1.1.2015. Scientific American
– 7. ÉCONOMIE. The end of economic growth. C.B.Frey. En 2013, IBM et Dell avaient respectivement 430k et 110k employers. Facebook en avait 8350 en septembre 2014. Jugé sur une centaine de cas, le développement d’une app coute en moyenne 6’500$. WhatsApp qui s’est lancée avec 250 k$, employait 55 personnes quand elle fut achetée par FaceBook pour 19 milliards. Moins de 0.5% des travailleurs sont employés par des industries qui n’existaient pas dix ans plus tôt. Tout ceci pour dire que les nouvelles technologies font marcher le bizness, mais elles créent peu d’emplois. Je me demande ce qu’il en est de l’industrie chimique et celle des médicaments.
-17-18. SCIENCE ET SOCIÉTÉ, SANTÉ. ÉTHIQUE. D.F. Maron. When DNA means « Do not ask ». Il s’agit des découvertes accidentelles lors d’examens médicaux. Par exemple, lors d’un scan RMN, on observe quelque chose d’inattendu qui demande approfondissement dans environ 1/3 des cas. On le fait, c’est la routine, la négliger serait une faute médicale. Avec le séquençage de l’ADN (total ou limité à l’exome – le 1% codant les protéines) qui se généralise, les découvertes accidentelles sont innombrables et dans la nature de la méthode. Aux USA en tous cas, le principe habituel prévalait: les patients doivent être informés. Ridicule! Que faire quand chacun est informé de sa bonne centaine de conditions pathologiques dont la probabilité est un peu augmentée? En 2013 l’ACMG (Amercan College of Medical Genetics and Genomics) a fait valoir que seulement les résultats concernant un nombre limité (56) de gènes, desquels les prédictions sont particulièrement significatives, soient communiqués aux patients (p. ex. BRCA pour le cancer du sein).
Mais, est-il désirable de communiquer obligatoirement ces informations? Dans beaucoup de cas, le patient préfère ne pas le savoir. Le problème est compliqué par le fait que, en testant un individu, on en apprend aussi pas mal sur ses proches. Pour le moins, il faut accorder au patient le droit de ne pas savoir. À la fin de l’an passé, sur demande de l’ACMG, ce droit a été officiellement introduit aux USA. Ce changement va de pair avec les décisions réduisant considérablement les droits des firmes qui proposent séquençage et analyse à tout un chacun (p. ex. 23andMe.) Qu’en est-il en Europe? En Suisse en tous cas, les analyses génétiques sont fortement règlementées et doivent passer par un médecin. Les restrictions US sont donc bienvenues puisqu’elles tarissent – en partie et pour un temps – un accès « illégal » et problématique à l’analyse génétique. Plus de prudence est bienvenue.
Quant à la problématique de l’analyse génétique directe au consommateur, voir:
On y lit: « According to detailed coverage over at Forbes, Genentech will pay as much as $60 million for access to 3,000 Parkinson’s patients in 23andMe’s database. » Le client parkinsonien vaut donc 20k$ dont il signe l’abandon avant d’utiliser les services de 23andMe. Selon la même source, un utilisateur de FaceBook vaut 8$. C’est bien la génétique!
– 72. MEDIA. SCIENCE ET SOCIÉTÉ. Analyse de la science telle que rapportée dans les médias. Sur la base d’une vaste analyse par Altmetric de ce qui se dit des articles scientifiques sur les réseaux sociaux, cette étude montre que les sujets qui intéressent le vaste public (Facebook, Google+, Twitter) sont fort différents de ceux des spécialistes. Les préférés sont: erreurs scientifiques, cosmologie et santé.
1.1.2015, Nature 517
– 9 – 10. EBOLA, MÉDECINE. On parle de plus en plus de la méthode de plasmathérapie à partir du sang de personnes convalescentes (CPT). Elle est simple; il suffit de recruter les rescapés de la maladie et les patients à protéger, tester l’efficacité immunologique du sérum, vérifier l’absence de pathogènes et transfuser. Elle est ancienne, son usage réémerge de temps en temps lors d’une épidémie locale. Mais voilà, elle ne rapporte pas gros à l’industrie et elle n’est pas normalisable puisque chaque donneur est différent et puis, il faut quand même avoir sur place une certaine infrastructure. Pour Ébola, alors que vaccins et médicaments se font encore attendre et que la situation sur le terrain est moins chaotique, les efforts pour tester et appliquer largement la CRT se développent. Dans la même ligne d’idée, l’engagement de survivants de la maladie dans l’effort de lutte sur place pourrait être très avantageux… si vraiment ils sont immunologiquement couverts. Sans surprise, c’est MSF qui conduit efforts.
– 39 – 55. BIOLOGIE STRUCTURALE, BIOPHYSIQUE, CRYO-ME. Trois articles révélant par cryo-me la structure quasiatomique de la ryanodine, le gros complexe protéique (2.2 MD) qui, en contrôlant le relâchement de Ca++ vers le milieu extracellulaire, fait fonctionner, par exemple, la contraction musculaire. Le premier article vient de groupes européens (6.1Å), le 2e d’Américains (4.8Å) et le 3e est chinois (3.8Å). Malgré la différence de résolution annoncée, les 3 cartes sont de qualité semblable. Pourquoi 3 sur le même sujet? Est-ce la mode qui restreint la nouveauté ou est-ce le fait que les prémisses favorisant la bonne cryo-me sont quand même plus spécifique qu’il n’y parait.
2.1.2015, Science 347, 6217. (peu d’inspiration)
– 10. BIOLOGIE STRUCTURALE, CHROMATINE. Par les travaux de Andrzej Stasiak et ceux de Stan Fakan, l’arrangement de l’ADN dans le noyau cellulaire était le sujet majeur de la recherche biologique de notre département à l’UNIL. Il s’agissait de comprendre comment l’ADN peut s’exprimer utilement dans le désordre agité du gigantesque imbroglio dans lequel il est condensé. À l’époque, nous pensions que les biologistes n’y portaient pas assez d’attention. L’épigénétique est en train de changer tout cela. On n’est guère plus avancé, mais le sujet se réchauffe. La page citée ici se réfère à deux énormes études qui révèlent, par les méthodes de la génomique et la biochimie, quelles sont les régions du filament d’ADN qui se touchent dans la grande pelote du noyau. Les méthodes du Big Data sont puissantes; 3 milliards de petits bouts sont caractérisés!
L’article est illustré par un joli modèle de ce que pourrait être la représentation spatiale de ces données. Ce n’est qu’une simulation. On se réjouit de voir la même chose sur la base de données structurales réelles. C’est mon rêve depuis longtemps. Il n’y a guère que CEMOVIS qui pourra le réaliser. Avec les progrès récents de la cryoME, et un bel effort avenir, on n’en est peut-être pas si loin. À suivre.
– Quelques bonnes nouvelles.
EBOLA: WHO, 22.1.15. Ebola régresse nettement dans les 3 pays principalement touchés, Guinée, Liberia et Sierra Leone. Depuis 4 semaines le nombre de malades enregistrés décroit. Le Libéria qui avait eu la pire situation en aout et septembre n’a eu que 8 cas déclarés la semaine passée. Ces pays reprennent vie et lèvent petit à petit les restrictions. Les troupes américaines (2300) envisagent leur départ.
Trois remarques:
1) L’épidémie n’est pas terminée. Il va être difficile de continuer l’effort au niveau qui l’a rendu efficace.
2) Si l’épidémie commence à être maitrisée, c’est grâce à l’action locale de ceux qui mouillent leur chemise et prennent des risques.
3) La réponse globale à l’épidémie a été misérable. Le WHO le reconnait et présente ses excuses. Le développement public ou privé des vaccins (les tests coordonnés sur place de 3 vaccins commencent ce mois) et des médicaments sont trop lent pour être utile avant que l’épidémie soit stabilisée … ou qu’elle ait explosé hors contrôle si le taux d’infection avait été plus élevé.
– 78-81. CANCER, ENVIRONNEMENT, RISQUE. Tomasetti et Vogelstein. Variation in cancer risk among tissues can be explained by the number of stem cell divisions. Le risque de cancer varie énormément d’un tissu à l’autre. Les auteurs montrent que ce risque dépend principalement du nombre de divisions des cellules souches qui ont conduit à ce tissu. La conclusion est que les cancers sont principalement une affaire de malchance, liée au risque de mutation néfaste qui apparait à taux à peu près constant lors de chaque division cellulaire. Ainsi, près de 2/3 des cancers sont des accidents stochastiques. 1/3 sont dû aux facteurs environnementaux, virus, cigarettes, ou autre effecteur. La prédisposition génétique compte pour moins de 10%.
Deux semaines plus tard (Science 347, 224, 16 janvier) on explique comment l’article est très fortement critiqué puisqu’il laisse entendre que les mesures prophylactiques – vie saine, nourriture, etc – sont d’importance secondaire. Visiblement cette conclusion déplait, mais les critiques – à ce que je peux comprendre – me semblent peu factuelles. Le mécontentement est probablement dû à la crainte que cette conclusion démotive les efforts prophylactiques. Cela serait évidemment fâcheux si l’on pense au risque du fumeur, mais j’imagine plutôt que les plus véhéments pourfendeurs sont à chercher dans les vendeurs de poudres de perlinpimpin. Et puis, il y a le mythe du « I can » et « je maitrise », tellement enraciné dans la nature humaine. Inch’Allah!
8.1.2015, Nature 517.
– ANTIBIOTIQUES. Lin et al, (article en ligne cette semaine; cf Nature 27.1.2015) ont découvert un antibiotique – la Teixobactin – complètement nouveau, produit à partir d’une bactérie du sol que l’on ne savait pas cultiver précédemment (comme la plupart des bactéries). Propriété remarquable, il ne semble pas qu’il y ait de mécanismes de résistance activé par son emploi.
Note: 1) Il n’y a toujours pas de vaccin contre Ebola, mais, dans quelques mois, la situation changera probablement. 2) L’extension des bactéries multirésistantes, l’apparente incapacité de l’industrie pharmaceutique d’inventer de nouvelles solutions comme aussi le spectre de la perte du bienfait des antibiotiques pour la médecine fait souffler un vent de panique qui s’étend jusqu’au public.
Ainsi, j’imagine que le nouvel antibiotique annoncé cette semaine montre que, comme pour Ebola, quand il faut se bouger, on se bouge quelquefois. Est-ce ainsi que l’on peut comprendre la survenue du Teixobactin? Ce bon principe de mouvement dans la nécessité pourrait-il bientôt s’appliquer à d’autres domaines comme l’échauffement climatique et le contrôle de l’économie? J’y crois, mais il faut le solliciter.
– 130-131. DÉPRESSION. Grandes manoeuvres autour d’une vieille substance, la kétamine. Cette drogue psychoactive est utilisée comme anesthésique depuis longtemps. C’est aussi une drogue psychoactive illégale. Depuis peu son puissant effet se précise et s’impose. La Katemine agit sur les NMDA (récepteurs ionotrophiques du glutamate) et, selon les études récentes, elle agit efficacement contre la dépression, les désordres bipolaires et le comportement suicidaire. Aspect remarquable, son efficacité se développe en quelques heures alors que les Prozac et autres psychodrogues agissant sur la sérotonine ou la noradrénaline n’ont leur effet qu’après des semaines. Étant donné que la dépression est le mal le plus couteux de notre civilisation, la motivation pour développer et breveter cette molécule et ses dérivés est grande. Roche est dans le coup.
– 150-1, 187-190. ÉCHAUFFEMENT CLIMATIQUE, COMBUSTIBLES FOSSILES. McGlade & Ekins. Les combustibles fossiles qu’il faudra laisser sous terre si l’on veut limiter l’échauffement climatique à 2°C. Monbiot le proclame depuis longtemps et l’a récemment répété (Guardian, 7.1.15): pour déverser moins de CO2 dans l’atmosphère, il faut en laisser d’avantages sous terre. Le présent article quantifie à l’horizon 2050, quoi, combien et où ces réserves doivent rester inexploitées. En bref, les ressources fossiles estimées actuellement produiraient 10’000 Gt de CO2 (réserves connues exploitables: 3’000 Gt) alors qu’il ne faudrait pas dépasser1’000 Gt pour limiter l’échauffement global à 2°C. Conclusion des auteurs: l’extension des gisements de l’Arctique ou le développement des nouvelles méthodes de productions est incompatible avec la limitation de l’échauffement climatique à un niveau acceptable. Raisonnablement, tous ces investissements sont des culs-de-sac financiers.
15.1.2015, Nature 517.
– ENVIRONNEMENT, ÉCHAUFFEMENT CLIMATIQUE. Quelques bons chiffres sur l’élévation du niveau de la mer à propos duquel on lit tant de choses différentes. On acceptait généralement pour la fin du 20e siècle, une valeur moyenne de 1.6 – 1.9 mm/an. L’étude plus substantielle de Hay et coll. montre que l’élévation moyenne en 2e partie du siècle a été de 1.2 mm/an, mais que de 1993 -2010 la valeur était de 3 mm/an. Cela représente 30 cm en 100 ans et 3 m en un millénaire. Pour le moment, ce n’est pas grand-chose, mais le données ci-dessus montrent que la montée s’accélère. Article du National Geographic de mars 2014 sur l’effet de la montée des eaux pour la Floride (Miami, la ville la plus couteuse du monde à sauver) considère avec le GIEC, une montée de 1.5m en 2100.
– 283 – 326 DOSSIER: FRONTIERS IN BIOLOGY. Cinq articles pour faire le point sur de grands problèmes. 1) From circuits to behaviour in the amygdala. Le traitement des émotions. 2) The biology of innate lympoids cells. L’immunité (non adaptive)… 4) Function and information content of DNA methylation. Chez les eucaryotes, la fonction primaire consiste à bloquer la transcription, mais le processus est divers et difficile à caractériser; il existe de nombreux clades qui ne méthylent pas du tout. On aime voir le processus comme une sorte de mémoire du développement. Lire ce chapitre et être au net sur une bonne partie de l’épigénétique.
16.1 15. Science 347, 6219.
– on revient à l’article du 2.1. p. 78-81 concernant les risques de cancer. Grosse agitation.
-234-5, 262-265. INÉGALITÉ DE GENRE; FEMMES, SCIENCE. Leslie et al. (dpt. philo, psycho, US). Expectations of brilliance underlie gender distributions across academic disciplines. Intéressantes données sur le rapport de genres chez les PhD US suivant le domaine.
Pour expliquer l’étrangeté de cet article, voici un ajout tardif (10.3.15) simple, mais pas simpliste. Dans les métiers de la mécanique, il y a plus d’hommes que de femmes. Pourquoi? L’article propose une hypothèse: il y a plus d’hommes parce que l’opinion générale est persuadée que les hommes sont plus aptes dans ce domaine. Il en résulte la « cloche de verre » qui en rend l’accès difficile aux femmes. Dans la discussion il est remarqué que la possibilité selon laquelle l’opinion générale pourrait avoir une base factuelle n’est pas considérée. Bien sûr l’article ne se limite pas à la mécanique, il étend l’analyse à l’ensemble des domaines académiques, mais il conserve tout au long l’hypothèse de base et sa limitation. Vient alors la question: comment peut-on faire l’impasse sur la solution simple et directe pour ne considérer qu’une alternative détournée et sophistiquée?
Il est mesuré que les femmes sont sous-représentées dans les domaines où, selon l’avis général, les dons innés sont importants. Il est conclu que l’inégalité de genre est donc une affaire de subjectivité sociale. C’est l’hypothèse de « field-specific ability beliefs », l’hypothèse de la croyance à une capacité innée spécifique. Elle est testée contre 3 autres hypothèses. Par exemple, celle selon laquelle il y aurait plus d’hommes très apte. La réponse est négative, car le taux d’abandon dans les études n’est pas significativement différent entre hommes et femmes. Ou encore, les évaluations générales de capacité (GRC: graduate records examination) ne montrent pas non plus pas de différences globales. Ce qui peut vouloir dire que les femmes ne sont globalement pas plus bêtes que les hommes. Là n’est pas la question. Si différence il y a, elle sera spécifique au domaine. Les auteurs sont tout à fait clairs. Ils écrivent: est-ce que la « brillance naturelle » est vraiment plus importante pour le succès dans certaines branches que dans d’autres? Les données présentées ici ne disent rien sur cette question.
Et si l’avis général n’était pas tout faux?Apparemment l’hypothèse est tellement inadmissible qu’elle n’est pas considérée. Et pourtant, la sous-représentation en physique, ingénierie et informatique ne pourrait-elle pas s’expliquer par l’attrait des mâles pour les gadgets techniques alors que les femmes s’orientent naturellement vers le travail collectif et social et guère vers la solitude de la recherche mathématique et philosophique? Il est étonnant et significatif que les auteurs prétendent expliquer le rapport nb. h/nb. femme selon le domaine, uniquement sur la base de l’ évaluation sociale subjective, prouvant d’autre part que, mesuré globalement l’homme n’est pas plus brillant que la femme, mais refusant de considérer la possibilité que les femmes et les hommes diffèrent naturellement de telle sorte que les conditions réelles de travail favorisent l’homme ou la femme selon la spécialité. Les auteurs – et les études genres – perdent beaucoup à cette impasse. Le commentaire d’A.M. Penner (pp 234-5) me semble plus équilibré. Il se termine par la question: « La société ne s’en sortirait-elle pas mieux si les hommes ressemblaient d’avantages aux femmes? » Moi, j’y crois.
23.1.15, Science 347, 6220
– 375-376. SANTÉ, POLITIQUE. Smoke and fire over e-cigarettes. À mi-2014 le WHO reçoit deux lettres signées par de nombreux spécialistes. L’une dénonce les e-cigarettes comme dangereuses en l’état. De plus, ils la voient comme un cheval de Troie de l’industrie du tabac pour pousser les jeunes vers la fumée. Ils soutiennent que l’expérience a assez montré que l’information favorable aux cigarettiers est systématiquement biaisée; pas besoin d’y revenir. La 2e demande de rester evidence-based – (actuellement, il n’existe pas de données négatives concernant l’effet d’entrainement -, mais c’est bien tôt) et de laisser ouverte la possibilité de déplacer une partie de l’effet néfaste des cigarettes vers un produit moins nocif. Le WHO est proche de la position des premiers. Il propose l’interdiction de la e-cigarette et d’interdire sa réclame. C’est quand même mal foutu, relève l’article.
– 439-442. CRYO-ME. Asano et al. (Baumeister) font une reconstruction tomographique à la résolution de 35-50Å de neurones aplatis en couche mince. Dans le volume cytoplasmique, ils repèrent les protéasomes 26S (des complexes protéiques dont la fonction est de digérer les protéines en mauvais état). Par corrélation avec le modèle connu, les auteurs déterminent l’état des protéasomes à une résolution d’environ 10Å. On peut alors voir s’ils sont en travail ou non. 80% ne le sont pas. Par CEMOVIS, ils pourraient faire bien mieux. À quand CEMOVIS?
23.1.15, Nature 517
– 442-3, 455-9, MÉDECINE. On revient à la bonne nouvelle du 8 janvier. Lin et al. (Cambridge US, Bonn D). A new antibiotic kills pathogens without detctable resistance. La résistance aux antibiotiques devient un problème médical majeur menaçant les fondements de la lutte antibactérienne. 1940 – 60 furent les grandes années de la découverte des antibiotiques que l’on va chercher chez les bactéries elles-mêmes. Depuis, l’industrie pharmaceutique tourne en rond et revient toujours aux mêmes substances. Le grand problème vient du fait que 99% des bactéries ne sont pas cultivables. Pour faire radicalement mieux, deux stratégies. 1) Séquençage massif du milieu pour identifier les bactéries présentes. Recherche dans leur DNA de gènes qui pourraient conduire à des antibiotiques. 2) Apprendre à mieux cultiver, d’abord en faisant pousser dans le milieu naturel ou dans un milieu enrichi d’extraits naturels. Les auteurs ont mis au point le iChip pour tester sur Staphylococcus aureus l’action de 10’000 souches bactériennes que l’on ne savait pas cultiver précédemment (voir schéma). La meilleure bactérie ainsi identifiée, Eleftheria terrae, n’était pas connue précédemment. Elle produit un nouvel antibiotique, la teixobactin, qui agit au niveau des lipides des peptidoglycanes. L’action sur un lipide plutôt que sur une protéine rend le développement de résistance plus difficile puisqu’il ne suffit pas d’une simple mutation dans une protéine, mais d’une action pour bloquer tout un chemin métabolique. La vancomycin de 1953 s’attaque aussi à des lipides, il a fallu 40 ans pour qu’apparaisse la première résistance.
La méthode devrait pouvoir être étendue à tous milieux et, on peut l’espérer, apporter une riche source d’antibiotiques divers.
29.1.15. Science 517
– CLIMAT, ÉNERGIE. Cité de PNAS, http://doi.org/zpk(2015). Les fuites de méthane. Le méthane CH4 est un puissant gaz à effet de serre (50x plus que CO2) et aussi une des composantes principales de du gaz naturel. La concentration en méthane dans l’atmosphère était à peu près constante jusqu’en 2007. Depuis, elle augmente et on ne sait pas trop pourquoi. Il est montré ici que les fuites du réseau de distribution urbain (mesurée à Boston) sont 2-3 fois plus grandes que prévu. Elles représentent de l’ordre de 3%. Il n’est pas parlé ici du fracking, mais on peut bien penser que les pertes à l’extraction sont plus grandes encore. Avec le facteur 50 d’effet de serre, on peut conclure que l’économie du méthane conduira à autant d’échauffement climatique par les pertes de gaz dans l’atmosphère que par le CO2 de combustion.
– POLITIQUE, CLIMAT. Le Guardian et ce journal (p. 533) nous informent de deux décisions du Sénat US. 1) Par 98 voix contre 1 il est noté que « it is the sens of the Senat » que l’échauffement climatique est réel et non une plaisanterie. 2) Par 50 voix contre 49, l’idée que l’activité humaine puisse en être blâmée est rejetée.
– 560-61; 583-588. GÉNÉTIQUE, BIOTECHNOLOGIE. Konermann et al. (des gens du MIT et de Tokyo) CRISPR engineering turns on genes. Attention, c’est compliqué. Les CRISPRs (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) sont des régions de l’ADN bactérien contenant des bouts de séquences d’organismes « ennemis » (p.ex. un bactériophage). L’ARN produit par CRISPR reconnait par complémentation l’ADN de l’envahisseur. Combiné avec l’enzyme Cas9 le complexe identifie la séquence envahissante et la détruit par coupure. En 2012, le système a été développé en un outil puissant de la biotechnologie. Il permet de muter ou remplacer n’importe qu’elle bout d’ADN de n’importe quel organisme sur la base d’une séquence d’ARN construite à volonté. C’est l’outil d’édition du génome; une révolution. Les méthodes dont on disposait jusqu’ici étaient lentes et lourdes et nécessitaient de sélectionner le changement souhaité dans une masse de changements effectués au hasard.
Le présent article présente un nouveau développement de CRISPR, tout aussi extraordinaire. On sait que, un gène, c’est une chose, mais, une autre, c’est la façon dont il est transcrit, c’est-à-dire le fait que son message soit exprimé ou non. Tous les gènes sont strictement régulés afin que leur message ne s’exprime qu’au bon moment, en bonne quantité, au bon endroit. La nouvelle combine – qui n’a pas encore de nom – consiste à utiliser un mutant du système CRISPR-Cas9 qui se fixe parfaitement à l’endroit désiré, mais qui ne coupe pas. Par contre, il est utilisé comme plateforme pour recevoir des effecteurs de la transcription, c’est à dire des protéines régulatrices de l’expression des gènes. Le résultat, c’est la possibilité de « mettre en route » ou de bloquer selon ses gouts l’ensemble des gènes contrôlé par le même régulateur – naturel, construit ou à développer. C’est très fort!
– 562-3; 565-70. CLIMAT. La variation du climat, libre et forcée. Un résultat intéressant. Globalement la température de la terre suit son ascension à vitesse croissante (ligne pointillée ci-dessous.) Mesuré à l’échelle de 15 ans l’aspect est tout différent. C’est une variation essentiellement linéaire dont la pente semble fluctuer aléatoirement. Ceci signifie que la constante de temps de l’évolution climatique libre est de l’ordre de 15 ans. À plus longue échelle, c’est l’évolution forcée par l’échauffement climatique qui domine.
– 530-31. ALTRUISME, ÉTHIQUE. H. Gintis, recension de 2 livres.
Wilson, D. S. (2015). Does altruism exist?: Culturee, genes and the welfare of others. Il s’agit du Wilson de la sélection de groupe résumée par la phrase clé: « L’égoïsme bat l’altruisme à l’intérieur du groupe. Le groupe altruiste bat le groupe égoïste. Tout le reste n’est que commentaire ». Mais on note aussi qu’un groupe ne se reproduit pas ni ne produit de descendants; la fitness au sens classique n’y existe pas.
Schermer, M. (2015). The moral arc: How science and reason lead humanity toward truth, justice and freedom. Il s’agit de Schermer du Scientific American avec sa rubrique et le site « Skeptic » de dénonciation des pseudosciences. Dans ce livre, il met en évidence l’aspect moral de l’homme structuré par l’intelligence. Husserlien lui aussi, il construit sa morale sur « la survivance et l’épanouissement de l’être ressentant (sentient being) ». Un peu trop optimiste. La liberté, la vérité et la justice ne sont pas toujours les sous-produits de la connaissance. Voir aussi sa chronique dans Scientific American, fév. 2015, 73.
30.1.15. Science 347
– 460. MÉDCINE, SCIENCE ET SOCIÉTÉ. En Inde, pas de brevet pour l’hépatite C. L’hépatite C fait dans le monde autant de ravage que HIV. À fin 2014, Gilead met sur le marché un nouveau médicament bien meilleur que ce dont on disposait précédemment. Sa mise au point est le fruit d’une longue et créative recherche. Le prix du traitement est fixé à 84’000$. La firme offre un rabais de 99% à l’Inde qui refuse, argüant que le générique ne devrait pas couter plus que 136$ (MSF avait estimé le prix de production à environ 50$). L’Inde rejette le brevet.
-490 – 514. DOSSIER. SOCIOLOGIE, POLITIQUE, SPHÈRE PRIVÉE, INFORMATIQUE. The end of privacy. Une série d’articles traitant entre autres de: (a) Reconnaissance faciale. On y est bientôt. Les nouveaux programmes interprètent les images directement par rapport à un modèle 3-dimensionnel. (b) La NSA est une grande employeuse de mathématiciens. Il y a crise de confiance dans leurs rangs. (c) La foutaise de l’ « acceptation informée » des actes médicaux ou du « I accept » des conditions d’usage des services informatiques. (d) Foin de la « privacy » dès qu’une personne est célèbre, mise en jugement ou est atteinte d’une maladie contagieuse grave. (d) La combinaison de données anonymisées avec d’autres données disponibles publiquement permet d’identifier n’importe qui n’importe quand.
C’est un fait, la sphère privée n’existe plus au sens habituel du terme. Pourtant la grande majorité des gens y tiennent. Seul moyen d’y revenir n’est plus de protéger la sphère privée, mais l’usage que l’on fait des données collectées. Ainsi il faut définir ce qui est de la sphère privée et légiférer pour protéger l’usage des données. Par exemple, il faudrait cadrer les assurances et les surveiller en conséquence. Un débat de société est à mener.
-534 – 6 voir aussi 477-8. COMPORTEMENT, ANNIMAL. Amusant! Rugani et al. (Padoue). La carte spatiale des nombres du jeune poulet est semblable à la ligne mentale des nombres chez l’humain. S. Dehaene avait montré que les humains organisent les nombres selon une droite allant de gauche à droite. (Dehaene, S. (2010). La bosse des maths. Paris, Odile Jacob.) L’expérience est reprise ici avec de jeunes poulets. On entraine d’abord le poulet à trouver de la nourriture derrière un groupe de 5 points droit devant. On reprend l’expérience avec des groupes de 2 points placés symétriquement à droite et à gauche. Dans 70% des essais, le poulet va cherche derrière le groupe de gauche. On reprend avec des groupes de 8 à gauche et droite. Le poulet cherche à droite dans 70% des cas. Autre expérience. On entraine le poulet avec un groupe de 20 points puis on teste droite/gauche avec des groupes de 8, puis de 32 points. Pour le petit groupe, le poulet va à gauche dans 72.5% des cas et autant à gauche pour les grands groupes. Les auteurs proposent que cet effet soit lié à la spécialisation cognitive des hémisphères cérébraux et que l’effet risque de se retrouver chez tous les animaux. Le commentaire par Peter Brugger (Zürich) remarque que le langage n’est, semble-t-il, pas tellement nécessaire pour savoir compter. Aïe, mes collègues de ∏ risquent d’avoir de la peine.
-543-8. MICROSCOPIE. Chen et al. Expansion microscopy. Un joli gadget qui pourrait rendre de bons services. Ainsi va la méthode. On commence par fixer le tissu par perfusion au formol (la vieille méthode qui, au 17e s., a permis de préparer les réseaux sanguins humains complets que l’on peut admirer au musée de Naples.) On fixe ensuite un anticorps fluorescent sur des protéines d’intérêt – par exemple des protéines de la membrane de neurones et on fait en sorte que ce marqueur fluorescent puisse aussi se fixer à l’acrylamide que l’on va utiliser ensuite. Le tissu rendu poreux par la fixation est ensuite perfusé par de l’acrylamide en solution saline qui pénètre partout. Vient la phase d’expansion: on dialyse gentiment le tissu contre de l’eau distillée. En absence d’ions, le gel d’acrylamide gonfle quelques centaines de fois. Si l’opération est délicatement faite, l’expansion est uniforme et peut atteindre un facteur linéaire de 5. Dernière étape. On digère le tissu biologique qui est ainsi éliminé ne laissant que le gel d’acrylamide et les molécules du marqueur fluorescent. Comme Platon dans sa caverne (ce n’est pas de moi, mais de H.U. Dodt qui comment l’article pp. 474-5) on voit alors, non pas le cerveau réel, mais son fantôme fluorescent. Les auteurs prétendent ainsi révéler la structure initiale, facilement et sans un microscope sophistiqué, à une résolution significative de 20 – 70 nm. Je les crois nettement optimistes, mais 100 nm ne serait pas si mal. Cela permettrait en particulier de révéler de relativement grands volumes du réseau neuronal avec tout les synapses.