (iv) comprendre l\u2019effet de la longueur des chaines de production-distribution, etc. Dans chaque cas les auteurs offrent des exemples \u00e9difiants qui sugg\u00e8rent ce qui devrait \u00eatre.<\/p>\n

    Le 2e<\/sup> article est un peu plus tranchant. Il provient de TEEB (The Economics of Ecosystems and Biodiversity), un organisme en lutte pour faire progresser le syst\u00e8me. Leur conclusion est que le probl\u00e8me est politique et leur mode d\u2019action consiste \u00e0 \u00e9tablir des dossiers bien document\u00e9s afin d’informer une communaut\u00e9 \u00e9largie capable de s\u2019engager. On croit lire la D\u00e9claration de Berne d\u00e9non\u00e7ant les int\u00e9r\u00eats financiers dominant la gouvernance. Ce n\u2019est pas \u00e9tonnant puisque les m\u00eames probl\u00e8mes appellent les m\u00eames solutions<\/em>.<\/p>\n

     <\/p>\n

    02.12.16. Science357, 6416.<\/strong><\/p>\n

    – 1089, 1136 \u2013 39. NEUROBIOLOGIE, M\u00c9MOIRE INTERM\u00c9DIAIRE, SYNAPSE. Fran\u00e7oise S. La m\u00e9moire \u00e0 temps interm\u00e9diaires semble \u00eatre inscrite dans les synapses.<\/u> Si Christine me demande d\u2019acheter 3 objets au magasin du coin, je peux lui r\u00e9p\u00e9ter sa commande sur le moment. C\u2019est la m\u00e9moire de travail qui travaille; ce sont les neurones qui avaient \u00e9t\u00e9 sollicit\u00e9s qui continuent leur flambage pendant un court moment. Pourtant, j\u2019aurai oubli\u00e9 la commande avant d\u2019arriver au magasin , \u00e0 moins que je me r\u00e9p\u00e8te en chemin, pain, citron, carotte, pains, citron, etc. Sauf r\u00e9activation, la m\u00e9moire de travail s\u2019efface en quelques secondes. Beaucoup plus tard (heures ou jours), il en restera peut-\u00eatre quelque chose suivant l\u2019effet original et le contexte. C\u2019est la m\u00e9moire \u00e0 long terme\u00a0; elle a \u00e0 faire avec la LTP (potentialisation \u00e0 long terme des synapses) et la r\u00e9organisation du r\u00e9seau synaptique. Mais, entre les quelques secondes et les quelques heures, que se passe-t-il\u00a0? On sait depuis une dizaine d\u2019ann\u00e9es que quelque chose reste dans les synapses une fois \u00e9teint le flambage de la m\u00e9moire de travail (p.ex.\u00a0: Science 4.3.2008, p. 1543). En voil\u00e0 plus, avec une surprise.<\/p>\n

    L\u2019exp\u00e9rience consiste \u00e0 pr\u00e9senter des images ou des mots \u00e0 des patients en observation par fMRI (imagerie fonctionnelle par r\u00e9sonnance magn\u00e9tique). Nous en avons parl\u00e9 r\u00e9cemment, on sait reconnaitre l’objet observ\u00e9 dans la configuration de la r\u00e9ponse c\u00e9r\u00e9brale en fMRI. Cette configuration disparait en quelques secondes avec l\u2019extinction de la m\u00e9moire de travail. Dans la pr\u00e9sente exp\u00e9rience, deux objets sont montr\u00e9s en m\u00eame temps (par ex. un visage et un mot). Les deux objets se reconnaissent sous forme de marques dans le cerveau. On continue de faire voir des \u00ab\u00a0rappels\u00a0\u00bb visuels de l\u2019un des objets\u00a0; celui-ci reste actif dans la m\u00e9moire de travail, la marque de l\u2019autre objet disparait. Jusqu\u2019ici, rien de surprenant. Vient la suite. Une fois que la m\u00e9moire de travail du premier objet est bien \u00e9teinte, on envoie une dose de simulation magn\u00e9tique transcr\u00e2nienne (SMT) (simplement, un fort champ magn\u00e9tique oscillant). Le paterne c\u00e9r\u00e9bral de l\u2019objet oubli\u00e9 r\u00e9apparait. La r\u00e9activation est plus forte si la SMT est appliqu\u00e9e dans une r\u00e9gion que l\u2019image fMRI met particuli\u00e8rement en \u00e9vidence. D\u2019o\u00f9 la question\u00a0: S\u2019il n\u2019\u00e9tait plus inscrit dans les trains de d\u00e9charges des synapses, quel est le support m\u00e9moriel qui peut \u00eatre ainsi r\u00e9activ\u00e9 par les ondes e-magn\u00e9tiques\u00a0? On ne connait pas la r\u00e9ponse. Les auteurs sugg\u00e8rent qu\u2019elle doit impliquer un marquage des synapses\u00a0; celui-ci doit op\u00e9rer en quelques secondes.<\/p>\n

    Deux remarques. 1) Comme on le voit aussi dans l\u2019article ci-dessous (Nature du 8.12), les ondes c\u00e9r\u00e9brales sont essentielles \u00e0 la fonction du cerveau et elles peuvent \u00eatre influenc\u00e9es par stimulation \u00e9lectromagn\u00e9tique. 2)Nous avions montr\u00e9 {Zuber, 2005 #4682} que la \u00ab\u00a0fente\u00a0\u00bb synaptique, contrairement \u00e0 son nom, est remplie de mati\u00e8re dense et structur\u00e9e dont on ne connait gu\u00e8re la fonction. Je r\u00eave que ce soit l\u00e0, le site de notre m\u00e9moire interm\u00e9diaire dont on ne sait \u00e0 peu pr\u00e8s rien si ce n\u2019est que, sans elle, nous ne pourrions pas penser. <\/em><\/p>\n

    \u00a0<\/em><\/p>\n

      \n
    1. 12. 2016. Nature 540, 7632<\/strong><\/li>\n<\/ol>\n

      – 207 \u2013 8, 230 \u2013 5. NEUROBIOLOGIE, AMYLO\u00cfDE, ONDES C\u00c9R\u00c9BRALES. Fran\u00e7oise S. encore. La digestion des fibres d\u2019amylo\u00efdes toxiques d\u00e9pend des ondes c\u00e9r\u00e9brales<\/u>. Les cellules gliales entourent les neurones, les nourrissent et font toutes sortes de choses que l\u2019on d\u00e9couvre petit \u00e0 petit. Parmi ces cellules, les microglies constituent la principale d\u00e9fense immunologique du CNS (syst\u00e8me nerveux central). Elles combattent les intrus et \u00e9liminent les d\u00e9chets.<\/p>\n

      Les neurones parlent l\u2019un \u00e0 l\u2019autre \u00e0 travers le contact des synapses. Comment se coordonnent-ils en nombre et \u00e0 grande distance\u00a0? On d\u00e9couvre lentement que cette communication globale s\u2019exprime par des oscillations \u00e9lectriques dont la gamme de fr\u00e9quences s\u2019\u00e9tend de 0.5 \u00e0 200 Hz. Elles code, ondes c\u00e9r\u00e9bralesorr\u00e8lent avec les fonctions de l\u2019esprit telles que la perception sensorielle, l\u2019attention ou la m\u00e9moire. Les ondes g sont dans le domaine de 30 \u00e0 90Hz.<\/p>\n

      Le pr\u00e9sent article montre que les ondes g stimulent les cellules de microglie \u00e0 s\u2019activer contre les agr\u00e9gats d\u2019amylo\u00efde b, ceux auxquels on attribue la d\u00e9g\u00e9n\u00e9rescence d\u2019Alzheimer.<\/p>\n

      \u00c0 quand la th\u00e9rapie par stimulation \u00e9lectrique intra ou extracr\u00e2nienne\u00a0?<\/em><\/p>\n

      \u00a0<\/sup><\/em><\/p>\n

      – 202 \u2013 3, 252 \u2013 60. CALLOTE GLACIAIRE du GROENLAND. Tous ceux int\u00e9ress\u00e9s par l\u2019\u00e9chauffement climatique. Un commentaire et deux articles. La calotte glaciaire du Groenland (cgG) a-t-elle \u00e9t\u00e9 stable durant le Quaternaire\u00a0? Non\u00a0!<\/u> La m\u00e9thode est int\u00e9ressante. Le 10<\/sup>Be et le 26<\/sup>Al sont des isotopes radioactifs \u00e0 longues p\u00e9riodes (\u2248 million d\u2019ann\u00e9es) produits par les neutrons rapides des rayons cosmiques. Prot\u00e9g\u00e9s par une grande couche de glace ou d\u2019eau, ils ne peuvent se former et disparaissent petit \u00e0 petit. En absence de glace, \u00e0 la surface, ils sont lentement produits.<\/p>\n

      Le premier article mesure la concentration de ces deux isotopes dans la couche min\u00e9rale de surface sous la cgG l\u00e0 o\u00f9 elle est actuellement la plus profonde (point rouge GISP2 sur la figure). Ici la roche est stable et ne bouge pas. La concentration des deux isotopes aciaireindique que la glace a disparu au moins une fois et pour plus de 200’000 ans durant le dernier million d\u2019ann\u00e9es.<\/p>\n

      Le 2e<\/sup> article mesure la concentration de ces isotopes dans les d\u00e9p\u00f4ts alluviaux, \u00e0 bonne distance des c\u00f4tes (points bleus ODP). En ces lieux, prot\u00e9g\u00e9s des radiations par la mer, la relative absence de ces isotopes signifie que les s\u00e9diments viennent de r\u00e9gions qui \u00e9taient couvertes de glace. Conclusion\u00a0: La cgG est rest\u00e9e pr\u00e9sente tout au long du quaternaire, c\u2019est-\u00e0-dire depuis 2,6 millions d\u2019ann\u00e9es.<\/p>\n

      Comment lever cette belle contradiction\u00a0? Selon les mod\u00e8les, une \u00e9paisse couche de glace devrait persister sur les montagnes de l\u2019est du Groenland m\u00eame si 95% de la cgG a fondu (fronti\u00e8re pointill\u00e9e blanche sur la carte). Ce serait cette couche qui prot\u00e8gerait des rayons cosmiques les r\u00e9gions d\u2019o\u00f9 sont issus les s\u00e9diments retrouv\u00e9s dans les d\u00e9p\u00f4ts profonds ODP. Peut-\u00eatre\u00a0!<\/em><\/p>\n

      Le r\u00e9sultat solide, c\u2019est que la cgG a \u00e9t\u00e9 beaucoup moins constante qu\u2019on ne le croyait avec deux cons\u00e9quences. (i) Il faut reprendre tous les mod\u00e8les climatologiques et glaciologiques parceque\u2019ils n\u2019ont jamais pr\u00e9vu ces \u00e9normes variations. (ii) Il faut revoir les pr\u00e9visions pour le niveau de la mer avec le changement climatique. Le commentaire signale que, au vu des pr\u00e9sentes observations, une augmentation de 2\u00b0 pourrait faire fondre 75% du cgG. Selon mon souvenir, cela devrait correspondre \u00e0 6m de mont\u00e9e du niveau de la mer.<\/em> La probl\u00e9matique est-elle semblable en Antarctique\u00a0?<\/em><\/p>\n

      \"Greenland's<\/p>\n

       <\/p>\n

      – 220 \u2013 229. AGRICULTURE, POLLINISATION, QUALIT\u00c9 DE VIE. Ceux int\u00e9ress\u00e9s par le bio. Une synth\u00e8se. Pr\u00e9server les pollinisateurs et leurs contributions \u00e0 la qualit\u00e9 de vie.<\/u> Un gros article pour faire le point\u00a0; bcp. de r\u00e9f\u00e9rences.<\/p>\n

      Des donn\u00e9es\u00a0: Les abeilles sont le principal groupe de pollinisateurs, actives sur 90% des 107 esp\u00e8ces de plantes agricoles. On a r\u00e9pertori\u00e9 20’000 esp\u00e8ces d\u2019abeilles dont seulement 12 sont utilis\u00e9es directement dans l\u2019agriculture. L\u2019essentiel des \u00e9tudes porte sur notre abeille \u00e0 miel Apis melifera. 75% de la production mondiale d\u00e9pend de la pollinisation animale, mais le service de pollinisation, c\u2019est-\u00e0-dire celui des insectes \u00ab\u00a0cultiv\u00e9s\u00a0\u00bb (typiquement les abeilles de ruche) ne compte globalement que pour 10%. Pourtant ils concernent les cultures \u00e0 forte valeur ajout\u00e9e et le r\u00e9glage que l\u2019on peut faire de leur fonction (d\u00e9placement des ruches selon les besoins) leur donne une importance \u00e9conomique consid\u00e9rable. La carte pr\u00e9sent\u00e9e dans l\u2019article montre de mani\u00e8re frappante que la question du service de pollinisation concerne surtout l\u2019Inde et la Chine avec un bon compl\u00e9ment en Europe du Sud, en Turquie et avec quelques petites taches ailleurs (Californie, Nigeria, Argentine, Br\u00e9sil et\u2026 Cuba).<\/p>\n

      La suite de l\u2019article discute de la pr\u00e9servation de la bonne pollinisation pour une bonne agriculture. H\u00e9las la principale conclusion est que l\u2019on manque de donn\u00e9es. Par exemple\u00a0: les n\u00e9ocortico\u00efdes sont-ils n\u00e9fastes aux abeilles\u00a0? Oui, ce sont des poisons, mais les rares exp\u00e9riences en milieu r\u00e9el, ne donnent pas des r\u00e9sultats tranch\u00e9s. Le type de culture (monoculture) ou la fa\u00e7on de mettre en \u0153uvre les pollinisateurs (transport des ruches sur de grandes distances) sont probablement plus importants. Bref, dans les probl\u00e8mes de la production agricole, il est difficile de mettre le doigt sur un facteur d\u00e9terminant\u00a0; c\u2019est la coh\u00e9rence de l\u2019ensemble qui est d\u00e9terminante. On l\u2019avait compris. <\/em><\/p>\n

      En tous cas, l\u2019histoire si souvent r\u00e9p\u00e9t\u00e9e d\u2019Einstein annon\u00e7ant la fin de l\u2019humanit\u00e9 4 ans apr\u00e8s la fin des abeilles est doublement stupide. D\u2019abord parce que Einstein ne l\u2019a certainement jamais dit (http:\/\/bacterioblog.over-blog.com\/article-12234638.html), ensuite parce que ne serait pas si simple que cela. <\/em><\/p>\n

      \u00a0<\/em><\/p>\n

      09.12.16. Science 357, 6417.<\/strong><\/p>\n

      – 1214 \u2013 15. PEROVSKITE, CELLULE PHOTOVOLTA\u00cfQUE. Le point vers la commercialisation. Situation actuelle\u00a0:<\/p>\n

      Rendement des meilleures cellules au Si\u00a0: 25.3%
      \nRendement des cellules au Si standard (toitures)\u00a0: 16-20%<\/p>\n

      Record pour cellules aux p\u00e9rovskites\u00a0: 22.1<\/p>\n

      Nouvelle combinaison Si-p\u00e9rovskite\u00a0: 25.2 (EPFL \u2013 Neuch\u00e2tel). Devrait atteindre 30% sans changement majeur.<\/p>\n

      Trois difficult\u00e9s principales\u00a0restantes: (i) Sensibilit\u00e9 au milieu (humidit\u00e9). On sait encapsuler de mani\u00e8re qui devrait tenir >25 ans. (ii) Surface limit\u00e9e. On \u00e9tait au cm2<\/sup>, on arrive doucement au dm2<\/sup>. (iii) Toxicit\u00e9 du plomb, bon bhin, il faut faire avec et s\u2019en prot\u00e9ger.<\/p>\n

       <\/p>\n

      – 1237 \u2013 9. BIOS\u00c9CURIT\u00c9S. Que sait-on des incidents qui ont eu lieu\u00a0? En fait beaucoup de choses (r\u00e9f\u00e9rences).<\/u> Un rapport fait le point. 93 incidents US sont d\u00e9crits. La majorit\u00e9 concerne l\u2019emploi malin de pathog\u00e9nies ou de toxine. Les groupes \u00e9cologistes extr\u00e9mistes ou de d\u00e9fense des animaux sont cit\u00e9s plusieurs fois. Dans la grande majorit\u00e9 des cas, un insider est impliqu\u00e9 \u2013 le sachant ou pas.<\/p>\n

      Voil\u00e0 des donn\u00e9es qu\u2019il est bon de conna\u00eetre, mais ce n\u2019est pas ce genre d\u2019incident qui cause les vrais soucis.<\/p>\n

      \u00a0<\/strong><\/p>\n

      15.12.2016. Nature 540, 7633.<\/strong><\/p>\n

      – 319. Remarque de eLife5, e20375(2016). ZOOLOGIE, ANTHOMOLOGIE, DEE. Adria LeBoeuf de notre institut a analys\u00e9 le contenu de \u00ab\u00a0bais\u00e9 sur la bouche\u00a0\u00bb des fourmis (trophallaxie). On imaginait qu\u2019il s\u2019agissait d\u2019\u00e9changer de la nourriture. C\u2019est bien plus. Elle a identifi\u00e9 de nombreux microRNAs, des hydrocarbones \u00e0 longue chaine, des hormones et toutes sortes de prot\u00e9ines impliqu\u00e9es dans le d\u00e9veloppement, la digestion et l\u2019immunit\u00e9.<\/p>\n

       <\/p>\n

      – 248 \u2013 9, 418 \u2013 22. EAU, G\u00c9OGRAPHIE, CLIMAT. Arjun. Les surfaces d\u2019eau sur Terre. Quand on y est, il est facile de savoir si un lieu est une surface d\u2019eau. C\u2019est beaucoup plus difficile quand il s\u2019agit de l\u2019ensemble de la Terre. Depuis 2009 on dispose d\u2019une analyse \u00e0 250m de r\u00e9solution. Ce n\u2019est pas assez pr\u00e9cis, car 40% des surfaces d\u2019eau continentales ont moins de 1km2<\/sup>. Il faut aussi dire que l\u2019analyse des donn\u00e9es satellitaires est complexe. Pour reconnaitre l\u2019eau sur une photo, il faut tenir compte de la position du soleil, des vagues et des variations de couleurs dues aux mat\u00e9riaux en suspension ainsi que de l\u2019\u00e9volution de l\u2019acquisition des donn\u00e9es avec les nouveaux instruments. Le pr\u00e9sent travail utilise 3 millions d\u2019images portant sur 32 ans de donn\u00e9es des satellites Landsat (1984 \u2013 2015) avec une r\u00e9solution de 30m relev\u00e9e tous les mois. C\u2019est beaucoup de donn\u00e9es\u00a0; trop pour \u00eatre utilis\u00e9 par n\u2019importe qui. Mais justement, les auteurs ont fait mieux\u00a0; les donn\u00e9es sont pr\u00e9sent\u00e9es sous diff\u00e9rentes formes synth\u00e9tiques faciles \u00e0 visionner et utiliser. Les figures ci-dessous montrent par exemple la variation de la couverture d\u2019eau au cours des 32 ann\u00e9es dans la r\u00e9gion de la mer d\u2019Aral (a) et sur le plateau tib\u00e9tain. Le rouge indique la disparition permanente (en mer d\u2019Aral surtout \u00e0 cause de la culture intensive du coton (?)\u00a0; le vert marque la nouvelle couverture permanente (au Tibet \u00e0 cause de la fonte des glaciers).<\/p>\n

      Toutes ces donn\u00e9es sont facilement accessibles dans le format Google Earth\u00a0: go.nature.com\/2fdt80k<\/p>\n

      \"Pekel_water<\/p>\n

      – 326 \u2013 7. CRISPR, BREVET. Les bio\u00e9thiciens, les juristes. CRISPR\/Cas9, suite de la saga<\/u>. La nouvelle technique r\u00e9volutionne la biotechnologie\u00a0; c\u2019est une affaire \u00e0 milliards de $. Mai 2012, Mme Doudna d\u00e9couvre le syst\u00e8me avec des bact\u00e9ries et comprend ses possibilit\u00e9s biotechnologiques. Avec Berkeley son employeur, ils font une demande de brevet. D\u00e9cembre 2012, F. Zhang du Broad Institut du MIT et Harvard fait une demande pour la m\u00eame technique, cette fois appliqu\u00e9e aux cellules eucaryotes. Gr\u00e2ce \u00e0 une proc\u00e9dure expresse, ils obtiennent le brevet avant Berkeley. L\u2019Institut Broad lance une proc\u00e9dure demandant la correction de cette anormalit\u00e9. La bataille est dure. La haute cour des brevets a tenu audience le 6 d\u00e9cembre. La d\u00e9cision est due avant 2 mois.<\/p>\n

      Pour cette cour, le fond de l\u2019affaire est le suivant\u00a0: le passage de CRISPR des bact\u00e9ries aux eucaryotes n\u00e9cessite-t-il inventivit\u00e9 et capacit\u00e9 hors du commun\u00a0? Si la r\u00e9ponse est oui, c\u2019est le MIT et Harvard qui auront le gros des b\u00e9n\u00e9fices de la r\u00e9volution. Si c\u2019est non, l\u2019essentiel revient \u00e0 Berkeley. Les avocats de chacun des c\u00f4t\u00e9s avaient 20\u2019 pour faire valoir leurs th\u00e8ses. Ils ont fait grand usage de d\u00e9clarations dans les m\u00e9dias. Par exemple, questionn\u00e9e sur la possibilit\u00e9 d\u2019\u00e9tendre sa d\u00e9couverte aux eucaryotes, Mme Doubna a dit une fois qu\u2019elle n\u2019avait pas le temps de s\u2019en occuper en ce moment. Pour un juge, voil\u00e0 qui montre que le d\u00e9veloppement est une grosse affaire.<\/p>\n

      Je ne suis pas sp\u00e9cialiste, mais je comprends qu\u2019Emmnuelle Charpentier et Jenifer Doubna sont les auteurs de l\u2019article fondamental. Je les imagine engag\u00e9es dans leurs recherches scientifiques plus que dans sa valorisation commerciale. L\u2019affaire scientifiquement ainsi pos\u00e9e reste la partie commerciale. C\u2019est l\u00e0 que Zhang et l\u2019Institut Board essaient de prendre la premi\u00e8re place.<\/p>\n

      1) Je d\u00e9teste qu\u2019il soit possible de faire diverger les deux aspects et qu\u2019un juge, qui ne sait rien de la biologie, ait le dernier mot.<\/em><\/p>\n

      2) La r\u00e9volution CRISPR n\u2019est pas que scientifique\u00a0; elle est aussi financi\u00e8re, politique, sociale. Elle ne peut donc pas \u00eatre trait\u00e9e exclusivement dans le cadre des scientifiques et de leurs institutions\u00a0; que des financiers, des juges, des politiciens, comme aussi la population en g\u00e9n\u00e9ral s\u2019en m\u00ealent est in\u00e9vitable et normal. Le probl\u00e8me est g\u00e9n\u00e9ral. On le retrouve par exemple dans la condamnation des g\u00e9ologues d\u2019Aquilla (ils n\u2019ont pas su pr\u00e9voir un tremblement de terre), dans le fait qu\u2019en Italie la m\u00e9conduite scientifique est du ressort de la police, et encore, et \u00e7a m\u2019agite beaucoup, dans l\u2019incapacit\u00e9 de faire face aux risques associ\u00e9s aux \u00ab\u00a0virus am\u00e9lior\u00e9s\u00a0\u00bb et \u00e0 gene-drive.<\/em><\/p>\n

      Entre 1) et 2) c\u2019est aussi la tension entre l\u2019expert et le citoyen. Comme pour la d\u00e9mocratie, il n\u2019y a pas une solution, mais un chemin \u00e0 parcourir. <\/em><\/p>\n

      Quel parcours\u00a0suivrons-nous ?<\/em><\/p>\n

      (Merci \u00e0 Gilles, Lucy et Adrienne pour les conversations)<\/em><\/p>\n

       <\/p>\n

      22.12.2016. Nature 540, 7634.<\/strong><\/p>\n

      – 489. SWISS POLAR INSTITUTE, EPFL. On savait la Suisse tr\u00e8s active en glaciologie et dans l\u2019\u00e9tude des glaces polaires. Zurich et Berne sont souvent cit\u00e9s. Voici que l\u2019EPFL se place aussi. http:\/\/polar.epfl.ch.<\/p>\n

      The Swiss Polar Institute (SPI), based at the Swiss Federal Institute of Technology in Lausanne (EPFL), is a consortium of Swiss universities \u2013\u00a0<\/em>EPFL<\/em><\/a>, the Swiss Federal Institute for Forest, Snow and Landscape Research (<\/em>WSL<\/em><\/a>),\u00a0<\/em>ETH Zurich<\/em><\/a>\u00a0<\/em>and the\u00a0<\/em>University of Bern<\/em><\/a>\u00a0<\/em>\u2013 and was cofounded with\u00a0<\/em>Editions Paulsen<\/em><\/a>. Officially supported by the State Secretariat for Education, Research and Innovation (<\/em>SERI<\/em><\/a>), the SPI is a Swiss initiative with a decidedly international mission.<\/em><\/p>\n

      The SPI will study the Earth\u2019s poles and extreme environments. Its first project is ambitious: an international scientific expedition, comprising 55 researchers from 30 countries working on 22 research projects, will circumnavigate Antarctica. The purpose of this\u00a0<\/em>Antarctic Circumnavigation Expedition<\/em><\/a>\u00a0<\/em>(ACE) will be to measure and quantify the impact of climate change and pollution in the Southern Ocean. The ACE project has been created with the support of Ferring Pharmaceuticals and contributions from the Swiss Polar Institute and the Ecole polytechnique f\u00e9d\u00e9rale de Lausanne (EPFL).<\/em><\/p>\n

      SPI Objectives<\/strong><\/p>\n

      The Swiss Polar Institute is devoted to polar research and guided by the following objectives:
      \nGlobal Challenges.\u00a0<\/strong>The SPI shall enhance the Swiss scientific, economic and diplomatic contribution to understanding and solving Global Challenges such as climate and environmental changes and management of global resources through cutting-edge science and technology.
      \nInterdisciplinary Science and Technology.<\/strong>The SPI shall bundle Swiss research in polar and other extreme environments (Alpine and Extreme Ecosystems and Landscapes, Lakes, Glaciers and Water Systems, Planets) with cutting edge technological developments such as: space technologies; satellites; remote sensing and data processing; drones; robotics; sensors for environmental monitoring; big-data handling; renewable energy; health monitoring.
      \nInnovative Public Private Partnerships.\u00a0<\/strong>The SPI shall position Switzerland as a key player, federating stakeholders in the fields of Extreme Environments and Polar Research through scientifically-driven and collaborative global initiatives relying on international innovative public-public and public-private partnerships.<\/p>\n

      \u00c0 suivre.<\/em><\/p>\n

       <\/p>\n

      – 567 \u2013 9. HYDROLOGIE, ENVIRONNEMENT. Timon, Lucy, Anna. Slessarev et al. Le pH global du sol est tr\u00e8s sensible \u00e0 l\u2019\u00e9quilibre hydrologique<\/u>. Le pH du sol est un param\u00e8tre essentiel pour l\u2019agriculture. Il d\u00e9pend entre autres de la quantit\u00e9 d\u2019eau dans le sol. La pr\u00e9sente \u00e9tude montre, sur la base de 20’000 mesures statistiquement distribu\u00e9es dans le monde, que le sol passe brusquement d\u2019un pH basique \u00e0 un pH acide quand la perte en eau (PET\u00a0: potentiel d\u2019\u00e9vapotranspiration) d\u00e9passe la pr\u00e9cipitation (MAP\u00a0: pr\u00e9cipitation annuelle moyenne). La figure montre que l\u2019effet est brusque et bimodal. Une cons\u00e9quence est que l\u2019influence du changement climatique sur le pH du sol risque d\u2019\u00eatre plus grande qu\u2019on ne l\u2019avait suppos\u00e9e.<\/p>\n

      \"water<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

      Dans cette\u00a0livraison, je rel\u00e8ve en particulier: Science 2 d\u00e9c. et Nature 8. d\u00e9c., deux articles sur\u00a0m\u00e9moire et ondes c\u00e9r\u00e9brales. Pas simples,\u00a0mais impressionnants. Nature 8. d\u00e9c. La \u00a0calotte glaciaire du Groenland\u00a0a plus vari\u00e9 qu’on ne le croyait durant l’histoire g\u00e9ologique r\u00e9cente. J’ai appr\u00e9ci\u00e9 la subtile m\u00e9thode utilis\u00e9e. Nature, 15 d\u00e9c. La\u00a0saga judiciaire CRISPR\/Cas9\u00a0est d\u00e9testable, pourtant elle […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"jetpack_post_was_ever_published":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":false,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","default_image_id":0,"font":"","enabled":false},"version":2}},"categories":[89],"tags":[200,250,262,256,228,3,258,253,110,189,257,97,53,260,252,261,209,249,178,248,251,222,255,70,254,259,234],"class_list":["post-974","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-science-actualite","tag-agriculture","tag-amyloide","tag-antarctique","tag-anthologie","tag-apprentissage","tag-biosecurite","tag-brevet","tag-calotte-glaciaire","tag-climat","tag-crispr","tag-dee","tag-eau","tag-environnement","tag-epfl","tag-groenland","tag-hydrologie","tag-memoire","tag-memoire-intermediaire","tag-neurobiologie","tag-nourriture","tag-ondes-cerebrales","tag-perovskite","tag-photovoltaique","tag-politique-2","tag-pollinisation","tag-swiss-polar-institute","tag-synapse"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"","jetpack-related-posts":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/974","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=974"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/974\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=974"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=974"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.dubochet.ch\/jacques\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=974"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}