Souplesse de l’ADN
La souplesse de l’ADN est un paramètre important pour comprendre sa fonction. Elle dépend de la séquence ainsi que du milieu ionique. La longueur de persistance, lp, est la grandeur numérique qui caractérise cette propriété. Avec beaucoup d’autres, je travaillais à sa mesure il y a quarante ans. Puis l’excitation est tombée. Or, il semble qu’elle pourrait revenir. Mon collègue – et ami – John Maddocks est le champion de la modélisation numérique de l’ADN. Il a calculé la lp de milliers de différentes séquences. PolyA semble être la plus rigide et polyAT la plus souple. Si je ne m’abuse – mais il va falloir le vérifier -, Almond Stoecker (almond.stoecker@epfl.ch) du groupe de Maartje Bastings (maartje.bastings@epfl.ch) a fait la mesure par cryomicroscopie électronique (cryo-me) sur ces deux extrêmes. Les résultats obtenus par la modélisation et la cryo-me sont remarquablement proches. Ce fait est important. Il prouve que la modélisation et la cryo-me se complémentent. C’est une première qui valorise et motive l’effort visant à comprendre comment la séquence de l’ADN corrèle avec sa fonction.
John s’est proposé de rédiger l’article, en visant Nature, évidemment !
On espère avoir bientôt les résultats de la mesure de la lp par microscopie à force atomique.
2 réponses à « Ma vieille science »
Je suis émerveillé, en tant que non-scientifique, à l’idée de ce rebond après quarante années où modélisation numérique et cryomicroscopie se marient pour un avenir prometteur. Un peur comme nos arrière-petits-enfants sauront bien gérer leurs problèmes, qui sont les nôtres. Confiance.
Cher Jacques,
ce rappel que notre « Vieille Science » est toujours vivante prend une signification particulière après l’année 2025, marquée par le mépris pour la Science aux USA et par l’invasion dans les médias et dans nos vies de tout ce qu’on appelle – parfois sans raison – « Intelligence Artificielle ».
Notre vielle science et une grande portion des recherches qui l’ont suivie ont été payées par de l’argent publique. Pour entrainer l’IA les oligarques de la « tech » ont exploité gratuitement des décennies de progrès dans tous les domaines. Maintenant s’ajoute à la mainmise économique une mainmise idéologique sur toute la science, car, dans l’opinion publique, on attribue à l’IA tout le progrès scientifique.
Notre science était expérimentale ou théorique mais elle est vérifiable. L’IA, telle qu’elle est utilisée aujourd’hui, s’éloigne facilement de la vérité et contribue déjà à la manipulation idéologique et politique.
En Europe on discute de régulations et on prend des décisions, mais on ne les applique pas, par peur des nouveaux « Prédateurs » (presque tous étatsuniens ; voir le dernier livre de Giuliano da Empoli) mais peut- être aussi car les scientifiques et les politiciens ont des préoccupations différentes. Vous pouvez le constater par exemple en comparant l’excellente conférence de Martin Vetterli à l’EPFL en septembre (à écouter ou réécouter sur Youtube) et la conférence de Mario Draghi à l’Ecole polytechnique de Milan, en décembre (conférence moins intéressante, mais significative, à lire dans le Grand Continent). Draghi reconnait les risques de l’IA mais conseille une grande prudence dans sa régulation pour ne pas nuire à la compétitivité de l’Europe. L’impératif de la « croissance » serait plus important, pour satisfaire les financiers qui prêtent massivement aux états.
Il y a peu d’espoir que ce système économique/politique mondial change, mais il nous reste en Europe des espaces dans la culture, dans l’éducation et dans nos instituts de recherche.
Commençons par l’éducation : il devient urgent d’apprendre à nos petits-enfants à faire la différence entre la réalité et la fiction, à être créatifs et à détecter les mensonges. Un beau programme pour 2026 ; mettons ensemble nos idées pour le réaliser !
Mario Tosi – France