Archives de catégorie : Science – actualité

Avril 2018, l’actualité scientifique de Jacques; suite minimale.

01.04.18. National Geographic.

VIVRE ENSEMBLE, RACE, ÉVOLUTION HUMAINE.

Un numéro spécial : Black and White. Le racisme et les races.Bien !
Le racisme, c’est la ségrégation en termes de valeurs plutôt que de traits (de propriétés.) Pour le rejeter, une voie consiste à dire qu’il n’y a pas de différences entre les groupes humains. La démarche est bienveillante, mais, pour une part, elle nie l’évidence. Le présent numéro prend une position courageuse. Il rejette fermement le racisme des valeurs tout en regardant en face l’origine et les effets de la différence – (il utilise le mot « tweak »).

J’avais pensé introduire cette problématique dans la 3epartie de mon bouquin (avec les questions du climat et des nouvelles technologies génétiques.) Devant la difficulté du thème et le manque de temps, j’y avais renoncé. Bravo National Geographic !

29 – 41. Skin deep par Elizabeth Kolbert. Explique l’origine raciste de la notion de race, souvent reprise ± scientifiquement. L’histoire de Samuel Morton qui a mesuré le volume d’un grand nombre de crânes pour évaluer la « valeur » d’une « race » étant bien entendu que chacune est le fait d’une création particulière par Dieu en est une bonne illustration. Mais l’article ne fait pas l’impasse sur les différences et le fait que celles-ci ont des bases adaptatives. Il décrit la diversité africaine et le grand voyage du (des) petits groupes qui se sont répandus dans le monde et des transformations qui en ont suivi. Il finit avec ces phrases. “The race is a human construction but it doesn’t mean that we don’t fall into different groups or there’s no variation. […] But if we make racial categories up, maybe we can make new categories that function better”.

Vaste programme qu’il faudra continuer d’élaborer, avec prudence.

05.04.18. Nature 556, 7699

7, DONNÉES PERSONNELLES, BIEN COMMUN, JOHN SULSTON. Editorial. Hetan Shah. Use of personal data for the common good.

“Media companies must do more than say sorry and vowed to improve protection… Must make sure that data collected are used for the common social good.” (Les firmes du « Big data » doivent faire plus que dire pardon et promettre de faire mieux… Elles doivent assurer que les données qu’elles recueillent sont utilisées pour le bien de tous.) Il va falloir une révolution.

John Sulston est mort le 29.3.18. Il était un ardent défenseur de la connaissance considérée comme un bien public.

C’est lui qui, avec Sidney Brenner, avait fait de C. elegans le modèle qui leur a valu le prix Nobel de médecine en 2002 pour leurs travaux sur la régulation génétique du développement des organes et qui continue à tant servir la biologie.

Dès 1992, toujours à Cambridge, il dirige ce qui deviendra le Sanger Institute où sont développées les méthodes de séquençage de l’ADN. En 1998, il résiste avec Francis Collins à la tentative de mainmise de Craig Venter sur ce savoir. Il en résulte, en 2004, la fameuse publication de la séquence de l’ADN humain.

Après quoi, il s’implique dans les questions de science et de société. Il lutte pour l’accès libre aux publications.

Mars 2018, reprise douce de l’actualité scientifique de Jacques

Vu les évènements récents, nous n’insistons plus sur la cryo-me. Nous y reviendrons seulement quand il y aura quelque chose de vraiment spécial, par exemple quand on aura trouvé comment empêcher la formation des filaments de la maladie d’Alzheimer.

15.03.18. Nature 555, 7696

303 – 305. CLIMAT, ÉCHAUFFEMENT CLIMATIQUE, GLACIERS, ANTARCTIQUE, ARCTIQUE, GEOINGÉNIEURIE

Géoingénieurie des glaciers polaires pour ralentir la montée des océans.

J’ai dit précédemment mes réticences face à l’idée du géoingénieurie – c’est-à-dire les actions destinées à contrer les causes ou les effets de l’échauffement climatique. On a parlé de capter le CO2 de l’air ou d’engraisser les océans avec du fer. Ici il s’agit d’empêcher les glaciers du Groenland ou de l’Antarctique de se déverser rapidement dans la mer. Les méthodes sont brutales : (i) faire un barrage sous-marin pour empêcher l’arrivée du courant chaud venant de l’océan. On parle d’un km3 à mettre en place (100 fois la Grande Dixence; (ii) placer des pylônes à l’avant du glacier pour bloquer son avance; (iii) pomper l’eau qui s’infiltre sous le soc glaciaire afin d’éviter son effet lubrifiant sur l’avance des glaces.

Tout cela, non pas pour réduire l’échauffement climatique, seulement pour freiner un peu la contribution de quelques glaciers à l’augmentation du niveau de la mer.

Pour un marteau, tout n’est que clou ; pour un glaciologue ingénieur, un glacier est forcément un lieu d’intervention. J’ai l’impression que les propositions présentées ici doivent être interprétées dans le cadre de ce biais, à moins qu’il ne s’agisse d’occuper un terrain financièrement prometteur. Quant à la lutte contre l’échauffement climatique, elle n’y trouve pas son compte.

 

359 – 62. BIOLOGIE, SOCIOBIOLOGIE, VIVRE ENSEMBLE,

Altruism in a volatile world. Altruisme dans un monde volatile.

Comment l’altruisme peut-il exister puisque par définition, l’altruiste se défavorise pour favoriser un autre. À la longue, le désavantage induit devrait conduire à la disparition du trait. Darwin s’était étonné de l’observer si fréquemment. Cent-cinquante ans plus tard, on en sait beaucoup plus ; l’altruisme est de l’égoïsme malin ; il diffère de l’égoïsme classique par le fait que l’avantage recherché n’est pas direct, il est plus subtil ou bien il faut être patient. Ainsi, au niveau des gènes, une action qui apporte le bénéfice b à B pour le coûte c à l’altruiste A sera favorable à la fitness de A si b.r>c. C’est la règle de Hamilton. Par exemple, sachant que mon frère porte la moitié de mes gènes, je gagne à lui aider si l’avantage qu’il en tire est au moins deux fois plus grand que mon désavantage. C’est simple – en principe.

En pratique, c’est compliqué. Un peu moins quand on peut se rapporter à la notion de fitness qui mesure le nombre de descendants ; pour gagner, il suffit alors de croître et de multiplier plus vite que les autres. Reste alors à quantifier ce qui favorise croissance et multiplication.

Le présent article étudie le cas d’un milieu volatile ; la survie des descendants dépend fortement de paramètres aléatoires extérieurs. Coup de froid sur la couvée, ou passage de la corneille vorace et d’un coup, c’est une génération de fichue ; l’année suivante, il y aura peut-être une pléthore étonnante. Il existe un théorème mathématique qui dit que, à production égale, c’est la production constante qui est la plus efficace. (Exemple : pour aller de A à B en vélo, différents chemins sont possibles. Je choisis de commencer par une longue descente douce pendant laquelle je vais très vite et de finir par une montée raide, mais courte. Séraphin lui, préfère commencer par une courte montée pour mieux que se rattraper durant la longue descente qui le mène au but.  Aloïs choisit la route horizontale. Qui va gagner. C’est Aloïs, c’est mathématique. Toute forme de sursaut en plus ou en moins est, globalement, défavorable. La suite, c’est l’équation de Hamilton mis à la sauce de la statistique des variations aléatoires du succès reproducteur. La belle équation de Hamilton s’enrichit. Aujourd’hui, c’est toujours comme cela, la statistique des biologistes me dépasse – peut-être pas par les concepts, mais par la forme dans lesquels ils sont exprimés. En tout cas, c’est ce que je me dis pour me consoler.

Il apparait alors que des formes de collaborations inductibles permettent de mitiger l’effet des variations aléatoires. L’avantage peut être considérable ; l’article modélise différentes situations et précise les paramètres principaux. Exemple parlant pour saisir le principe : chez les petits oiseaux nicheurs, la collaboration du couple peut assurer que la nichée est constamment gardée et qu’une nichée riche est mieux amenée à maturité grâce à une plus grande quantité de nourriture apportée au nid.

J’apprends toutefois que mon voisin Laurent Lehmann a publié il y a 3 ans, un article très semblable. Les auteurs du présent article le citent correctement, mais on peut quand même se demander si l’article ne devait pas plutôt entrer dans la catégorie : réplication.

Kennedy, P., Higginson, A. D., Radford, A. N., & Sumner, S. (2018). Altruism in a volatile world. Nature, 555(7696), 359-362. doi:10.1038/nature25965

Lehmann, L., & Rousset, F. (2014). The genetical theory of social behaviour. Phil. trans. R. Soc. B, 369(31.3.).

 

29.03.18. Nature 555, 7698

– 29. ÉTHIQUE, BIG DATA, PRIVACITÉ, VIVRE ENSEMBLE.

Éditorial. Digital trust.

Une citation du directeur de Cambridge Analytica: “All researches have a duty to consider the ethics of their work beyond the strict limits of law… “ (Chaque chercheur se doit de considérer l’éthique au-delà de la stricte limite de la loi).

Actualité scientifique de Jacques, Août 2017

Ce mois, je relève en particulier:
– Deux études d’épisodes d’échauffement brusques qui ont eu lieu il y a 11’000 ans et 56 millions d’années. Pour savoir ce qui va nous arriver, il est bon de pouvoir se baser sur autre chose que la modélisation informatique; l’expérience du passé est précieuse. Elle est d’autant plus inquiétante qu’elle montre que ce qui se prépare actuellement est un évènement géologique majeur à l’échelle de centaines de millions d’années. 24.8, p. 443; 31.8, p. 573. En fait, c’est complètement bouleversant au sens géophysique et psychologique du terme.
– Je suis aussi impressionné par l’élargissement du domaine CRISPR-Cas. Ceci porte à imaginer les sommets (ou les abimes) où va nous conduire la nouvelle biotechnologie. 31.8, 543.
– Deux articles de biologie de l’évolution pour lesquels j’aurai besoin de l’aide de mes collègues du DEE. Je viendrai les questionner sur l’évolution des ailes des insectes (24.8, p. 447) et la coévolution du microbiome et de son hôte (3.8, p 43).
– Petite pensée émue pour feu l’ami Jürg Tschop à l’occasion des 15 ans de l’inflammasome. 31.8, 534.
– Le discours intérieur – quand on se parle à soi-même – me parle. J’aimerai échanger mes observations avec celles d’autres personnes. Si quelqu’un en a l’envie, je suis preneur. Sci. Am. 1.08, p. 68.
– Et bien sûr, l’affaire des résultats irreproductibles (24.8, p. 387) à propos de laquelle j’ai aussi quelque chose à dire. Nous y reviendrons.
Courage et joyeuse lecture.

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Juillet 2017, les lectures scientifiques de Jacques

Ce mois, je note en particulier.
 – la structure moléculaire du filament d’Alzheimer résolue par cryo-microscopie électronique, peut-être une étape vers une solution.
– 13.07. p. 191. Quelques éléments pour imaginer comment l’interféromètre LIGO (des ondes gravitationnelles) détecte une variation de longueur cent-mille fois plus petite qu’un atome.
–  p. 236 – 245. Un modèle liquide pour la chromatine; notre idée de 1986 rajeunie.
– 20.07. p.275. La banquise antarctique semblait résister à l’échauffement climatique. C’est du passé. Voir: https://giphy.com/gifs/l4FGvnz3Bn4JKbSYU
p. 293. Le ribosome et son étrange constitution: c’est naturel, on nous l’explique élégamment.
p. 336. Quel est le rapport entre le nombre de pas que nous marchons chaque jour et l’obésité. Analyse de 700’000 personnes dans 111 pays. Surprenant résultat.

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Juin 2017, les actualités scientifiques de Jacques

Il s’agit d’un gros mois. J’en retiens en particulier.
– Cryo-ME. Du succès méthodologique on passe lentement à des avancées en biologie fondamentale en attendant les percées médicales qui se préparent.
(Attention qu’Alain et Marc n’aient pas à me demander: « pourquoi tant de promesses? »)
– 1er juin. Biodiversité. Savez-vous expliquer pourquoi il faut la défendre? Si votre réponse est  « c’est évident » c’est que vous n’en savez pas grand-chose, mais la présente rubrique peut faire réfléchir.
– 8 juin. 60 ans de pilule méritent une petite pensée.
– 15 juin. Il y en a pour tous, La Venise time machine des Humanités digitales pour Jürg et l’épigénétique de la mémoire par l’acétyl-CoA pour Laurée.
– 22 juin. Comment les arbres très vieux font-ils pour ne pas vieillir ? Le grand chêne de Dorigny apporte une solution inattendue grâce  à notre collègue Philippe Reymond.
-J’aime beaucoup la découverte rapportée en page 492. L’oreille interne nous indique notre orientation. Notre vision nous informe de notre position dans le milieu. Ici est expliqué comment ces deux informations sont coordonnées.
– 29 juin. Nous avons 3 ans pour sauver le climat. L’article nous dit pourquoi et comment. À ne pas manquer. 
– Difficile mais fascinante physique quantique. On peut essayer de s’y frotter même sans entrer dans les détails.

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Nature et autres lectures scientifiques de Jacques en avril 2017

Voici, en retard à cause de nos vacances en Suède et Norvège (magnifiques pays de sympathiques habitants), mes rapports de lectures scientifiques d’avril.

J’ai étéparticulièrement intéressé par:
–  7.4. Pour Laurée. Deux articles montrant que l’épigénétique élargit notre façon de penser la génétique.
– 13.4. Pour ceux qui s’intéressent aux migrants. Les aborigènes australiens ont commencé par une grande migration il y a 50’000 ans. Ensuite, ils sont restés sédentaires. Cas typique?
– idem, 164 et 212. Amélie et Françoise apprécieront les films montrant comment le destin d’une couche de cellules est déterminé par le mouvement de défauts dans des cristaux liquides.
– 27.4. Il me faudra l’aide d’Andrzej pour faire le point sur les boucles d’ADN dans les chromosomes. On y aurait fait des progrès décisifs.

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Nature et autres lectures scientifiques de Jacques en mars 2017

Au sommaire de ce rapport mensuel, une vexation: il n’y a qu’un seul article de cryo-ME. S’endorment-ils, mes copains?
À part cela,
–  Je recommande à ceux qui s’intéressent sérieusement à la migration d’aller voir l’original du grand tableau croisé montrant, pays par pays, l’origine et la destination des migrants (doi:10.1038/543022a).
– J’adore la cosmologie; les articles sur la matière noire au cours des âges et la prochaine observation directe d’un trou noir (tenir les pouces) nous régalent.
– Le dernier article concerne la navigation des souris dans un espace sonore. Poursuivant sur les résultats présentés et quelques idées émises j’en tire l’idée que la métrique utilisée par le cerveau pour cartographier le monde n’est peut-être pas le mètre ou la game des tonalités mais une valeur se rapportant à l’attente du sujet. Paraphrasant de Gennes citant  St John Perse, vient alors:
Que sais-je de ce monde si ce n’est où j’en suis dans la réalisation de mon intention?

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Nature et autres lectures scientifiques de Jacques en février 2017

Dans la livraison de février, j’ai été particulièrement intéressé par les articles suivants:
– Nature, 2 février, p. 96. Comment prendre une décision en une petite fraction de seconde? L’équipe d’A.Lüthi de Bâle l’explique dans le cas de la souris qui choisit entre le comportement d’immobilisation ou de fuite.
– Nature, 9.2,152; 16.2. 298, etc.  La glace de l’Arctique fout le camp à toute allure et celle de l’Antarctique est plus instable qu’il n’y parait. C’est terrible!
– Science 17.2, 719. On avait vu sur Cérès, le plus grand des astéroïdes, deux points brillants bizarres. Ce sont probablement des sources hydrothermales riches en matière organique. De quoi rêver!
– Nature 23.3. Plusieurs articles. L’épitranscriptomique, un chapitre qui s’ouvre en biologie et qui vaudra peut-être bien l’épigénétique.
Last but Not Least
– Scientific American 1.3.17. Si vous êtes de la petite majorité qui souffre d’anosmie de l’asperge, cet article ne vous concerne pas. Si vous n’êtes pas de ceux-ci, vous aurez l’intense satisfaction de savoir enfin pourquoi votre pipi, parfois, sent horriblement mauvais.  Continuer la lecture de Nature et autres lectures scientifiques de Jacques en février 2017

Nature et autres lectures scientifiques de Jacques en janvier 2017

 

La livraison de ce mois contient peut-être quelques articles difficiles. Pourtant, plusieurs sont splendides. J’ai pris un plaisir particulier à ceux-ci:

19.01.17. Génomique des migrations humaines. On disait que nos méchants ancêtres ont éliminés, vite fait bien fait, leurs cousins néanderthaliens et denisovans. Ce n’est en tous cas pas complètement vrai. Ils ont au moins un peu frayés ensemble, peut-être même se sont-ils simplement mélangés. Nous en sommes les descendants, probablement à notre grand avantage.

26.01.17. Pour pusieurs d’entre nous, les bactériophage ont été une grande affaire. Nous avions aimé le « Genetic switch » de Ptashne qui montrait comment le bactériophage lambda choisit son parcours de vie. Ici, même problème, non pas au niveau de l’individu mais à celui de la population. Ensemble ils sont plus malins que tout seuls; leur truc est révélé.
26.01.17. Le fonctionnement du ribosome. Trois articles pour montrer comment le ribosome encrassé est débloqué. C’est de la chimie par cryo-microscopie électronique. Impressionnant!

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Les lectures scientifiques de Jacques en décembre 2016

Dans cette livraison, je relève en particulier:
Science 2 déc. et Nature 8. déc., deux articles sur mémoire et ondes cérébrales. Pas simples, mais impressionnants.
Nature 8. déc. La  calotte glaciaire du Groenland a plus varié qu’on ne le croyait durant l’histoire géologique récente. J’ai apprécié la subtile méthode utilisée.
Nature, 15 déc. La saga judiciaire CRISPR/Cas9 est détestable, pourtant elle révèle un aspect fondamental de la relation science-société.
Nature, 22 déc. Équilibre de l’eau. Globalement, de par le monde, les sols sont acides ou basiques, mais il y a peu d’intermédiaires. C’est bizarre, mais menaçant quand on pense à l’échauffement climatique.