Science – actualité: octobre 2014

02.10.14. Nature 514, 7920

– 6. HUMAN BRAIN PROJECT (HBP). Éditorial. Oui, les efforts dirigés et concentrés des « big neurosciences » ont un sens, mais il ne faut pas que ce soit au détriment de la large innovation. Sur ces prémisses, le Human Brain Project (HBP) de l’EPFL est proprement démoli. Il est constaté que ce one-man-project déraille par sa mauvaise gestion et la mutinerie des autres scientifiques. Confiance perdue, même le réarrangement envisagé dans la collaboration avec le projet US BRAIN est remis aux calendes. Que va-t-il se passer à Lausanne et Genève ?

– 30-31. ÉCHAUFFEMENT CLIMATIQUE. Victor & Kennel. Fichez loin le but des 2° ! Ce paramètre n’est pas représentatif et il est contreproductif comme le serait la communication du médecin qui ne parlerait que de température. Ainsi, l’échauffement de ces 15 dernières années a été très faible parce que 90% de la chaleur additionnelle est emmagasinée par les océans. Bien meilleurs sont par exemple : concentration en CO2 et autres gaz à effet de serre ; production locale de méthane et de suie ; contenu thermique des océans ; écologie planétaire ; risques d’évènements climatiques extrêmes. Les 2° sont politiquement inutilisables, car ils sont déjà joués et ils ne permettent pas de fixer de buts intermédiaires ou locaux. Une politique efficace et responsable ne sera pas prête pour la conférence de Paris dans une année, mais un consensus sur de bons indicateurs serait un progrès considérable.

– 47-53. EBOLA. Qui et al. (+≈25 auteurs). Reversion of advanced Ebola virus disease in nonhuman primates with ZMapp. Construction d’un cocktails d’anticorps monoclonaux optimisé avec différentes formes d’EBOV et de VSB. Ils obtiennent 100% de sauvetage sur des macaques, même dans un état avancé de l’infection. Ce résultat est remarquable au vu des résultats plutôt médiocres obtenus depuis la découverte du virus en 1976. Est-ce à dire que, lorsque la motivation est vraiment forte, les choses vont plus vite ? Article soumis le 5 août, sur le web le 29. L’éditeur aussi n’a pas trainé.

 

03.10.14. Science 346, 6205

– 42 – 43. PSYCHOLOGIE, BIENÊTRE. Krueger & Stone. Progress in measuring subjective well-being. Moving toward national indicators and policy evaluations. Il s’agit de mesurer le Subjective Well-Being (SWB). La commission Sarkosy s’y est attachée en 2009 (Krueger en faisait partie). Le GDP n’est pas un bon indicateur. Jusqu’ici, la méthode de base est l’autoévaluation selon l’exemple de l’évaluation de la douleur (dire où l’on en est entre 1 et 10 ; choisir parmi une galerie de physionomies). La méthode convient – et encore – pour le suivi d’une personne, mais elle devbient très problématique pour comparer des groupes ou des populations. Une autre méthode pourrait être dérivée de l’économie : on détermine les conditions d’échange de situations de bienêtre et de malêtre (une heure de cette douleur contre 3 jours de ce malaise). Kahneman et Krueger définissent l’index U = (durée du temps déplaisant)/(durée du temps plaisant). « The U-index can be constructed with the Day Reconstruction Measure, which collects time-use data together with emotional experience ». Prétendument, il est robuste. Plusieurs efforts sont en cours (e.g. OECD Better Life Index). Il reste beaucoup de travail jusqu’à ce qu’un index politiquement utilisable et consensuel soit convenu. Pour le moment, il est bon d’étudier les composantes avant de convenir d’une agrégation. JD : je pense au collègue de l’université de Berne qui étudiait le bienêtre des vaches en utilisant des paramètres comportementaux, mais aussi physiologiques. Pour l’homme aussi, la physiologie et la neurobiologie doivent être convoquées… avec prudence.

 

09.10.14. Nature 514, 7921

161 – 164. ÉVOLUTION, RETRIBUTION CARMIQUE. Does evoluionary theory need a rethink ? Yes, urgently (K. Laland) / No, all is well (G.A.Wray et al.). Un débat. Les premiers prétendent que la théorie de l’évolution géno-centrée néglige l’effet du milieu et doit être fondamentalement repensée (developmental bias, plasticity, niche construction et extra genetic inheritance). Les seconds « non, tout va bien, mais la théorie de l’évolution présentée par les premiers est caricaturale. Ils précisent toutefois que l’hérédité extrra-génétique, telle que prétendue dans certains milieux de l’épigénétique, s’oppose à toutes les observations accumulées depuis 150 ans. Les quelques cas suggérant le contraire ne sont pas vérifiés. Je vois là l’éternel rebond d’un antidarwinisme hargneux qui peine à se trouver une place. Pénible !

Ainsi est l’homme. Il y a des faits ou des idées qui sont faciles à croire et même, qui viennent toutes seules, par exemple, que les serpents et les araignées sont dangereux ou qu’il existe une transcendance. Une autre, celle dont il s’agit ici, consiste à penser que ce que je fais est le fait de ma volonté et que l’avenir est dans mes mains. Ainsi avec la vue dichotomique de l’inné et de l’acquis qui imprègne la majeure partie de la population, l’hérédité que l’on ressent comme déterministe est vue négativement en face de « l’existence vécue » que je valorise parce que je crois pouvoir la façonner. C’est ainsi que nous nous trouvons face au vaste biais antigénétique et promilieu.

L’affaire n’est pas nouvelle. Il y a 4000 ans, la culture védique assurait la domination des prêtres et le strict déterminisme de la vie ; «ton destin est là, il ne changera jamais». Il y a 2500 ans, la civilisation indienne était mise en ébullition par les courants de pensées qui voulaient que « non, ce que je fais de ma vie aura de l’effet sur mon futur, sur mes vies futures ; oui, il y a une rétribution karmique ». Le bouddhisme est né de cette idée et la culture védique, ayant dû mettre de l’eau dans son vin, vint elle aussi à penser rétribution karmique, en la freinant de son mieux toutefois. Ainsi a évolué l’hindouisme, mais les castes sont bien restées. Le débat touche bien d’autres milieux ; il est central dans la religion chrétienne ; il émerge dès que l’on pense « inconscient » avec Freud ou avec Jung,il est là dès que Darwin est invoqué (voir : Dubochet, J. (2011). « Why is it so difficult to accept Darwin’s theory of evolution ? On the popular fallacy that evolution has a predetermined direction, and the development of a responsible worldview based on free will. » BioEssays 33 (4): 240–242.) Je le vois aussi important pour comprendre la marche de l’esprit (JD, Symétrie et frustration, 2014, texte pour ∏).

– 170. ARCHÉOLOGIE. On connait bien les peintures rupestres des cavernes européennes. La plus ancienne, en Espagne du Nord, aurait 40’800 ; la grotte Chauvet est datée d’environ 36’000 ans. Il y a déjà longtemps que l’on a repéré des peintures fort semblables en Indonésie, mais on les imaginait beaucoup plus jeunes (10’000). Elles ont été récemment datées ; elles ont le même âge que les Européennes. Vient alors la question : quelle est la relation entre ces deux régions ; même peuple, même culture ?

 

10.10.14. Science 346, 6226

– 162 – 3. BIOLOGIE SYNTHÉTIQUE. La biologie synthétique des plantes prend racine. La question est : Les OGM, est-ce que ça va venir ? Alors on pense au maïs bt ou aux pdt de Pia alors que les possibilités dépassent notre imagination. Ici, une exemple d’une modification toute simple mais bien ciblée : la plante sentinelle qui donne un signal d’une extrême sensibilité (elle se décolore) en présence d’un polluant.

– 234 – 7. POPULATION MONDIALE. Nouvelle évaluation de l’ONU, plus solide que les précédentes. Elle suggère que en 2100 la population mondiale sera comprise (80% de probabilité) entre 9.6 et 12. 3 milliards et n’aura pas cessé de croître. C’est surtout l’Afrique qui fait la différence. On dit que les prévisions démographiques sont très solides sauf si le taux de mortalité évolue de manière inattendue. On est bien obligé de penser à Ebola.

 

16.10.14. Nature 514, 7522.

– 275. TERRORISME. Editorial. How terror-proof is your economy ? Le terrorisme peut couter cher. Qui payera ? Quels sont les partenariats privé/public qui existent ou peuvent être envisagés. Bref, est-on bien assurés ? L’auteur du Wharton Risk Management Center nous aide à voir clair : Une tonne de sarin à New-York : 25 109$ ; 10 tonnes d’explosif dans un camion : 28 109. Un dispositif atomique de 1kT : 550 109. Je me demande ce que ces élucubrations financières ont à faire dans l’éditorial de Nature. C’est peut-être l’expression de notre incapacité à faire face.

– 284-5. EBOLA : le point. On a sans doute dépassé 10’000 morts, dont 233 soignants, le nombre de malades double en 3-4 semaines, actuellement il faudrait un milliard de $, la moitié est annoncées, mais 1/3 est à disposition. L’épidémie est globalement hors contrôle. Toutefois, il y a des signes positifs. Les méthodes pour faire face aux nouveaux cas commencent à être rodées et quelques poches (e.g. en RDC) ont été résorbées. Pourtant, si le virus tue plus de la moitié des personnes infectées, il est relativement peu contagieux. On compte 1-2 nouvelles personnes contaminées par chaque malade. Pour le SARS, c’était 2-5, pour la varicelle, c’est 12-18. On s’étonne ainsi du nombre de soignants atteints – y a-t-il des voies non détectées. On craint le développement d’une transmission orale. Il parait toutefois qu’une telle transformation ne s’est jamais observée. Par contre ce qui ne manquera pas d’arriver si l’épidémie n’est pas très rapidement contrôlée, ce sera la dissémination de l’infection dans des lieux où il serait très difficile de la contrôler. On imagine le malade non encore symptomatique retournant chez lui à Delhi ou Calcutta. Les méthodes de traitement qui sont en développement pourront sauver des malades, mais ne freineront pas considérablement l’épidémie. Seuls le vaccin ou le traitement préventif (présymptomatique) seront efficaces. Si tout va bien, on annonce 300’000 doses de vaccin pour le 1er semestre 1015. Ça semble ridiculement tard et peu.

Autre remarque. Pour faire face aux catastrophes, naturelles ou humaines, la première chose à faire consiste à prévoir un état-major de crise pour diriger et coordonner l’action. Entre un tel état-major et le chacun pour soi, où en est la réponse à la crise ébola ?

– 308 . 9 + 359 – 362. SÉLECTION DE GROUPE. Un article solide et un News & Views concernant des araignées sociales. En biologie évolutive, on craint la notion d’évolution de groupe parce qu’elle est si souvent utilisée à tord et à travers alors que la théorie est claire, la sélection à lieu au niveau individuel le plus bas : l’individu généralement, mieux, le gène, pourquoi pas le codon (A,T, G, C). Toutefois on sait que tous les niveaux peuvent intervenir en association avec les niveaux de base. Les exemples clairs et bien documentés sont rares. En voici un.

– 316 + 10 : ÉGALITÉ GENRES. No more excuses ! Leading women in science. Un « avertissement » de la Robert Bosch Stiftung. Quelques bonnes informations. Surtout des prises de position pas tellement utiles – Christiane Nüsslein en reste à l’idée que les femmes qui veulent atteindre des positions de leadeurship doivent en être capables.

– 351- 4. POLLUTION. Forte pollution hivernale dans un bassin de production de pétrole et de gaz. « Les USA vivent la plus rapide des croissances de la production de gaz et de pétrole depuis 40 ans grâce à la nouvelle technique du fracting ». Est-ce un problème ? Un cas est présenté ou la réponse est nettement oui.

 

17.10.14. Science 346, 6207.

– 289. EBOLA. Question d’éthique avec le vaccin. Le vaccin GlaxoSmithKline (Be) avec Natl. Inst. Allergy & Infectious Diseases (NIAID) est en phase I (réponse immunologique sans effet néfastes sur des personnes saines) depuis le 2 sept (6 semaines avant 2 autres). 20’000 doses pourraient être prètes pour le test en condition réelle en janvier. Il se fera sur du personnel soignant (ou du personnel impliqué) et il s’agira de voir si le taux d’infection est réduit. Selon la tradition, la comparaison se fait par rapport à ceux qui auront reçu le placébo mais dans cette situation de crise, beaucoup trouvent que donner un placébo est inadmissible. R. Ballou qui conduit le développement chez GSK présenté un modèle convainquant que tout autre approche (eg : comparer les individus ayant reçu le vaccins avec ce que l’on a pu constater jusqu’ici) )augmenterait l’incertitude et diminuerait la force du résultat, avec pour effet de devoir attendre plus longtemps et d’impliquer plus de monde pour obtenir un résultat significatif. MSF seule n’est pas d’accord en raison des tensions que le protocole normal produirtait sur le terrain. Autre décision : quand lancer la production à grande échelle ? Faut-il attendre d’être certain de la meilleure efficacité ou risquer de bloquer inutilement la production avec un produit inutilisable ?

– 292 – 295. EPIGGÉNÉTIQUE. Jeanne et Stuart Altmann ont initié en 1963 une remarquable étude qui se poursuit, d’une population de babouins au Kilimanjaro. Immense source de données. En particulier il est observé que les individus nés en années de famine sont plus faible, plus obèse et plus sujet au diabète. Deux possibilités. 1) La famine dérègle le développement et forme des individus mal-foutus. 2) Les individus s’adaptent à la condition de sous alimentation mais le retour rapide d’une nourriture abondante détruit le bon effet de cette adaptation. C’est l’hypothèse 1) qui est vérifiée, rejetant ainsi l’idée de l’épigénétique adaptive qui fait tant de bruit aujourd’hui (par l’épigénétique, les descendants sont adaptés aux conditions de vie que leurs parents ont vécus). Je crois que je vais cesser de rapporter sur le hype de l’épigénétique adaptive jusqu’à ce qu’une vraie évidence soit annoncée – ça pourait durer

– 206 – 8. TESTS GÉNÉTIQUES. En novembre 2013, la FDA (Food and drug administration) US a fait cesser le service génomique personnel de la firme 23andMe, mettant ainsi fin à la génétique DTC (direct-to-consumer), tellement chère à Ernst Hafen, l’ex-président de l’ETH. La législation US est en travail. L’EU fait de même. Le 2e amendement d’une proposition législative est sur la table depuis avril. Le contexte est large, il s’agit d’une nouvelle régulation des « médical devices » harmonisés maintenant en 4 catégories A-C. Tout ce qui concerne les tests génétiques ira dans C et nécessitera la participation des médecins. Certains protestent à l’idée que, même la publicité pour un teste génétique devra être médicalisée et voient ainsi une nouvelle dérive de la fonction de médecin, comme c’est le cas avec les médicaments. Les tests généalogiques seront-ils inclus ?

 

23.10.14. Nature 514, 7523.

-403 + 411-12. BIOSÉCURITÉ. Les USA ont décidé de bloquer toutes les recherches gouvernementales de « gain de fonction » (rendre les pathogènes plus dangereux pour voir comment peut se faire la transformation) et de mettre en route une procédure dévaluation avantages/risques. Il y a une vraie question sans réponse simple, mais il sera difficile de la faire émerger, car, depuis les articles de 2012, les positions se sont figées. La pression extérieure forte pourrait les forcer à protagonistes à discuter sérieusement. En ce qui me concerne, je pense que la prudence s’impose, mais il est vrai que tout bloquer serait néfaste. Le besoin de savoir est assez souligné par l’épidémie EBOLA. Citation de A. Casadevall, un ténor opposé à la règlementation : « There is really no evidence that thsse experiments are in fact such high risk. … A lot of them are being done by very respectable labs. With lots of precautions inplace. » Est-on rassuré ?

– 436-7 + 482-5. ÉCHAUFFEMENT CLIMATIQUE. McJeon et al., Limited impact on decadal-scle climate change from increased use of natural gas. Le fracting donne aux USA de nouvelles ressources en gaz naturels. Si la technique est généralisée , elle pourrait couvrir les besoins accrus en énergie bon marché. Super ! disent les promoteurs, car le gaz pollue moins (≈3x) que le charbon. Cet article analyse le bilan global au années 2050. Il est constaté que (a) l’abondance du gaz à bas prix augmentera la consommation et que (b) la production par fracting libère elle-même des gaz à effet de serre. Le bilan avantage/désavantage évalué en CO2 équivalents est défavorable. (+170% de consommation de gaz ; entre -2 et 11% de CO2 équivalents). La dernière conférence C3 à Morges le 13 février sera donnée sur les risques et promesses du fracting par le directeur de Holdigas. Je m’inquiète, mais, si nécessaire, je serai préparé pour lui répondre.

– 486-9. AGRICULTURE. Chen et al. Producing more grain with lower environmental costs. Expérimentent en Chine différents modes de production des principales denrées alimentaires (riz, céréales et maïs). Le ISSM (intergrated soil-crop system managment), comparable à ce que nous appelons agriculture intégrée, mais ajustée à la Chine, permet d’augmenter la production de manière durable. Bcp de données pour celui qui veut les étudier sérieusement. J’envoie à Andres.

 

24.10.14. Science 346, 6208

– 405. ORIGINE DE L’HOMME. A. Gibbons. How we tamed ourselves – and became modern. Rapport d’un colloque : http://carta.anthropogeny.org/symposia/past-list. Hypothèse. : l’homme a subit un processus d’auto-domestication qui à permit une meilleure socialisation. La domestication produit les même effets dans toutes les espèces, en particulier l’affinement du crâne et une feminisation des caractères avec, en particulier, une diminution du taux de testosterone chez les mâles. Les bonobos sont un joli exemple. Darwin avait noté l’effet globalisé de la domestication. Aujourd’hui, on l’attribue à un retard dansle début de la migration des cellules de la crête neurale Alternativement, on peut penser que cet effet est une conséquence de la socialisation (par l’élimination des individus les plus agressifs dans une société policée) plutôt qu’une cause. Féminiser la société pour la rendre plus sociale et pacifique.

– 410. MÉDECINE AYURVÉDIQUE. Guère prise au sérieux chez nous, cette médecine est sérieusement pratiquée et considérée en Inde ou des efforts sont fait pour trouver le corrélat génétique des types personnels (prakriti)

30.10.14. Nature 514

– 551. CITATIONS. Avec plus de 1500 citations, notre article du Biophysical J. est, avec 7000 autres, parmi les 0.01% les plus cités.

– 554 – 7. EBOLA. E. Check Haydeb. Le point sur le virus. Origine, infection, pathologie, épidémiologie ; quand va-t-on la maitriser. On note qu’il existe plusieurs souches et espèces proches. Un grande partie de l’Afrique équatoriale est à risque. Comme elle est transmissible par la chauve souris (par exemple en mangeant un fruit mordu) la maladie pourrait devenir endémique dans 22 pays et 22millions de personnes à risque.

– S49 – S66. RIZ (dossier). S55-7. M. Eisenstein

 

31.10.14. Science 346, 6209

– 526-7. BIOSÉCURITÉ. Protestation après le blocage prévu pour un an des recherches GOF (cf. 23.10.14) pour un an par le comité US de biosécurité. Même la recherche de base sur le virus de la grippe et la préparation des vaccins pour l’an prochain sont suspendus. Le gouvernement prépare des exceptions.

– 567 – 591. DOSSIER : THE AGING BRAIN. Cinq articles pour un bon survol de la question. Il faudra les voir tranquillement.

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